| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| * | NZ_CP034943 | 2,830,523 | 0 | C | G | 32.0% | 150.6 / 28.1 | 104 | L89V (CTT→GTT) | brnQ | branched‑chain amino acid transport system II carrier protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (34/36); new base G (33/0); total (68/36) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.93e-08 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 104 total aligned reads displayed.
CGATGACAGGCTTTCTCGTGACGGGTGTCGGCCTGCCGCTTTTAGGTGTTGTAGCTGTTGCTTTAACAGGTACAGATGCTAAAGGCCTTGCAGATAAAGCACATCCGGTCTTTGGAACCATTTTTACAGTCGTTCTTTATTTAACAATCGGACCGCTGTTTGCAATTCCGCGAACAGGCACTGTTTCTTATGAAATTGCGGCTGTACCTTTTGTAGGCGGCATGCCGGCATGGCTCACACTTCTTATTTTTACGTTTCTTTTCTTTGCTGTT > NZ_CP034943/2830389‑2830660 | cGATGACAGGCTTTCTCGTGACGGGTGTCGGCCTGCCGCTTTTAGGTGTTGTAGCTGTTGCTTTAACAGGTACAGATGCTAAAGGCCTTGCAGATAAAGCACATCCGGTCTTTGGAACCATTTTTACAGTCGTTCtttat > 2:234510/1‑140 (MQ=255) cTTTCTCGTGACGGGTGTCGGCCTGCCGCTTTTAGGTGTTGTAGCTGTTGCTTTAACAGGTACAGATGCTAAAGGCCTTGCAGATAAAGCACATCCGGTCTTTGGAACCATTTTTACAGTCGTTTTTTATTTAAAAAtag > 2:1345930/1‑138 (MQ=255) tcGTGACGGGTGTCGGCCTGCCGCTTTTAGGTGTTGTAGCTGTTGCTTTAACAGGTACAGATGCTAAAGGCCTTGCAGATAAAGCACATCCGGTCTTTGGAACCATTTTTACAGTCGTTCTTTATTTAACAATCGGACCg < 1:1415460/140‑1 (MQ=255) gTGACGGGTGTCGGCCTGCCGCTTTTAGGTGTTGTAGCTGTTGCTTTAACAGGTACAGATGCTAAAGGCCTTGCAGATAAAGCACATCCGGTCTTTGGAACCATTTTTACAGTCGTTCTTTATTTAACAATCGGACCGCt < 1:267497/140‑1 (MQ=255) gTGACGGGTGTCGGCCTGCCGCTTTTAGGTGTTGTAGCTGTTGCTTTAACAGGTACAGATGCTAAAGGCCTTGCAGATAAAGCACATCCGGTCTTTGGAACCATTTTTACAGTCGTTCTTTATTTAACAATCGGACCGCt < 2:483831/140‑1 (MQ=255) gACGGGTGTCGGCCTGCCGCTTTTAGGTGTTGTAGCTGTTGCTTTAACAGGTACAGATGCTAAAGGCCTTGCAGATAAAGCACATCCGGTCTTTGGAACCATTTTTACAGTCGTTGTTTATTTAACAAACGGACCGCTGt > 2:1088136/1‑140 (MQ=255) gACGGGTGTCGGCCTGCCGCTTTTAGGTGTTGTAGCTGTTGCTTTAACAGGTACAGATGCTAAAGGCCTTGCAGATAAAGCACATCCGGTCTTTGGAACCATTTTTACAGTCGTTCGTTATTTAACAATCGGACCGCTGt > 1:1169554/1‑140 (MQ=255) tttAGGTGTTGTAGCTGTTGCTTTAACAGGTACAGATGCTAAAGGCCTTGCAGATAAAGCACATCCGGTCTTTGGAACCATTTTTACAGTCGTTGTTTATTTAAAAATCGGAACGCGGTTTTCAATTACGCGaaaacgcc > 1:1306028/1‑134 (MQ=255) ttATGTGTTGTAGCTGTTGCTTTAACAGGTACAGATGGTATAGGCCTTGCATCTTAAGCTGATCCGGTCTTTGGAACCATTTTTACAGTAGTTCTTTATTTAACAATCGGAGCGCTGTTTGCACTTCCGCGAACAGGGAc < 2:1788442/140‑1 (MQ=255) ttAGGTGTTGTAGCTGTTGCTTTAACAGGTACAGATGCTAAAGGCCTTGCAGATAAAGCACATCCGGTCTTTGGAACCATTTTTACAGTCGTTCTTTATTTAACAATCGGACCGCTGTTTGCAATTCCGCGAACAGGCAc < 1:947812/140‑1 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aGTCGTTCTTTATTTAACAATCGGACCGCTGTTTGCAATTCCGCGAACAGGCACTGTTTCTTATGAAATTGCGGCTGTACCTTTTGTAGGCGGCATGCCGGCATGGCTCACACTTCTTATTTTTACGTTTCTTTTCTTTg < 2:636490/140‑1 (MQ=255) aGTCGTTCTTTATTTAACAATCGGACCGCTGTTTGCAAGTCCGCGAACAGGCACTGTTTCTTATGAAATTGCGGCTGTACCTTTTGTAGGCGGCATGCCGGCATGGCTCACACTTCTTATTTTTACGTTTCTTTTCTTTg < 2:494802/140‑1 (MQ=255) ggtCTTTATTTAACAATCGGACCGCTGTTTGCAATTACGCGAACAGGCACAGTTTCTTATGAAATTGCGGCTGTAACTTTTGTATGGGGCATGCCGGCATGGCTCACACTTCTTATTTTTACGTTTATTTTCTTTTCTGt > 2:1793352/3‑140 (MQ=255) gTTCTTTATTTAACACTCGGACCGCTGTTTGCAATTCCGCGAACAGGCACTGTTTCTTATGAAATTGCGGCTGTACCTTTTGTAGGCGGCATGCCGGCATGGCTCACACTTCTTATTTTTACGTTTCTTGTCTTTGCTGt < 2:1245052/140‑1 (MQ=255) gTTCTTTATTTAACAATCGGACCGCTGTTTGCAATTCCGCGAACAGGCACTGTTTCTTATGAAATTGCGGCTGTACCTTTTGTAGGCGGCATGCCGGCATGGCTCACACTTCTTATTTTTACGTTTCTTTTCTTTGCTGt < 2:2000726/140‑1 (MQ=255) gTTCTTTATTTAACAATCGGACCGCTGTTTGCAAGTCCGCGAACAGGCACTGTTTCTTATGAAATTGCGGCTGTACCTTTTGTAGGCGGCATGCCGGCATGGCTCACACTTCTTATTTTTACGTTTCTTTTCTTTGCTGt < 2:1481974/140‑1 (MQ=255) gTTCGTTATTTAACAAACGGACCGCGGTTTGCAAATCCGCGAAAAGGCACTGTTTCTTATGAAATTGCGGCTTTAACGGTTTTAGGCGGCCTGCCCGCCTGGCTCACAATTAGTATTTTTACGTTTCTTTTATTTTCTGt > 2:838522/1‑140 (MQ=255) ttCTTTATTTAACAATCGGACCGCTGTTTGCAATTCCGCGAACAGGCACTGTTTCTTATGAAATTGCGGCTGTACCTTTTGTAGGCGGCATGCCGGCATGGCTCACACTTCTTATTTTTACGTTTCTTTTCTTTGCTGtt < 2:407852/140‑1 (MQ=255) | CGATGACAGGCTTTCTCGTGACGGGTGTCGGCCTGCCGCTTTTAGGTGTTGTAGCTGTTGCTTTAACAGGTACAGATGCTAAAGGCCTTGCAGATAAAGCACATCCGGTCTTTGGAACCATTTTTACAGTCGTTCTTTATTTAACAATCGGACCGCTGTTTGCAATTCCGCGAACAGGCACTGTTTCTTATGAAATTGCGGCTGTACCTTTTGTAGGCGGCATGCCGGCATGGCTCACACTTCTTATTTTTACGTTTCTTTTCTTTGCTGTT > NZ_CP034943/2830389‑2830660 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |