| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP009974 | 3,585,070 | C→G | intergenic (+210/+13) | RPPX_16020 → / ← RPPX_16025 | hypothetical protein/diguanylate phosphodiesterase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | CP009974 | 3,585,070 | 0 | C | G | 96.6% | 911.1 / 13.7 | 292 | intergenic (+210/+13) | RPPX_16020/RPPX_16025 | hypothetical protein/diguanylate phosphodiesterase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (4/6); new base G (189/93); total (193/99) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 9.36e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 312 total aligned reads displayed.
CCTGCTGGCCAATCTCCACCCGTCGGTCACCGTTGTCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCTGATCGAAGGTGGACACATGTCTGTGGTTGGGCACAGGCCGCCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGCCCTGCTGGCCATTTACCACCCGCCGTTCAGTGTTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCTGATTGGTGGTTGGGCACAGGCCCCCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAATAGGCCGGCACAGGCAGCGCATCCCT > CP009974/3584919‑3585220 | gctgGCCAATCTCCACCCGTCGGTCACCGTTGTCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCTGATCGAAGGTGGACACATGTCTGTGGTTGGGCACAGGCCGCCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAgggccgggcc > 1:3494967/1‑151 (MQ=255) ctgGCCAAGGTCGACCCGTCGGTCACCGTTGTCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCTGCTCCTACGCCTGATCGAAGGTGGACACATGTCTGTGGTTGGGCACAGGCCGCCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGGCct < 2:6879530/151‑1 (MQ=255) tgGCCAATCTCCACCCGTCGGTCACCGTTGTCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCTGATCGAAGGTGGACACATGTCTGTGGTTGGGCACAGGCCGCCGTGTAGGAGGGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGGCctg > 2:4639317/1‑151 (MQ=255) aaTGTCGACCCGGCGGTCGCCGTTGTGGCCGCTGCTGTATTCGTGGGTGAACTCTCTCATGCGACTGATCGAAGGTGGGCCTATGGCTGTGGTTGGGCACAGGCCGCCGTGTAGGAGGGGGTCTTCCCGCGAAAGGGCCGGGCCTGCTGGc < 2:2757772/151‑1 (MQ=16) aTCTCCACCCGTCGGTCACCGTTGTCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCTGATCGAAGGTGGACACATGTCTGTGGTTGGGCACAGGCCGCCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGGCCTGCTGGcc > 1:1029200/1‑151 (MQ=255) tcCACCCGTCGGTCACCGTTGTCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCTGATCGAAGGTGGACACATGTCTGTGGTTGGGCACAGGCCGCCGAGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAACGGCCGGGCCTGCTGGcccct > 2:5580711/1‑148 (MQ=255) cgacgcGTCGGTGGCCGTTGTCGCCGCTGCCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCATACGCCTGATCGAAGGTGGACACATGTCTGTGGTTGGGCCCGGGCCGCCGTGTAGGAGCGGGTTCACGCGCGAAAGGGCCGGGCCTGCTGGCCAttt < 1:3460974/146‑1 (MQ=17) aCCCGTCGGTCACCGTTGTCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCTGATCGAAGGTGGACACATGTCTGTGGTTGGGCACAGGCCGCCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGGCCTGCTGGCCATTTac > 2:3772951/1‑151 (MQ=255) 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> 1:6345316/1‑151 (MQ=255) ccgTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGGCCTGCTGGCCATTTACCACCCGCCGTTCAGTGTTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCTGATTGGTGGTTGGGCACAGGCCCCCGTAGGAGCGGGTTc > 1:2197770/1‑151 (MQ=255) cgTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGGCCTGCTGGCCATTTACCACCCGCCGTTCAGTGTTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCTGATTGGCGGTTGGGCACAGGCCCCCGTAGGAGCGGGGTcc > 2:548280/1‑150 (MQ=255) tgtAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGGCCTGCTGGCCATTTACCACCCGCCGTTCAGTGTTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCTGATTGGTGGTTGGGCACAGGCCCCCGTAGGAGCGGGTTCAcc > 1:4845599/1‑151 (MQ=255) taagAGCGGGACTACGCGCCAAAGGGCCGGGCCTGCTGGCCATTTACCACCCGCCGTTCAGTGTTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCTGATTGGTGGTTGGGCACAGGCCCCCGTAGGAGCGGGTTCACCcg < 1:1855890/148‑1 (MQ=25) aGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGGCCTGCTGGCCATTTACCACCCGCCGTTCAGTGTTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCTGATTGGTGGTTGGGCACAGGCCCCCGTAGGAGCGGGTTCACCcgc > 1:5907633/1‑151 (MQ=255) ggAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGGCCTGCTGGCCATTTACCACCCGCCGTTCAGTGTTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCTGATTGGTGGTTGGGCACAGGCCCCCGTAGGAGCGGGTTCACCcgcg > 1:5797248/1‑151 (MQ=255) gAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGGCCTGCTGGCCATTTACCACCCGCCGTTCAGTGTTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCTGATTGGTGGTTGGGCACAGGCCCCCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGa > 1:908971/1‑151 (MQ=255) aGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGGCCTGCTGGCCATTTACCACCCGCCGTTCAGTGTTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCTGATTGGTGGTTGGGCACAGGCCCCCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGaa > 1:2322527/1‑151 (MQ=255) cGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGGCCTGCTGGCCATTTACCACCCGCCGTTCAGTGTTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCTGATTGGTGGTTGGGCACAGGCCCCCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAATa > 1:6993831/1‑151 (MQ=255) gtgTTTACGCGCGAAAGGGCCGGGCCTGCTGGCCATTTACCACCCGCCGTTCAGTGTTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCTGATTGGTGGTTGGGCACAGGCCCCCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAATAg < 1:1546393/149‑1 (MQ=255) 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cgggcCTGCTGGCCATTTACCACCCGCCGGTCAGTGTTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCTGATTGGTGGTTGGGCACAGGCCCCCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAATAGGCCGGCACAGGCAGCGCATc < 2:1543843/151‑1 (MQ=255) | CCTGCTGGCCAATCTCCACCCGTCGGTCACCGTTGTCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCTGATCGAAGGTGGACACATGTCTGTGGTTGGGCACAGGCCGCCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGCCCTGCTGGCCATTTACCACCCGCCGTTCAGTGTTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCTGATTGGTGGTTGGGCACAGGCCCCCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAATAGGCCGGCACAGGCAGCGCATCCCT > CP009974/3584919‑3585220 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 8 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |