Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009974 | 1,277,671 | 0 | G | A | 70.5% | 445.4 / 288.9 | 411 | intergenic (+140/+98) | RPPX_05635/RPPX_05640 | aldehyde dehydrogenase/mechanosensitive ion channel protein MscS |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (43/76); new base A (159/126); total (206/205) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.52e-04 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. |
Only 100 of 434 total aligned reads displayed.
GCCTGGGCTGATATCGCAAGGAGCCGCGTTATGGCACCGGCCCTGCCGGTGTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACGACGGCCTGTGTCCAACCCCCGAGGTGTGTCCACCACCAATCTGCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAATACGGTGGCGGCGGCAACGGTGAACGGCGGGTGGAAATTGGCCAGCAGGGCCGGCCCTTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTGCCAGCTGGACAGCCCACCCGATGCCTACACCGACTCGTCAGCCGGCCGCGCCCCCTCCTGCACCAGCACCATGC > CP009974/1277521‑1277818 | gtgctagtatCGCGAGGAGCCGCGCTATGGCACCGGCCCTGCCGGTGCTCGCGGGTAAACCCGCTCCTCCGCGACGGCCTGTGTCCAACCCTCGACGTCTGTCCACCACCAATCTGCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAATACGGtggtgg < 2:3152042/144‑1 (MQ=17) gCTGATATCGCAAGGAGCCGCGTTATGGCACCGGCCCTGCCGGTGTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACGACGGCCTGTGTCCAACCCTCGACGTGTGTCCACCACCAATCTGCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAATACGGTggtggcg < 1:951747/151‑1 (MQ=255) gATATCGCAAGGAGCCGCGTTATGGCACCGGCCCTGCCGGTGTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACGACGGCCTGTGTCCAACCCTCGACGTGTGTCCACCACCAATCTGCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAATACGGTGGTGGCGGCa < 2:179389/151‑1 (MQ=255) gCAAGGAGCCGCGTTATGGCACCGGCCCTGCCGGTGTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACGACGGCCTGTGTCCAACCCTCGACGTGTGTCCACCACCAATCTGCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAATACGGTGGTGGCGGCAACGGTg < 1:6572974/151‑1 (MQ=255) aaGGAGCCGCGTTATGGCACCGGCCCTGCCGGTGTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACGACGGCCTGTGTCCAACCCTCGACGTGTGTCCACCACCAATCTGCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAATACGGTGGTGGCGGCAACGGTGaa < 1:5536863/151‑1 (MQ=255) ggAGCCGCGTTATGGCACCGGCCCTGCCGGTGTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACGACGGCCTGTGTCCAACCCTCGACGTGTGTCCACCACCAATCTGCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAATACGGTGGTGGCGGCAACGGTGAAcg < 2:2288530/151‑1 (MQ=255) ggCCGCGTTATGGCACCGGCCCTGCCGGTGTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACGACGGCCTGTGTCCAACCCTCGACGTGTGTCCACCACCAATCTGCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAATACGGTGGTGGCGGCAACGGTGAAcggc < 2:733079/150‑1 (MQ=255) ccGCGTTATGGCACCGGCCCTGCCGGTGTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACGACGGCCTGTGTCCAACCCTCGACGTGTGTCCACCACCAATCTGCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAATACGGTGGTGGCGGCAACGGTGAAcggcgg > 1:7035779/1‑151 (MQ=255) gcgTTATGGCACCGGCCCGGCCGGTGTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGTGACGGCCTGTGTCCAACCCTCGACGTGTGTCCACCACCAATCTGCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAATACGGTGGTGGCGGCAACGGTGAACGGCGGGt < 2:6958012/151‑1 (MQ=14) gTTATGGCACCGGCCCTGCCGGTGTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACGACGGCCTGTGTCCAACCCTCGACGTGTGTCCACCACCAATCTGCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAATACGGTGGTGGCGGCAACGGTGAACGGCGGGTgg < 2:4606501/151‑1 (MQ=255) cACCGGCCCTGCCGGTGTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACGACGGCCTGTGTCCAACCCTCGACGTGTGTCCACCACCAATCTGCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAATACGGTGGTGGCGGCAACGGTGAACGGCGGGTGGAAATTgg > 2:884096/1‑151 (MQ=255) ccGGCCCTGCCGGTGTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACGACGGCCTGTGTCCAACCCTCGACGTGTGTCCACCACCAATCTGCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAATACGGTGGTGGCGGCAACGGTGAACGGCGGGTGGAAATTGGcc > 1:1866353/1‑151 (MQ=255) ggccctttCGCGGGTGACCCCGCTCCTACACGACGGCCTGCGTCCAACCTCCGGTGTGTGTCCACAACCCATCTGCGCAGGAGCGGGTTTACCCGCGAATACGGTAGCGGCGGCAACGGTGAACGGCGGGTGGAAATTGGCCAGCAGggcc < 1:3827835/145‑1 (MQ=11) ggccctttCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACGACGGCCTGTGTCCAACCCCAGAGGTGTGTCCACCACCAATCTGCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCAAATACGGTAGCGGCGGCAACAGTGAACGGCGGGTGGAAATTGGCCAGCAGggcc < 1:2259896/145‑1 (MQ=1) ggccctttCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACGACGGCCTGTGTCCAACCCCAGAGGTGTGTCCACCACCAATCTGCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCAAATACGGTAGCGGCGGCAACAGTGAACGGCGGGTGGAAATTGGCCAGCAGggcc > 1:2052460/7‑151 (MQ=1) ccGGTGGTCGCGGGTAAACCCGCCCCTACACGACGGCCTGTGTCCAACCCTCGACGTGTGTCCACCACCAATCTGCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAATACGGTGGTGGCGGCAACGGTGAACGGCGGGTGGAAATTGGCCAGCAGggcc < 2:5850155/151‑1 (MQ=255) gcccttgcgcgGGTGAACCCGCGCCTACACGACGGCCTGCGTCCAACCTCCGGTGTGTGTCCACAACCCATCTGCGCAGGAGCGGGTTTACCCGCGAATACGGTAGCGGCGGCAACGGTGAACGGCGGGTGGAAATTGGCCAGCAGggccg < 2:3999536/144‑1 (MQ=11) gcccttccgcgGGGGAGCCCGCTCCCACACGACGGCCTGCGTCCAACCTCCGGTGTGTGTCCACAACCCATCTGCGCAGGAGCGGGTTTACCCGCGAATACGGTAGCGGCGGCAACGGTGAACGGCGGGTGGAAATTGGCCAGCAGggccg < 1:1300752/144‑1 (MQ=11) 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cccGCTCCTACACGGGGGCCTGTGTCCAACCCGAGAGGTGTGTCCACCACCAATCTGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAATACGGTAGCGGCGGCAACAGTGAACGGCGGGTGGAAATTGGCCAGCAGGGCCGGCCCTTTCGCGGGTaaa < 2:4484155/151‑1 (MQ=11) cccGCTCCTACACGACGGCCTGCGTCCAACCCCCGGTGTGTGTCCACAACCCCTCTGCGCAGGACCGGGGTTACCCGCGGCGACGGTCGCGGCGGCAGCGGTGAAGGGCGGGCCGAAATTGGCCAGCCGGGCCCGGCTCGTCGCGGGCaaa > 2:4369022/1‑151 (MQ=2) ccGCTCCTACACGGCGGCCTGTGTCCAACCCCAGAGGTGTGTCCACCACCAATCTGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAATACGGTAGCGGCGGCAACAGTGAACGGCGGGTGGAAATTGGCCAGCAGGGCCGGCCCTTCCGCGGGTAAAc > 2:571680/1‑151 (MQ=11) ggcgccTACACGGCGGCCTGTGTCGAACCCTCGAGGTGTGTCCGCCACGAGTCTGCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAATACGGTGGTGGCGGCAACGGTGAACGGCGGGTGGAAATTGGCCAGCAGGGCCGGCCCTTTCGCGGGTAAAcc < 2:6220307/147‑1 (MQ=11) cGCTCCTACACGACGGCCTGCGTCCAACCTCCGGTGTGTGTCCACAACCCATCTGCGCAGGAGCGGGTTTACCCGCGAATACGGTAGCGGCGGCAACGGTGAACGGCGGGTGGAAATTGGCCAGCAGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAAcc < 1:165985/151‑1 (MQ=11) 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cgacgGCCTGTGTCCAACCCCAGAGGTGTGTCCACCACCAATCTGCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCAAATACGGTAGCGGCGGCAACAGTGAACGGCGGGTGGAAATTGGCCAGCAGGGCCGGCCCTTTCGCGGGTAAACCCGCTCCtaca < 1:2624687/151‑4 (MQ=14) cgacgGCCTGTGCCCAACCCCAGAGGTGTGTCCACCACCAATCTGCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCAAATACGGTAGCGGCGGCAACAGTGAACGGCGGGTGGAAATTGGCCAGCAGGGCCGGCCCTTTCGCGGGTAAACCCGCTCCtaca < 1:4380785/151‑4 (MQ=14) gacgGCCTGTGTCCAACCCGCGAGGTGTGGCCACCACCAATCTGCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCAAATACGGTAGCGGCGGCAACAGTGAACGGCGGGTGGAAATTGGCCAGCAGGGCCGGCCCTTTCGCGGGTAAACCCGCTCCtacac < 2:4576046/151‑5 (MQ=14) gacgGCCTGTGTCCAACCCCAGAGGTGTGTCCACCACCAATCTGCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCAAATACGGTAGCGGCGGCAACAGTGAACGGCGGGTGGAAATTGGCCAGCAGGGCCGGCCCTTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCa > 1:6449257/1‑151 (MQ=14) gcgGCCTGTGTCCAACCCCAGAGGTGTGTCCACCACCAATCTGCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAATACGGTAGCGGCGGCAACAGTGAACGGCGGGTGGAAATTGGCCAGCAGGGCCGGCCCTTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTGCCAg < 2:645864/150‑1 (MQ=255) 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caccaATCAGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGACGGTCGCGGCGGCAACAGTGAACGGCGGGTGGAAATTGGCCAGCAGGGCCGGCCCTTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTGCCAGCTGGACAGCCCACCCGATGCCTACACCGACTCg < 1:5811552/151‑1 (MQ=255) ccaATCTGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAATACGGTAGCGGCGGCAACAGTGAACGGCGGGTGGAAATTGGCCAGCAGGGCCGGCCCTTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTGCCAGCTGGACAGCCCACCCGATGCCTACACCGACTCGTc > 2:2007649/1‑151 (MQ=255) caATCTGCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCAAATACGGTAGCGGCGGCAACAGTGAACGGCGGGTGGAAATTGGCCAGCAGGGCCGGCCCTTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTGCCAGCTGGACAGCCCACCCGATGCCTACACCGACTCGTCa < 2:1045821/151‑1 (MQ=255) aTCTGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAATACGGTAGCGGCGGCAACAGTGAACGGCGGGTGGAAATTGGCCAGCAGGGCCGGCCCTTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTGCCAGCTGGACAGCCCACCCGATGCCTACACCGACTCGTCAgc > 1:2916736/1‑151 (MQ=255) cTGTGTAGGAGCGGGCTTACGCGCGAATACGGTAGCGGCGGCAACAGTGAACGGCGGGTGGAAATTGGCCAGCAGGGCCGGCCCTTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTGCCAGCTGGACAGCCCACCCGATGCCTACACCGACTCGTCAgccg < 1:2388999/151‑1 (MQ=255) tctgTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAATACGGTAGCGGCGGCAACAGTGACCGGCGGGTGGAAATTGGCCAGCAGGGCCGGCCCTTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTGCCAGCTGGACAGCCCACCCGATGCCTACACCGACTCGTCAgccgg < 1:4500647/148‑1 (MQ=255) gtgTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAATACGGTAGCGGCGGCAACAGTGAACGGCGGGTGGAAATTGGCCAGCAGGGCCGGCCCTTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTGCCAGCTGGACAGCCCACCCGATGCCTACACCGACTCGTCAgccggc > 1:4055558/3‑151 (MQ=255) cGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAATACGGTAGCGGCGGCAACAGTGAACGGCGGGTGGAAATTGGCCAGCAGGGCCGGCCCTTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTGCCAGCTGGACAGCCCACCCGATGCCTACACCGACTCGTCAgccggcc < 1:307216/151‑1 (MQ=255) tAGGAGCGGGTTTACCCGCGAATACGGTAGCGGCGGCAACAGTGAACGGCGGGTGGAAATTGGCCAGCAGGGCCGGCCCTTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTGCCAGCTGGACAGCCCACCCGATGCCTACACCGACTCGTCAGCCGGCcgc > 1:1190121/1‑151 (MQ=255) tAGGAGCGGGTTTACCCGCGAATACGGTAGCGGCGGCAACAGTGAACGGCGGGTGGAAATTGGCCAGCAGGGCCGGCCCTTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTGCCAGCTGGACAGCCCACCCGATGCCTACACCGACTCGTCAGCCGGCcgc > 1:1085162/1‑151 (MQ=255) gggTTTACCCGCGAATACGGTGGTGGCGGCAACGGTGAACGGCGGGTGGAAATTGGCCAGCAGGGCCGGCCCTTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTGCCa < 1:3009859/98‑1 (MQ=18) gggTTTACCCGCGAATACGGTGGTGGCGGCAACGGTGAACGGCGGGTGGAAATTGGCCAGCAGGGCCGGCCCTTTCGCGGGGAAACCCGCTCCTGCCa > 2:3009859/1‑98 (MQ=255) ttACCCGCGAATACGGTAGCGGCGGCAACAGTGAACGGCGGGTGGAAATTGGCCAGCAGGGCCGGCCCTTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTGCCAGCTGGACAGCCCACCCGATGCCTACACCGACTCGTCAGCCGGCCGCGCCCCCTCCTg > 2:4849467/1‑151 (MQ=255) tACCCGCGAATACGGTAGCGGCGGCAACAGTGAACGGCGGGTGGAAATTGGCCAGCAGGGCCGGCCCTTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTGCCAGCTGGACAGCCCACCCGATGCCTACACCGACTCGTCAGCCGGCCGCGCCCCCTCCTgc > 2:6507906/1‑151 (MQ=255) aCCCGCGAATACGGTAGCGGCGGCAACAGTGAACGGCGGGTGGAAATTGGCCAGCAGGGCCGGCCCTTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTGCCAGCTGGACAGCCCACCCGATGCCTACACCGACTCGTCAGCCGGCCGCGCCCCCTCCTgca > 1:1756247/1‑151 (MQ=255) gAATACGGTAGCGGCGGCAACAGTGAACGGCGGGTGGAAATTGGCCAGCAGGGCCGGCCCTTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTGCCAGCTGGACAGCCCACCCGATGCCTACACCGACTCGTCAGCCGGCCGCGCCCCCTCCTgcccccgcc > 2:3385481/1‑150 (MQ=255) gAATACGGTAGCGGCGGCAACAGTGAACGGCGGGTGGAAATTGGCCAGCAGGGCCGGCCCTTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTGCCAGCTGGACAGCCCACCCGATGCCTACACCGACTCGTCAGCCGGCCGCGCCCCCTCCTgcaccagca > 1:3680078/1‑151 (MQ=255) aaTACGGTAGCGGCGGCAACAGTGAACGGCGGGTGGAAATTGGCCAGCAGGGCCGGCCCTTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTGCCAGCTGGACAGCCCACCCGATGCCTACACCGACTCGTCAGCCGGCCGCGCCCCCTCCTgcaccagcac < 2:4979466/151‑1 (MQ=255) aaTACGGTAGCGGCGGCAACAGTGAACGGCGGGTGGAAATTGGCCAGCAGGGCCGGCCCTTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTGCCAGCTGGACAGCCCACCCGATGCCTACACCGACTCGTCAGCCGGCCGCGCCCCCTCCTgcaccagcac > 1:4667809/1‑151 (MQ=255) aTACGGTAGCGGCGGCAACAGTGAACGGCGGGTGGAAATTGGCCAGCAGGGCCGGCCCTTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTGCCAGCTGGACAGCCCACCCGATGCCTACACCGACTCGTCAGCCGGCCgcgc < 1:2477689/132‑1 (MQ=255) aTACGGTAGCGGCGGCAACAGTGAACGGCGGGTGGAAATTGGCCAGCAGGGCCGGCCCTTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTGCCAGCTGGACAGCCCACCCGATGCCTACACCGACTCGTCAGCCGGCCgcgc > 2:2477689/1‑132 (MQ=255) aTACGGTAGCGGCGGCAACAGTGAACGGCGGGTGGAAATTGGCCAGCAGGGCCGGCCCTTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTGCCAGCTGGACAGCCCACCCGATGCCTACACCGACTCGTCAGCCGGCCGCGCCCCCTCCTgcaccagcacc > 1:161594/1‑151 (MQ=255) aCGGTAGCGGCGGCAACAGTGAACGGCGGGTGGAAATTGGCCAGCAGGGCCGGCCCTTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTGCCAGCTGGACAGCCCACCCGATGCCTACACCGACTCGTCAGCCGGCCGCGCCCCCTCCTGCACCAGCACCAt < 1:2192269/151‑1 (MQ=255) aCGGTAGCGGCGGCAACAGTGAACGGCGGGTGGAAATTGGCCAGCAGGGCCGGCCCTTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTGCCAGCTGGACAGCCCACCCGATGCCTACACCGACTCGTCAGCCGGCCGCGCCCCCTCCTGCACCAGCACCAt < 1:6223601/151‑1 (MQ=255) ggTAGCGGCGGCAACAGTGAACGGCGGGTGGAAATTGGCCAGCAGGGCCGGCCCTTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTGCCAGCTGGACAGCCCACCCGATGCCTACACCGACTCGTCAGCCGGCCGCGCCCCCTCCTGCACCAGCACCATGc > 2:5480073/1‑151 (MQ=255) ggTAGCGGCGGCAACAGTGAACGGCGGGTGGAAATTGGCCAGCAGGGCCGGCCCTTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTGCCAGCTGGACAGCCCACCCGATGCCTACACCGACTCGTCAGCCGGCCGCGCCCCCTCCTGCACCAGCACCATGc > 1:3759037/1‑151 (MQ=255) ggTAGCGGCGGCAACAGTGAACGGCGGGTGGAAATTGGCCAGCAGGGCCGGCCCTTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTGCCAGCTGGACAGCCCACCCGATGCCTACACCGACTCGTCAGCCGGCCGCGCCCCCCCCTGCACCAGCACCATGc > 2:3086674/1‑151 (MQ=255) | GCCTGGGCTGATATCGCAAGGAGCCGCGTTATGGCACCGGCCCTGCCGGTGTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACGACGGCCTGTGTCCAACCCCCGAGGTGTGTCCACCACCAATCTGCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAATACGGTGGCGGCGGCAACGGTGAACGGCGGGTGGAAATTGGCCAGCAGGGCCGGCCCTTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTGCCAGCTGGACAGCCCACCCGATGCCTACACCGACTCGTCAGCCGGCCGCGCCCCCTCCTGCACCAGCACCATGC > CP009974/1277521‑1277818 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |