| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NZ_CP034943 | 3,769,576 | T→G | 8.7% | I281S (ATT→AGT) | sacX → | SacY negative regulator SacX |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NZ_CP034943 | 3,769,576 | 0 | T | G | 8.7% | 1184.2 / 22.7 | 459 | I281S (ATT→AGT) | sacX | SacY negative regulator SacX |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (126/274); new base G (56/3); total (182/277) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.64e-22 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 471 total aligned reads displayed.
AAGCTATTAAAATCAATTGTGCCGAAGTCGCTTGATGTCGTCATCATTCCTTTTATTACGGTCATGGTGACAGGGTGCCTCGCGCTGATTGTGATGAATCCCGCCGCATCTATCATCGGCCAAATTATGACACAGTCGATTGTCTATATTTATGATCACGCCGGCATTGTTGCCGGAGCCCTGTTCGGCGGCATCTACTCCACCATCGTTCTATCCGGCTTGCATCATAGCTTTTATGCGATTGAAGCAACGCTGCTTGCTGATCCGCGTGTCGGCGT > NZ_CP034943/3769437‑3769714 | aaGCTATTAAAATCAATTGTGCCGAAGTCGCTTGATGTCGTCATCATTCCTTTTATTACGGTCATGGTGACAGGGTGCCTCGCGCTGATTGTGATGAATCCCGCCGCATCTATCATCGGCCAAATTATGACACAGTCGAt < 1:596472/140‑1 (MQ=255) aGCTATTAAAATCAATTGTGCCGAAGTCGCTTGATGTCGTCATCATTCCTTTTATTACGGTCATGGTGACAGGGTGCCTCGCGCTGATTGTGATTAATCCCGCCGCATCTATCATCGGCCAAATTATGACACAGTCGAtt < 2:2095199/140‑1 (MQ=255) cTATTAAAATCAATTGTGCCGAAGTCGCTTGATGTCGTCATCATTCCTTTTATTACGGTCATGGTGACAGGGTGCCTCGCGCTGATTGTGATGAATCCCGCCGCATCTATCATCGGCCAAATTATGACACAGTCGATTGt < 2:189326/140‑1 (MQ=255) cTATTAAAATCAATTGTGCCGAAGTCGCTTGATGTCGTCATCATTCCTTTTATGACGGTCATGGTGACAGGGTGCCTCGCGCTGATTGTGATGAATCCCGCCGCATCTATCATCGGCCAAATTATGACACAGTCGATTGt < 1:3006944/140‑1 (MQ=255) aTTAAAATCAATTGTGCCGAAGTCGCTTGATGTCGTCATCATTCCTTTTATTACGGTCATGGTGACAGGGTGCCTCGCGCTGATTGTGATGAATCCCGCCGCATCTATCATCGGCCAAATTATGACACAGTCGATTGTcg > 2:5799049/1‑139 (MQ=255) ttAAAATCAATTGTGCCGAAGTCGCTTGATGTCGTCATCATTCCTTTTATTACGGTCATGGTGACAGGGTGCCTCGCGCTGATTGTGATGAATCCCGCCGCATCTATCATCGGCCAAATGATGACACAGTCGATTGTCta < 1:805674/140‑1 (MQ=255) ttGTGCCGAAGTCGCTTGATGTCGTCATCATTCCTTTTATTACGGTCATGGTGCCAGGGTGCCTCGCGCTGATTGTGATGACTCCCGCCGCATCTATCATCGGCCAAATTATGACACAGTCGATTGTCTATATTTATGAt < 1:132585/140‑1 (MQ=255) ttGTGCCGAAGTCGCTTGATGTCGTCATCATTCCTTTTATTACGGTCATGGTGACAGGGTGCCTCGCGCTGATTGTGATGAATCCCGCCGCATCTATCATCGGCCAAATTATGACACAGTCGATTGTCTATATTTATGAt < 1:4379815/140‑1 (MQ=255) ttGTGCCGAAGTCGCTTGATGTCGTCATCATTCCTTTTATTACGGTCATGGTGACAGGGTGCCTCGCGCTGATTGTGATGAATCCCGCCGCATCTATCATCGGCCAAATTATGACACAGTCGATTGTCTAGATTtattat > 1:2643933/1‑140 (MQ=255) ccGAAGTCGCTTGATGTCGTCATCATTCCTTTTATTACGGTCATGGTGACAGGGTGCCTCGCGCTGATTGTGATGAATCCCGCCGCATCTATCATCGGCCAAATTATGACACAGTCGAtt > 1:4818707/1‑120 (MQ=255) ccGAAGTCGCTTGATGTCGTCATCATTCCTTTTATTACGGTCATGGTGACAGGGTGCCTCGCGCTGATTGTGATGAATCCCGCCGCATCTATCATCGGCCAAATTATGACACAGTCGATTGTCTATATTTATGATCACGc < 2:5329981/140‑1 (MQ=255) cGAAGTCGCTTGATGTCGTCATCATTCCTTTTATTACGGTCATGGTGACAGGGTGCCTCGCGCTGATTGTGATGAATCCCGCCGCATCTATCATCGGCCAAATTATGACACAGTCGATTGTCTATATTTATGATCACGcc < 2:4035390/140‑1 (MQ=255) aaGTCGCTTGATGTCGTCATCATTCCTTTTATTACGGTCATGGTGACAGGGTGCCTCGCGCTGATTGTGATGAATCCCGCCGCATCTATCATCGGCCAAATTATGACACAGTCGAtt < 2:3281267/117‑1 (MQ=255) tCGCTTGATGTCGTCATCATTCCTTTTATTACGGTCATGGTGACAGGGTGCCTCGCGCTGATTGTGATGAATCCCGCCGCATCTATCATCGGCCAAATTATGACACAGTCGATTGTCTATATTTATGATCACGCCGGCAt < 2:539165/140‑1 (MQ=255) tCGCTTGATGTCGTCATCATTCCTTTTATTACGGTCATGGTGACAGGGTGCCTCGCGCTGATTGTGATGAATCCCGCCGCATCTATCATCGGCCAAATTATGACACAGTCGATTGTCTATATTTATGATCACGCCGGCAt < 2:3081911/140‑1 (MQ=255) cTTGATGTCGTCATCATTCCTTTTATTACGGTCATGGTGACAGGGTGCCTCGCGCTGATTGTGATGAATCCCGCCGCATCTATCATCGGCCAAATTATGACACAGTCGATTGTCTATATTTATGATCACGCCGGCAttgt < 1:95982/140‑1 (MQ=255) 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ttattaCGGTCATGGTGACAGGGTGCCTCGCGCTGATTGTGATGAATCCCGCCGCATCTATCATCGGCCAAATTATGACACAGTCGATTGTCTATATTTATGATCACGCCGGCATTGTTGCCGGAGCCCTGTTCggcggc < 1:1030773/140‑1 (MQ=255) ttattaCGGTCATGGTGACAGGGTGCCTCGCGCTGATTGTGATGAATCCCGCCGCATCTATCATCGGCCAAATTATGACACAGTCGATTGTCTATATTTATGATCACGCCGGCATTGTTGCCGGAGCCCTGTTCggcggc < 2:4220848/140‑1 (MQ=255) ttattaCGGTCATGGTGACAGGGTGCCTCGCGCTGATTGTGATGAATCCCGCCGCATCTATCATCGGCCAAATTATGACACAGTCGATTGTCTATATTTATGATCACGCCGGCATTGTTGCCGGAGCCCTGTTCggcggc < 1:2535893/140‑1 (MQ=255) attaCGGTCATGGTGACAGGGTGCCTCGCGCTGATTGTGATGAATCCCGCCGCATCTATCATCGGCCAAATTATGACACAGTCGATTGTCTATATTTATGATCACGCCGGCATTGTTGCCGGAGCCCTGTTCGGCGGCAt < 1:3568925/140‑1 (MQ=255) ttaCGGTCATGGTGACAGGGTGCCTCGCGCTGATTGTGATGCATCCCGCCGCATCTATCATCGGCCAAATTATGACACAGTCGATTGTCTATATTTATGATCACGACGGCATTGTTGCCGGAGCCCTGTTCGGCGGAATc < 1:5623366/140‑1 (MQ=255) ttaCGGTCATGGTGACAGGGTGCCTCGCGCTGATTGTGATGAATCCCGCCGCATCTATCATCGGCCAAATTATGACACAGTCGATTGTCTATATTTATGATCACGCCGGCATTGTTGCCGGAGCCCTGTTCGGCGGCATc < 2:2566057/140‑1 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aTTGTCTATATTTATGATCACGCCGGCATTGGTGCCGGAGCCCTGTTCGGCGGCATCTACTCCACCATCGTTCTATCCGGCTTGCATCATAGCTTTTATGCGATTGAAGCAACGCTGCTGGCTGATCCGCGTGTCGGCGt < 2:1497823/140‑1 (MQ=255) | AAGCTATTAAAATCAATTGTGCCGAAGTCGCTTGATGTCGTCATCATTCCTTTTATTACGGTCATGGTGACAGGGTGCCTCGCGCTGATTGTGATGAATCCCGCCGCATCTATCATCGGCCAAATTATGACACAGTCGATTGTCTATATTTATGATCACGCCGGCATTGTTGCCGGAGCCCTGTTCGGCGGCATCTACTCCACCATCGTTCTATCCGGCTTGCATCATAGCTTTTATGCGATTGAAGCAACGCTGCTTGCTGATCCGCGTGTCGGCGT > NZ_CP034943/3769437‑3769714 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |