| Predicted mutation | |||||||
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| RA | NZ_CP034943 | 3,769,576 | T→G | 7.6% | I281S (ATT→AGT) | sacX → | SacY negative regulator SacX |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | NZ_CP034943 | 3,769,576 | 0 | T | G | 7.6% | 867.8 / 14.2 | 341 | I281S (ATT→AGT) | sacX | SacY negative regulator SacX |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (85/216); new base G (37/3); total (122/219) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.96e-15 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 346 total aligned reads displayed.
AAGCTATTAAAATCAATTGTGCCGAAGTCGCTTGATGTCGTCATCATTCCTTTTATTACGGTCATGGTGACAGGGTGCCTCGCGCTGATTGTGATGAATCCCGCCGCATCTATCATCGGCCAAATTATGACACAGTCGATTGTCTATATTTATGATCACGCCGGCATTGTTGCCGGAGCCCTGTTCGGCGGCATCTACTCCACCATCGTTCTATCCGGCTTGCATCATAGCTTTTATGCGATTGAAGCAACGCTGCTTGCTGATCCGCGTGTCGGC > NZ_CP034943/3769437‑3769712 | aaGCTATTAAAATCAATTGTGCCGAAGTCGCTTGATGTCGTCATCATTCGTTTTATTACGGTCATGGTGACAGGGTGCCTCGCGCTGATTGTGATGAATCCCGCCGCATCTATCATCGGCCAAATTATGACACAGTCGAt > 1:2082119/1‑140 (MQ=255)aaGCTATTAAAATCAATTGTGCCGAAGTCGCTTGATGTCGTCATCATTCCTTTTATTACGGTCATGGTGACAGGGTGCCTCGCGCTGATTGTGATGAATCCCGCCGCATCTATCATCGGCCAAATTATGACACAGTCGAt > 2:3661004/1‑140 (MQ=255) cTATTAAAATCAATTGTGCCGAAGTCGCTTGATGTCGTCATCATTCCTTTTATTACGGTCATGGTGACAGGGTGCCTCGCGCTGATTGTGATGAATCCCGCCGCATCTATCATCGGCCAAATTATGACACAGTCGATTGt < 2:5051348/140‑1 (MQ=255) tATTAAAATCAATTGTGCCGAAGTCGCTTGATGTCGTCATCATTCCTTTTATTACGGTCATGGTGACAGGGTGCCTCGCGCTGATTGTGATGAATCCCGCCGCATCTATCATCGGCCAAATTATGACACAGTCGATTGTc < 2:2514641/140‑1 (MQ=255) 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acaGTCGATTGTCTATATTTATGATCACGCCGGCATTGTTGCCGGAGCCCTGTTCGGCGGCATCTACTCCACCATCGTTCTATCCGGCTTGCATCATAGCTTTTATGCGATTGAAGCAACGCTGCTTGCTGATCCGCgtg < 1:1954480/140‑1 (MQ=255) acaGTCGATTGTCTATATTTATGATCACGCCGGCATTGTTGCCGGAGCCCTGTTCGGCGGCATCTACTCCACCATCGTTCTATCCGGCTTGCATCATAGCTTTTATGCGATTGAAGCAACGCTGCTTGCTGATCCGCgtg < 1:1105601/140‑1 (MQ=255) caGTCGATTGTCTATATTTATGATCACGCCGGCATTGTTGCCGGAGCCCTGTTCGGCGGCATCTACTCCACCATCGTTCTATCCGGCTTGCATCATAGCTTTTATGCGATTGAAGCAACgct < 1:186738/122‑1 (MQ=255) caGTCGATTGTCTATATTTATGATCACGCCGGCATTGTTGCCGGAGCCCTGTTCGGCGGCATCTACTCCACCATCGTTCTATCCGGCTTGCATCATAGCTTTTATGCGATTGAAGCAACgct > 2:186738/1‑122 (MQ=255) aGTCGATTGTCTATATTTATGATCACGCCGGCATTGTTGCCGGAGCCCTGTTCGGCGGCATCTACTCCACCATCGTTCTATCCGGCTTGCATCATAGCTTTTAt < 2:4241917/104‑1 (MQ=255) aGTCGATTGTCTATATTTATGATCACGCCGGCATTGTTGCCGGAGCCCTGTTCGGCGGCATCTACTCCACCATCGTTCTATCCGGCTTGCATCATAGCTTTTAt > 1:4241917/1‑104 (MQ=255) aGTCGATTGTCTATATTTATGATCACGCCGGCATTGTTGCCGGAGCCCTGTTCGGCGGCATCTACTCCACCATCGGTCTATCCGGCTTTCATCATAGCTTTTATGCGATTGTAGCAACCCTGCTTGCTGATCCGCGTGTc > 1:3591290/1‑140 (MQ=255) tCGATTGTCTATATTTATGATCACGCCGGCATTGTTTCCGGAGCCCTGTTCGGCGGCATCTACTCCAACATCGTTGTATACGGCTTTCATCATAGCTTTTTTTCGATTGAAGCAACCCTGCGTGCTGATCCGCGTGTAgg > 1:4012811/1‑140 (MQ=255) | AAGCTATTAAAATCAATTGTGCCGAAGTCGCTTGATGTCGTCATCATTCCTTTTATTACGGTCATGGTGACAGGGTGCCTCGCGCTGATTGTGATGAATCCCGCCGCATCTATCATCGGCCAAATTATGACACAGTCGATTGTCTATATTTATGATCACGCCGGCATTGTTGCCGGAGCCCTGTTCGGCGGCATCTACTCCACCATCGTTCTATCCGGCTTGCATCATAGCTTTTATGCGATTGAAGCAACGCTGCTTGCTGATCCGCGTGTCGGC > NZ_CP034943/3769437‑3769712 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |