| Predicted mutation | |||||||
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| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | NZ_CP034943 | 1,936,593 | 0 | G | T | 14.8% | 733.0 / 39.2 | 375 | P3553Q (CCA→CAA) | EO946_RS09735 | non‑ribosomal peptide synthetase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (127/181); new base T (65/2); total (192/183) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.02e-19 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 375 total aligned reads displayed.
CAAGCATCCGCAGAAACTTCGATGTTGAACAGGGACGCATCGACACAAGTTTCGGTTGGTCCATATACATTTGTGATGGCAGGTGCTGCTCTATCCGCGCCAAATAAGTGTATGAACTTGGTTACCGTCGTTTTTGGAAGTGCCTCTCCTCCAATTAACAGATGACGAAGCGGTACTCCTTCCCCATCATCTGCAGCTACCAGCAGCTTCAAATGGGCGGGCGTCCCGTCGGTTACGTCAATGCGATGCTGTCGATAGTATTGGCATAAGGCCT > NZ_CP034943/1936458‑1936731 | cAAGCATCCGCAGAAACTTCGATGTTGAACAGGGACGCATCGACACAAGTTTCGGTTGGTCCATATACATTTGTGATGGCAGGTGCTGCTCTATCCGCGCCAAATAAGTGTATGAACTTGGTTACCGTCGTGTTTGGAAg > 2:5133695/1‑140 (MQ=255) aTCCGCAGAAACTTCGATGTTGAACAGGGACGCATCGACACAAGTTTCGGTTGGTCCATATACATTTGTGATGGCAGGTGCTGCTCTATCCGCGCCAAATAAGTGTATGAACTTGGTTACCGTCGTTTTTGGAAGTGCct < 1:429771/140‑1 (MQ=255) cGCAGAAACTTCGATGTTGAACAGGGACGCATCGACACTATTTTCGGTTGGTACTTAGACATTTTTGATGGCAGGTGCTGCTCTATCCGCGCCAAATAAGTGTATGAACTTGGTTACCGTCGTTTTTGGAAGTGCCtctc < 1:5050907/140‑1 (MQ=255) aCTTCGATGTTGAACAGGGACGCATCGACACAAGTTTCGGTTGGTCCATATACATTTGTGATGGCAGGTGCTGCTCTATCCGCGCCAAATAAGTGTATGAACTTGGTTACCGTCGTTTTTGGTAGTGCCTATCCTCCaaa > 2:3843456/1‑139 (MQ=255) 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ttACCGTCGTTTTTGGAAGTGCCTCTCCTCCAATTAACAGATGACGAAGCGGTACTCCTTCCCCATCATCTGCAGCTACCAGCAGCTTCAAATGGGCGGGCGTCCCGTCGGTTACGTCAATGCGATGCTGTCGATAGTAt < 2:4856815/140‑1 (MQ=255) ttACCGTCGTTTTTGGAAGTGCCTCTCCTCCAATTAACAGATGACGAAGCGGTACTCCTTCCCCATCATCTGCAGCTACCAGCAGCTTCAAATGGGCGGGCGTCCCGTCGGTTACGTCAATGCGATGCTGTCGATAGTAt < 2:4959218/140‑1 (MQ=255) ttACCGTCGTTTTTGGAAGTGCCTCTCCTCCAATTAACAGATGACGAAGCGGTACTCCTTCCCCATCATCTGCAGCTACCAGCAGCTTCAAATGGGCGGGCGTCCCGTCGGTTACGTCAATGCGATGCTGTCGATAGTAt < 1:2826479/140‑1 (MQ=255) ttACCGTCGTTTTTGGAAGTGCCTCTCCTCCAATTAACAGATGACGAAGCGGTACTCCTTCCCCATCATCTGCAGCTACCAGCAGCTTCAAATGGGCGGGCGTCCCGTCGGTTACGTCAATGCGATGCTGTCGATAGTAt < 1:2784182/140‑1 (MQ=255) ttACCGTCGTTTTTGGAAGTGCCTCTCCTCCAATTAACAGATGACGAAGCGGTACTCCTTCCCCATCATCTGCAGCTACCAGCAGCTTCAAATGGGCGGGCGTCCCGTCGGTTACGTCAATGCGATGCTGTCGATAGTAt < 2:3536848/140‑1 (MQ=255) tcgtTTTTGGAAGTGCCTCTCCTCCAATTAACAGATGACGAAGCGGTACTCCTTCCCCATCATCTGCAGCTACCAGCAGCTTCAAATGGGCGGGCGTCCCGTCGGTTACGTCAATGCGATGCTGTCGATAGTATTGGCAt < 1:4957379/140‑1 (MQ=255) gtTTTTGGAAGTGCCTCTCCACCAATTAAAAGATGACGAAGAGGTACTCCTTACCCAACATAAGCAGCTACCACCAGCTTCAAAAGGGCGGGCGTCCCGTCGGTTACCTCAATGCGATGCTGTCCATAATATTGGCaaaa > 2:4754841/1‑140 (MQ=255) tGGAAGTGCCTCTCCTCCAATTAACAGATGACGAAGCGGTACTCCTTCCCCATCATCTGCAGCTACCAGCATCTTCAAATGGGCGGGCGTCCCGTCGGTTACGTCATTGCGATGCTTTCGATAGTATTGGCATAAGGCCt < 1:3345630/140‑1 (MQ=255) tGGAAGTGCCTCTCCTCCAATTAACAGATGACGAAGCGGTACTCCTTCCCCATCATCTGCAGCTACCAGCAGCTTCAAATGGGCGGGCGTCCCGTCGGTTACGTCAATGCGATGCTGTCGATAGTATTGGCATAAGGCCt < 1:5214232/140‑1 (MQ=255) tGGAAGTGCCTCTCCTCCAATTAACAGATGACGAAGCGGTACTCCTTCCCCATCATCTGCAGCTACCAGCAGCTTCAAATGGGCGGGCGTCCCGTCGGTTACGTCAATGCGATGCTGTCGATAGTATTGGCATAAGGCCt < 2:3045262/140‑1 (MQ=255) tGGAAGTGCCTCTCCTCCAATTAACAGATCACGAAGCGGTACTCCTTCCCCATCATCTGCAGCTACCAGCAGCTTCAAATGGGCGGGCGTCCCGTCGGTTACGTCAATGCGATGCTGTCGATAGGATGGGCATAAGGCCt < 1:3140933/140‑1 (MQ=255) | CAAGCATCCGCAGAAACTTCGATGTTGAACAGGGACGCATCGACACAAGTTTCGGTTGGTCCATATACATTTGTGATGGCAGGTGCTGCTCTATCCGCGCCAAATAAGTGTATGAACTTGGTTACCGTCGTTTTTGGAAGTGCCTCTCCTCCAATTAACAGATGACGAAGCGGTACTCCTTCCCCATCATCTGCAGCTACCAGCAGCTTCAAATGGGCGGGCGTCCCGTCGGTTACGTCAATGCGATGCTGTCGATAGTATTGGCATAAGGCCT > NZ_CP034943/1936458‑1936731 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |