Predicted mutation | ||||||
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RA | CP009974 | 3,105,419 | G→A | intergenic (+140/+135) | RPPX_13820 → / ← mscL | ferredoxin‑NADP reductase/large‑conductance mechanosensitive channel |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP009974 | 3,105,419 | 0 | G | A | 75.5% | 788.1 / 227.1 | 374 | intergenic (+140/+135) | RPPX_13820/mscL | ferredoxin‑NADP reductase/large‑conductance mechanosensitive channel |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (31/60); new base A (143/138); total (176/198) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.49e-03 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.92e-01 |
Only 100 of 396 total aligned reads displayed.
ACTACTGGTAAGACAATTGCGGCCGTTGTGGGCCTGTAGGCGCGGGTTCACCCGCGAAAGGGCCGGCCCTGCTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGATTGGTGGTGGACACACATCGGTGGTTGGACACAGGCCGCCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAACACCGGCAGAGCCGGTGCCATCCACCGCACTGGATTCTTCGCCAGCATGCCCGCTCCTACAGCGCCCCCGGCAATTTCAAGGCAAGCGA > CP009974/3105269‑3105566 | actactGGTAAGACAATTGCGGCCGTTGTGGGCCTGTAGGCGCGGGTTCACCCGCGAAAGGGCCGGCCCTGCTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCAGATtggtgg > 1:1034901/1‑151 (MQ=255) aCAATTGCGGCCGTTGTGGGCCTGTAGGCGCGGGTTCACCCGCGAAAGGGCCGGCCCTGCTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCAGATTGGTGATGGACACACATc < 1:3662504/151‑1 (MQ=255) aCAATTGCGGCCGTTGTGGGCCTGTAGGCGCGGGTTCACCCGCGAAAGGGCCGGCCCTGCTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCAGATTGGTGATGGACACACATc < 1:6466024/151‑1 (MQ=255) gCGGCCGTTGTGGGCCTGTAGGCGCGGGTTCACCCGCGAAAGGGCCGGCCCTGCTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCAGATTGGTGATGGACACACATCggtggt > 2:5194077/1‑151 (MQ=255) gCGGCCGTTGTGGGCCTGTAGGCGCGGGTTCACCCGCGAAAGGGCCGGCCCTGCTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCAGATTGGTGATGGACACACATCggtggt > 1:2163634/1‑151 (MQ=255) cGTTGTGGGCCTGTAGGCGCGGGTTCACCCGCGAAAGGGCCGGCCCTGCTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCAGATTGGTGATGGACACACATCGGTGGTTGGac > 1:4533256/1‑151 (MQ=255) gtggtgGGCCTGTAGGCGCGGGTTCACCCGCGAAAGGGCCGGCCCGGCTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCAGATTGGTGATGGACACACATCGGTGGTTGGaca < 2:3777059/148‑1 (MQ=255) gTTGTGGGCCTGTAGGCGCGGGTTCACCCGCGAAAGGGCCGGCCCTGCTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCAGATTGGTGATGGACACACACCGGTGGTTGGaca > 1:5752814/1‑151 (MQ=255) gcccacTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGCCCTGCTGGCCAATTTCCACCAGCCATTCACTGTTGCTGCCGCCATCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGATTGGTGGTGGACACACATCGGTGGTTGGACACAgc < 1:5543686/146‑2 (MQ=11) gggCCTGTAGGCGCGGGTTCACCCGCGAAAGGGCCGGCCCTGCTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCAGATTGGTGATGGACACACATCGGTGGTTGGACACAGgc > 1:6705611/1‑151 (MQ=255) cgtcgtGTAGGAGCGGGTTCCCCCGCGAAAGGGCCGGCCCTGCTGGCCAATCTCCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCCGCCGCCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGATTGGTGGTGGACACACCTCGGAGGTTGGACACAgcc < 1:4603897/146‑3 (MQ=11) cgtcgtGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAAGGGCCGGCCCTGCTGGCCAATCTCCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCCGCCGCCGTATTCGCGGTTAAACCCGCTCCTACACAGATTGGTGGTGGACACACCTCGGAGGTTGGACACAgcc > 2:1242112/6‑149 (MQ=11) cgtcgtGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAAGGGCCGGCCCTGCTGGCCAATCTCCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCCGCCGCCGTATTCGCGGGGAAACCCGCTCCTACACAGATTGGGGGTGGACACACCTCGGAGGTTGGACACAgcc > 2:6154682/6‑149 (MQ=11) gtcgtGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAAGGGCCGGCCCTGCTGGCCAATCTCCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCCGCCGCCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGATTGGTGGTGGACACACCTCGGAGGTTGGACACAGccc > 1:7097347/5‑151 (MQ=11) ccgtcgTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAAGGGCCGGTCCTGCTGGCCAATCTCCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGATTGGTGGTGGACACACATCGGGGGCTGGACACAGgcc < 1:6572754/146‑1 (MQ=11) tcgtGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAAGGGCCGGCCCTGCTGGCCAATCTCCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCCGCCGCCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGATTGGTGGTGGACACACCTCGGAGGTTGGACACAGcccg < 1:4772323/148‑1 (MQ=11) gacTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGGGGCCGGCCCTGCTGGCCAATTTCCACCCGCCCTTCACTGTTGCTGCCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGATTGGTGGTGGACACACATCGGTGGTTGGACACAGccca < 2:3227256/149‑2 (MQ=11) ccTGTAGGCGCGGGTTCACCCGCGAAAGGGCCGGCCCTGCTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCAGATTGGTGATGGACACACATCGGTGGTTGGACACAGgccgc > 1:3877114/1‑151 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |