| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP009974 | = 1897308 | 25 (0.070) | 766 (2.230) | 127/284 | 5.8 | 98.3% | intergenic (‑5086/‑3511) | RPPX_08470/RPPX_08480 | tryptophan synthase subunit beta/hypothetical protein |
| ? | CP009974 | 1897966 = | 3 (0.010) | intergenic (‑5744/‑2853) | RPPX_08470/RPPX_08480 | tryptophan synthase subunit beta/hypothetical protein | |||||
| Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
Only 100 of 138 total aligned reads displayed.
TCGCCGAACCGGTGGTGCTGTTGGCTGCCACGACGACGGTGGTGCCGTCGGTCAGCTTGAAGTACAGCTCCGAGTGGTTGTTGATCGGCAGGCCGTCTTTGTTGGTCAGCGTGATGGTGTAGGTGATCTCGCCGCCTTCGGTGACCGAAGGCGGCGAGATCACCTACACCATCACGCTGACCAACAAAGACGGCCTGCCGATCAACAACCACTCGGAGCTGTACTTCAAGCTGACCGACGGCACCACCGTCGTCGTGGCAGCCAACAGCACCACCGGTTCGGCGA > CP009974/1897158‑1897442 | tCGCCGAGCCCGTGGTGCTGTTCGCTGCCACGACGACGGTGGTGCCGTCGGTCAGCTTGAAGTACAGCTCCGAGTGGTTGTTGATCGGCAGGCCGTCTTTGTTGCTCAGCGTGATGGTGTAGGTGATCTCGCCGCCTTCGGTGacggacgg > 2:7005046/1‑151 (MQ=11)tCGCCGAACCGGTGGTGCTGTTGGCTGCCACGACGACAGTGGTGCCGTCGGTCAGCTTGAAGTACAGCTCCGAGTGGTTGTTGATCGGCAGACCGTCTTTGTTGGTCAGGGTGATGGTGTAAGTGATCTCGCCGCCTTCGGTGACCGACgg < 2:3467611/151‑1 (MQ=11)tCGCCGAACCGGTGGTGCTGTTGGCTGCCACGACGACAGTGGTGCCGTCGGTCAGCTTGAAGTACAGCTCCGAGTGGTTGTTGATCGGCAGACCGTCTTTGTTGGTCAGGGTGATGGTGTAAGTGATCTCGCCGCCTTCGGTGACCGACgg < 2:3146996/151‑1 (MQ=11)tCGCCGAACCGGTGGTGCTGTTGGCTGCCACGACGACAGTGGTGCCGTCGGTCAGCTTGAAGTACAGCTCCGAGTGGTTGTTGATCGGCAGACCGTCTTTGTTGGTCAGGGTGATGGTGTAAGTGATCTCGCCGCCTTCGGTGACCGACgg < 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(MQ=11)tCGCCGAACCCGTGGTGCTGTTGGCCGCCACGACGACAGTGGTGCCGTCGGTCAGCTTGAAGTAAAGCTCCGAGTGGTTGTTGATCGGCAGACCGTCTTTGTTGGTCAGCGTGATGGTGTAGGTGATCTCACCGCCTTCGGTGACCGACgg > 2:517436/1‑151 (MQ=11)tCGCCGAACCCGTGGTGCTGTTGGCCGCCACGACGACAGTGGTGCCGTCGGTCAGCTTGAAGTAAAGCTCCGAGTGGTTGTTGATCGGCAGACCGTCTTTGTTGGTCAGCGTGATGGTGTAGGTGATCTCACCGCCTTCGGTGACCGACgg > 2:3613313/1‑151 (MQ=11)gggCCGAGCCGTTGGTGCTGTTGGCGGCCACGACGACGGTGGTGCCGTCGGTCAGCTTGCAGTACCGCTCCGAGTGGTTGTTGATCGGCAGACCGTCTTTGTTGGTCAGCGGGATGGTGTAGGTGATCTCGCCGCCTTCGGTGACCGAAgg < 2:3844906/149‑1 (MQ=11)gggCCGAACCGTTGGTGCTGTTGGCTGCCACGACGACGGTGGTGCCGTCGGTCAGCTTGAAGTACAGCTCCGAGTGGTTGTTGATCGGCAGACCGTCTTTGTTGGTCAGCGTGATGGTGTAGGTGATCTCGCCGCCTTCGGTGACCGAAgg < 1:4942389/149‑1 (MQ=12) ggCCGAACCGTTGGTGCTGTTGGCTGCCACGACGACGGTGGTGCCGTCGGTCAGCTTGAAGTACAGCTCCGAGTGGTTGTTGATCGGCAGACCGTCTTTGTTGGTCCGCGTGATGGTGTAGGTGATCTCGCCGCCTTCGGTGACCGAAggg < 1:5455649/150‑2 (MQ=255) 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ggTGAAGCTGACCGCGACCCCTTCGGTGACCGAAGGCGGCGAGATCACCTACACCGTCACGCTGACCAACAAAGACGGCCTGCCGATCAACAACCACTCGGAGCTGTACTTCAAGCTGACCGACGGCACCACTGTCGTCGTGGCAGCCAAc < 2:1518084/151‑1 (MQ=11) cgcgaccccTTCGGTGACCGAAGGCGGCGAGATCACCTACACCGTCACGCTGACCAACAAAGACGGCCTGCCGATCAACAACCACTCGGAGCTGTACTTCAAGCTGACCGACGTCACCACTTTCGTCGTGGCAGCCAACTGCACCACCGGt > 2:549339/8‑151 (MQ=11) cgcgaccccTTCGGTGACCGAAGGCGGCGAGATCACCTACACCGTCACGCTGACCAACAAAGACGGCCTGCCGATCAACAACCACTCGGAGCTGTACTTCAAGCTGACCGACGGCACCACTGTCGTCGTGGCAGCCAACAGCACCACCGGt < 2:5265080/144‑1 (MQ=255) cgcgaccccTTCGGTGACCGAAGGCGGCGAGATCACCTACACCGTCACGCTGACCAACAAAGACGGCCTGCCGATCAACAACCACTCGGAGCTGTACTTCAAGCTGACCGACGGCACCACTGTCGTCGTGGCAGCCAACAGCACCACCGGt < 2:4094786/144‑1 (MQ=255) gcgactccTTCGGTGACCGCGGGCGGCGAGATCACCTACACCGTCACGCTGACCAACAAAGACGGCCTGCCGATCAACAACCACTCGGAGCTGTACTTCAAGCTGACCGACGGCACCACTGTCGTCGTGGCAGCCAACAGCACCACCGGtt < 2:1602031/145‑1 (MQ=11) gcgaccccTTCGGTGACCGAAGGCGGCGAGATCACCTACACCGTCACGCTGACCAACAAAGACGGCCTGCCGATCAACAACCACTCGGAGCTGTACTTCAAGCTGACCGACGGCACCACTGTCGTCGTGGCAGCCAACAGCACCACCGGtt < 2:2511771/145‑1 (MQ=255) gcgaccccTTCGGTGACCGAAGGCGGCGAGATCACCTACACCGTCACGCTGACCAACAAAGACGGCCTGCCGATCAACAACCACTCGGAGCTGTACTTCAAGCTGACCGACGGCACCACTGTCGTCGTGGCAGCCAACAGCACCACCGGtt > 1:5393866/7‑151 (MQ=255) cgaccccTTCGGTGACCGAAGGCGGCGAGCTCACCTACACCGTCACGCTGACCAACAAAGACGGCCTGCCGATCAACAACCACTCGGAGCTGTACTTCAAGCTGa < 1:3442512/100‑1 (MQ=11) cgaccccTTCGGTGACCGAAGGCGGCGAGATCACCTACACCGTCACGCTGACCAACAAAGACGGCCTGCCGATCAACAACCACTCGGAGCTGTACTTCAAGCTGa > 2:3442512/6‑105 (MQ=255) cgaccccTTCGGTGACCGAAGGCGGCGAGATCACCTACACCGTCACGCTGACCAACAAAGACGGCCTGCCGATCAACAACCACTCGGAGCTGTACTTCAAGCTGACCGACGGCACCACTGTCGTCGTGGCAGCCAACAGCACCACCGGTTc < 2:520158/146‑1 (MQ=255) cgaccccTTCGGTGACCGAAGGCGGCGAGATCACCTACACCGTCACGCTGACCAACAAAGACGGCCTGCCGATCAACAACCACTCGGAGCTGTACTTCAAGCTGACCGACGGCACCACTGTCGTCGTGGCAGCCAACAGCACCACCGGTTc < 2:6714214/146‑1 (MQ=9) cgaccccTTCGGTGACCGAAGGCGGCGAGATCACCTACACCGTCACGCTGACCAACAAAGACGGCCTGCCGATCAACAACCACTCGGAGCTGTACTTCAAGCTGACCGACGGCACCACTGTCGTCGTGGCAGCCAACAGCACCACCGGTTc < 1:1464023/146‑1 (MQ=255) cccccccTTCGGTGACCGAAGGCGGCGAGATCACCTACACCGTCACGCTGCCCAACAAAGACGGCCTGCCGATCAACAACCACTCGGAGCTGTACTTCAAGCTGACCGACGGCACCACTGTCGTCGTGGCAGCCAACAGCACCACCGGTTc < 2:3978919/146‑1 (MQ=255) gaccccgtCGGTGACCGAAGGCGGTGAGATCACCTACACCATCACGCTGACCAACAAAGATGGTCTGCCGATCAACAACCACTCGGAGCTGTACTTCAAGCTGACCGACGGCACCACCGTCGTTGTGGCAGCCAACAGCACCACCGGTTCg < 2:2026774/144‑1 (MQ=11) gaccccgtCGGTGACCGAAGGCGGTGAGATCACCTACACCATCACGCTGACCAACAAAGATGGTCTGCCGATCAACAACCACTCGGAGCTGTACTTCAAGCTGACCGACGGCACCACCGTCGTTGTGGCAGCCAACAGCACCACCGGTTCg > 1:998836/8‑151 (MQ=11) gaccccgtCGGTGACCGAAGGCGGTGAGATCACCTACACCATCACGCTGACCAACAAAGATGGTCTGCCGATCAACAACCACTCGGAGCTGTACTTCAAGCTGACCGACGGCACCACCGTCGTTGTGGCAGCCAACAGCACCACCGGTTCg > 1:6913031/8‑151 (MQ=11) | TCGCCGAACCGGTGGTGCTGTTGGCTGCCACGACGACGGTGGTGCCGTCGGTCAGCTTGAAGTACAGCTCCGAGTGGTTGTTGATCGGCAGGCCGTCTTTGTTGGTCAGCGTGATGGTGTAGGTGATCTCGCCGCCTTCGGTGACCGAAGGCGGCGAGATCACCTACACCATCACGCTGACCAACAAAGACGGCCTGCCGATCAACAACCACTCGGAGCTGTACTTCAAGCTGACCGACGGCACCACCGTCGTCGTGGCAGCCAACAGCACCACCGGTTCGGCGA > CP009974/1897158‑1897442 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |