| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP009974 | 2,867,069 | G→A | intergenic (‑156/+60) | RPPX_12750 ← / ← RPPX_12755 | lipoyl synthase/DNA polymerase III subunit delta |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009974 | 2,867,069 | 0 | G | A | 96.8% | 1305.9 / 16.8 | 376 | intergenic (‑156/+60) | RPPX_12750/RPPX_12755 | lipoyl synthase/DNA polymerase III subunit delta |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (6/6); new base A (199/164); total (206/170) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.75e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.84e-01 | |||||||||||
Only 100 of 379 total aligned reads displayed.
TTCCCGGGTTGGGTGGGTTTCGCGGCGCACTGTAGGCCCCCCGAGGGGTGGGGGCCAATTGATTGTGTATATGGTCGAGGCGCTGGTGCCTATGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAATACGGTGGCGGCGGCAACGGTGAACGGCGGGTGGAGATTGGCCAGCAGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGTGGCCGCAGTTACTCGGGAGGCAGGGCCAGGCGTTGGCCAGCCATCAAAAGCGACAGCCGCGCCAGGCCAATCCACGGCGAACCTTCAGCCTGCCCT > CP009974/2866921‑2867216 | ttCCCGGGTTGGGTGGGTTTCGCGGCGCACTGTAGGCCCCCCGAGGGGTGGGGGCCAATTGATTGTGTATATGGTCGAGGCGCTGGTGCCTATGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAATACGGTGGCGGCGGCAACGGTGAACGGCGGGTAga < 1:3738467/151‑1 (MQ=255) tCCCGGGTTGGGTGGGTTTCGCGGCGCACTGTAGGCCCCCCGAGGGGTGGGGGCCAATTGATTGTGTATATGGTCGAGGCGCTGGTGCCTATGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAATACGGTGGCGGCGGCAACGGTGAACGGCGGGTagag > 2:4204292/1‑151 (MQ=255) cGGGTTGGGTGGGTTTCGCGGCGCACTGTAGGCCCCCCGAGGGGTGGGGGCCAATTGATTGTGTATATGGTCGAGGCGCTGGTGCCTATGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAATACGGTGGCGGCGGCAACGGTGAACGGCGGGTAGAGAtt < 2:459901/151‑1 (MQ=255) 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TTCCCGGGTTGGGTGGGTTTCGCGGCGCACTGTAGGCCCCCCGAGGGGTGGGGGCCAATTGATTGTGTATATGGTCGAGGCGCTGGTGCCTATGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAATACGGTGGCGGCGGCAACGGTGAACGGCGGGTGGAGATTGGCCAGCAGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGTGGCCGCAGTTACTCGGGAGGCAGGGCCAGGCGTTGGCCAGCCATCAAAAGCGACAGCCGCGCCAGGCCAATCCACGGCGAACCTTCAGCCTGCCCT > CP009974/2866921‑2867216 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |