| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NZ_CP034943 | 2,991,245 | 0 | G | T | 24.1% | 129.2 / 19.9 | 83 | intergenic (+46/‑161) | gbsR/bslA | transcriptional regulator GbsR/biofilm‑surface layer protein BslA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (24/39); new base T (20/0); total (44/39) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.24e-07 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
CTCTAAAGCTTACTATGATTGGCTGAAACGGCTTGCTGAATCGGTGCAGAGCGGGGAAATTTTTAAATTTATACCGATTGAAACAAAGTAAAACAAAAACGCCTGGGAAACCGGGCGT‑TTTTTTGTT‑CTTTTTTATGTAATTACT‑ACAAATTTGAAAAATACGGGAAAAACAT‑CCCATTTACTTCCAAAATATTTGATGGTAATTTTATGTAGGTAAAATTTGTATTTGGCCGTTCAGAGGAGGTGAAAAGCGGGCAGGCCTGAATATTTTTATA > NZ_CP034943/2991109‑2991383 | ctctAAAGCTTACTATGATTGGCTGAAACGGCTTGCTGAATCGGTGCAGAGCGGGGAAATTTTTAAATTTATACCGATTGAAACAAAGTAAAACAAAAACGCCTGGGAAACCGGGCGTGTTGTTTTTG‑GTTTTTTTTGTa > 1:1938933/1‑140 (MQ=255)ctctAAAGCTTACTATGATTGGCTGAAACGGCTTGCTGAATCGGTGCAGAGCGGGGAAATTTTTAAATTTATACCGATTGAAACAAAGTAAAACAAAAACGCCTGGGAAACCGGGCGT‑TTTTTTGTT‑CTTTTTTATGTaa > 2:1583554/1‑140 (MQ=255)ctctAAAGCTTACTATGATTGGCTGAAACGGCTTGCTGAATCGGTGCAGAGCGGGGAAATTTTTAAATTTATACCGATTGAAACAAAGTAAAACAAAAACGCCTGGGAAACCGGGCGT‑TTTTTTGTT‑ATTTTTTATGTaa > 2:452590/1‑140 (MQ=255) ctAAAGCTTACTATGATTGGCTGAAACGGCTTGCTGAATCGGTGCAGAGCGGGGAAATTTTTAAATTTATACCGATTGAAACAAAGTAAAACAAAAACGCCTGGGAAACCGGGCGT‑GTTTTTTGT‑GTTTTTTATGTAAtt > 2:1016799/1‑140 (MQ=255) ctAAAGCTTACTATGATTGGCTGAAACGGCTTGCTGAATCGGTGCAGAGCGGGGAAATTTTTAAATTTATACCGATTGAAACAAAGTAAAACAAAAACGCCTGGGAAACCGGGCGT‑GTTTTTGTT‑GTTTTTTATGTAAta > 2:1709450/1‑139 (MQ=255) tAAAGCTTACTATGATTGGCTGAAACGGCTTGCTGAATCGGTGCAGAGCGGGGAAATTTTTAAATTTATACCGATTGAAACAAAGTAAAACAAAAACGCCTGGGACACCGGGCGT‑GTTTTTGGT‑GGTTTTTAGGTaaatg > 1:1455095/1‑137 (MQ=255) tAAAGCTTACTATGATTGGCTGAAACGGCTTGCTGAATCGGTGCAGAGCGGGGAAATTTTTAAATTTATACCGATTGAAACAAAGTAAAACAAAAACGCCTGGGAAACCGGGCGT‑GTGTTTGTT‑GTTTTTTTTGTAAttt > 1:1455091/1‑139 (MQ=255) aaGCTTACTATGATTGGCTGAAACGGCTTGCTGAATCGGTGCAGAGCGGGGAAATTTTTAAATTTATACCGATTGAAACAAAGTAAAACAAAAACGCCTGGGAAACCGGGCGT‑GTTTTTGTT‑TTTTTTTTTTTAATtaat > 2:216810/1‑138 (MQ=255) tACTATGATTGGCTGAAACGGCTTGCTGAATCGGTGCAGAGCGGGGAAATTTTTAAATTTATACCGATTGAAACAAAGTAAAACAAAAACGCCTGGGAAACCGGGCGT‑TTTTTTTTT‑ATTTTTTATTTAATTACT‑ACaaa > 2:1735905/1‑140 (MQ=255) tACTATGATTGGCTGAAACGGCTTGCTGAATCGGTGCAGAGCGGGGAAATTTTTAAATTTATACCGATTGAAACAAAGTAAAACAAAAACGCCTGGGAAACCGGGCGT‑GTTTTTTTT‑TTTTTTTTTTTAATTAAT‑Aaaaa > 1:2204934/1‑140 (MQ=255) tACTATGATTGGCTGAAACGGCTTGCTGAATCGGTGCAGAGCGGGGAAATTTTTAAATTTATACCGATTGAAACAAAGTAAAACAAAAACGCCTGGGAAACCGGGCGT‑GTTTTTTTT‑CTTTTTTATGTAATTAAT‑ACaaa > 1:2491607/1‑140 (MQ=255) tACTATGATTGGCTGAAACGGCTTGCTGAATCGGTGCAGAGCGGGGAAATTTTTAAATTTATACCGATTGAAACAAAGTAAAACAAAAACGCCTGGGAAAACGGGCGT‑TTTTTTTTT‑TGTTTTTATTTAAATAAT‑Aaaaa > 1:1710536/1‑140 (MQ=255) aCTATGATTGGCTGAAACGGCTTGCTGAATCGGTGCAGAGCGGGGAAATTTTTAAATTTATACCGATTGAAACAAAGTAAAACAAAAACGCCTGGGAAACCGGGCGT‑GTTTTTGTT‑TTTTTTTTTGTAATTACT‑ACACAt > 1:2388852/1‑140 (MQ=255) aTTGGCTGAAACGGCTTGCTGAATCGGTGCAGAGCGGGGAAATTTTTAAATTTATACCGATTGAAACAAAGTAAAACAAAAACGCCTGGGAAACCGGGCGT‑TTTTTTTTT‑GTTTTTTATTTAAATAAT‑AAAAAATTGaaa > 2:231580/1‑140 (MQ=255) aTTGGCTGAAACGGCTTGCTGAATCGGTGCAGAGCGGGGAAATTTTTAAATTTATACCGATTGAAACAAAGTAAAACAAAAACGCCTGGGAAACCGGGCGT‑TTTTTTGTT‑ATTTTTTATGTAATTACT‑ACAAAATTGaaa > 2:1089479/1‑140 (MQ=255) aTTGGCTGAAACGGCTTGCTGAATCGGTGCAGAGCGGGGAAATTTTTAAATTTATACCGATTGAAACAAAGTAAAACAAAAACGCCTGGGAAACCGGGCGT‑GTTTTTGTT‑GTTTTTTATGTAATTAAT‑ACAAATTTGaaa > 2:459883/1‑140 (MQ=255) aTTGGCTGAAACGGCTTGCTGAATCGGTGCAGAGCGGGGAAATTTTTAAATTTATACCGATTGAAACAAAGTAAAACAAAAACGCCTGGCAAACCGGGCGT‑TTTGTTTTT‑ATTTTTTAAGTAATTTAA‑ACCAAATTGaaa > 2:1391420/1‑140 (MQ=255) ttGGCTGAAACGGCTTGCTGAATCGGTGCAGAGCGGGGAAATTTTTAAATTTATACCGATTGAAACAAAGTAAAACAAAAACGCCTGGGAAACCGGGCGT‑TTTTTTTTT‑GTTTTTTATTTAAATAAT‑AAAAAAATGaaaa > 1:518260/1‑140 (MQ=255) ggCTGAACCGGCTTGCTGAATCGGTGCAGAGCGGGGAAATTTTTAAATTTATACCGATTTAAACAACGTAAAAAAAAAACGCCTGGGAAACCGGGCGT‑TTTTTTGTT‑CTTTTTTATGTAATTACT‑ACAAATTTGAAAAAt < 1:1641782/140‑1 (MQ=255) ggCTGAAACGGCTTGCTGAATCGGTGCAGAGCGGGGAAATTTTTAAATTTATACCGATTGAAACAAAGTAAAACAAAAACGCCTGGGAAACCGGGCGT‑TTTTTTTTT‑GTTTTTTATTTAATTAAT‑AAAAAATTTaaaaaa > 1:2220257/1‑139 (MQ=255) gCTGAAACGGCTTGCTGAATCGGTGCAGAGCGGGGAAATTTTTAAATTTATACCGATTGAAACAAAGTAAAACAAAAACGCCTGGGAAACCGGGCGT‑TTTTTTTTT‑ATTTTTTTTTTAAATAAT‑ACAAAATTTaaaaaaa > 2:4423/1‑138 (MQ=255) cTGAAACGGCTTGCTGAATCGGTGCAGAGCGGGGAAATTTTTAAATTTATACCGATTGAAACAAAGTAAAACAAAAACGCCTGGGAAACCGGGCGT‑TTTTTTGTT‑GTTTTTTATGTAATTAAT‑AAAAATTTTAAAAATaa > 2:1360689/1‑139 (MQ=255) tGAAACGGCTTGCTGAATCGGTGCAGAGCGGGGAAATTTTTAAATTTATACCGATTGAAACAAAGTAAAACAAAAACGCCTGGGAAACCGGGCGT‑GTTTTTGTT‑GTTTTTTATTTAATTACT‑ACAAAATTGTAAAAAACg > 2:1983038/1‑140 (MQ=255) tGAAACGGCTTGCTGAATCGGTGCAGAGCGGGGAAATTTTTAAATTTATACCGATTGAAACAAAGTAAAACAAAAACGCCTGGGAAACCGGGCGG‑TGTGGTGTT‑CTTTTTTATGTAATTACG‑AAAAAATTGAATAATACg > 2:1982953/1‑140 (MQ=255) aCGGCTTGCTGAATCGGTGCAGAGCGGGTAAATTTTTAAATTTATACCGATTGAAACAAAGTAAAACAAACACGCCTGGGAAACCGGGCGT‑TTTTTTGTT‑CTTTTTTATGTAATTACT‑ACAAATTTGAAAAATACGGGaa < 1:1782756/140‑1 (MQ=255) aCGGCGGGCTGAAGCGGTCCCGCGCGGGGAAATTTTTAAATTTATCCCCATTCAAAAAAAGAAAAACAAACACGCCTGGGAAACCGGGCGT‑TTTTTTGTT‑CATTTTTATGTAATTACT‑ACAAATTTGAAAAATACGGGaa < 1:1898207/140‑1 (MQ=255) ggCTTGCGGATACGCGGCAGAGCGGGGAAATTTTTAAATTTATACCGATTGAAACAACGTAACACAAAAACGCCTGGGAAACCGGGCGT‑TTTTTTGTT‑CTTTTTTATGTAATTACT‑ACAAATTTGAAAAATACGGGaaaa < 2:1828020/140‑1 (MQ=255) ggCTTCCTGAAACGGTCCCGACCCGGGAAATTTTTAAATTTATACCGATTGACACAACCTACAACAACCACGCCTGGGAAACCGGGCGT‑TTTTTTGTT‑CTTGTTTATGTAATTACT‑ACAACGGGGAAAAATACGGGaaaa < 2:301113/140‑1 (MQ=255) cTTGCTGAATCGGTGCCGCGCGGTGAAATTTTTAAATTTATACCTATTCAAACAAATTAAAACAAACACGCCTGGGAAACCGGGCGT‑TTTTTTGTT‑CTTTTTTATGTAATTACT‑ACAAATTTGAAAAATACGGGAAAAAc < 1:4423/140‑1 (MQ=255) cTTGCTGAATCGGTGCAGAGCGGGGAAATTTTTAAATTTATACCGATTGAAACAAAGTAAAACAAAAACGCCTGGGAAACCGGGCGT‑GGGTTTTTT‑GTTTTTTTTTTTATTAATAAAAAATTTTAAAATAACGGGaaaaa > 1:967485/1‑140 (MQ=255) gCTGAATCGGTGAATAGCGGTGAAATTTTTAAATTTATACCGATTGAAACAAAGTAAAACAAAAACGCCTGGGAAACCGGGCGT‑TTTTTTGTT‑CTTTTTTATGTAATTACT‑ACAAATTTGAAAAATACGGGAAAAACAT‑c < 2:1453680/140‑1 (MQ=255) cTGAATCGGTGCAGAGCGGGGAAATTTTTAAATTTATACCGATTGAAACAAAGTAAAACAAAAACGCCTGGGAAACCGGGCGT‑TTTTTTTTTGTTTTTTTTTTTAATAATA‑AAAAATTTTAAAAAAAAGGG‑AAAACAT‑cc > 1:1088781/1‑140 (MQ=255) cTGAATCGGTGCAGAGCGGGGAAATTTTTAAATTTATACCGATTGAAACAAAGTAAAACAAAAACGCCTGGGAAACCGGGCGT‑TTTTTTGTT‑CTTTTTTATGTAATTACT‑ACAAATTTGAAAAATACGGGAAAAAAAtac > 2:543316/1‑138 (MQ=255) gAATCGGTGCAGAGCGGGGAAATTTTTAAATTTATACCGATTGAAACAAAGTAAAACAAAAACGCCTGGGAAACCGGGCGTGGTTTTTTTG‑TTTTTTTTTTTATTTATT‑AAAAATTTAAAAATAAAGGTaaaaaaaagca > 1:1574159/1‑134 (MQ=255) ggAAATTTTTAAATTTATACCGATTGAAACAAAGTAAAACAAAAACGCCTGGGAAACCGGGCGT‑TTTTTTGTT‑GTTTTTTATTTAATTAAT‑AAAAATTTTTAAAATACGGGAAAAAAAA‑GCCATTTAATTAAAAAAAAtt > 2:2062301/1‑140 (MQ=255) ggAAATTTTTAAATTTATACCGATTGAAACAAAGTAAAACAAAAACGCCTGGGAAACCGGGCGT‑GTTTTTTTT‑TTTTTTTTTTTTATTAAT‑AAAAAATTTTTAAATAACGGAAAAACATACCCATTTA‑TTGCAAAAGAtt > 1:1421117/1‑140 (MQ=255) ggAAATTTTTAAATTTATACCGATTGAAACAAAGTAAAACAAAAACGCCTGGGAAACCGGGCGT‑GTTTTTTTT‑GTTTTTTTTTTAATTTAT‑AAAAAATTTTAAAATAGGGGATAAAAAA‑AGCAATTAAGTGCAAAATAtt > 1:545898/1‑140 (MQ=255) ggAAATTTTTAAATTTATACCGATTGAAACAAAGTAAAACAAAAACGCCTGGGAAACCGGGCGT‑GTTTTTTTT‑GTTTTTTTTTTAATTAAT‑AAAAAATTTTAAAATAAGCGAAAAACAT‑CCCCGTTACTTGCaacagatg > 1:2134241/1‑134 (MQ=255) gAAATTTTTAAATTTATACCGATTGAAACAAAGTAAAACAAAAACGCCTGGGAAACCGGGCGT‑TTTTTTGTT‑CTTTTTTATGTAATTACT‑ACAAATTTGAAAAATACGGGAAAAACAT‑CCCATTTACTTCCAAAATAttt < 2:1827688/140‑1 (MQ=255) tttttAAATTTATACCGATTGAAACAAAGTAATACAAAAACGCCTGGGAAACCGGGCGT‑TTGTTTGTT‑GTTTTTTTTGTAATTAGT‑ACAAATTTGTAAAATACGGGGAAAACAT‑GCCATTTTGTTGCAAAATATTTGGTg > 2:1117286/1‑140 (MQ=255) ttttACATTTATCGAGATTTAAACAAAGTAAAACAAAACCGCCTGGGAAACCGGGCGT‑TTTTTTGTT‑CTTTTTTATGTAATTACT‑ACAAATTTGAAAAATACGGGAAAAACAT‑CCCATTTACTTCCAAAATATTTGATgg < 2:2402504/140‑1 (MQ=255) ttttAAATTTATACCGATTGAACCAACGTAAAACAAAAACGCCTGGGAAACCGGGCGT‑TTTTTTGTT‑CTTTTTTATGTAATTACT‑ACAAATTTGAAAAATACGGGAAAAACAT‑CCCATTTACTTCCAAAATATTGGATgg < 2:1043132/140‑1 (MQ=255) ttttAAAATTATACCCAGTTAAACAAAGTCAAACAAAAACGCCTGGGAAACCGGGCGT‑ATATTTGTT‑CTTTTTTATGTAATTACT‑ACAAATTTGAAAAATACGGGAAAAACAT‑CCCATTTACTTCCAAAATATTTGATgg < 2:1500697/140‑1 (MQ=255) gATTGAAACAAAGTAAAACAAAAACGCCTGGGAAACCGGGCGT‑TTTTTTGTT‑CTTTTTTATGTAATTACT‑ACAAATTTGAAAAATACGGGAAAAACAT‑CCCATTTACTTCCAAAATATTTGATGGTAATTTTATGTAGGt < 2:313473/140‑1 (MQ=255) gATTGAAACAAACTAAAACAAAAACGCCTGGGAAACCGGGCGT‑TTTTTTGTT‑CATTTTTATGTAATTACT‑ACAAATTTGAAAAATACGGGAAAAACAT‑CCCATTTACTTCCAAAATATTTGATGGTAATTTTATGTAGGt < 2:954952/140‑1 (MQ=255) aTTGAAACAAAGTAAAACAAAAACGCCTGGGAAACCGGGCGT‑TTTTTTTTT‑GTTTTTTATGTTTTTTAT‑ACAAAATTGTAAAATAACGGAAAAACAT‑CCCATATTAATAAAAAATAGTTTGTGGTTATtttatttattga > 1:1183919/1‑136 (MQ=255) aTTGAAACAAAGTAAAACAAAAACGCCTGGGAAACCGGGCGT‑TTTTTTTTT‑ATTTTTTATTTTATTAAA‑AAAAATTTTAAAAATAACGGAAAAAAAA‑ACCATTTTCTTGCAAAATATTTGGTTGTAATTTTATTTTGGTa > 2:389161/1‑140 (MQ=255) aTTGAAACAAAGTAAAACAAAAACGCCTGGGAAACCGGGCGT‑TTTTTTGTT‑GTTTTTTATTTAATTACT‑ACAAATTTTAAAAATAAGGGAAAAAAAT‑ACCATTTACTTACAAAATATTTTATGGTAATTTTATGTAGGtt > 2:549712/1‑139 (MQ=255) aTTGAAACAAAGTAAAACAAAAACGCCTGGGAAACCGGGCGT‑GTTTTTTTT‑GTTTTTTTTTTTATTTAT‑AAAAAATTTTAAAATAAGGGAAAAAAAA‑AACAGGTTATTACAAAAAATTTTTTGTTAATTTTAtttttttt > 1:2014595/1‑133 (MQ=255) aCAAAGTAACACAAAAACGCCTGGGAAACCGGGCGT‑TTTTTTGTT‑CTTTTTTATGTAATTACT‑ACAAATTTGAAAAATACGGGAAAAACAT‑CCCATTTACTTCCAAAATATTTGATGGTAATTTTATGTAGGTAAAAttt < 2:1301642/140‑1 (MQ=255) aCAAAGTAAAACAAAAACGCCTGGGAAACCGGGCGT‑TTTTTTGTT‑CTTTTTTATGTAATTACT‑ACAAATTTGAAAAATACGGGAAAAACAT‑CCCATTTACTTCCAAAATATTTGATGGTAATTTTATGTAGGTAAAAttt < 2:1107510/140‑1 (MQ=255) gTAAAACAAAAACGCCTGGGACCCCGGGCGT‑GTTTTTGTT‑GTTTTTTAATTAATTACT‑AAAAATTTTAAAAATACGGGGAAAAAAT‑CCCCTTTAATTCCAAAAAGATTGTTGGTAATTTTATTGTGGTTAAAttttttgt > 2:1628911/1‑135 (MQ=255) aaacaaacCCGCCAGGGAAACCGGGCGT‑TTTTTTGTT‑CTTTTTTATGTAAGTACG‑ACAAATTTGAAAAATACGGGAAAAACAT‑CCCATTTACTTCCAAAATATTTGATGGTAATTTTCTGTAGGTAAAATTTGTATTTgg < 2:1218954/140‑1 (MQ=255) aaaCACACACGCCTGGGAAACCGGGCGT‑TTTTTTGTT‑CTTTTTTATGTAATTACT‑ACAAATTTGAAAAATACGGGAAAAACAT‑CCCATTTACTTCCAAAAGATTTGATGGTAATTTTAGGTAGGTAAAATTTGTATTTgg < 1:1773709/140‑1 (MQ=255) aaaCAAAAACGCCTGGGAAACCGGGCGT‑TTTTTTGTT‑CTTTTTTATGTAATTACT‑ACAAATTTGAAAAATACGGGAAAAACAT‑CCCATTTACTTCCAAAATATTTGATGGTAATTTTATGTAGGTAAAATTTGTATTTgg < 1:772404/140‑1 (MQ=255) aaaCAAAAACGCCTGGGAAACCGGGCGT‑TTTTTTGTT‑CTTTTTTATGTAATTACT‑ACAAATTTGAAAAATACGGGAAAAACAT‑CCCATTTACTTCCAAAATATTTGATGGTAATTTTATGTAGGTAAAATTTGTATTTgg < 1:1710456/140‑1 (MQ=255) aaaCAAAAACGCCTGGGAAACCGGGCGT‑TTTTTTGTT‑CTTTTTTATGTAATTACT‑ACAAATTTGAAAAATACGGGAAAAACAT‑CCCATTTACTTCCAAAATATTTGATGGTAATTTTATGTAGGTAAAATTTGTATTTgg < 2:736836/140‑1 (MQ=255) aaaaCGCCTGGGAAACCGGGCGT‑TTTTTTGTT‑CTTTTTTATGTAATTACT‑ACAAATTTGAAAAATACGGGAAAAACAT‑CCCATTTACTTCCAAAATATTTGATGGTAATTTTATGTAGGTAAAATTTGTATTTGGCCGtt < 1:1847939/140‑1 (MQ=255) aaaaCGCCTGGGAAACCGGGCGT‑TTTTTTGTT‑CTTTTTTATGTAATTACT‑ACAAATTTGAAAAATACGGGAAAAACAT‑CCCATTTACTTCCAAAATATTTGATGGTAATTTTATGTAGGTAAAATTTGTATTTGGCCGtt < 2:2388852/140‑1 (MQ=255) aaaCGCCTGGGAAACCGGGCGT‑GTTTTTGTT‑GATTTTTATGTAATTACT‑AAAAATTTTAAAAAAAAGGGAAAAACAT‑CCCAATTAATTCCAAAATATTTTATGGTAATTTTATTTAGGTAAAATTTGTATTTTGGCGtta > 2:1779839/1‑139 (MQ=255) aaaCGCCTGGGAAACCGGGCGT‑GGTTTTGTT‑GTTTTTTATGTAATTACT‑ACAAAATTTAAAAATAAGGGAAAAACAT‑ACCATTTAATTCCAAAATATTTTTTGGTAATTTTATGTAGTGAAAAATTTTATTTTGGCGtta > 2:2009537/1‑139 (MQ=255) ccGCCTGGGAAACCGGGCGT‑TTTTTTGTT‑CTTTTTTATGTAATTACT‑ACAAATTTGAAAAATACGGGAAAAACAT‑CCCATTTACTTCCAAAATATTTGATGGTAATTTTATGTAGGTAAAATTTGTATTTGGCCGTTCag < 2:363329/139‑1 (MQ=255) gCCTGGGTATCCGGGCGT‑TTTTTTGTT‑CTTTTTTATGTAATTACT‑ACAACTTTGAAAAATACGGGAAAAACAT‑CCCATTTACTTCCAAAATATTTGATGGTAATTTTATGTAGGTAAAATTTGTATTTGGCCGTTCagag < 1:2374546/140‑1 (MQ=255) gCCTGGGAAACCGGGCTT‑TTTTTTGTT‑CTTTTTTATGTAATTACT‑ACAAATTTGAAAAATACGGGAAAAACAT‑CCCATTTACTTCCAAAATATTTGATGGTAATTTTATGTAGGTAAAATTTGTATTTGGCCGTTCagag < 1:2062301/140‑1 (MQ=255) gCCTGGGAAACCGGGCGT‑TTTTTTGTT‑CTTTTTTATGTAATTACT‑ACAAATTTGAAAAATACGGGAAAAACAT‑CCCATTTACTTCCAAAATATTTGATGGTAATTTTATGTAGGTAAAATTTGTATTTGGCCGTTCagag < 2:545921/140‑1 (MQ=255) gCCTGGGAAACCGGGCGT‑TTTTTTGTT‑CTTTTTTATGTAATTACT‑ACAAATTTGAAAAATACGGGAAAAACAT‑CCCATTTACTTCCAAAATATTTGATGGTAATTTTATGTAGGTAAAATTTGTATTTGGCCGTTCagag < 2:545898/140‑1 (MQ=255) gCCTGGGAAACCGGGCGT‑TTTTTTGTT‑CTTTTTTATGTAATTACT‑ACAAATTTGAAAAATACGGGAAAAACAT‑CCCATTTACTTCCAAAATATTTGATGGTAATTTTATGTAGGTAAAATTTGTATTTGGCCGTTCagag < 1:700430/140‑1 (MQ=255) gCCTGGGAAACCGGGCGT‑TTTTTTGTT‑CTTTTTTATGTAATTACT‑ACAAATTTGAAAAATACGGGAAAAACAT‑CCCATTTACTTCCAAAATATTTGATGGTAATTTTATGTAGGTAAAATTTGTATTTGGCCGTTCagag < 2:456360/140‑1 (MQ=255) gCCTGGGAAACCGGGCGT‑TTTTTTGTT‑CTTTTTTATGTAATTACT‑ACAAATTTGAAAAATACGGGAAAAACAT‑CCCATTTACTTCCAAAATATTTGATGGTAATTTTATGTAGGTAAAATTTGTATTTGGCCGTTCagag < 1:617187/140‑1 (MQ=255) gCCTGGGAAACCGGGCGT‑TTTTTTGTT‑CTTTTTTATGTAATTACT‑ACAAATTTGAAAAATACGGGAAAAACAT‑CCCATTTACTTCCAAAATATTTGATGGTAATTTTATGTAGGTAAAATTTGTATTTGGCCGTTCagag < 2:1045647/140‑1 (MQ=255) gCCTGGGAAACCGGGCGT‑TTTTTTGTT‑CTTTTTTATGTAATTACT‑ACAAATTTGAAAAATACGGGAAAAACAT‑CCCATTTACTTCCAAAATATTTGATGGTAATTTTATGTAGGTAAAATTTGTATTTGGCCGTTCagag < 2:1871177/140‑1 (MQ=255) gCCTGGGAAACCGGGCGT‑TTTTTTGTT‑CTTTTTTATGTAAGTACT‑ACAAAATTGAAAAATACGGGAACAACAT‑CCCATTTACTTCCAAAATATTTGATGGTAATTTTATGTAGGGAAAATTTGTATTTGGCCGTTCagag < 1:867790/140‑1 (MQ=255) gCCTGGGAAACCGGGCGT‑TTTTTTGTT‑ATTTTTTATGTAATTACT‑ACAAATTTGAAAAATACGGGAAAAACAT‑CCCATTTACTTCCAAAATATTTGATGGTAATTTTATGTAGGTAAAATTTGTATTTGGCCGTTCagag < 2:1115335/140‑1 (MQ=255) ccTGGGAAACCGGGCGT‑TTTTTTGTT‑CTTTTTTATGTAATTACT‑ACAAATTTGAAAAATACGGGAAAAACAT‑CCCATTTACTTCCAAAATATTTGATGGTAATTTTATGTAGGTAAAATTTGTATTTGGCCGTTCAgagg < 1:1583554/140‑1 (MQ=255) cGT‑TTTTTTGTT‑CTTTTTTATGTAATTACT‑ACAAATTTGAAAAATACGGGAAAAACAT‑CCCATTTACTTCCAAAATATTTGATGGTAATTTTATGTAGGTAAAATTTGTATTTGGCCGTTCAGAGGAGGTGAAAAGCggg < 1:1016799/140‑1 (MQ=255) cGT‑TTTTTTGTT‑CTTTTTTATGTAATTACT‑ACAAATTTGAAAAATACGGGAAAAACAT‑CCCATTTACTTCCAAAATATTTGATGGTAATTTTATGTAGGTAAAATTTGTATTTGGCCGTTCAGAGGAGGTGAAAAGCggg < 1:1709450/140‑1 (MQ=255) t‑CTTTTTTATGTAATTACT‑ACAAATTTGAAAAATACGGGAAAAACAT‑CCCATTTACTTCCAAAATATTTGATGGTAATTTTATGTAGGTAAAATTTGTATTTGGCCGTTCAGAGGAGGTGAAAAGCGGGCAGGCCTGAat < 2:1088781/140‑1 (MQ=255) cTTTTTTATGTAATTACT‑ACAAATTTGAAAAATACGGGAAAAACAT‑CCCATTTACTTCCAAAATATTTGATGGTAATTTTATGTATGTAAAATTTGTATTTGGCCGTTCAGAGGAGGTGAAAAGCGGGCAGGCCTGAata > 2:1957309/1‑140 (MQ=255) ttttATGTAATTACT‑ACAAATTTGAAAAATACGGGAAAAACAT‑CCCATTTACTTCCAAAATATTTGATGGTAATTTTATGTAGGTAAAATTTGTATTTGGCCGTTCAGAGGAGGTGAAAAGCGGGCAGGCCTGAATAttt > 1:1486715/1‑140 (MQ=255) ttttATGTAATTACT‑ACAAATTTGAAAAATACGGGAAAAACAT‑CCCATTTACTTCCAAAATATTTGATGGTAATTTTATGTAGGTAAAATTTGTATTTGGCCGTTCAGAGGAGGTGAAAAGCGGGCAGGCCTGAATAttt > 1:1376347/1‑140 (MQ=255) ttttATGTAATTACT‑ACAAATTTGAAAAATACGGGAAAAACAT‑CCCATTTACTTCCAAAATATTTGATGGTAATTTTATGTAGGTAAAATTTGTATTTGGCCGTTCAGAGGAGGTGAAAAGCGGGCAGGCCTGAATAttt > 1:187572/1‑140 (MQ=255) aTGTAATTACT‑ACAAATTTGAAAAATACGGGAAAAACAT‑CCCATTTACTTCCAAAATATTTGATGGTAATTTTATGTAGGTAAAATTTGTATTTGGCCGTTCAGAGGAGGTGAAAAGCGGGCAGGCCTGAATATTTTtat < 1:549712/140‑1 (MQ=255) tGTAATTACT‑ACAAATTTGAAAAATACGGGAAAAACAT‑CCCATTTACTTCCAAAATATTTGATGGTAATTTTATGTAGGTAAAATTTGTATTTGGCCGTTCAGAGGAGGTGCAGCGCGGGCCGGCGTGAATATGTTtcta > 2:1403539/1‑140 (MQ=255) | CTCTAAAGCTTACTATGATTGGCTGAAACGGCTTGCTGAATCGGTGCAGAGCGGGGAAATTTTTAAATTTATACCGATTGAAACAAAGTAAAACAAAAACGCCTGGGAAACCGGGCGT‑TTTTTTGTT‑CTTTTTTATGTAATTACT‑ACAAATTTGAAAAATACGGGAAAAACAT‑CCCATTTACTTCCAAAATATTTGATGGTAATTTTATGTAGGTAAAATTTGTATTTGGCCGTTCAGAGGAGGTGAAAAGCGGGCAGGCCTGAATATTTTTATA > NZ_CP034943/2991109‑2991383 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |