| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP009974 | 3,566,031 | C→G | intergenic (‑160/+154) | RPPX_15935 ← / ← RPPX_15940 | molecular chaperone/recombinase RdgC |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | CP009974 | 3,566,031 | 0 | C | G | 94.1% | 1156.8 / 41.5 | 357 | intergenic (‑160/+154) | RPPX_15935/RPPX_15940 | molecular chaperone/recombinase RdgC |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (12/9); new base G (168/168); total (180/177) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.54e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 364 total aligned reads displayed.
ATCGTTTGAATGATGGGGCCGTCCCCGGAGTGGTCACGCGGTGCGTCGTGAGGTCGTCCTCACAGTGGGCACCATGGTGCCTGGCTGCGGCCTTCCGGGCAAGTCCGCGCCTGCTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGATTGGTGGTGGACACACATCGGAGGTGGGACACAGGCCGTCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGTGCTGGCAGAAAACGATTCAAGCCAGCACCGCATCTC > CP009974/3565884‑3566177 | ttCGTGTGAGTGATGGGGCCGGCCCCGGAGTGGTCACGCGGTGCGTCGTGAGGTCGTCCTCACAGTGGGCACCATGGTGCCTGGCTGCGGCCTTCCGGGCAAGTCCGCGCCTGCTGGCCAATTTCCCCCCGCCGTTCACCGGTgccggcgc < 2:1198819/150‑1 (MQ=255)aTCGTTTGAATGATGGGGCCGTCCCCGGAGTGGTCACGCGGTGCGTCGTGAGGTCGTCCTCACAGTGGGCACCATGGTGCCTGGCTGCGGCCTTCCGGGCAAGTCCGCGCCTGCTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGGTgccggcgc > 2:5349972/1‑151 (MQ=255)aTCGTTTGAATGATGGGGCCGTCCCCGGAGTGGTCACGCGGTGCGTCGTGAGGTCGTCCTCACAGTGGGCACCATGGTGCCTGGCTGCGGCCTTCCGGGCAAGTCCGCGCCTGCTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGGTgccggcgc > 1:5848228/1‑151 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gAATGATGGGGCCGTCCCCGGAGTGGTCACGCGGTGCGTCGTGAGGTCGTCCTCACAGTGGGCACCATGGTGCCTGGCTGCGGCCTTCCGGGCAAGTCCGCGCCTGCTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGGTGCCGGCGCCACCGTa < 1:336119/151‑1 (MQ=255) tgatgGGGCCGTCCCCGGAGTGGTCACGCGGTGCGTCGTGAGGTCGTCCTCACAGTGGGCACCATGGTGCCTGGCTGCGGCCTTCCGGGCAAGTCCGCGCCTGCTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGGTGCCGGCGCCACCGTATTc < 2:498475/151‑1 (MQ=255) gatgGGGCCGTCCCCGGAGTGGTCACGCGGTGCGTCGTGAGGTCGTCCTCACAGTGGGCACCATGGTGCCTGGCTGCGGCCTTCCGGGCAAGTCCGCGCCTGCTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGGTGCCGGCGCCACCGTATTcg < 1:6088465/151‑1 (MQ=255) atgGGGCCGTCCCCGGAGTGGTCACGCGGTGCGTCGTGAGGTCGTCCTCACAGTGGGCACCATGGTGCCTGGCTGCGGCCTTCCGGGCAAGTCCGCGCCTGCTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGGTGCCGGCGCCACCGTATTcgc < 1:6759393/151‑1 (MQ=255) tgGGGCCGTCCCCGGAGTGGTCACGCGGTGCGTCGTGAGGTCGTCCTCACAGTGGGCACCATGGTGCCTGGCTGCGGCCTTCCGGGCAAGTCCGCGCCTGCTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGGTGCCGGCGCCACCGTATTcgcg < 1:6835201/151‑1 (MQ=255) tgGGGCCGTCCCCGGAGTGGTCACGCGGTGCGTCGTGAGGTCGTCCTCACAGTGGGCACCATGGTGCCTGGCTGCGGCCTTCCGGGCAAGTCCGCGCCTGCTGGCCAATTTCCACCCGCCCTTCACCGATGCCGGCGCCACCGTAtccccg > 2:6542126/1‑146 (MQ=255) ggggCCGTCCCCGGAGTGGTCACGCGGTGCGTCGTGAGGTCGTCCTCACAGTGGGCACCATGGTGCCTGGCTGCGGCCTTCCGGGCAAGTCCGCGCCTGCTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGGTGCCGGCGCCACCGTATTCGCgg > 1:5743216/1‑151 (MQ=255) ggggCCGTCCCCGGAGTGGTCACGCGGTGCGTCGTGAGGTCGTCCTCACAGTGGGCACCATGGTGCCTGGCTGCGGCCTTCCGGGCAAGTCCGCGCCTGCTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGGTGCCGGCGCCACCGTATTCGCgg < 1:808060/151‑1 (MQ=255) ggCCGTCCCCGGAGTGGTCACGCGGTGCGTCGTGAGGTCGTCCTCACAGTGGGCACCATGGTGCCTGGCTGCGGCCTTCCGGGCAAGTCCGCGCCTGCTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGGTGCCGGCGCCACCGTATTCGCGGGt > 1:5245406/1‑151 (MQ=255) gCCGTCCCCGGAGTGGTCACGCGGTGCGTCGTGAGGTCGTCCTCACAGTGGGCACCATGGTGCCTGGCTGCGGCCTTCCGGGCAAGTCCGCGCCTGCTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGGTGCCGGCGCCACCGTATTCGCGGGTa > 1:5623020/1‑151 (MQ=255) 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ggtGCCGGCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGATTGGTGGTGGACATACATCGGAGGTGGGACACAGGCCGTCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGTGCTGGCAGAAAACGATTCAAGCCAGCACCGCAt > 1:5538618/3‑151 (MQ=255) gtGCCGGCGCCACCGTATTCGCGGGGACACCCGCTCCTACACAGATTGGTGGTGGACATACATCGGAGGTGGGACACAGGTCGTCGTAGGGGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGTGCTGGCAGAAAACGATTCAAGCCAGCACCGCAtc < 1:4891472/150‑1 (MQ=21) | ATCGTTTGAATGATGGGGCCGTCCCCGGAGTGGTCACGCGGTGCGTCGTGAGGTCGTCCTCACAGTGGGCACCATGGTGCCTGGCTGCGGCCTTCCGGGCAAGTCCGCGCCTGCTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGATTGGTGGTGGACACACATCGGAGGTGGGACACAGGCCGTCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGTGCTGGCAGAAAACGATTCAAGCCAGCACCGCATCTC > CP009974/3565884‑3566177 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |