| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NZ_CP034943 | 2,502,242 | T→G | 21.1% | T274P (ACG→CCG) | hrcA ← | heat‑inducible transcriptional repressor HrcA |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NZ_CP034943 | 2,502,242 | 0 | T | G | 21.1% | 266.3 / 31.6 | 175 | T274P (ACG→CCG) | hrcA | heat‑inducible transcriptional repressor HrcA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (72/61); new base G (39/3); total (111/64) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.10e-06 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 190 total aligned reads displayed.
AATTCATGCGGGTCGGACCGATGATCGCAATTGAGCCGATCTGCTTCTGATCAACGGAATAAGAAGCCGTAATCAGACTGCAGTTTTCCATCTCTTCATAGTCGTTTTCTTTCCCGATTTTAATCGAAATCCCCGTGTGTGGGGATTGAACGAGCTTTAAAACATCCTGTTCTTTTTCAATTAATGAGAGAAGCGACCGAACTCTGGTGATATCATGGAACTCCGGCTGGTTCAGCATATTGATTTTTCCGCCGAAAAACAATTTTTCAACGTGA > NZ_CP034943/2502107‑2502381 | aatTCATGCGGGTCGGACCGATGATCGCAATTGAGCCGATCTGCTTCTGATCAACGGAATAAGAAGCCGTAATCAGACTGCAGTTTTCCATCTCTTCATAGTCGTTTTCTTTCCCGATTTTAATCGAAATCCCCgtgtgt < 2:3724661/140‑1 (MQ=255) atTCATGCGGGTCGGACCGATGATCGCAATTGAGCCGATCTGCTTCTGATCAACGGAATAAGAAGCCGTAATCAGACTGCAGTTTTCCATCTCTTCATAGTCGTTTTCTTTGCCGATTTTAATCGAAATCCCCGtgggtg > 2:3215626/1‑140 (MQ=255) atTCATGCGGGTCGGACCGATGATCGCAATTGAGCCGATCTGCTTCTGATCAACGGAATAAGAAGCCGTAATCAGACTGCAGTTTTCCATCTCTTCATAGTCGTTTTCTTTGCCGATTTTAATAGAAATCCCCGtgtgtg > 1:4898960/1‑140 (MQ=255) atTCATGCGGGTCGGACCGATGATCGCAATTGAGCCGATCTGCTTCTGATCAACGGAATAAGAAGCCGTAATCAGACTGCAGTTTTCCATCTCTTCATAGTCGTTTTCTTTCCCGATTTTAATCGAAATCCCCGtgtgtg > 2:1630380/1‑140 (MQ=255) atTCATGCGGGTCGGACCGATGATCGCAATTGAGCCGATCTGCTTCTGATCAACGGAATAAGAAGCCGTAATCAGACTGCAGTTTTCCATCTCTTCATAGTCGTTTTCTTTCCCGATTTTAATCGAAATACCCGtgtgtg > 2:1769148/1‑140 (MQ=255) atTCATGCGGGTCGGACCGATGATCGCAATTGAGCCGATCTGCTTCTGATCAACGGAATAAGAAGCCGTAATCAGACTGCAGTTTTCCATCTCTTCATAGTCGTTTTCTTTCCCGAGTTTAATCGAAATACCCGggtgtg > 2:2693515/1‑140 (MQ=255) ttCATGCGGGTCGGACCGATGATCGCAATTGAGCCGATCTGCTTCTGATCAACGGAATAAGAAGCCGTAATCAGACTGCAGTTTTCCATCTCTTCATAGTCGTTTTCTTTCCCGATTTTAAACGAAATCCCCGTGTGTgg > 2:4905767/1‑140 (MQ=255) ttCATGCGGGTCGGACCGATGATCGCAATTGAGCCGATCTGCTTCTGATCAACGGAATAAGAAGCCGTAATCAGACTGCAGTTTTCCATCTCTTCATAGTCGTTTTCTTTACCGATTTTAATCGAAATACCCCTGTGTgg > 1:2838978/1‑140 (MQ=255) ttCATGCGGGTCGGACCGATGATCGCAATTGAGCCGATCTGCTTCTGATCAACGGAATAAGAAGCCGTAATCAGACTGCAGTTTTCCATCTCTTCATAGTCGTTGTCTTTCCCGATGTTAATCGAAATACCCGTGTGTgg > 1:1035199/1‑140 (MQ=255) tCATGCGGGTCGGACCGATGATCGCAATTGAGCCGATCTGCTTCTGATCAACGGAATAAGAAGCCGTAATCAGACTGCAGTTTTCCATCTCTTCATAGTCGTTTTCTTTCCCGATTTTAATCGAAATCCCCGTGTGTggg < 2:3323729/140‑1 (MQ=255) tGCGGGTCGGACCGATTATCGCAATTGAGCCGATCTGCTTCTGATCAACGGAATAAGAAGCCGTAATCAGACTGCAGTTTTACATCTCTTCATAGTCGTTTTATTTACCGATTTTAATCTAAATACCCCTGTGTGGGGAt > 2:3874452/1‑140 (MQ=255) tGCGGGTCGGACCGATGATCGCAATTGAGCCGATCTGCTTCTGATCAACGGAATAAGAAGCCGTAATCAGACTGCAGTTTTCCATCTCTTCATAGTCGTTTTCTTTCCCGATTTTAATCGAAATCCCCGTGTGTGGGGAt > 2:5040070/1‑140 (MQ=255) tGCGGGTCGGACCGATGATCGCAATTGAGCCGATCTGCTTCTGATCAACGGAATAAGAAGCCGTAATCAGACTGCAGTTTTCCATCTCTTCATAGTCGTTTTCTTTCCCGATTTTAATCGAAATCCCCCTGTGTGGGGAt > 2:68793/1‑140 (MQ=255) gCGGGTCGGACCGATGATCGCAATTGAGCCGATCTGCTTCTGATCAACGGCATAAGAAGCCGTAATCAGACTGCAGTTTTCCATCTCTTCATAGTCGTTTTGTTTCCCGATTTTAATCGAAATCCCCGTGGGTGGGGAtt > 1:649574/1‑140 (MQ=255) gTCGGACCGATGCTCGCAATTGAGCCGATCTGCTTCTGATCAACGGAATAAGAAGCCGTAATCAGACTGCAGTTTTCCATCTCTTCATAGTCGTTTTCTTTCCCGATTTTAATCGAAATCCCCGTGTGTGGGGATTGAAc < 1:5117437/140‑1 (MQ=255) gTCGGACCGATGATCGCAATTGAGCCGATCTGCTTCTGATCAACGGAATAAGAAGCCGTAATCAGACTGCAGTTTTCCATCTCTTCATAGTCGTTTTCTTTCCCGATTTTAATCGAAATGCCCGTGTGTGGGTATTGTAc > 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tgatCGCAATTGAGCCGATCTGCTTCTGATCAACGGAATAAGAAGCCGTAATCAGACTGCAGTTTTCCATCTCTTCATAGTCGTTTTGTTTCCCGATTTTAATCGAAATACCCGGGTGTGGGGATTGAACGCGCTTTaaa > 1:102362/1‑140 (MQ=255) tgatCGCAATTGAGCCGATCTGCTTCTGATCAACGGAATAAGAAGCCGTAATCAGACTGCAGTTTTCCATCTCTTCATAGTCGTTTTCTTTCCCGATTTTAATCGAAATCCCCGTGTGTGGGGATTTAACGAGCTTTaaa > 2:2030512/1‑140 (MQ=255) tgatCGCAATTGAGCCGATCTGCTTCTGATCAACGGAATAAGAAGCCGTAATCAGACTGCAGTTTTCCATCTCTTCATAGTCGTTTTCTTTCCCGATTTTAATCGAAATACCCCTGTGTGGGGATTGAACGCGCTTTaaa > 2:4829132/1‑140 (MQ=255) tgatCGCAATTGAGCCGATCTGCTTCTGATCAACGGAATAAGAAGCCGTAATCAGACTGCAGTTTTCCATCTCTTCATAGTCGTTTTATTTGCCGATTTTAATCGAAATACCCGTGTGTGGGGGTTGAAGGAGCTTTaaa > 1:1240152/1‑140 (MQ=255) tgatCGCAATTGAGCCGATCTGCTTCTGATCAACGGAATAAGAAGCCGTAATCAGACTGCAGTTTTCCATCTCTTCATAGTCGTGTTCTTTCCCGATTTTAATCGAAAACCCCGTGTGTGGGGATTGAACGAGCTTTaaa > 1:4665227/1‑140 (MQ=255) cGCAATTGAGCCGATCTGCTTCTGATCAACGGAATAAGAAGCCGTAATCAGACTGCAGTTTTCCATCTCTTCATAGTCGTTTTCTTTCCCGATTTTAATCGAAATCCCCgtgtgt < 1:2763424/115‑1 (MQ=255) cGCAATTGAGCCGATCTGCTTCTGATCAACGGAATAAGAAGCCGTAATCAGACTGCAGTTTTCCATCTCTTCATAGTCGTTTTCTTTCCCGATTTTAATCGAAATCCCCGTGTGTGGGGAATGAACGAGCTTTAAAACAt > 2:2733107/1‑140 (MQ=255) ccGATCTGCTTCTGATCAACGTAATCAGCAGCAGTAATCAGACTGCAGTTTTCCATCTCTTCATAGTCGTTTTCTTTCCCGATTTTAATCGAAATCCCCGTGTGTGGGGATTGAACGAGCTTTAAAACATCCTGTTCttt < 1:3859918/140‑1 (MQ=255) ccGATCTGCTTCTGATCAACGGAATAAGAAGCCGTAATCAGACTGCAGTTTTCCATCTCTTCATAGTCGTTTTGTTTGCCGATTTTAATCGAAATACCCGTGTGTGGGGATTTTACGAGGTTTTAAAAATACTGTTGttt > 1:4267508/1‑140 (MQ=255) ccGATCTGCTTCTGATCAACGGAATAAGAAGCCGTAATCAGACTGCAGTTTTCCATCTCTTCATAGTCGTTTTCTTTCCCGATTTTAATCGAAATCCCCGTGTGTGGGGATTGAACGAGCTTTAAAACATCCTGTTCttt < 2:3344032/140‑1 (MQ=255) gATCTGCTTCTGATCAACGGAATAAGAAGCCGTAATCAGACTGCAGTTTTCCATCTCTTCATAGTCGTTTTCTTTCCCGATTTTAATCGAAATCCCCGTGTGTGGGGATTGAACGAGCTTTAAAACATCCTGTTCttttt < 1:1132757/140‑1 (MQ=255) aTCTGCTTCTGATCAACGGACTAAGAAGCCGTAATCAGACTGCAGTTTTCCATCTCTTCATAGTCGTGTTCTTTGCCGATTTTAATAGAAATCCCCGTGTGTGGGGCTTGTAGGAGCTTTTAAAAATCCTGTTCTTTTTc > 1:4872237/1‑140 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gCTTCTGATCAACGGAATAAGAAGCCGTAATCAGACTTCAGTTTTCCATCTCTTCATAGTCGTTTTCTTTCCCGATTTTAATCGAAATCCCCGTGTGTGGGGATTGAACGAGCTTTAAAACATCCTGTTCTTTTTCAAtt < 1:4340547/140‑1 (MQ=255) gCTTCTGATCAACGGAATAAGAAGCCGTAATCAGACTGCAGTTTTCCATCTCTTCATAGTCGTTTTCTTTCCCGATTTTAATCGAAATCCCCGTGTGTGGGGATTGAACGAGCTTTAAAACATCCTGTTCTTTTTCAAtt < 2:2129017/140‑1 (MQ=255) gCTTCTGATCAACGGAATAAGAAGCCGTAATCAGACTGCAGTTTTCCATCTCTTCATAGTCGTTTTCTTTCCCGATTTTAATCGAAATCCCCGTGTGTGGGGATTGAACGAGCTTTAAAACATCCTGTTCTTTTTCAAtt < 2:1382228/140‑1 (MQ=255) aTCAACGGACTAAGAAGCCGTAATCAGACTGCAGTTTTCCATCTCTTCATAGTCGTTTTCTTTACCGATTTTAATCGAAATACCCGGGTGTGGGGATTGACCGAGCGTTAAAAAATCCGGTTCTTTTTACCATAATgaga > 1:4447101/1‑140 (MQ=255) aTCAACGGACTAAGAAGCCGTAATCAGACTGCAGTTTTCCATCTCTTCATAGTCGTTTTCGTTGCCGATTTTAATCGAAATCCCCGGGGGTGGGGATTGAACGCGCTTTAAAAACGCCTGTTATTTTTCAATTAATgagt > 1:1102063/1‑139 (MQ=255) aTCAACGGAATAAGAAGCCGTAATCAGACTGCAGTTTTCCATCTCTTCATAGTCGTTTTCTTTCCCGCTTTTAATCGAAATACCCGTGTGTGGGGATTGAACGATCTTTAAAACATCCTGTTCTTTTTCAATTAAttgga > 1:1859995/1‑136 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tcCCGATTTTAATCGAAATCCCCGTGTGTGGGGATTGAACGAGCTTTAAAACATCCTGTTCTTTTTCAATTAATGAGAGAAGCGACCGAACTCTGGTGATATCATGGAACTCCGGCTGGTTCAGCATATTGATTTTTccg > 2:3342854/1‑140 (MQ=255) cGATTTTAATCGAAATCCCCGTGTGTGGGGATTGAACGAGCTTTAAAACATCCTGTTCTTTTTCAATTAATGAGAGAAGCGACCGAACTCTGGTGATATCATGGAACTCCGGCTGGTTCAGCATATTGATTTTTccgccg > 2:3176053/1‑140 (MQ=255) ttttAATCGAAATCCCCGTGTGTGGGGATTGAACGAGCTTTAAAACATCCTGTTCTTTTTCAATTAATGAGAGAAGCGACCGAACTCTGGTGATATCATGGAACTCCGGCTGGTTCAGCATATTGATTTTTCCGCCGaaa < 2:248665/140‑1 (MQ=255) cccGTGTGTGGGGATTGAACGAGCTTTAAAACATCCTGTTCTTTTTCAATTCATGAGAGAAGCGACCGAACTCTGGTGATATCATGGAACTCCGGCTGGTTCAGCATATTGATTTTTCCGCCGAAAAACAATTTTTCAAc < 1:2875321/140‑1 (MQ=255) cccGTGTGTGGGGATTGAACGAGCTTTAAAACATCCTGTTCTTTTTCAATTAATGAGAGAAGCGACCGAACTCTGGTGATATCATGGAACTCCGGCTGGTTCAGCATATTGATTTTTCCGCCGAAAAACAATTTTTCAAc < 2:4601167/140‑1 (MQ=255) | AATTCATGCGGGTCGGACCGATGATCGCAATTGAGCCGATCTGCTTCTGATCAACGGAATAAGAAGCCGTAATCAGACTGCAGTTTTCCATCTCTTCATAGTCGTTTTCTTTCCCGATTTTAATCGAAATCCCCGTGTGTGGGGATTGAACGAGCTTTAAAACATCCTGTTCTTTTTCAATTAATGAGAGAAGCGACCGAACTCTGGTGATATCATGGAACTCCGGCTGGTTCAGCATATTGATTTTTCCGCCGAAAAACAATTTTTCAACGTGA > NZ_CP034943/2502107‑2502381 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |