| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NZ_CP034943 | 3,584,358 | C→A | 6.0% | L347I (CTA→ATA) | EO946_RS18420 → | N‑acetylneuraminate synthase family protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NZ_CP034943 | 3,584,358 | 0 | C | A | 6.0% | 1087.3 / 5.3 | 516 | L347I (CTA→ATA) | EO946_RS18420 | N‑acetylneuraminate synthase family protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (205/257); new base A (2/49); total (207/309) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.15e-10 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 516 total aligned reads displayed.
GGAAATGAGAATGCATTAATGCCTTTACAAGCCGAGGACGCATTTCCTCAAGTAGCAACTGC‑TGATTTATCGTTAAACCAGCCCATTACACCCAACGAAATAAAAAGTCTAAGAATTGCGATTGCAGTGATATGTAGGCTAAAATCGACTCGTCTGCCGAAAAAAGCGCTGCTCCCTATTTACGGTATACCATCTGTTGAACGCTGTTTAATCAATTGCCTGGCTGTCCCTGGTGTTCATGAAGTTGTATTGGCAACTTCAAATCTTCCTGAAGACG > NZ_CP034943/3584220‑3584496 | aaTGCATTAATGCCTTTACAAGCCGAGGACGCATTTCCTCAAGTAGCAACTGC‑TGATTTATCGTTAAACCAGCCCATTACACCCAACGAAATAAAAAGTCTAAGAATTGCGATTGCAGTGATATGTAGGCTAAAATCGAc > 1:1900542/1‑140 (MQ=255) tGCATTAATGCCTTTACACGCCGAGGACGAAGTTCCTCAAGTAGC‑ACAGCGTGATTTTTCGTTAAACCATCCAATTCCCCCCAACGAAATAAAAAGTCTAATAATTGCGATTGCAGTTATATGTCGGCTAAAATCGCCTc < 2:4026203/140‑1 (MQ=255) tGCATTAATGCCTTTACAACCCGAGGACGCTTTTCCTCAAGTAGCAACTGC‑TTATTTATCGTTAAACCAGCCCATTACACCCAACTAAATAAAAAGTCTAAGAATTGCGATTGCAGTGATATGTAGGCTAAAATCGACTc < 2:3208625/140‑1 (MQ=255) tttACAAGCCGAGGACGCATTTCCTAAAGTACAAACTGC‑TTATTTATCTTTAAACCAGCCCATTACACCCACCCAAATAAAAAGTCTAATAATTGCTATTGCAGTTATATGTAGGCTAAAATCGACTCGTCTGCCGaaaa < 1:2171518/140‑1 (MQ=255) ttaacacGCCGAGGACGCATTTCCTCAAGTAGCAACTGC‑TTATTTATCGTTAAACCAGCCAATTCCCCCCAACGAAATAAAAAGTCTAATAATTGCGATGGCTGTGATATGTAGGCTAAAATCGACTCGTCTGCCGaaaa < 1:5232213/137‑1 (MQ=255) ttACAAGCCGAGGACGCATTTCCTCAAGTAGCAACTGC‑TGATTTATCGTTAAACCAGCCCATTACACCCAACGAAATAAAAAGTCTAAGAATTGCGATTGCAGTGATATGTAGGCTAAAATCGACTCGTCTGCCGaaaaa > 1:5937955/1‑140 (MQ=255) ttACAAGCCGAGGACGCATTTCCTCAAGTAGCAACTGC‑TGATTTATCGTTAAACCAGCCCATTACACCCAACGAAATAAAAAGTCTAAGAATTGCGATTGCAGTGATATGTAGGCTAAAATCGACTCGTCTGCCGaaaaa > 1:3184122/1‑140 (MQ=255) ttACAAGCCGAGGACGCATTTCCTCAAGTAGCAACTGC‑TGATTTATCGTTAAACCAGCCCATTACACCCAACGAAATAAAAAGTCTAAGAATTGCGATTGCAGTGATATGTAGGCTAAAATCGAATCGTCTGCCGaaaaa > 2:5004477/1‑140 (MQ=255) aacccGAGGACGCATTTCCTCAAGTAGCAACTGC‑TGATTTATCGTTAAACCAGCCCATTACACCCAACGAAATAAAAAGTCTAAGAATTGCGATTGCAGTGATATGTAGGCTAAAATCGACTCGTCTGCCGAAAAAAgcg < 2:5758931/137‑1 (MQ=255) aGCCGAGGACGCATTTCCTCAAGTAGCAACTGC‑TGATTTATCGTTAAACCAGCCCATTACACCCAACGAAATAAAAAGTCTAAGAATTGCGATTGCAGTGATATGTAGGCTAAAATCGACTCGTCTGCCGAAAAAAgcgc > 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GGAAATGAGAATGCATTAATGCCTTTACAAGCCGAGGACGCATTTCCTCAAGTAGCAACTGC‑TGATTTATCGTTAAACCAGCCCATTACACCCAACGAAATAAAAAGTCTAAGAATTGCGATTGCAGTGATATGTAGGCTAAAATCGACTCGTCTGCCGAAAAAAGCGCTGCTCCCTATTTACGGTATACCATCTGTTGAACGCTGTTTAATCAATTGCCTGGCTGTCCCTGGTGTTCATGAAGTTGTATTGGCAACTTCAAATCTTCCTGAAGACG > NZ_CP034943/3584220‑3584496 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |