Predicted mutation | |||||||
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RA | NZ_CP034943 | 3,496,440 | G→T | 6.6% | Q330K (CAA→AAA) | EO946_RS17995 ← | glucosaminidase domain‑containing protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | NZ_CP034943 | 3,496,440 | 0 | G | T | 6.6% | 872.4 / 5.8 | 318 | Q330K (CAA→AAA) | EO946_RS17995 | glucosaminidase domain‑containing protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (63/221); new base T (32/2); total (95/223) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.59e-17 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 325 total aligned reads displayed.
TGCGGCTTTGTTTGCTTGCTGCTCGCCTAAAATCTGCGCCGTCGTTATTGGATAGGCTGTAGACATGGTCGTTTTTTTGATGCTGGATGACGTGTAA‑TGCCATTTTTTCTTTTTAAAGAAAGTGTCTATCTTTTGCAGCTGCTGTTTCGTTAACCCCTTCATATTCACTGTATATGATGTGCTTTTGTCAACCTGTTGATAACTGCCTGATACGCCGGTGCTTTTCTTGATTTGGCTGATGGCGTCCTTCACTGTATTCAGCCCTTTGAAATAA > NZ_CP034943/3496306‑3496579 | tGCGGCTTTGTTTGCTTGCTGCTCGCCTAAAATCTGCGCCGGCGTTATTGGATAGGCTGTAGACATGGTCGTTTTTTTGTTGGTGGTTGACGGGTAA‑TGGGCTTTTTTGTTTTTAAATCAATTGTGTATGTTTTGGAgcg > 1:2910185/1‑139 (MQ=255) cGGCTTTGTTTGCTTGCTGCTCGCCTAAAATCTGCGCCGTCGTTATTGGATAGGCTGTAGACATGGTCGTTTTTTTTATTCTGGATTACGTGTAA‑TTCCATTTTTTATTTTTAAAGTAATTGTGTATCTTTTTCAgctgg > 2:3945319/1‑139 (MQ=255) gCTTTGTTTGCTTGCTGCTCGCCTAAAATCTGCGCCGTCGTTATTGGATAGGCTGTAGACATGGTCGTTTTTTTGATGCTGGATGACGTGTAA‑TGCCATTTTTTCTTTTTAAAGAAAGTGTCTATCTTTTGCAGctgctg < 1:3034310/140‑1 (MQ=255) tttgtttgCTTGCTGCTCGCCTAAAATCTGCGCCGTCGTTATTGGATAGGCTGTAGACATGGTCGTTTTTTTGATGCTGGATGACGTGTAA‑TGCCATTTTTTCTTTTTAAAGAAAGTGTCTATCTTTTGCAGCTGCTGtt < 1:2270582/140‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) ttttAAAGAAAGTGTCTATCTTTTGCAGCTGCTGTTTCGTTAACCCCTTCATATTCACTGTATATGATGTGCTTTTGTCAACCTGTTGATAACTGCCTGATACGCCGGTGCTTTTCTTGATTTGGCTGATGGCGTCCTTc > 1:4108407/1‑140 (MQ=255) tttAAAGAAAGTGTCTATCTTTTGCAGCTGCTGTTTCGTTAACCCCTTCATATTCACTGTATATGATGTGCTTTTGTCAACCTGTTGATAACTGCCTGATACGCCGGTGCTTTTCTTGATTTGGCTGATGGCGTCCTTCa < 1:630256/140‑1 (MQ=255) tttAAAGAAAGTGTCTATCTTTTGCAGCTGCTGTTTCGTTAACCCCTTCATATTCACTGTATATGATGTGCTTTTGTCAACCTGTTGATAACTGCCTGATACGCCGGTGCTTTTCTTGATTTGGCTGATGGCGTCCTTCa < 2:1831207/140‑1 (MQ=255) tttAAAGAAAGTGTCTATCTTTTGCAGCTGCTGTTTCGTTAACCCCTTCATATTCACTGTATATGATGTGCTTTTGTCAACCTGTTGATAACTGCCTGATACGCCGGTGCTTTTCTTGATTTGGCTGATGGCGTCCTTCa < 1:4236200/140‑1 (MQ=255) tttAAAGAAAGTGTCTATCTTTTGCAGCTGCTGTTTCGTTAACCCCTTCATATTCACTGTATATGATGTGCTTTTGTCAACCTGTTGATAACTGCCTGATACGCCGGTGCTTTTCTTGATTTGGCTGATGGCGTCCTTCa < 2:2454388/140‑1 (MQ=255) ttAAAGAAAGTGTCTATCTTTTGCAGCTGCTGTTTCGTTAACCCCTTCATATTCACTGTATATGATGTGCTTTTGTCAACCTGTTGATAACTGCCTGATACGCCGGTGCTTTTCTTGATTTGGCTGATGGCGTCCTTCAc < 2:4129849/140‑1 (MQ=255) ttAAAGAAAGTGTCTATCTTTTGCAGCTGCTGTTTCGTTAACCCCTTCATATTCACTGTATATGATGTGCTTTTGTCAACCTGTTGATAACTGCCTGATACGCCGGTGCTTTTCTTGATTTGGCTGATGGCGTCCTTCAc < 2:1254191/140‑1 (MQ=255) tAAAGAAAGTGTCTATCTTTTGCAGCTGCTGTTTCGTTAACCCCTTCATATTCACTGTATATGATGTGCTTTTGTCAACCTGTTGATAACTGCCTGATACGCCGGTGCTTTTCTTGATTTGGCTGATGGCGTCCTTCACt < 2:2809513/140‑1 (MQ=255) cTATCTTTTGCAGCTGCTGTTTCGTTAACCCCTTCATATTCACTGTATATGATGTGCTTTTGTCAACCTGTTGATAACTGCCTGATACGCCGGTGCTTTTCTTGATTTGGCTGATGGCGTCCTTCACTGTATTCAGCCCt < 1:2634896/140‑1 (MQ=255) cTATCTTTTGCAGCTGCTGTTTCGTTAACCCCTTCATATTCACTGTATATGATGTGCTTTTGTCAACCTGTTGATAACTGCCTGATACGCCGGTGCTTTTCTTGATTTGGCTGATGGCGTCCTTCACTGTATTCAGCCCt < 1:5086746/140‑1 (MQ=255) cTATCTTTTGCAGCTGCTGTTTCGTTAACCCCTTCATATTCACTGTATATGATGTGCTTTTGTCAACCTGTTGATAACTGCCTGATACGCCGGTGCTTTTCTTGATTTGGCTGATGGCGTCCTTCACTGTATTCAGCCCt < 1:4903243/140‑1 (MQ=255) ttGCAGCTGCTGTTTCGTTAACCCCTTCATATTCACTGTATATGATGTGCTTTTGTCAACCTGTTGATAACTGCCTGATACGCCGGTGCTTTTCTTGATTTGGCTGATGGCGTCCTTCACTGTATTCAGCCCTTTGAAAt > 1:2521589/1‑140 (MQ=255) gCAGCTGGTGTTTCGTTAACCGCTTCATATTCACTGTATATGATGTGCTTTTGTCAACCTGTTGATAAGTGCCTGATACGCCGGTGCTTTTCTTGATTTGGCTGATGGCGTCCTTCACTGTATTCAGCCCTTTGAAATaa < 1:191150/140‑1 (MQ=255) | TGCGGCTTTGTTTGCTTGCTGCTCGCCTAAAATCTGCGCCGTCGTTATTGGATAGGCTGTAGACATGGTCGTTTTTTTGATGCTGGATGACGTGTAA‑TGCCATTTTTTCTTTTTAAAGAAAGTGTCTATCTTTTGCAGCTGCTGTTTCGTTAACCCCTTCATATTCACTGTATATGATGTGCTTTTGTCAACCTGTTGATAACTGCCTGATACGCCGGTGCTTTTCTTGATTTGGCTGATGGCGTCCTTCACTGTATTCAGCCCTTTGAAATAA > NZ_CP034943/3496306‑3496579 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |