| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP009974 | 3,161,709 | T→C | intergenic (+115/+136) | RPPX_14090 → / ← RPPX_14095 | RND transporter/short‑chain dehydrogenase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | CP009974 | 3,161,709 | 0 | T | C | 98.7% | 1167.9 / 0.7 | 393 | intergenic (+115/+136) | RPPX_14090/RPPX_14095 | RND transporter/short‑chain dehydrogenase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (3/2); new base C (181/204); total (186/207) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.70e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.98e-01 | |||||||||||
Only 100 of 396 total aligned reads displayed.
GTTTGATGAGCAGCCGCAGAATGTTCACAGTTAGAGAGGACGCGCAGCATCTGGAGGGCGGGGTACTGCGGTCCATGGCCTGATGCTTTGCAGCCTGTACTGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACGACGGCCTGCGCCCAATCACCGATGTGTGTCCACCACCAATCTGGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAATACGGTAGCGGCGGCAACGGTGAACGGCGGGTGGAAATTGGCCAGCAGGCCCGGCCTTTTCGCGGGTACAGGCAGGCGATCACTCAGAGCGGGCGC > CP009974/3161561‑3161857 | ttGATGAGCAGCCGCAGAATGTTCACAGTTAGAGAGGACGCGCAGCATCTGGAGGGCGGGGTACTGCGGTCCATGGCCTGATGCTTTGCAGCCTGTACTGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACGACGGCCTGCGCCCAaccacc < 1:2774146/151‑1 (MQ=255) gatgaGCAGCCGCAGAATGTTCACAGTTAGAGAGGACGCGCAGCATCTGGAGGGCGGGGTACTGCGGTCCATGGCCTGATGCTTTGCAGCCTGTACTGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACGACGGCCTGCGCCCAACCACCGa < 2:2862284/151‑1 (MQ=255) gatgaGCAGCCGCAGAATGTTCACAGTTAGAGAGGACGCGCAGCATCTGGAGGGCGGGGTACTGCGGTCCATGGCCTGATGCTTTGCAGCCTGTACTGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACGACGGCCTGCGCCCAACCACCGa < 2:3406469/151‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |