| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NZ_CP034943 | 2,982,236 | T→C | 41.7% | noncoding (284/1550 nt) | EO946_RS15435 ← | 16S ribosomal RNA |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NZ_CP034943 | 2,982,236 | 0 | T | C | 41.7% | ‑6.3 / 10.3 | 12 | noncoding (284/1550 nt) | EO946_RS15435 | 16S ribosomal RNA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (2/5); new base C (2/3); total (4/8) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
ACTCACGCGGCGTTGCTCCGTCAGACTTTCGTCCATTGCGGAAGATTCCCTACTGCTGCCTCCCGTAGGAGTCTGGGCCGTGTCTCAGTCCCAGTGTGGCCGATCACCCTCTCAGGTCGGCTACGCATCGTTGCCTTGGTGAGCCATTACCTCACCAACTAGCTAATGCGCCGCGGGTCCATCTGTAAGTGGTAGCCGAAGCCACCTTTTATGTTTGAACCATGCGGTTCAAACAAGC > NZ_CP034943/2982105‑2982342 | acgcacGCGGCGTTGCTCCGTCAGACTTTCGTCCATTGCGGAAGATTCCCTACTGCTGCCTCCCGTAGGAGTCTGGGCCGTGTCTCAGTCCCAGTGTGGCCGATCACCCTCTCAGGTCGGCTACGCATCGTTGCCTTGGt < 2:1633604/137‑1 (MQ=1) ggccgAAGAGTCCCTCCGGCGGCCTCCCGTCGGAGTCTGGGCCGAGTCTCAGACCCAGTGTGGCCGCTCACCCGCTCAGGTCGGCTACGCAGCGTTGCCGTGGGGCGCCATTACCTCACCAACTAGCGAATGCGCCGCgg < 1:3016949/136‑1 (MQ=1) cgtaaGATTCCCTACTGCTGCCTCCCGTAGGAGTATGGGCCGTGTCTCAGTCCCAGTGTGGCCTATCACCCTCTCAGGTAGGCTACGCATCGTCGCCTTGGTGAGACATTACCTCACCAACTAGCTAATGCGCCGCGGGt < 2:1976516/137‑1 (MQ=1) gacgATGCCCGACTGCGGCCTCCCGGAGGAGTCTGGGCCGGGGCTCCGTCCCAGTGGGGCCGATCACCCGCCCAGGTCGGCTACGCCTCGTCGCCTGGGTGAGCCATGACCTCACCAACTAGCTAATGCGCCGCGGGTcc < 2:2210462/137‑1 (MQ=1) gaatagtCCCTAGTGCTGCCTCCCGTATGAGTCTGGGCCGTGTCTCACTCCCAGTGTGGCCGATCACCCTCTCAGGTCGGCTACGCATCGTTGCCTTGGTGAGCCATTACCTCACCAACTAGCTAATGCGCCGCGGGTcc < 2:2190405/134‑1 (MQ=1) gaatagtCCCTACTGCTGCCTCCCGTAGGAGTCTGGGCCGTGTCTCAGTCCCAGTGTGGCCGATCACCCTCTCAGGTCGGCTACGCATCGTTGCCTTGGTGAGCGATTACCTCACCAACTAGCTAATGCGCCGCGGGTcc < 2:1836109/134‑1 (MQ=0) gaatagtCCCTACTGCTGCCTCCCGTAGGAGTCTGGGCCGTGTCTCAGTCCCAGTGTGGCCGATCACCATCTCAGGTCGGCTACGCATCGTTGCCTTGGTGAGCCATTACCTCACCAACTAGCTAATGCGCCGCGGGTcc < 2:3845076/134‑1 (MQ=0) aataTTCCCTACTGCTGCCTCCCGTAGGAGTCTGGGCCGTGTCTCAGTCCCAGTGTGGCCGATCACCCTCTCAGGTCGGCTACGCATCGTTGCCTTGGTGAGCCATTACCTCACCAACTAGCTAATGCGCCGCGGGTCCa > 2:402476/4‑140 (MQ=1) aataTTCCCTACTGCTGCCTCCCGTAGGAGTCTGGGCCGTGTCTCAGTCCCAGTGTGGCCGATCACCCTCTCAGGTCGGCTACGCATCGTTGCCTTGGTGAGCCATTACCTCACCAACTAGCTAATGCGCCGCGGGTCCa > 2:626838/4‑140 (MQ=1) agcttCCCTACTGCTGCCTCCCGGAGGAGTCTGGGCCGTGTCTCAGACCCAGTGGGGCCGATCACCCTCTCAGGGCGGCTACGCATCGGCGCCTGGCTGAGCCATTACCTCACCAACTAGCTAATGCGCCGCGGGTCCAt < 2:2522222/137‑1 (MQ=1) tggctcAGTCCCAGTGTGGCCGATCACCCTCTCAGGTCGGCTACGCATCGTCGCCTTGGTGAGCCATTACCTCACCAACTAGCTAATGCGCCGCGGGTCCATCGGTAAGTGGTAGCCGAAGCCACCTTTTATGTTTGAAc > 1:852666/4‑140 (MQ=0) gcagATCACCCTCTCAGGTCGGCTACGCATCGTCGCCTTGGTGATCCATTACCTCACCAACTAGCTAATGCGCCCCTGGTCCATCTGTAAGTGGTAGCAGAAGCCACCTTTTATGTTTGAACCATGCGGTTCAAACAAGc > 1:367926/4‑140 (MQ=1) | ACTCACGCGGCGTTGCTCCGTCAGACTTTCGTCCATTGCGGAAGATTCCCTACTGCTGCCTCCCGTAGGAGTCTGGGCCGTGTCTCAGTCCCAGTGTGGCCGATCACCCTCTCAGGTCGGCTACGCATCGTTGCCTTGGTGAGCCATTACCTCACCAACTAGCTAATGCGCCGCGGGTCCATCTGTAAGTGGTAGCCGAAGCCACCTTTTATGTTTGAACCATGCGGTTCAAACAAGC > NZ_CP034943/2982105‑2982342 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |