| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NZ_CP034943 | 2,502,254 | G→T | 9.3% | Q270K (CAA→AAA) | hrcA ← | heat‑inducible transcriptional repressor HrcA |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NZ_CP034943 | 2,502,254 | 0 | G | T | 9.3% | 472.9 / 5.0 | 214 | Q270K (CAA→AAA) | hrcA | heat‑inducible transcriptional repressor HrcA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (89/96); new base T (26/3); total (115/99) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.53e-05 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 219 total aligned reads displayed.
GGTCGGACCGATGATCGCAATTGAGCCGATCTGCTTCTGATCAACGGAATAAGAAGCCGTAATCAGACTGCAGTTTTCCATCTCTTCATAGTCGTTTTCTTTCCCGATTTTAATCGAAATCCCCGTGTGTGGGGATTGAACGAGCTTTAAAACATCCTGTTCTTTTTCAATTAATGAGAGAAGCGACCGAACTCTGGTGATATCATGGAACTCCGGCTGGTTCAGCATATTGATTTTTCCGCCGAAAAACAATTTTTCAACGTGATTTGTGGAATGA > NZ_CP034943/2502117‑2502393 | tgTCTGACCGATGATCGCAATTGAGCCGATCTGCTTCTGATAAACGGAATAAGAAGCCGTAATCAGACTGCAGTTTTCCATCTATTCATAGTCGTTTTCTTTCCCGATTTTAATCGAAATCCCCGTGTGTGGGGATTGaa < 2:3536596/139‑1 (MQ=255)ggTCGGACCGATGATCGCAATTGAGCCGATCTGCTTCTGATCAACGGAATAAGAAGCCGTAATCAGACTGCAGTTTTCCATCTCTTCATAGTCGTTTTCTTTCCCGATTTTAATCGAAATCCCCGTGTGTGGGGATTGaa < 2:3530182/140‑1 (MQ=255) tCGGACCGATGATCGCAATTGAGCCGATCTGCTTCTGATCAACGGAATAAGAAGCCGTAATCAGACTGCAGTTTTCCATCTCTTCATAGTCGTTTTCTTTCCCGATTTTAATCGAAATCCCCGTGTGTGGGGATTGAACg < 2:4750297/140‑1 (MQ=255) tCGGACCGATGATCGCAATTGAGCCGATCTGCTTCTGATCAACGGAATAAGAAGCCGTAATCAGACTGCAGTTTTCCATCTCTTCATAGTCGTTTTCTTTCCCGATTTTAATCGAAATCCCCGTGTGTGGGGATTGAACg < 2:266675/140‑1 (MQ=255) tCGGACCGATGATCGCAATTGAGCCGATCTGCTTCTGATCAACGGAATAAGAAGCCGTAATCAGACTGCAGTTTTCCATCTCTTCATAGTCGTTTTCTTTCCCGATTTTAATCGAAATCCCCGTGTGTGGGGATTGAACg > 2:1854033/1‑140 (MQ=255) tCGGACCGATGATCGCAATTGAGCCGATCTGCTTCTGATCAACGGAATAAGAAGCCGTAATCAGACTGCAGTTTTCCATCTCTTCATAGTCGTTTTCTTTCCCGATTTTAATCGAAATCCCCGTGTGTGGGGATTGAACg < 2:3804182/140‑1 (MQ=255) ggACCGATGATCTCAATTGAGCCGATCTGCTTCTGATCAACTGAATAAGAAGCCGTAATCAGACTGCAGTTTTCCATCTCTTCATAGTCGTTTTCTTTCCCGATTTTAATCGAAATCCCCGTGTGTGGGGATTGAACGAg < 1:3392092/140‑1 (MQ=255) aCCGATGATCGCATTTGAGCCGATCTGCTTCTGATCAACGGAATAAGAAGCCGTAATCAGACTGCAGTTTTCCATCTCTTCATAGTCGTTTTGTTTCCCGATTTTAATCGAAATCCCCGTGTGTGGGGATTGAACGAGCt < 2:2996628/140‑1 (MQ=255) aCCGATGATCGCAATTGAGCCGATCTGCTTCTGATCAACGGAATAAGAAGCCGTAATCAGACTGCAGTTTTCCATCTCTTCATAGTCGTTTTCTTTCCCGATTTTAATCGAAATCCCCGTGTGTGGGGATTGAACGAGCt < 2:745941/140‑1 (MQ=255) aCCGATGATCGCAATTGAGCCGATCTGCTTCTGATCAACGGAATAAGAAGCCGTAATCAGACTGCAGTTGTCCATCTCTTCATAGTCGTTTTCTTTCCCGATTTTAATCGAAATCCCCGTGTGTGGGGATTGAACGAGCt < 2:2569218/140‑1 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ttAATCGAAATCCCCGTGTGTGGGGATTGAACGAGCTTTAAAACATCCTGTTCTTTTTCAATTAATGAGAGAAGCGACCGAACTCTGGTGATATCATGGAACTCCGGCTGGTTCAGCATATTGATTTTTCCGCCGaaaaa < 2:3631918/140‑1 (MQ=255) aaTCCCCGTGTGTGGGGATTGAACGAGCTTTAAAACATCCTGTTCTTTTTCAATTAATGAGAGAAGCGACCGAACTCTGGTGATATCATGGAACTCCGGCTGGTTCAGCATATTGATTTTTCCGCCGAAAAACAAttttt > 2:1292961/1‑140 (MQ=255) aaTCCCCGTGTGTGGGGATTGAACGAGCTTTAAAACATCCTGTTCTTTTTCAATTAATGAGAGAAGCGACCGAACTCTGGTGATATCATGGAACTCCGGCTGGTTCAGCATATTGATTTTTCCGCCGAAAAACAAttttt > 2:5457885/1‑140 (MQ=255) aaTCCCCGTGTGTGGGGATTGAACGAGCTTTAAAACATCCTGTTCTTTTTCAATTAATGAGAGAAGCGACCGAACTCTGGTGATATCATGGAACTCCGGCTGGTTCAGCATATTGATTTTTCCGCCGAAAAACAAttttt > 2:2516909/1‑140 (MQ=255) tgtgtgGGGATTGAACGAGCTTTAAAACATCCTGTTCTTTTTCAATTAATGAGAGAAGCGACCGAACTCTGGTGATATCATGGAACTCCGGCTGGTTCAGCATATTGATTTTTCCGCCGAAAAACAATTTTTCAACGTGa > 2:4947438/1‑140 (MQ=255) tgtgtgGGGATTGAACGAGCTTTAAAACATCCTGTTCTTTTTCAATTAATGAGAGAAGCGACCGAACTCTGGTGATATCATGGAACTCCGGCTGGTTCAGCATATTGATTTTTCCGCCGAAAAACAATTTTTCAACGTGa > 1:2677531/1‑140 (MQ=255) gggATTGAACGAGCTTTAAAACATCCTGTTCTTTTTCAATTAATGAGAGAAGCGACCGAACTCTGGTGATATCATGGAACTCAGGCTGGTTCAGCATATTGATTTTTCCGCCGAAAAACAATTTTTCAACGTGATTtgtg > 2:666713/1‑140 (MQ=255) gATTGCACGAGCATTAAAACATCCTGTTCATTTACAATTCAGGACAGAAGCGACCGAACTCTGGTGATATCAGGGAACTCCGGCTGGTTCAGCATATTGATTTTTCCGCCGAAAAACAATTTTTCAACGTGATTTGTGGa < 1:756682/140‑1 (MQ=255) tGAACGAGCTTTAAAACATCCTGTTCTTTTTCAATTAATGAGAGAAGCGACCGAACTCTGGTGATATCATGGAACTCCGGCTGGTTCAGCATATTGATTTTTCCGCCGAAAAACAATTTTTCAACGTGATTTGTGGAATg > 2:1556430/1‑140 (MQ=255) gAACGAGCTTTAAAACATCCTGTTCTTTTTCAATTAATGAGAGAAGCGACCGAACTCTGGTGATATCATGGAACTCCGGCTGGTTCAGCATATTGATTTTTCCGCCGAAAAACAATTTTTCAACGTGATTTGTGGAATGa > 2:3420147/1‑140 (MQ=255) gAACGAGCTTTAAAACATCCTGTTCTTTTTCAATTAATGAGAGAAGCGACCGAACTCTGGTGATATCATGGAACTCCGGCTGGTTCAGCATATTGATTTTTCCGCCGAAAAACAATTTTTCAACGTGATTTGTGGAATGa > 1:1523086/1‑140 (MQ=255) | GGTCGGACCGATGATCGCAATTGAGCCGATCTGCTTCTGATCAACGGAATAAGAAGCCGTAATCAGACTGCAGTTTTCCATCTCTTCATAGTCGTTTTCTTTCCCGATTTTAATCGAAATCCCCGTGTGTGGGGATTGAACGAGCTTTAAAACATCCTGTTCTTTTTCAATTAATGAGAGAAGCGACCGAACTCTGGTGATATCATGGAACTCCGGCTGGTTCAGCATATTGATTTTTCCGCCGAAAAACAATTTTTCAACGTGATTTGTGGAATGA > NZ_CP034943/2502117‑2502393 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |