Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NZ_CP034943 | 2,034,564 | C→A | 9.5% | intergenic (‑230/‑164) | EO946_RS10175 ← / → EO946_RS10180 | UPF0715 family protein/hypothetical protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NZ_CP034943 | 2,034,564 | 0 | C | A | 9.5% | 348.3 / 2.9 | 146 | intergenic (‑230/‑164) | EO946_RS10175/EO946_RS10180 | UPF0715 family protein/hypothetical protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (103/21); new base A (2/18); total (107/39) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.30e-10 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 148 total aligned reads displayed.
ATTTTGTTCATTTTTTCACCTCCTAATTATTTAATGGTGGCTGTTATGTTTACATGCAGATTCCTTCCCTAACCTGTCCTTATCTCCGCTTCTTTTTCAAA‑CGTTTTGTACAGTGTTTCCCAGCTTTAGTCAGCTTCTTCATATACGAAGTGTGCTAATAAAATGTTTCAAAA‑ACGACCGGGGTAAAGCTGACTCTCTTGTCTTAATGGGAAAGAGTCAACGAAAAAAAGCGAATGAATACCTGCCTAACAGACAGAATAAGAAGAGTTGATATTCAA > NZ_CP034943/2034425‑2034702 | aTTTTGTTCATTTTTTCACCTCCTAATTATTTAATGGTGGCTGTTATGTTTACATGCAGATTCCTTCCCTAACCTGTCCTTATCTCCGATTATTTTTCAAA‑CGTTTTGTACAGTGTTTCCCAGCTATAGTCAGCttcttc > 2:2682216/1‑140 (MQ=255) ttttGTTCATTTTTTCACCTCCTAATTATTTAATGGTGGCTGTTATGTTTACATGCAGATTCCTTCCCTAACCTGTCCTTATCTCCGCTTCTTTTTCAAA‑CGTTTTGTACATTGTTTCCCAGCTTTAGTCAGCTTCTTCa > 2:5201970/1‑140 (MQ=255) ttttGTTCATTTTTTCACCTCCTAATTATTTAATGGTGGCTGTTATGTTTACATGCAGATTCCTTCCCTAACCTGTCCTTATCTCCGCTTCTTTTTCAAA‑CGTTTTGTACAGTGTTTCCCAGCTTTAGTCAGCTTCTTCa > 1:3272974/1‑140 (MQ=255) aTTTTTTCACCTCCTAATTATTTAATGGTGGCTGTTATGTTTACATGCAGATTCCTTCCCTAACCTGTCCTTATCTCCGCTTCTTTTTCAAA‑CGTTTTGTACAGTGTTTCCCAGCTTTAGTCAGCTTCTTCATATACGaa < 1:3320099/140‑1 (MQ=255) aTTTTTTCACCTCCTAATTATTTAATGGTGGCTGTTATGTTTACATGCAGATTCCTTCCCTAACCTGTCCTTATCTCCGCTTCTTTTTCAAA‑CGTTTTGTACAGTGTTTCCCAGCTTTAGTCAGCTTCTTCATATACGaa < 1:917755/140‑1 (MQ=255) tttAATGGTGGCTGTTATGTTTACATGCAGATTCCTTCCCTAACCTGTCCTTATCTCCGCTTCTTTTTCAAA‑CGTTTTGTACAGTGTTTCCCAGCTTTAGTCAGCTTCTTCATATACGAAGTGTGCTAATAAAATGTTTc > 1:3826973/1‑140 (MQ=255) aaTGGTGGCTGTTATGTTTACATGCAGATTCCTTCCCTAACCTGTCCTTATCTCCGCTTCTTTTTCAAA‑CGTTTTGTACAGTGTTTCCCAGCTTTATTCAGCTTCTTCATATACGAAGTGTGCTAATAAAATGTTTCaaa > 2:3615741/1‑140 (MQ=255) aaTGGTGGCTGTTATGTTTACATGCAGATTCCTTCCCTAACCTGTCCTTATCTCCGCTTCTTTTTCAAA‑CGTTTTGTACAGTGTTTCCCAGCTTTAGTCAGCTTCTTCATATACTAAGTGTGCTAATAAAATGTTTCaaa > 2:4658043/1‑140 (MQ=255) aaTGGTGGCTGTTATGTTTACATGCAGATTCCTTCCCTAACCTGTCCTTATCTCCGCTTCTTTTTCAAA‑CGTTTTGTACAGTGTTTCCCAGCTTTAGTCAGCTTCTTCATATACGAAGTGTGCTAATAAAATGTTTCaaa > 2:792275/1‑140 (MQ=255) gggtGTTATGTTTACATGCAGAAGCGTCCCCTCCCCTGTCCTTATCTCCGTTTCTTTTACAAA‑CGTTTTGTACAGTGTTTCCCAGCTATCGTCAGCTTCTTAAAATACTATGTGTGCTAATAAATTGTTTAAAAA‑ACGAc < 2:2224041/137‑1 (MQ=255) ggCTTTTTTTTTTAATTGCATATTCCTTCCCTAACCTGTCCTTATCTCCGCTTCTTTTTCAAA‑CTTTTTGTACTGTTTTTCCCAGCTTTAGTCAGCTTCTTAATATACGAAGTGTGATAATAAAATTTTTAAAAA‑ACGAc < 2:5062049/140‑1 (MQ=255) ttACTTGCAGTTTCGTTCCCTCCCGTGTCTTTAACCCCGATTATTTTAAAAC‑CTTTTTGAACAGTGTTACCCCGCTTTAGTCATTTTCTAAATATACGAAGTGTGAAAATAAATTGTATCAAAA‑ACGACCGGGGTAAAGc < 2:166704/140‑1 (MQ=255) aCATGCAGATTCCTTCCCTAACCTGTCCTTATCTCCGCTTCTTTTTCAAA‑CGTTTTGTACAGTGTTTCCCAGCTTTAGTCAGCTTCTTCATATACGAAGTGTGCTAATAAAATGTTTCAAAA‑ACGACCGGGGTAAAGCTg > 2:5095748/1‑140 (MQ=255) aCATGCAGATTCCTTCCCTAACCTGTCCTTATCTCCGCTTCTTTTTCAAA‑AGTTTTGTACAGTGTTTCCCAGCTTTAGTCAGCTTCTTCATATACGAAGTGTGCTAATAAAATGTTTCAAAA‑ACTACCGGGGTAAAGCTg > 2:3911609/1‑140 (MQ=255) cttGCAGATTCCGTCCCAACCCGGCCCTGCGCGCCGCTTTTTTTTAAAT‑GGTTTTGTACTGTTTTCCCCAGCTTTAGTCAGCTTCTTAATATAGGATGTGTTCTAATAAATTTTTACAAAA‑ACGACCGGGGTAAAGCTGa < 2:830896/138‑1 (MQ=255) attGCAGATTCTTTCCCTAACGGGTATTTAGCTCGGTTTCTTTTTAAAA‑CTTTTTGAACTGTTTTTCCCATGTTTAGTCAGATTCTTATTATACTATGTGTGTTATTAAATTTTTACAAAC‑ACGACCGGGGTAAAGCTGa < 2:1112367/138‑1 (MQ=255) aTGCAGATTCCTTCCCTAACCTGTCCTTATCTCCGCTTCTTTTTCAAA‑CGTTTTGTACAGTGTTTCCCAGCTTTAGTCAGCTTCTTCATATACGACTTGTGCTAATAAAATGTTTCAAAA‑ACGACCGGGGTAAAGCTGAc > 1:4991644/1‑140 (MQ=255) aTGCAGATTCCTTCCCTAACCTGTCCTTATCTCCGCTTCTTTTTCAAA‑CGTTTTGTACAGTGTTTCCCAGCTTTAGTCAGCTTCTTCATATACGAAGTGTGCTAATCAAATGTTTCAAAA‑ACGACCGGGGTAAAGCTGAc > 1:4806166/1‑140 (MQ=255) aTGCAGATTCCTTCCCTAACCTGTCCTTATCTCCGCTTCTTTTTCAAA‑CGTTTTGTACAGTGTTTCCCAGCTTTAGTCAGCTTCTTCATATACGAAGGGTGCTAATAAAATGTTTCAAAA‑ACGACCGGGGTAAAGCTGAc > 1:3366726/1‑140 (MQ=255) aTGCAGATTCCTTCCCTAACCTGTCCTTATCTCCGATTCTTTTTCAAA‑CGTTTTGTACAGTGTTTCCCAGCTTTAGTCAGCTACTAAATATACGAAGTGTGCTAATAAAATGTTTCAAAA‑ACGACCGGGGTAAAGCTGAc > 1:2181034/1‑140 (MQ=255) gATTCCTTCCCTAACCTGTCCTTATCTCCGCTTCTTTTTCAAA‑CGTTTTGTACAGTGTTTCCCAGCTTTAGTCAGCTTCTTCATATACGAAGTGTGCTAATAAAATGTTTCAAAA‑ACGACCGGGGTAAAGCTGActctct > 2:709486/1‑140 (MQ=255) tctttccATAACCTTTCATTATCTCCGCTTCTTTTTAAAA‑CTTTTTGTACTGTTTTTCCCAGCTTTAGTCAGCTTCTTAATATACTAATTGTGATAATAAAATGTTTAAAAA‑ACGACCGGGGTAAAGCTGACTCTCTTGt < 2:2733074/137‑1 (MQ=255) cttccCTAACCTGTCCTTATCTCCGCTTCTTTTTCAAA‑CGTGTTGTACAGTGTGTCCCAGCTTTAGTCCGCTTCTTCATATACGCAGTGGGCTAATAAAATGTTTCAAAA‑ACGACCGGGGTAAAGCTGACTCTCTTGtgt > 1:4181517/1‑138 (MQ=255) cccTAAGGTTTCCTTAGATCCTATTCTTTTTCAAA‑GTTTTTGTACTTTGTTTCCCTGCTTTTGTCTGGTTTTTAATTTACCATGTGTGCTAATAAATTTTTAAAAAA‑ACGACCGGGGTAAAGCTGACTCTCTTGTCTTaa < 2:3826973/140‑1 (MQ=255) cccTAACGTCTCCTTATCACCTCTTATTTTTCAAA‑CTTTTTTTACAGTTTTTCCCAGATTTATTCAGATTTTTCATAAACCAATTGTGATAATAAAATTTTAAAAAA‑ACGACCGGGGTAAAGCTGACTCTCTTGTCTTaa < 2:3617963/140‑1 (MQ=255) cccTAACCTGTCCTTATCTCCGCTTCTTTTTCAAA‑CGTTTTGTACAGTGTTTCCCAGCTTTAGTCAGCTTCTTCATATACGAAGTGTGCTAATAAAATTTTTCAAAA‑ACGACCGGGGTAAATCTGACTCTCTTGTCTTaa > 1:3640553/1‑140 (MQ=255) cccggTCCTTATCGCCGCTTTTTTTACAAA‑CGTTTGGTACAGTGTTTCCCCGCTTGAGACAGCTTCTAAATATACGACTTGGGCTAATAAAATGTTACAAAA‑ACGACCGGGGTAAAGCTGACTCTCTTGTCTTAATGGGa < 2:1035551/136‑1 (MQ=255) aCCTGTCCTTATCTCCGCTTCTTTTTCAAA‑CGTTTTGTACAGTGTTTCCCAGCTTTAGTCAGCTTCTTCATATACGAAGTGTGCTAATAAAATGTTTCAAAA‑ACGACCGGGGTAAAGCTGACTCTCTTGTCTTAATGGGa > 1:1076906/1‑140 (MQ=255) aCCTGTCCTTATCTCCGCTTCTTTTTCAAA‑CGTTTTGTACAGTGTTTCCCAGCTTTAGTCAGCTTCTTCATATACGAAGTGTGCTAATAAAATGTTTCAAAA‑ACGACCGGGGTAAAGCTGACTCTATTGTCTTAATGGGa > 2:4550711/1‑140 (MQ=255) aCCTGTCCTTATCTCCGCTTCTTTTTCAAA‑CGTTTTGTACAGTGTTTCCCAGCTTTAGTCAGCTTCTTCATATACGAAGTGTGCTAATAAAATGTTTCAAAA‑ACGACCGGGGTAAAGCTGAATCTCTTGTCTTAATGGGa > 1:20734/1‑140 (MQ=255) gTCCTTATCTCCGCTTCTTTTTCAAA‑CGTTTTGTACAGTGTTTCCCAGCTTTAGTCAGCTTCTTCATATACGAAGTGTGCTAATAAAATGTTTCAAAA‑ACGACCGGGGTAAAGCTGACTCTCTTGTCTTAATGGGAAaga > 1:781127/1‑140 (MQ=255) tCCTTATCTCCGCTTCTTTTTCAAA‑CGTTTTGTACAGTTTTTCCCAGCTTTAGTCAGCTTCTTCATATAAGAAGTGGGCTAATAAAATGTTTCAAAA‑ACGACCGGGGTAAAGCTGACTCTCTTGTCTTAATGGGAAagag > 1:610017/1‑140 (MQ=255) tCCTTATCTCCGCTTCTTTTTCAAA‑CGTTTTGTACAGTGTTTCCCAGCTTTAGTCAGCTTCTTCATATACGAAGTGTGCTAATAAAATGTTTCAAAA‑ACGACCGGGGTAAAGCTGACTCTCTTGTCTTAATGTGAAagag > 2:21305/1‑140 (MQ=255) tCCTTATCTCCGCTTCTTTTTCAAA‑CGTTTTGTACAGTGTTTCCCAGCTTTAGTCAGCTTCTTCATATACGAAGTGTGCTAATAAAATGTTTCAAAA‑ACGACCGGGGTAAAGCTGACTCTCTTGTCTTAATGGGAAcgag > 1:1370434/1‑140 (MQ=255) tCCTTATCTCCGCTTCTTTTTCAAA‑CGTTTTGTACAGTGTTTCCCAGCTTTAGTCAGCTTCTTCATATACGAAGTGTGCTAATAAAATGTTTCAAAA‑ACGACCGGGGTAAAGCTGACTCTCTTGTCTTAATGGGAAagag > 2:4241470/1‑140 (MQ=255) tCCTTATCTCCGCTTCTTTTTCAAA‑CGTTTTGTACAGTGTTTCCCAGCTTTAGTCAGCTTCTTCATATACGAAGTGTGCTAATAAAATGTTTCAAAA‑ACGACCGGGGTAAAGCTGACTCTCTTGTCTTAATGGGAAagag > 1:1035551/1‑140 (MQ=255) tCCTTATCTCCGCTTCTTTTTCAAA‑CGTTTTGTACAGTGTTTCCCAGCTTTAGTCAGCTTCTTCATATACGAAGTGTGCTAATAAAATGTTTCAAAA‑ACGACCGGGGTAAAGCTGACTCTCTTGTCTTAATGGGAAagag > 2:251771/1‑140 (MQ=255) tCCTTATCTCCGCTTCTTTTTCAAA‑CGTTTTGTACAGTGTTTCCCAGCTTTAGTCAGCTTCTTCATATACGAAGTGTGCTAATAAAATGTTTCAAAA‑ACGACCGGGGTAAAGCTGACTCTCTTGTCTTAATGGGAAagag > 1:2496035/1‑140 (MQ=255) tCCTTATCTCCGCTTCTTTTTCAAA‑CGTTTTGTACAGTGTTTCCCAGCTTTAGTCAGCTTCTTCATATACGAAGTGTGCTAATAAAATGTTTCAAAA‑ACGACCGGGGTAAAGCTGACTCTCTTGTCTTAATGGGAAagag > 1:584480/1‑140 (MQ=255) tCCTTATCTCCGCTTCTTTTTCAAA‑CGTTTTGTACAGTGTTTCCCAGCTTTAGTCAGCTTCTTCATATACGAAGTGTGCTAATAAAATGTTTCAAAA‑ACGACCGGGGTAAAGCTGACTCTCTTGTCTTAATGGGAAagag > 2:4242622/1‑140 (MQ=255) tCCTTATCTCCGCTTCTTTTTCAAA‑CGTTTTGTACAGTGTTTCCCAGCTTTAGTCAGCTTCTTCATATACGAAGTGTGCTAATAAAATGTTTCAAAA‑ACGACCGGGGTAAAGCTGACTCTCGTGTCTTAATGGGACagag > 1:3488457/1‑140 (MQ=255) tCCTTATCTCCGCTTCTTTTTCAAA‑CGTTTTGGACAGTGTTTACCAGCTTTAGTCAGCTTATTCATATACCAAGTGTGCGAATAAAATGTTTCAAAA‑ACGACCGGGGTAAAGCTGACTCTCTTGTCTTAATGGGAAagag > 1:498139/1‑140 (MQ=255) tCCTTATCTCCGCTTCTGTTTCAAA‑CGTTTTGTACAGTGTTTCCCCGCTTTAGTCAGCTTCTTCATATACGAAGTGTGCTAATAAAATGTTTCAAAA‑ACGACAGGGGTAAACCTGACTCTCTTGTCTTAATCGGAAagag > 2:2982888/1‑140 (MQ=255) tCCTTATCTCCGCTTCTATTTCAAA‑CGATTTGTACAGTGTTTCCCAGCTTTACTCAGCTTCTTCATATACGAAGTTTGCGAATAAAATTTTTCAAAA‑AACACAGGGGTAAATCTGACTCTCTTGTCGTCATGGGACagag > 1:2691513/1‑140 (MQ=255) aTCTCCGCTTCTTTTTCAAA‑CGTTTTGTACAGTGTTTCCCAGCTTTAGTCAGCTTCTTCATATACGAAGTGTGCTAATAAAATGTTTCAAAA‑ACGACCGGGGTAAAGCTGACTCTCTTGTCTTAATGGGAACGAGTCAAc > 2:1053932/1‑140 (MQ=255) aTCTCCGCTTCTTTTTCAAA‑CGTTTTGTACAGTGTTTCCCAGCTTTAGTCAGCTTCTTCATATACGAAGTGTGCTAATAAAATGTTTCAAAA‑ACGACCGGGGTAAAGCTGACTCTCTTGTCTTAATGGGAAAGAGTCAAc > 2:3319729/1‑140 (MQ=255) aTCTCCGCTTCTTTTTCAAA‑CGTTTTGTACAGTGTTTCCCAGCTTTAGTCAGCTTCTTCATATACGAAGTGTGCTAATAAAATGTTTCAAAA‑ACGACCGGGGTAAAGCTGACTCTCTTGTCTTAATGGGAAAGAGTCAAc > 1:2396530/1‑140 (MQ=255) aTCTCCGCTTCTTTTTCAAA‑CGTTTTGTACAGTGTTTCCCAGCTTTAGTCAGCTTCTTCATATACGAAGTGTGCTAATAAAATGTTTCAAAA‑ACGACCGGGGTAAAGCTGACTCTCTTGTCTTAATGGGAAAGAGTCAAc > 1:1086/1‑140 (MQ=255) aTCTCCGCTTCTTTTTCAAA‑CGTTTTGTACAGTGTTTCCCAGCTTTAGTCAGCTTCTTCATATACGAAGTGTGCTAATAAAATGTTTCAAAA‑ACGACCGGGGTAAAGCGGACTCTCTGGTCTGAATGGGAAAGAGTCAAc > 1:3677504/1‑140 (MQ=255) cGCTTCTTTTTCAAA‑CGTTTTGTACAGTGTTTCCCAGCTTTAGTCAGCTTCTTCATATACGAAGTGTGCTAATAAAATGTTTCAAAA‑ACGACCGGGGTAAAGCTGACTCTCTTGTGTTAATGGGAAAGAGTCAACGaaaa > 1:2439572/1‑140 (MQ=255) cGCTTCTTTTTCAAA‑CGTTTTGTACAGTGTTTCCCAGCTTTAGTCAGCTTCTTCATATACGAAGTGTGCTAATAAAATGTTTCAAAA‑ACGACCGGGGTAAAGCTGACTCTCTTGTCTTAATGGGAACGAGTCAACGaaaa > 2:3538473/1‑140 (MQ=255) cGCTTCTTTTTCAAA‑CGTTTTGTACAGTGTTTCCCAGCTTTAGTCAGCTTCTTCATATACGAAGTGTGCTAATAAAATGTTTCAAAA‑ACGACCGGGGTAAAGCTGACTCTCTTGTCTTAATGGGAAAGAGTCAACGaaaa > 1:5180933/1‑140 (MQ=255) cGCTTCTTTTTCAAA‑CGTTTTGTACAGTGTTTCCCAGCTTTAGTCAGCTTCTTCATATACGAAGTGTGCTAATAAAATGTTTCAAAA‑ACGACCGGGGTAAAGCTGACTCTCTTGTCTTAATGGGAAAGAGTCAACGaaaa > 1:2396572/1‑140 (MQ=255) cGCTTCTTTTTCAAA‑CGTTTTGTACAGTGTTTCCCAGCTTTAGTCAGCTTCTTCATATACGAAGTGTGCTAATAAAATGTTTCAAAA‑ACGACCGGGGTAAAGCTGACTCTCTTGTCTTAATGGGAAAGAGTCAACGaaaa > 1:4275918/1‑140 (MQ=255) cGCTTCTTTTTCAAA‑CGTTTTGTACAGTGTTTCCCAGCTTTAGTCAGCTTCTTCATATACGAAGTGTGCTAATAAAATGTTTCAAAA‑ACGAACGGGGTAAAGCTGACTCTATTTTGTTAATGGGAAAGATTAAACGaaaa > 2:1492525/1‑140 (MQ=255) cGCTTCTTTTTCAAA‑CGTTTTGTACAGTGTTTCCCAGCTTTAGTCAGCTTCTTCATATACGAAGTGTGCGAATAAAATGTTTCAAAA‑ACGACCGGGGTAAAGCTGACTCTGTTGGCTTAATGGGAAAGAGTCAACGgaaa > 1:2926902/1‑140 (MQ=255) cttcttTTTCAAA‑CGTTTTGTACAGTGTTTCCCAGCTTTAGTCAGCTTCTTCATATACGAAGTGTGCTAATAAAATGTTTCAAAA‑ACGACCGGGGTAAAGCTGACTCTCTTGTCTTAATGGGAAAGAGTCAACGaaaaaa > 2:5100332/1‑140 (MQ=255) tttttttCAAC‑CTTTTTGTACCGTGTTTCCAAGCTTTCGTCATCTTCTGCATATCCGAGGTGTGATAAAAAAATTTTAAAAAA‑ACGACCGGGGTAAAGCTGACTCTCTTGTCTTAATGGGAAAGAGTCAACGAAAAAAAg < 2:2396572/138‑1 (MQ=255) tttttttAAAA‑GTTTTTGTAGTGTGTTACCCTGTTTTAGCAAGTTTCTTATTTTAGTAGTTTTGCTAA‑AAAATTTTTAAAAACACGACCGGGGTAAAGCTGACTCTCTTGTCTTAATGGGAAAGAGTCAACGAAAAAAAg < 1:5017443/138‑1 (MQ=255) ttttttCAAA‑CGTTTTTTAATGTGTTTCCCAGATTTTGTCAGTTTATTCATATACCACGTGTGATATTAAAATTTTTCAAAC‑ACGACCGGGGTAAAGCTGACTCTCTTGTCTTAATGGGAAAGAGTCAACGAAAAAAAGc < 2:3289040/139‑1 (MQ=255) tattttAAAACCGTTTTTCACTGTGTTTCCCACCTTTCGACAGATTCTAAATATACGAAGTGTCATAAAAAAATTTAACAAAC‑ACGACCGGGGTAAAGCTGACTCTCTTGTCTTAATGGGAAAGAGTCAACGAAAAAAAg < 1:3150155/138‑1 (MQ=255) cttTTCCAAA‑CGTTTTTTACTGTGTTTCCCAGATTTAGTCAGATTATACATATACGAAGTGTGCTAATAATATTTTTCAAAC‑ACGACCGGGGTAAAGCTGACTCTCTTGTCTTAATGGGAAAGAGTCAACGAAAAAAAGc < 2:3281564/140‑1 (MQ=255) ttttCAAA‑CGTTTTGTACAGTGTTTCCCAGCTTTAGTCAGCTTCTTCATATACGAAGTGTGCTAATAAAATGTTTCAAAA‑ACGACCGGGGTAAAGCTGACTCTCTTGTCTTAATGGGAAAGAGTCAACGAAAAAAAGCga > 1:825187/1‑140 (MQ=255) tGTACAGTGTTTCCCAGCTTTAGTCAGCTTCTTCATATACGAAGTGTGCTAATAAAATGTTTCAAAA‑ACGACCGGGGTAAAGCTGACTCTCTTGTCTTAATGGGAAAGAGTCAACGAAAAAAAGCGAATGAATACCTGcc > 2:4659509/1‑140 (MQ=255) gtgtTTCCCAGCTTTAGTCAGCTTCTTCATATACGAAGTGTGCTAATAAAATGTTTCAAAA‑ACGACCGGGGTAAAGCTGACTCTCTTGTCTTAATGGGAAAGAGTCAACGAAAAAAAGCGAATGAATACCTGCCTAacag > 1:972010/1‑140 (MQ=255) gtgtTTCCCAGCTTTAGTCAGCTTCTCAATATACGATGTTTGGTAATAAAATGTTACAAAC‑ACGACCGGGGTAAAGCTGACTCTCTTGTCTTAATGGGAAAGAGTCAACGAAAAAAAGCGAATGAATACCTGCCTAacag < 2:1074470/140‑1 (MQ=255) tgtTTCCCAGCTTTAGTCAGCTTCTTCATATACGAAGTGTGCTAATAAAATGTTTCAAAA‑ACGACCGGGGTAAAGCTGACTCTCTTGTCTTAATGGGAAAGAGTCAACGAAAAAAAGCGAATGAATACCTGCCTAacaga > 1:2373834/1‑140 (MQ=255) tgtTTCCCAGCTTTAGTCAGCTTCTTCATATACGAAGTGTGCTAATAAAATGTTTCAAAA‑ACGACCGGGGTAAAGCTGACTCTCTTGTCTTAATGGGAAAGAGTCAACGAAAAAAAGCGAATGAATACCTGCCTAacaga > 2:351797/1‑140 (MQ=255) tgtTTCCCAGCTTTAGTCAGCTTCTTCATATACGAAGTGTGCTAATAAAATGTTTCAAAA‑ACGACCGGGGTAAAGCTGACTCTCTTGTCTTAATGGGAAAGAGTCAACGAAAAAAAGCGAATGAATACCTGCCTAacaga > 1:2007018/1‑140 (MQ=255) ttttCCCAGTTTTCGTCAGTTTTTTATTATCCGAAGTGTGATAATAAATTTTTCAAAAA‑ACGACCGGGGTAAAGCTGACTCTCTTGTCTTAATGGGAAAGAGTCAACGAAAAAAAGCGAATGAATACCTGCCTAacagac < 2:1824730/139‑1 (MQ=255) ttttCCCAGTTTTATTAAGATACTTAAAATCCTAATTTTGAAAAAAAAATTTTAAAAAC‑ACGACCGGGGTAAAGCTGACTCTCTTGTCTTAATGGGAAAGAGTCAACGAAAAAAAGCGAATGAATACCTGCCTAacagac < 1:5107268/139‑1 (MQ=255) tttCCCAGCTTTAGTCAGCTTCTTCATATACGAAGTGTGCTAATAAAATGTTTCAAAA‑ACGACCGGGGTAAAGCTGACTCTCTTGTCTTAATGGGAAAGAGTCAACGAAAAAAAGCGAATGAATACCTGCCTAacagaca > 2:110873/1‑140 (MQ=255) cccAGCTTTAGTCAGCTTCTTCATATACGAAGTGTGCTAATAAAATGTTTCAAAA‑ACGACCGGGGTAAAGCTGACTCTCTTGTCTTAATGGGAAAGAGTCAACGAAAAAACGCGAATGAATACCTGCCTAACAGACAGaa > 1:4584097/1‑140 (MQ=255) cccAGCTTTAGTCAGCTTCTTCATATACGAAGTGTGCTAATAAAATGTTTCAAAA‑ACGACCGGGGTAAAGCTGACTCTCTTGTCTTAATGGGAAAGAGTCAACGAAAAAAAGCGAATGACTACCTGCCTATCAGTCAGaa > 1:3978081/1‑140 (MQ=255) cccAGCTTTAGTCAGCTTCTTCATATACGAAGTGTGCTAATAAAATGTTTCAAAA‑ACGACCGGGGTAAAGCTGACTCTCTTGTCTTAATGGGAAAGAGTCAACGAAAAAAAGCGAATGAATACCTGCCTAACAGACAGaa > 1:3200230/1‑140 (MQ=255) cccAGCTTTAGTCAGCTTCTTCATATACGAAGTGTGCTAATAAAATGTTTCAAAA‑ACGACCGGGGTAAAGCTGACTCTCTTGTCTTAATGGGAAAGAGTCAACGAAAAAAAGCGAATGAATACCTGCCTAACAGACAGaa > 2:3467536/1‑140 (MQ=255) ccATCTTTAGTTCTCTTCTTCTTATACGCTGTGTGATAATAAATTTTTTAAAAA‑ACGACCGGGGTAAAGCTGACTCTCTTGTCTTAATGGGAAAGAGTCAACGAAAAAAAGCGAATGAATACCTGCCTAACAGACAGAAt < 2:3178989/140‑1 (MQ=255) acctgtttACTAAGCTTCTTATTATACTATGGGTGCTAATAAATTTTTAAAAAA‑ACGACCGGGGTAAAGCTGACTCTCTTGTCTTAATGGGAAAGAGTCAACGAAAAAAAGCGAATGAATACCTGCCTAACAGACAGAAt < 2:406507/135‑1 (MQ=255) gattttGTCCGCTTATTCATAAACTACGTGTTAAAATAAATTTTTAAAACA‑ACGACCGGGGTAAAGCTGACTCTCTTGTCTTAATGGGAAAGAGTCAACGAAAAAAAGCGAATGAATACCTGCCTAACAGACAGAATaag < 1:3528279/138‑1 (MQ=255) cTTTAGTCAGCTTCTTCATATCCGAAGTGTGCGAATAACATGTTTCAAAA‑ACGACCGGGGTAAAGCTGACTCTGTTGTCTTAATGGGAAAGAGTCAACGAAAACTAGCGCATGAATACCTGCGTAACAGACAGAATaaga > 2:3943363/1‑140 (MQ=255) cTTTAGTCAGCTTCTTCATATACGAAGTGTGCTAATAAAATGTTTCAAAT‑ACGAGCGGGGTAAAGCTGACTCTCTTGTCTTAATGTGAAAGAGTCAACGAAAAAAAGCGAATGAAAACCTGCCTAACAGACAGAATaaga > 1:1211392/1‑140 (MQ=255) cTTTAGTCAGCTTCTTCATATACGAAGTGTGCTAATAAAATGTTTCAAAA‑ACGACCGGGGTAAAGCTGACTCTCTTGTCTTAATGGGACAGAGTCAACGAAAAAAAGCGAATGAATACCTGCGTACCAGACAGAATaaga > 1:2884710/1‑140 (MQ=255) cTTTAGTCAGCTTCTTCATATACGAAGTGTGCTAATAAAATGTTTCAAAA‑ACGACCGGGGTAAAGCTGACTCTCTTGTCTTAATGGGAAAGAGTCAACGAAAAAAAGCGAATGACTACCTGCCTATCAGACAGAATaaga > 2:5187196/1‑140 (MQ=255) cTTTAGTCAGCTTCTTCATATACGAAGTGTGCTAATAAAATGTTTCAAAA‑ACGACCGGGGTAAAGCTGACTCTCTTGTCTTAATGGGAAAGAGTCAACGAAAAAAAGCGAATGAATACCTGCCTAACAGACAGACTaaga > 2:3773742/1‑140 (MQ=255) cTTTAGTCAGCTTCTTCATATACGAAGTGTGCTAATAAAATGTTTCAAAA‑ACGACCGGGGTAAAGCTGACTCTCTTGTCTTAATGGGAAAGAGTCAACGAAAAAAAGCGAATGAATACCTGCCTAACAGACAGAATaaga > 2:2130471/1‑140 (MQ=255) cTTTAGTCAGCTTCTTCATATACGAAGTGTGCTAATAAAATGTTTCAAAA‑ACGACCGGGGTAAAGCTGACTCTCTTGTCTTAATGGGAAAGAGTCAACGAAAAAAAGCGAATGAATACCTGCCTAACAGACAGAATaaga > 2:4058748/1‑140 (MQ=255) cTTTAGTCAGCTTCTTCATATACGAAGTGTGCTAATAAAATGTTTCAAAA‑ACGACCGGGGTAAAGCTGACTCTCTTGTCTTAATGGGAAAGAGTCAACGAAAAAAAGCGAATGAATACCTGCCTAACAGACAGAATaaga > 2:85230/1‑140 (MQ=255) cTTTAGTCAGCTTCTTCATATACGAAGTGTGCTAATAAAATGTTTCAAAA‑ACGACCGGGGTAAAGCTGACTCTCTTGTCTTAATGGGAAAGAGTCAACGAAAAAAAGCGAATGAATACCTGCCTAACAGACAGAATaaga > 1:4834815/1‑140 (MQ=255) tttAGACAGTTTCTCAATATACCATTTGTCATAAAAAAATTTTAAAAAC‑ACGACCGGGGTAAAGCTGACTCTCTTGTCTTAATGGGAAAGAGTCAACGAAAAAAAGCGAATGAATACCTGCCTAACAGACAGAATaagaa < 1:1602503/140‑1 (MQ=255) aGTCAGCTTCTTCATATACGAAGTGTGCTAATAAAATGTTTCAAAA‑ACGACCGGGGTAAAGCTGACTCTCTTGTCTTAATGGGAAAGAGTCAACGAAAAAAAGCGAATGAATACCTGCCTAACAGACAGACTAAGAagag > 1:2956275/1‑140 (MQ=255) aGTCAGCTTCTTCATATACGAAGTGTGCTAATAAAATGTTTCAAAA‑ACGACCGGGGTAAAGCTGACTCTCTTGTCTTAATGGGAAAGAGTCAACGAAAAAAAGCGAATGAATACCTGCCTAACAGACAGAATAAGAagag > 1:3670937/1‑140 (MQ=255) aGTCAGCTTCTTCATATACGAAGTGTGCTAATAAAATGTTTCAAAA‑ACGACCGGGGTAAAGCTGACTCTCTTGTCTTAATGGGAAAGAGTCAACGAAAAAAAGCGAATGAATACCTGCCTAACAGACAGAATAAGAagag > 1:2770104/1‑140 (MQ=255) aGTCAGCTTCTTCATATACGAAGTGTGCTAATAAAATGTTTCAAAA‑ACGACCGGGGTAAAGCTGACTCTCTTGTCTTAATGGGAAAGAGTCAACGAAAAAAAGCGAATGAATACCTGCCTAACAGACAGAATAAGAagag > 1:4953563/1‑140 (MQ=255) gTCAGCTTCTTCATATACGAAGAGTGCTAATAAAATGTTTCAAAA‑ACGACCGGGGTAAAGATGACTCTCTTGTCTTAAGGGGAAAGCGTCAACGAAAAAAAGCGAATGAATACCTGCCTACCCGACCTAATAAGAAGAGt > 2:4974857/1‑140 (MQ=255) gTCAGATTCTTCATATCCGAAGTGTGATAATAAAATTTTACAAAA‑ACGACCGGGGTAAAGCTGACTCTCTTGTCTTAATGGGAAAGAGTCAACGAAAAAAAGCGAATGAATACCTGCCTAACAGACAGAATAAGAAGAGt < 2:2520800/140‑1 (MQ=255) ctCACCTTCTTAATATACGACGTTTCAAAATAAATTTTTACAAAC‑ACGACCGGGGTAAAGCTGACTCTCTTGTCTTAATGGGAAAGAGTCAACGAAAAAAAGCGAATGAATACCTGCCTAACAGACAGAATAAGAAGAGt < 1:1604395/139‑1 (MQ=255) cAGATTCTTAATATACGATTTGTGATAATAAAATGTTAAAAAA‑ACGACCGGGGTAAAGCTGACTCTCTTGTCTTAATGGGAAAGAGTCAACGAAAAAAAGCGAATGAATACCTGCCTAACAGACAGAATAAGAAGAGTTg < 2:3301359/140‑1 (MQ=255) cttcttCATATACGAAGTGTGCTAATAAAATGTTTCAAAA‑ACGACCGGGGTAAAGCTGACTCTCTTGTCTTAATGGGAAAGAGTCAACGAAAATAAGCGAATGAATACCTGCCTAACAGACAGAATAAGAAGAGTTGata > 2:1198970/1‑140 (MQ=255) cttcttCATATACGAAGTGTGCTAATAAAATGTTTCAAAA‑ACGACCGGGGTAAAGCTGACTCTCTTGTCTTAATGGGAAAGAGTCAACGAAAAAAAGCGAATGAATACCTGCCTAACAGACAGAATAAGAAGAGTTGata > 2:4492385/1‑140 (MQ=255) acATATCCGATGTGTTATAATAAAATGTTAAAAAC‑ACGACCGGGGTAAAGCTGACTCTCTTGTCTTAATGGGAAAGAGTCAACGAAAAAAAGCGAATGAATACCTGCCTAACAGACAGAATAAGAAGAGTTGATATTCaa < 1:2589793/139‑1 (MQ=255) | ATTTTGTTCATTTTTTCACCTCCTAATTATTTAATGGTGGCTGTTATGTTTACATGCAGATTCCTTCCCTAACCTGTCCTTATCTCCGCTTCTTTTTCAAA‑CGTTTTGTACAGTGTTTCCCAGCTTTAGTCAGCTTCTTCATATACGAAGTGTGCTAATAAAATGTTTCAAAA‑ACGACCGGGGTAAAGCTGACTCTCTTGTCTTAATGGGAAAGAGTCAACGAAAAAAAGCGAATGAATACCTGCCTAACAGACAGAATAAGAAGAGTTGATATTCAA > NZ_CP034943/2034425‑2034702 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |