| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP009974 | 1898984 = | 169 (0.460) | 281 (1.150) +CGACTCGGTCGACGCCACCACCGCGACCCTGACGGCGAGCCCGTCAGTC |
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| ? | CP009974 | = 1899234 | 741 (2.040) | intergenic (‑7012/‑1585) | RPPX_08470/RPPX_08480 | tryptophan synthase subunit beta/hypothetical protein | |||||
Only 100 of 2758 total aligned reads displayed.
AGACGTCATTGGCCGGGGTCTGGAAATCAACGCTGCCCTGGGTTTTACCCGCTTCAACGGTGATGGTCTGGCCGTTGGACAGGGTAACCGTTACCGGCGTCTGAGCAGGGTTGCTCAGGGTCACGGTGTAAGTGATCACGCCGCCTTCGGTTACGCTTGGCGAGGCGGTCAGGGTCGCGGTGGTGGTGTCGATTGTATCGGTCACCTGGGTAACCGCTGGCGTTTGCGGCAATGTCACCGTCAGCCCACCACCTCCGGTACTACCTGTCACGGTGGCCGAAATCTGGCCCCCGTCGATGT > CP009974/1899084‑1899383 | gACGTCATTGGCCGGGGTCTGGAAATCAACGCTGCCCTGGGTTTTACCCGCTTCAACGGTGATGGTCTGGCCGTTGGACAGGGTAACCGTTACCGGCGTCTGAGCAGGGTTGCTCAGGGTCACGGTGTAAGTGATCACGCCGCCTTCGGtt < 1:3218993/151‑1 (MQ=255) aCGTCATTGGCCGGGGTCTGGAAGTTGACGCTGCCCTGGGTTTTACCCGCTTCAACGGTGATGACTTGGCCGTTGGACAGGGTCACGGTTACCGGCGTCTGAGCAGGGTTGCTTAGGGTCACGGTGTAGGTGATCACGCCGCCTTCGGTga > 1:7228346‑M2/1‑149 (MQ=255) cGTCATTGGCCGGCGTCTGGAAATCGACGCTGCCCTGGGTTTTACCCGCTTCAACGGTGATGGTCTGGCCGTTGGACAGAGTAACCGTTACCGGCGTCTGAGCAGGGTTGCTCAGGGTCACGGGGTAAGTGATCTCGCCGCCTTCGGTTAc > 1:1215731/1‑151 (MQ=255) tCATTGGCCGGGGTCTGGAAGTTGACGCTGCCCTGGGTTTTACCCGCTTCAACGGTGATGACTTGGCCGTTGGACAGGGTCACGGTTACCGGCGTCTGAGCAGGGTTGCTTAGGGTCACGGTGTAGGTGATCACGCCGCCTTCGGTgaccg < 1:6433865‑M2/151‑6 (MQ=255) aaTTGGCAGGGGTCTGGAAATCGACGCTGCCCTGGGTTTGACCCGCTTCCACGGTGATGGTCTGGCCGTTGGACAGGGTAACCGTTACCGGCGTCTGAGCAGGGTTGCTCAGGGTCACGGTGTAAGTGATCACGCCGCCTTCGGTTACGCt < 1:1566780/150‑1 (MQ=255) tGGCCGGGGTCTGGAAATCAACGCTGCCCTGGGTTTTACCCGCTTCAACGGTGATGGTCTGGCCGTTGGACAGGGTAACCGTTACCGGCGTCTGAGCAGGGTTGCTCAGGGTCACGGTGTAGGTGATCACGCCGCCTTCGGTTACGCTTgg > 1:1435840/1‑151 (MQ=255) cGGGGTCTGGAAATCAACGCTGCCCTGGGTTTTACCCGCTTCAACGGTGATGGTCTGGCCGTTGGACAGGGTCACGGTTACCGGCGTCTGAGCAGGGTTGCTCAGGGTCACGGTGTAGGTGATCACGCCGCCTTCGGTgaccgatggcccc < 2:6388691‑M2/151‑14 (MQ=255) ggcgTCTGGAAATCGACGCTGGCCTGGGTTTTACCCGCTTCAACGGTGATGGTCTGGCCGTTGGACAGAGTAACCGTTACCGGCGTCTGAGCAGGGTTGCTCAGGGTCACGGTGTAGGTGATCACGCCGCCTTCGGTTACGCTTGGCGAgg > 1:3890222/4‑151 (MQ=255) ggcgTCTGGAAATCGACGCTGCCCTGGGTTTTACCCGCTTCAACGGTGATGGTCTGGCCGTTGGACAGGGTAACCGTTACCGGCGTCTGAGCAGGGTTGCTCAGGGTCACGGTGTAGGTGATCACGCCGCCTTCGGTTACGCTTGGCGAgg < 1:4453278/148‑1 (MQ=255) gggTCTGGAAGTTGACGCTGCCCTGGGTTTTACCCGCTTCAACGGTGATGGTCTGGCCGTTGGACAGGGTAACCGTTACCGGCGTCTGAGCAGGGTTGCTCAGGGTCACGGTGTAAGTGATCACGCCGCCTTCGGTTACGCTTGGCGAGGc < 2:4128772/151‑1 (MQ=255) gggTCTGGAAGTTGACGCTGCCCTGGGTTTTACCCGCTTCAACGGTGATGGTCTGGCCGTTGGACAGGGTAACCGTTACCGGCGTCTGAGCAGGGTTGCTCAGGGTCACGGTGTAAGTGATCACGCCGCCTTCGGTTACGCTTGGCGAGGc < 1:5700541/151‑1 (MQ=255) ggAAATCAACGCTGCCCTGGGTTTTACCCGCTTCAACGGTGATGGTCTGGCCGTTGGACAGGGTAACCGTTACCGGCGTCTGAGCAGGGTTGCTCAGGGTCACGGTGTAGGTGATCACGCCGCCTTCGGTgaccgacggg > 2:1400961‑M2/1‑130 (MQ=255) aagttgaCGCTGCCCTGGGTTTTACCCGCTTCAACGGTGATGGTCTGGCCGTTGGACAGGGTAACCGTTACCGGCGTCTGAGCAGGGTTGCTCAGGGTCACGGTGTAAGTGATCACGCCGCCTTCGGTTACGCTTGGCGAGGCGGTCAggg < 1:1074205/145‑1 (MQ=255) ggatgacggtgCGCTGGGTTTTACCCGCGTCAGCGGTTGTGACTTGGCCGTTGGACAGGGTGGCCGTTACCGGCGTCTGAGCAGGGTTGCTCAGGGTCACGGTGTAGGTGATCACGCCGCCTTCGGTgaccgacgggctcgccgtcagggt > 2:3263662‑M2/6‑127 (MQ=255) agttgaCGCTGCCCTGGGTTTTACCCGCTTCAACGGTGATGGTCTGGCCGTTGGACAGGGTAACCGTTACCGGCGTCTGAGCAGGGTTGCTCAGGGTCACGGTGTAAGTGATCACGCCGCCTTCGGTTACGCTTGGCGAGGCGGTCAGGGt < 2:3482817/146‑1 (MQ=255) gttgacgctGCCCTGGGTTTTACCCGCTTCAACGGTGATGACTTGGCCGTTGGACAGGGTCACGGTTACCGGCGTCTGAGCAGGGTTGCTTAGGGTCACGGTGTAGGTGATCACGCCGCCTTCGGTgaccgacgggctcgccgtcagggtc > 1:2690376‑M2/5‑126 (MQ=255) cAACGCTGCCCTGGGTTTTACCCGCTTCAACGGTGATGGTCTGGCCGTTGGACAGGGTAACCGTTACCGGCGTCTGAGCAGGGTTGCTCAGGGTCACGGTGTAAGTGATCACGCCGCCTTCGGTTACGCTTGGCCAGGCGGTCAGGGTcgc > 2:5807710/1‑151 (MQ=255) aaCGCTGCTTTGGGTTTTACTCGCTTCAACGGTGATGGTCTGGTTGTTGGACAGGGTAACCGTTACCGGCGTCTGAGTAGGGTTGTTTAGGGTCACGGGGTAAGTGATCACGCCGCCTTCGGTTACGCTTGGCGAGGCGGTCAGGGTcgcg > 2:1545700/1‑151 (MQ=255) aCGCTGCCCTGGGTTTTACCCGCTTCAACGGTGATGGTCTGGCCGTTGGACAGGGTAACCGTTACCGGCGTCTGAGCAGGGTTGCTCAGGGTCACGGTGTAGGTGATCACGCCGCCTTCGGTTACGCTTGGCGAGGCGGTCAGGGTCGCgg < 2:6499889/151‑1 (MQ=255) tGCCCTGGGTTTTACCCGCTTCAACGGTGATGGTCTGGCCGTTGGACAGGGTAACCGTTACCGGCGTCTGAGCAGGGTTGCTCAGGGTCACGGTGTAGGTGATCACGCCGCCTTCGGTTACGCTTGGCGAGGCGGTCAGGGTCGCggtggt < 2:3607533/151‑1 (MQ=255) tGCCCTGGGTTTTACCCGCTTCAACGGTGATGGTCTGGCCGTTGGACAGGGTAACCGTTACCGGCGTCTGAGCAGGGTTGCTCAGGGTCACGGTGTAAGTGATCACGCCGCCTTCGGTTACGCTTGGCGAGGCGGTCAGGGTCGCggtggt < 2:6645741/151‑1 (MQ=255) cccTGGGTTTTGCCGGCTTCAACGGTAATGGTTTGGCCGTTGGACAGGGTCACGGTTACCGGCGTCTGAGCAGGGTTGCTCAGGGTCACGGTGTAAGTGATCACGCCGCCTTCGGTCACGCTTGGCGAGGCGGTCAGGGTCGCcgtgttgg > 2:5417444/1‑151 (MQ=255) cccTGGGTTTTACCCGCTTCAACGGTGATGGTCTGGCCGTTGGACAGGGTAACCGTTACCGGCGTCTGAGCAGGGTTGCTCAGGGTCACGGTGTAGGTGATCACGCCGCCTTCGGTTACGCTTGGCGAGGCGGTCAGGGTCGCggtggtgg < 2:2673326/151‑1 (MQ=255) tGGGTTTTACCCGCTTCAACGGTGATGGTCTGGCCGTTGGACAGGGTAACCGTTACCGGCGTCTGAGCAGGGTTGCTCAGGGTCACGGTGTAAGTGATCACGCCGCCTTCGGTTACGCTTGGCGAGGCGGTCAGGGTCGCggtggtggcgt > 2:2438468/1‑148 (MQ=255) gggTTTTACCCGCTTCAACGGTGATGACTTGGCCGTTGGACAGGGTCACGGTTACCGGCGTCTGAGCAGGGTTGCTTAGGGTCACGGTGTAGGTGATCACGCCGCCTTCGGTgaccgacgggctcgccgtcagggtcgcggtggtggtgtc > 1:693517‑M2/1‑112 (MQ=255) ggTTTTACCCGCTTCAACGGTGATGGTCTGGCCGTTGGACAGGGTCACGGTTACCGGCGTCTGAGCAGGGTTGCTCAGGGTCACGGTGTAAGTGATCACGCCGCCTTCGGTCACGCTTGGCGAGGCGGTCAGGGTCGCAGTGGTGGTGTCg > 2:1989427/1‑151 (MQ=255) ttttACCCGCTTCAACGGTGATGGTCTGGCCGTTGGACAGGGTAACCGTTACCGGCGTCTGAGCAGGGTTGCTCAGGGTCACGGTGTAGGTGATCACGCCGCCTTCGGTgacggacgggctcgccgtcagggtcgcggtggtggcgtcgac < 1:4339533‑M2/151‑43 (MQ=255) tttACCCGCTTCAACGGTTATGACTTGGTCGTGGGGCAGGGTCACGGTTAGCGGCGTCTGGGCAGGGTTGCTTAGGGTCACGGTGTAGGTGATCACGCCGCCTTCGGTgaccgacgggctcgccgtcagggtcgcggtggtggtgtcgacc > 1:3784473‑M2/1‑108 (MQ=255) tttACCCGCTTCAACGGTGATGGTCTGGCCGTTGGACAGGGTCACGGTTACCGGCGTCTGAGCAGGGTTGCTCAGGGTCACGGTGTAGGTGATCACGCCGCCTTCGGTgaccgacgggctcgccgtcagggtcgcggtggtggcgtcgacc < 2:1021997‑M2/151‑44 (MQ=255) tACCCGCTTCAACGGTGATGGTCTGGCCGTTGGACAGGGTAACCGTTACCGGCGTCTGAGCAGGGTTGCTCAGGGTCACGGTGTAAGTGATCACGCCGCCTTCGGTTACGCTTGGCGAGGCGGTCAGGGTCGCGGTGGTGGCGTCGAccga < 1:515071‑M2/151‑5 (MQ=255) aCCCGCTTCAACGGTGATGGTCTGGCCGTTGGACAGGGTAACCGTTACCGGCGTCTGAGCAGGGTTGCTCAGGGTCACGGTGTAAGTGATCACGCCGCCTTCGGTTACGCTTGGCGAGGCGGTCAGGGTCGCggtggtgg < 1:703740/140‑1 (MQ=255) cccGCTTCAACGGTGATGGTCTGGCCGTTGGACAGGGTCACGGTTACCGGCGTCTGAGCAGGGTTGCTCAGGGTCACGGTGTAAGTGATCACGCCGCCTTCGGTCACg > 1:928456/1‑108 (MQ=255) cggCTTCAACGGTAATGGTTTGGCCGTTGGACAGGGTCACGGTTACCGGCGTCTGAGCAGGGTTGCTCAGGGTCACGGTGTAAGTGATCACGCCGCCTTCGGTCACGCTTGGCGAGGCGGTCAGGGTCGCAGTGGTGGTGTCGATTGTATc > 2:2137228/3‑151 (MQ=255) ccGCTTCAACGGTGATGGTCTGGCCGTTGGACAGGGTAACCGTTACCGGCGTCTGAGCAGGGTTGCTCAGGGTCACGGTGTAGGTGATCACGCCGCCTTCGGTTACGCTTGGCGAGGCGGTCAGGGTCGCGGTGGTGGCGTCGAccgagtc > 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natGGTCTGGCCGTTGGACAGGGTAACCGTTACCGGCGTCTGAGCAGGGTTGCTCAGGGTCACGGTGTAAGTGATCACGCCGCCTTCGGTTACGCTTGGCGAGGCGGTCAGGGTCGCGGTGGTGGCGTCGAccgagtcgttgatcgtggtc < 1:2043867‑M2/150‑21 (MQ=255) aTGGTCTGGCCGTTGGACAGGGTCACGGTTACCGGCGTCTGAGCAGGGTTGCTCAGGGTCACGGTGTAGGTGATCACGCCGCCTTCGGTgaccgacgggctcgccgtcagggtcgcggtggtggcgtcgaccgagtcgttgatcgtggtct > 1:1301132‑M2/1‑89 (MQ=255) tGGTTTGGCCGTTGGACAGGGTCACGGTTACCGGCGTCTGAGCAGGGTTGCTCAGGGTCACGGTGTAAGTGATCACGCCGCCTTCGGTCACGCTTGGCGAGGCGGTCAGGGTCGCAGTGGTGGTGTCGATTGTATCGGTCACCTGGGTAAc < 2:3854186/151‑1 (MQ=255) acttggcCGTTGGACAGGGTAACCGTTACCGGCGTCTGAGCAGGGTTGCTCAGGGTCACGGTGTAGGTGATCACGCCGCCTTCGGTgactgacgggctcgccgtcagggtcgcggtggtggcgtcgaccgagtcgttgatcgtggtctgag > 1:6793136‑M2/4‑86 (MQ=255) cTGGCCGTTGGACAGAGTAACCGTTACCGGCGTCTGAGCAGGGTTGCTCAGGGTCACGGTGTAGGTGATCACGCCGCCTTCGGTTACGCTTGGCGAGGCGGTCAGGGTCGCGGTGGTGGCGTCGAccgagtcgttgatcgtggtctgagcc > 2:5189923‑M2/1‑125 (MQ=255) 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aGGGTTGCTCAGGGTCACGGTGTAAGTGATCACGCCGCCTTCGGTTACGCTTGGCGAGGCGGTCAGGGTCGCGGTGGTGGCGTCGAccgagtcgttgatcgtggtctgagccggcgtcgggttcggggtcagttgctcgaaattaccgcca < 2:7135979‑M2/151‑66 (MQ=255) cTCAGGGTCACGGTGTAGGTGATCACGCCGCCTTCGGTgactgacgggctcgcggtcagggtcgcggtggtggcgtcgaccgagtcgttgatcgtggtctgagccggcgtcgggttcggggtcagttgctcgaaattaccgccagtggcgt > 1:2406383‑M2/1‑38 (MQ=255) cAGGGTCACGGTGTAGGTGATCACGCCGCCTTCGGTTACGCTTGGCGAGGCGGTCAGGGTCGCGGTGGTGGCGTCGAccgagtcgttgatcgtggtctgagccggcgtcgggttcggggtcagttgctcgaaattaccgccagtggcgttc > 2:1650929‑M2/1‑77 (MQ=255) cAGGGTCACGGTGTAGGTGATCACGCCGCCTTCGGTTACGCTTGGCGAGGCGGTCAGGGTCGCGGTGGTGGCGTCGAccgagtcgttgatcgtggtctgagccggcgtcgggttcggggtcagttgctcgaaattaccgccagtggcgttc < 1:4214505‑M2/151‑75 (MQ=255) gTCACGGTGTAAGTGATCACGCCGCCTTCGGTCACGCTTGGCGAGGCGGTCAGGGTCGCAGTGGTGGTGTCGATTGTATCGGTCACCTGGGTAACCGCTGGCGTTTGCGGCAATGTCACCGTCAGCCCACCACCTCCGGTACTACCTGTCa > 2:402349/1‑151 (MQ=255) cACGGTGTAGGTGATCACGCCGCCTTCGGTgaccgacgggctcgccgtctgggtcgcggtggtggcgtcgaccgagtcgttgatcgtggtctgagccggcgtcgggttcggggtccgttgctcgaaattaccgccagtggcgttctcgatg > 2:2559994‑M2/1‑30 (MQ=255) aCGGTGTAGGTGATCACGCCGCCTTCGGTgaccgacgggctcgccgtcagggtcgcggtggtggcgtcgaccgagtcgttgatcgtggtct < 1:6534897‑M2/91‑63 (MQ=255) tgtAGGTGATCACGCCGCCTTCGGTgactgaggggcgcgccgtcagggtcgcggtggtggcgtcgaccgagtcgttgatcgtggtctgagccggcgtcgggttcggggtcagttgctcgaaattaccgccagcggcgttctcgatggtgac > 2:4384600‑M2/1‑25 (MQ=255) ggtGATCACGCCGCCTTCGGTgactgacgggctcgccgtcagggtcgcggtggtg < 1:6110768‑M2/54‑35 (MQ=255) gTGATCACGCCGCCTTCGGTTACGCTTGGCGAGGCGGTCAGGGTCGCGGTGGTGGCGTCGAccgagt < 1:815119‑M2/67‑7 (MQ=255) tGATCACGCCGCCTTCGGTTACGCTTGGCGAGGCGGTCAGGGTCGCGGTGGTGGCGTCGAccgagtcgttgatcgtggtctgagccggcgtcgggttcggggtcagttgctcgaaattaccgccagcggcgttctcgatggtgacgctgac > 1:1002344‑M2/1‑60 (MQ=255) gATCACGCCGCCTTCGGTTACGCTTGGCGAGGCGGTCAGGGTCGCGGTGGTGGCGTCGAccgagtcgttgat > 1:6252515‑M2/1‑59 (MQ=255) aTCACGCCGCCTTCGGTgaccgacgggctcgccgtcagggtcgcggtggtggcgtcgaccgagtcgttgatcgtggtctgagccggcgtcgggttcggggtcagttgctcgaaattaccgccagtggcgttctcgatggtgacgctgacgg < 2:2913309‑M2/151‑135 (MQ=255) tCACGCCGCCTTCGGTgactgacgggctcgccgtcagggtcgcggtggtggcgtcgaccgagtcgttgatcgtggtctgagccggcgtcgggttcggggtcagttgctcgaaattaccgccagtggcgttctcgatagtgacgctgacggt < 1:1934551‑M2/151‑136 (MQ=255) aCGCCGCCTTCGGTCACGCTTGGCGAGGCGGTCAGGGTCGCAGTGGTGGTGTCGATTGTATCGGTCACCTGGGTAACCGCTGGCGTTTGCGGCAATGTCACCGTCAGCCCACCACCTCCGGTACTACCTGTCACGGTGGCCGAAATCTGGc > 2:695575/1‑151 (MQ=255) ccTTCGGTgaccgacgggctcgccgtcagggtcgcggtggtggcgtcgaccgagtcgttgatcgtggtctgagccggcgtcgggttcggggtcagttgctcgaaattaccgccagtggcgttctcgata < 2:3699190‑M2/129‑122 (MQ=255) cTTCGGTTACGCTTGGCGAGGCGGTCAGGGTCGCGGTGGTGGTGTCGAccgagtcgttgatcgtggtctgagccggcgtcgggttcggggtcagttgc < 1:2570301‑M2/98‑51 (MQ=255) ttCGGTTACGCTTGGCGAGGCGGTCAGGGTCGCGGTGGTGGCGTCGAccgagtcgttgatcgtggtctgagccggcgtcgggttcggggtcagttgctcgaaattaccgccagtggcgttctcgatagtgacgctgacggtcgagccgttg < 2:5282955‑M2/151‑105 (MQ=255) ttCGGTTACGCTTGGCGAGGCGGTCAGGGTCGCGGTGGTGGCGTCGAccgagtcgttgatcgtggtctgagccggcgtcgggt < 2:2794403‑M2/83‑37 (MQ=255) tCGGTTACGCTTGGCGAGGCGGTCAGGGTCGCGGTGGTGGCGTCGAccgagtcgttgatcgtggtctgagccggcgtcgggttcggggtcagttgctcgaaattaccgccagcggcgttctcgatggtgacgctgacggtcgaaccgttgt > 2:4567435‑M2/1‑46 (MQ=255) cGGTTACGCTTGGCGAGGCGGTCAGGGTCGCGGTGGTGGCGTCGAccgagtcgttgatcgtggtctgagccggcgtcgggttcggggtcagttg > 1:4043833‑M2/1‑45 (MQ=255) ggTTACGCTTGGCGAGGCGGTCAGGGTCGCGGTGGTGGCGTCGAccgagtcgttgatcgtggtctgagccggcgtcgggttcggggtcagttgctcgaaattaccgccagtggcgttctcgatagtgacgctgacggtcgagccgttgttg < 2:6243029‑M2/151‑108 (MQ=255) ggTTACGCTTGGCGAGGCGGTCAGGGTCGCGGTGGTGGCGTCGAccgagtcgttgatcgtggtctgagccgg < 2:6847244‑M2/72‑29 (MQ=255) ggTTACGCTTGGCGAGGCCGTCAGGGTCGCGGTGGTGGTGTCGAccgagtcgttgatcgtggtctgagccggcgtcgggttcggggtcagttgctcgaaattaccgccagcggcgttctcgatggtgacgctgacggt > 1:4612999‑M2/1‑44 (MQ=255) gTgactgacgggctcgccgtcagggtcgcggtggtggtgtcgaccgagtcgttgatcgtggtctgagccggcgtc > 2:1287675‑M2/1‑2 (MQ=255) gTgactgacgggctcgccgtcagggtcgcggtggtggcgtcgaccgagtcgttgatcgtggtctgagccggcgtcgggttcggggtcagttgctcgaaattaccgccagcggcgttctcgatggtgacgctgacggtcgagccgttgttat < 2:754295‑M2/151‑150 (MQ=255) gTgaccgacgggctcgccgtcagggtcgcggtggtggtgtcgaccgagtcgttgatcgtggtctgagtcggcgtcggg > 2:4700792‑M2/1‑2 (MQ=255) | AGACGTCATTGGCCGGGGTCTGGAAATCAACGCTGCCCTGGGTTTTACCCGCTTCAACGGTGATGGTCTGGCCGTTGGACAGGGTAACCGTTACCGGCGTCTGAGCAGGGTTGCTCAGGGTCACGGTGTAAGTGATCACGCCGCCTTCGGTTACGCTTGGCGAGGCGGTCAGGGTCGCGGTGGTGGTGTCGATTGTATCGGTCACCTGGGTAACCGCTGGCGTTTGCGGCAATGTCACCGTCAGCCCACCACCTCCGGTACTACCTGTCACGGTGGCCGAAATCTGGCCCCCGTCGATGT > CP009974/1899084‑1899383 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |