Predicted mutation | ||||||
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RA | CP009974 | 25,728 | G→A | intergenic (+153/‑418) | RPPX_00140 → / → RPPX_00145 | MarR family transcriptional regulator/(2Fe‑2S)‑binding protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP009974 | 25,728 | 0 | G | A | 97.7% | 1034.7 / ‑0.5 | 312 | intergenic (+153/‑418) | RPPX_00140/RPPX_00145 | MarR family transcriptional regulator/(2Fe‑2S)‑binding protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (3/4); new base A (137/163); total (145/167) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 322 total aligned reads displayed.
GTTGTGACTGCCGCGGTGGCCGTCACAGATACGCGGCCTGAGAGATCAAGCACATCGCGAGCAAGCTCGCTCACATTGGACACGCATCGGTGGTTGGACACAGGCCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAATGGGCCGGTCCTGCTGGCCAATCTCCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACACGCATCGGGGGTTCGGCACAGGCCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAAGGGCCGGCCCTGCTGGCCAATCTCCACC > CP009974/25581‑25875 | ttgtGACTGCCGCGGTGGCCGTCACAGATACGCGGCCTGAGAGATCAAGCACATCGCGAGCAAGCTCGCTCACATTGGACACGCATCGGTGGTTGGACACAGGCCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAATGGGCCGGTCCTGCTAGCCa < 2:6777798/151‑1 (MQ=255) ttgtGACTGCCGCGGTGGCCGTCACAGATACGCGGCCTGAGAGATCAAGCACATCGCGAGCAAGCTCGCTCACATTGGACACGCATCGGTGGTTGGACACAGGCCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAATGGGCCGGTCCTGCTAGCCa > 2:2818538/1‑151 (MQ=255) tgtgACTGCCGCGGTGGCCGTCACAGATACGCGGCCTGAGAGATCAAGCACATCGCGAGCAAGCTCGCTCACATTGGACACGCATCGGTGGTTGGACACAGGCCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAATGGGCCGGTCCTGCTAGCCaa < 1:936064/151‑1 (MQ=255) gtgACTGGCGCGGTGGCGGTCACAGATACGCGGCGTGAGAGATCAAGCACATCGCGAGCAAGCTCGCTCACATTGGCCACGCATCGGTGGTTGGACACAGGCCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAATGGGCCGGTCCTGCTAGCCAAt < 2:4824816/151‑1 (MQ=37) gtgACTGCCGCGGTGGCCGTCACAGATACGCGGCCTGAGAGATCAAGCACATCGCGAGCAAGCTCGCTCACATTGGACACGCATCGGTGGTTGGACACAGGCCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAATGGGCCGGTCCTGCTAGCCAAt < 2:4599130/151‑1 (MQ=255) aCTGCCGCGGTGGCCGTCACAGATACGCGGCCTGAGAGATCAAGCACATCGCGAGCAAGCTCGCTCACATTGGACACGCATCGGTGGTTGGACACAGGCCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAATGGGCCGGTCCTGCTAGCCAAtctc > 2:1441453/1‑151 (MQ=255) aCTGCCGCGGTGGCCGTCACAGATACGCGGCCTGAGAGATCAAGCACATCGCGAGCAAGCTCGCTCACATTGGACACGCATCGGTGGTTGGACACAGGCCGTCGTAGGAGCGGGTGCACCCGCGAATGCGCGGGTGCTGCTCGGCAAtctc > 1:3222679/1‑151 (MQ=38) tGCCGCGGTGGCCGTCACAGATACGCGGCCTGAGAGATCAAGCACATCGCGAGCAAGCTCGCTCACATTGGACACGCATCGGTGGTTGGACACAGGCCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAATGGGCCGGTCCTGCTAGCCAATCTcct < 1:1635903/151‑2 (MQ=255) tGCCGCGGTGGCCGTCACAGATACGCGGCCTGAGAGATCAAGCACATCGCGAGCAAGCTCGCTCACATTGGACACGCATCGGTGGTTGGACACAGGCCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAATGGGCCGGTCCTGCTAGCCAATCTcct < 1:5860966/151‑2 (MQ=255) tGCCGCGGTGGCCGTCACAGATACGCGGCCTGAGAGATCAAGCACATCGCGAGCAAGCTCGCTCACATTGGACACGCATCGGTGGTTGGACACAGGCCGTCGTAGGAGCGGGGTCACCCGCGAATGGGCCGGTCCTGCTCGCCACTCTccc > 2:7131352/1‑150 (MQ=255) gCCGCGGTGGCCGTCACAGATACGCGGCCTGAGAGATCAAGCACATCGCGAGCAAGCTCGCTCACATTGGACACGCATCGGTGGTTGGACACAGGCCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAATGGGCCGGTCCTGCTAGCCAATCTcctc < 2:493604/151‑3 (MQ=255) gcgGTGGCCGTCACAGATACGCGGCCTGAGAGATCAAGCACATCGCGAGCAAGCTCGCTCACATTGGACACGCATCGGTGGTTGGACACAGGCCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAATGGGCCGGTCCTGCTAGCCAATCTCCTCccg < 2:1073840/151‑1 (MQ=255) gcgGTGGCCGTCACAGATACGCGGCCTGAGAGATCAAGCACATCGCGAGCAAGCTCGCTCACATTGGACACGCATCGGTGGTTGGACACAGGCCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAATGGGCCGGTCCTGCTAGCCAATCTCCTCccg > 1:75315/1‑151 (MQ=255) ggTGGCCGTCACAGATACGCGGCCTGAGAGATCAAGCACATCGCGAGCAAGCTCGCTCACATTGGACACGCATCGGTGGTTGGACACAGGCCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAATGGGCCGGTCCTGCTAGCCAATCTCCTCccgcc > 1:6520557/1‑151 (MQ=255) tGGCCGTCACAGATACGCGGCCTGAGAGATCAAGCACATCGCGAGCAAGCTCGCTCACATTGGACACGCATCGGTGGTTGGACACAGGCCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAATGGGCCGGTCCTGCTAGCCAATCTCCTCCCGCCGt < 1:429386/151‑1 (MQ=255) ggCCGTCACAGATACGCGGCCTGAGAGATCAAGCACATCGCGAGCAAGCTCGCTCACATTGGACACGCATCGGTGGTTGGACACAGGCCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAATGGGCCGGTCCTGCTAGCCAATCTCCTCCCGCCGtt < 1:1066383/151‑1 (MQ=255) gCCGTCACAGATACGCGGCCTGAGAGATCAAGCACATCGCGAGCAAGCTCGCTCACATTGGACACGCATCGGTGGTTGGACACAGGCCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAAGGGCCGGCCCTGCTAGCCAATCTCCTCCCGCCGCTc > 2:5244989/1‑151 (MQ=255) ccGTCACAGATACGCGGCCTGAGAGATCAAGCACATCGCGAGCAAGCTCGCTCACATTGGACACGCATCGGTGGTTGGACACAGGCCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAATGGGCCGGTCCTGCTAGCCAATCTCCTCCCGCCGTTCa > 1:5593558/1‑151 (MQ=255) 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tACGCGGCCTGAGAGATCAAGCACATCGCGAGCAAGCTCGCTCACATTGGACACGCATCGGTGGTTGGACACAGGCCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAATGGGCCGGTCCTGCTAGCCAATCTCCTCCCGCCGTTCACCGTTgccgc < 1:881778/151‑1 (MQ=255) tACGCGGCCTGAGAGATCAAGCACATCGCGAGCAAGCTCGCTCACATTGGACACGCATCGGTGGTTGGACACAGGCCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAATGGGCCGGTCCTGCTAGCCAATCTCCTCCCGCCGTTCACCGTTgccgc > 1:2545436/1‑151 (MQ=255) caCGCGGCCTGAGAGATCAAGCACATCGCGAGCAAGCTCGCTCCCATTGGACACGCATCGGTGGTTGGACACAGGCCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAATGGGCCGGTCCTGCTAGCCAATCTCCTCCCGCCGTTCACCGTTgccgc < 2:6179787/150‑1 (MQ=255) aCGCGGCCTGAGAGAGCAAGCGCATCGCGAGCAAGCTCGCTCACATTGGAGCCGCATCGGTGGTTGGACACAGGCCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAATGGGCCGGTCCTGCTAGCCAATCTCCTCCCGCCGTTCACCGTTgccgcc < 2:6953555/151‑1 (MQ=25) gcgGCCTGAGAGATCAAGCACATCGCGAGCAAGCTCGCTCACATTGGACACGCATCGGTGGTTGGACACAGGCCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAATGGGCCGGTCCTGCTAGCCAATCTCCTCCCGCCGTTCACCGTTgccgccgc < 2:4228493/151‑1 (MQ=255) gcgGCCTGAGAAATCAAGCACATCGCGAGCAAGCTCGCTCACATTGGACACGCATCGGTGGTTGGACACAGGCCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAATGGGCCGGTCCTGCTAGCCAATCTCCTCCCGCCGTTCACCGTTgccgccgc < 1:2113287/151‑1 (MQ=255) ggCCTGAGAGATCAAGCACATCGCGAGCAAGCTCGCTCACATTGGACACGCATCGGTGGTTGGACACAGGCCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAATGGGCCGGTCCTGCTAGCCAATCTCCTCCCGCCGTTCACCGTTGCCGCCGCCa < 2:3611602/151‑1 (MQ=255) gCCTGAGAGATCAAGCACATCGCGAGCAAGCTCGCTCACATTGGACACGCATCGGTGGTTGGACACAGGCCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAATGGGCCGGTCCTGCTAGCCAATCTCCTCCCGCCGTTCACCGTTGCCGCCGCCAc < 1:1291438/151‑1 (MQ=255) cTGAGAGATCAAGCACATCGCGAGCAAGCTCGCTCACATTGGACACGCATCGGTGGTTGGACACAGGCCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAATGGGCCGGTCCTGCTAGCCAATCTCCTCCCGCCGTTCACCGTTGCCGCCGCCACCg > 1:1000319/1‑151 (MQ=255) cTGAGAGATCAAGCACATCGCGAGCAAGCTCGCTCACATTGGACACGCATCGGTGGTTGGACACAGGCCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAATGGGCCGGTCCTGCTAGCCAATCTCCTCCCGCCGTTCACCGTTGCCGCCGCCACCg < 1:2197184/151‑1 (MQ=255) 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gaTCAAGCACATCGCGAGCAAGCTCGCTCACATTGGACACGCATCGGTGGTTGGACACAGGCCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAATGGGCCGGTCCTGCTAGCCAATCTCCTCCCGCCGTTCACCGTTGCCGCCGCCACCGTATTcg > 1:4825471/1‑151 (MQ=255) aaGCACGTCGCGGGGAAGCTCGCTGACCTTGGACACGCATCGGTGGTTGGGCACAGGCCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAAGGGCCGGCCCTGCTGGCCAATCTCCACCCGCCGATCACCGTTACCGCCGCCACCGTATTCGCggg < 1:1297597/151‑1 (MQ=11) aGCACATCGCGAGCAAGCTCGCTCACATTGGACACGCATCGGTGGTTGGACACAGGCCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAATGGGCCGGTCCTGCTAGCCAATCTCCTCCCGCCGTTCACCGTTGCCGCCGCCACCGTATTCGCGGGt < 2:3695124/151‑1 (MQ=255) aGCACATCGCGAGCAAGCTCGCTCACATTGGACACGCATCGGTGGTTGGACACAGGCCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAATGGGCCGGTCCTGCTAGCCAATCTCCTCCCGCCGTTCACCGTTGCCGCCGCCACCGTATTCGCGGGt < 2:6363478/151‑1 (MQ=255) acaTCGCGAGCAAGCTCGCTCACATTGGACACGCATCGGTGGTTGGACACAGGCCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAATGGGCCGGTCCTGCTAGCCGATCTCCTCCCGCCGTTCACCGTTGCCGCCGCCACCGTATTCGCGGGTaca > 1:4206279/1‑149 (MQ=255) 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aaGCTCGCTCACATTGGACACGCATCGGTGGTTGGACACAGGCCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAATGGGCCGGTCCTGCTAGCCAATCTCCTCCCGCCGTTCACCGTTGCCGCCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTac < 1:1708810/151‑1 (MQ=255) gctcgctcACATTGGACACGCATCGGTGGTTGGACACAGGCCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAATGGGCCGGTCCTGCTAGCCAATCTCCTCCCGCCGTTCACCGTTGCCGCCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTacac > 1:4443559/1‑151 (MQ=255) cgctgACGTTGGACACGCATCGGTGGTTGGACACAGGCCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAATGGGCCGGTCCTGCTAGCCAATCTCCTCCCGCCGTTCACCGTTGCCGCCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACACg < 2:5763447/151‑1 (MQ=255) cgctcACATTGGACACGCATCGGTGGTTGGACACAGGCCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAATGGGCCGGTCCTGCTAGCCAATCTCCTCCCGCCGTTCACCGTTGCCGCCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACACg > 1:6332638/1‑151 (MQ=255) gctcACATTGGCCACGCATCGGTGGTTGGACACAGGCCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAATGCGCCGGCCCTGCCAGCAAATCTCCTCCCGCCGTTCACCGTTGCCGCCGCCGCCGGATTCGCGCGCCAGCCCCCTCATacacccac > 2:4089939/1‑147 (MQ=14) 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gctaGCCAATCTCCTCCCGCCGTTCACCGTTGCCGCCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACACGCATCGGGGGTTCGGCACAGGCCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAAGGGCCGGCCCTGCTGGCCAATCTCCAcc < 1:2679749/151‑1 (MQ=255) | GTTGTGACTGCCGCGGTGGCCGTCACAGATACGCGGCCTGAGAGATCAAGCACATCGCGAGCAAGCTCGCTCACATTGGACACGCATCGGTGGTTGGACACAGGCCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAATGGGCCGGTCCTGCTGGCCAATCTCCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACACGCATCGGGGGTTCGGCACAGGCCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAAGGGCCGGCCCTGCTGGCCAATCTCCACC > CP009974/25581‑25875 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |