| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NZ_CP034943 | 2,910,843 | 0 | G | C | 6.4% | 515.7 / 3.5 | 213 | intergenic (‑43/‑147) | EO946_RS14985/EO946_RS14990 | MFS transporter/LMBR1 domain‑containing protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (108/82); new base C (2/16); total (110/103) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.62e-04 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 221 total aligned reads displayed.
GATTATGGATATAAATCGTATTCAGCGGCCATAAAAAAGAAGCACCCGTCACATTGATAAACATTCCAATGATTAAAATTTTAAGAGCACGCGGCATACTAATCCCCCTTTCTTCCCTAAAAAAGCTCATGAAAAAAACGAAACCTAAAAACGGCTCCGTACGAATCGAGTTATCATAGCACATTCATTCTATCTCTCTGTCTCACATTTTTCAACTGATGAGCGTGAAAAAATCTAACAAATATTGTTTAAAAAATGTAAAATAAGTAGAAAAAGGGG > NZ_CP034943/2910704‑2910982 | gATTATGGATATAAATCGTATTCAGCGGCCATAAAAAAGAAGCACCCGTCACATTGATAAACATTCCAATGATTAAAATTTTAAGAGCACGCGGCATACTAATCCCCCTTTCTTCCCTAAAAAAGCTCATGAAAAAAACg < 2:5096479/140‑1 (MQ=255) aTTATGGATATAAATCGTATTCAGCGGCCATAAAAAAGAAGCACCCGTCACATTGATAAACATTCCAATGATTAAAATTTTAAGAGCACGCGGCATACTAATCCCCCTTTCTTCCCTAAAAAAGCTCATGAAAAAAACGa < 1:3491489/140‑1 (MQ=255) aTTATGGATATAAATAGTATTCAGCGGCCATAAAAAAGAAGCACCCGTCACATTGATAAACATTCCAATTATTAAAATTTTAAGAGCACGCGGCATACTAATCCCCCTTTCTTCCCTAAAAAAGCTCATGAAAAAAACGa < 2:1035979/140‑1 (MQ=255) tATGGATATAAATCGTATTCAGCGGCCATAAAAAAGAAGCACCCGTCACATTGATAAACAGTCCAATGATTAAAATTTTATGAGCACGCGGCATACTAATCCCCCTTTCGTCCGTAAAAAAGCTCATGAAACAAACGaac > 1:959/1‑139 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |