Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP009974 | 3,673,509 | C→T | intergenic (+108/‑429) | RPPX_16400 → / → RPPX_16405 | glucose‑1‑phosphate thymidylyltransferase/beta‑ketoacyl synthase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009974 | 3,673,509 | 0 | C | T | 84.8% | 1236.8 / 171.8 | 562 | intergenic (+108/‑429) | RPPX_16400/RPPX_16405 | glucose‑1‑phosphate thymidylyltransferase/beta‑ketoacyl synthase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (41/44); new base T (218/255); total (259/303) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.25e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 602 total aligned reads displayed.
GCCAGTATCTGCTGCGTTTGATTCAAGGCACGGTTTATTGAGGCAACAACCTCGGTGGGGCGGCGCCGCCATTCCACGGGCGGTTCAACCCGCGAAGGGACCGAGTCCTGCTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGATTGGTGGTGGACACACCTCGGGGGTTGGACACAGGCCGTCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGGCCTGCTGGCCAATTCCCATCAGCCGTTCACCGTCGCCGCCGC > CP009974/3673361‑3673659 | ccAGTATCTGCTGCGTTTGATTCAAGGCACCGTTTATTGAGGCAACAACCTCGGTGGGGCGGCGCCGCCATTCCACGGGCGATTCAACCCGCGAAGGGACCGAGTCCTGCTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGTGGCCGGCGCTAcc > 2:4328584/1‑151 (MQ=255) cAGTATCTGCTGCGTTTGATTCAAGGCACGGTTTATTGAGGCAACAACCTCGGTGGGGCGGCGCCGCCATTCCACGGGCGGTTCAACCCGCGAAGGGACCGAGTCCTGCTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGGCGCTACCg < 2:2553039/151‑1 (MQ=255) tATCTGCTGCGTTTGATTCAAGGCACGGTTTATTGAGGCAACAACCTCGGTGGGGCGGCGCCGCCATTCCACGGGCGGTTCAACCCGCGAAGGGACCGAGTCCTGCTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGGCGCTACCGTAt > 1:393500/1‑151 (MQ=255) tgcGTTTGATTCAAGGCACGGTTTATTGAGGCAACAACCTCGGTGGGGCGGCGCCGCCATTCCACGGGCGGTTCAACCCGCGAAGGGACCGAGTCCTGCTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGGCGCTACCGTATTCGCggg < 1:4642540/151‑1 (MQ=255) gTTTGATTCAAGGCACGGTTTATTGAGGCAACAACCTCGGTGGGGCGGCGCCGCCATTCCACGGGCGGTTCAACCCGCGAAGGGACCGAGTCCTGCTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGGCGCTACCGTATTCGCGGGTaa < 1:4290285/151‑1 (MQ=255) tttGATTCAAGGCACGGTTTATTGAGGCAACAACCTCGGTGGGGCGGCGCCGCCATTCCACGGGCGGTTCAACCCGCGAAGGGACCGAGTCCTGCTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGGCGCTACCGTATTCGCGGGTaaa < 2:6334197/151‑1 (MQ=255) gATTCAAGGCACGGTTTATTGAGGCAACAACCTCGGTGGGGCGGCGCCGCCATTCCACGGGCGGTTCAACCCGCGAAGGGACCGAGTCCTGCTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGGCGCTACCGTATTCGCGGGTAAAccc > 1:3102709/1‑151 (MQ=255) gATTCAAGGCACGGTTTATTGAGGCAACAACCTCGGTGGGGCGGCGCCGCCATTCCACGGGCGGTTCAACCCGCGAAGGGACCGAGTCCTGCTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGGCGCTACCGTATTCGCGGGTAAAccc > 2:3315131/1‑151 (MQ=255) aTTCAAGGCACGGTTTATTGAGGCAACAACCTCGGTGGGGCGGCGCCGCCATTCCACGGGCGGTTCAACCCGCGAAGGGACCGAGTCCTGCTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGGCGCTACCGTATTCGCGGGCAAACCCg > 2:2786844/1‑151 (MQ=255) ttCAAGGCACGGTTTATTGAGGCAACAACCTCGGTGGGGCGGCGCCGCCATTCCACGGGCGGTTCAACCCGCGAAGGGACCGAGTCCTGCTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGGCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGc < 2:4925761/151‑1 (MQ=255) tCAAGGCACGGTTTATTGAGGCAACAACCTCGGTGGGGCGGCGCCGCCATTCCACGGGCGGTTCAACCCGCGAAGGGACCGAGTCCTGCTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGGCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCt < 1:3606803/151‑1 (MQ=255) cAAGGCACGGTTTATTGAGGCAACAACCTCGGTGGGGCGGCGCCGCCATTCCACGGGCGGTTCAACCCGCGAAGGGACCGAGTCCTGCTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGGCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTc < 1:2531785/151‑1 (MQ=255) ggCACGGTTTATTGAGGCAACAACCTCGGTGGGGCGGCGCCGCCATTCCACGGGCGGTTCAACCCGCGAAGGGACCGAGTCCTGCTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGGCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTa > 1:384741/1‑151 (MQ=255) gCACGGTTTATTGAGGCAACAACCTCGGTGGGGCGGCGCCGCCATTCCACGGGCGGATCAACCCGCGAAGGGACCGAGTCCTGCTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGGCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTac > 2:6580213/1‑151 (MQ=255) gTTTATTGAGGCAACAACCTCGGTGGGGCGGCGCCGCCATTCCACGGGCGGTTCAACCCGCGAAGGGACCGAGTCCTGCTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGGCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAgt > 2:685530/1‑150 (MQ=255) tttATTGAGGCAACAACCTCGGTGGGGCGGCGCCGCCATTCCACGGGCGGTTCAACCCGCGAAGGGACCGAGTCCTGCTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGGCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGAt < 1:5550168/151‑1 (MQ=255) aacCTCGGTGGGGCGGCGCCGCCATTCCACGGGCGGTTCAACCCGCGAAGGGACCGAGTCCTGCTGGCCAATTTCCACCCCCCGTTCACCGTTGCCGGCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCCCCCCTCCACCGATTGCTCGTGGacaca > 2:5790508/1‑151 (MQ=21) tCGGTGGGGCGGCGCCGCCATTCCACGGGCGGTTCAACCCGCGAAGGGACCGAGTCCTGCTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGGCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGATTGGTGGTGGACACACCTc < 1:2294225/151‑1 (MQ=255) cGGTGGGGCGGCGCCGCCATTCCACGGGCGGTTCAACCCGCGAAGGGACCGAGTCCTGCTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGGCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGATTGGTGGTGGACACACCTCg < 2:2280806/151‑1 (MQ=255) gggggggCGGCGCGGCCATTCCACGGGCGGTTCAACCCGCGAAGGGGCCGAGCCCTGCTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGGCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGATTGGTGGTGGACACACCTCgg < 2:1288321/148‑1 (MQ=17) ggTGGGGCGGCGCCGCCATTCCACGGGCGGTTCAACCCGCGAAGGGACCGAGTCCTGCTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGGCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGATTGGTGGTGGACACACCTCgg > 1:4099217/1‑151 (MQ=255) gcggcgCCGCCATTCCACGGGCGGTTCAACCCGCGAAGGGACCGAGTCCTGCTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGGCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGATTGGTGGTGGACACACCTCGGGGGTTg > 1:6934816/1‑151 (MQ=255) gccgccATTCCACGGGCGGTTCAACCCGCGAAGGGACCGAGTCCTGCTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGGCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGATTGGTGGTGGACACACCTCGGGGGTTGGacac > 1:6558239/1‑151 (MQ=255) ccgccATTCCACGGGCGGTTCAACCCGCGAAGGGACCGAGTCCTGCTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGGCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGATTGGTGGTGGACACACCTCGGGGGTTGGAcaca < 2:403525/151‑1 (MQ=255) ccACGGGCGGTTCAACCCGCGAAGGGACCGAGTCCTGCTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGGCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGATTGGTGGTGGACACACCTCGGGGGTTGGACACAGGCcgtcg < 1:2840815/151‑1 (MQ=255) ccACGGGCGGTTCAACCCGCGAAGGGACCGAGTCCTGCTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGGCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGATTGGTGGTGGACACACCTCGGGGGTTGGACACAGGCcgtcg < 1:1879291/151‑1 (MQ=255) aCGGGCGGTTCAACCCGCGAAGGGACCGAGTCCTGCTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGGCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGATTGGTGGTGGCCACACCTCGGGGGCTGGACCCCGGCCGCCgtg > 2:5000487/1‑151 (MQ=17) ggCGGTTCAACCCGCGAAGGGACCGAGTCCTGCTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGGCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGATTGGTGGTGGACACACCTCGGGGGTTGGACACAGGCCGTCGTGTAg < 1:6645305/151‑1 (MQ=255) cGGTTCAACCCGCGCAGGGACCGAGTCCTGCTGGCCAATTCCCACCCCCCGTTCACCGTCGCCGGCGCTAGCGTACTCGCGGGTACCCCCGCTCCTCCACAGATTGGTGGTGGACACACCTCGGGGGTTGGACCCAGGCCGTCGTGTAGGa < 2:1172884/151‑1 (MQ=17) tCAGCCCGCGAAGGGACCGAGTCCTGCTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGGCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGATTGGTGGTGGACACACCTCGGGGGTTGGACACAGGCCGTCGTGTAGGAGCgg < 2:1434422/151‑1 (MQ=255) tCAACCCGCGAAGGGACCGAGTCCTGCTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGGCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGATTGGTGGTGGACACACCTCGGGGGTTGGACACAGGCCGTCGTGTAGGAGCgg > 1:4915926/1‑151 (MQ=255) ccccCGAAGGGACCGAGTCCTGCTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGGCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGATTGGTGGTGGACACACCTCGGGGGTTGGACACAGGCCGTCGTGTAGGAGCGGGttt < 1:835204/151‑1 (MQ=255) cccGCGAAGGGACCGAGTCCTGCTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGGCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGATTGGTGGTGGACACACCTCGGGGGTTGGACACAGGCCGTCGTGTAGGAGCGGGttt < 1:4011479/151‑1 (MQ=255) cccGCGAAGGGACCGAGTCCTGCTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGGCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGATTGGTGGTGGACACACCTCGGGGGTTGGACACAGGCCGTCGTGTAGGAGCGGGctt > 1:5236236/1‑151 (MQ=255) cgcgAAGGGACCGAGTCCTGCTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGGCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGATTGGTGGTGGACACACCTCGGGGGTTGGACACAGGCCGTCGTGTAGGAGCGGGTTTAc > 2:3392328/1‑151 (MQ=255) gAAGGGACCGAGTCCTGCTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGGCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGATTGGTGGTGGACACACCTCGGGGGTTGGACACAGGCCGTCGTGTAGGAGCGGGTTTACCcg > 1:1064870/1‑151 (MQ=255) gAAGGGACCGAGTCCTGCTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGGCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGATTGGTGGTGGACACACCTCGGGGGTTGGACACAGGCCGTCGTGTAGGAGCGGGTTTACCcg < 2:6147038/151‑1 (MQ=255) aaGGGACCGAGTCCTGCTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGGCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGATTGGTGGTGGACACACCTCGGGGGTTGGACACAGGCCGTCGTGTAGGAGCGGGTTTACCcgc > 1:3065692/1‑151 (MQ=255) gggACCGAGTCCTGCTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGGCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGATTGGTGGTGGACACACCTCGGGGGTTGGACACAGGCCGTCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGa < 2:4582615/151‑1 (MQ=255) ggACCGAGTCCTGCTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGGCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGATTGGCGGTGGACACACCTCGGGGGTTGGACACAGGCCATCGTGTAGGAGCTCGTGTACCCCCGaa > 2:5240671/1‑151 (MQ=14) aCCGAGTCCTGCTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGGCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGATTGGTGGTGGACACACCTCGGGGGTTGGACACAGGCCGTCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAg < 2:3919548/151‑1 (MQ=255) cGAGTCCTGCTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGGCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGATTGGTGGTGGACACACCTCGGGGGTTGGTCACAGGCCGTCGTGTAGGAGCGGGTTATCCCGCGCACggg > 2:3729627/1‑151 (MQ=11) cGAGTCCTGCTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGGCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGATTGGTGGTGGACACACCTCGGGGGTTGGACACAGGCCGTCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAggg > 1:7146671/1‑151 (MQ=255) ggcccTGCTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACTGTTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGATTGGTGGTGGACACACCTCTGGGGTTGGACACAGGCCGCCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAgggcc < 1:3343140/148‑1 (MQ=11) aGTCCTGCTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGGCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGATTGGTGGTGGACACACCTCGGGGGTTGGACACAGGCCGTCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAgggcc < 1:5936785/151‑1 (MQ=255) gcccTGCTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTGCGCAGATGGGTTGTGGACACACACCGGAGGTTGGACGCAGGCCGTCGTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAAgggccg > 1:1202045/3‑151 (MQ=11) gTCCTGCTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGGCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGATTGGTGGTGGACACACCTCGGGGGTTGGACAGCGGCCGTCGTGTAGGAGCGTGCTCACCCGCGACAggcccg > 2:5532878/1‑151 (MQ=11) gTCCTGCTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGGCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGATTGGTGGTGGACACACCTCGGGGGTTGGACACAGGCCGTCGTGTAGGAGCGGGGGTACCCGCGACAgggccg > 2:1743159/1‑151 (MQ=11) tCCTGCTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGGCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGATTGGTGGTGGACACACCTCGGGGGTTGGACACAGGCCGTCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAgggccgg > 1:1526318/1‑151 (MQ=255) ccTGCTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTGCGCAGATGGGTTGTGGACACACACCGGAGGTTGGACGCAGGCCGTCGTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAAgggccggc < 1:1651723/151‑2 (MQ=11) ctgctgGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGGCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGATTGGTGGTGGACACACCTCGGGGGTTGGACACAGGCCGTCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAgggccgggc < 1:5100002/151‑1 (MQ=255) tgctgGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACTGTTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGATTGGTGGTGGACACACCTCTGGGGTTGGACACAGGCCGCCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAgggccggccc < 1:2688626/151‑1 (MQ=14) gctgGCCAATTTCCACCCGCCGGTCACTGTTGCCGCCGCGAGCGTATTCGCGGGTAAGCCCGCGCCTACACAGATTGGTGGTGGACACACCTCTGGGGTTGGACACAGGCCGCCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGCCct < 2:2146237/151‑1 (MQ=14) gcgggCCAATTTCCACCCGCCGTTCACTGTTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGATTGGTGGTGGACACACCTCTGGGGTTGGACACAGGCCGCCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGCCct < 1:4712605/148‑1 (MQ=14) tgGCCAATTTCCACCCGCCGTTCGCCGTTGCCGGCGCTACCGTGTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGATTGGTGATGGACACACCTCGGGGGTTGGAAACAGGCCGTCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGGCctgc < 2:3043109/151‑1 (MQ=14) ggCCAATTTCCACCAGCCATTCACTGTTGCTGCCGCCAACGTATTCGCGGGTAACCCCGCTCCTGCACAGATTGGTGGTGGACACGCATCGGTGGTTGGACACA‑GCCCAC‑TGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGCCCTGCTgg < 1:912664/151‑1 (MQ=11) ggCCAATCTCCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGATTGGTGGTGGACACACATCGGGGGCTGGACACAGGCCGT‑‑TGTGGGGGCGGGCTTACACGCGCAAGGGGCGGGCctgcctg > 1:1776111/1‑148 (MQ=11) gCCAATTTCCACCCGCCGTTCACTGTTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGATTGGTGGTGGACACACCTCTGGGGTTGGACACAGGCCGCCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGCCctgctg < 1:6059977/151‑1 (MQ=14) gCCAATTTCCACCCGCCCTTCACCGTTGCCGCCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGATTGGTGATGGACACACATCGGTGGTTGGACACA‑GCCCAC‑TGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAACGGCCGGCCCTGCTGGc > 2:1953336/1‑151 (MQ=11) ccAATTTCCACCCGCCGTTCACTGTTGCCGCCGCTACCGTATTTGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCAGATTGGTGGTGGACACACCTCTGGGGTTGGACACAGGCCGTCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGCCCTGCTgg < 1:6243555/151‑1 (MQ=11) cAATTTCCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGGCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGATTGGTGGTGGACACACCTCGGGGGTTGGACACAGGCCGTCGTGTAGGAGCGGGCAGACCCGCGAAAGGGCGCGGCCCCCTGGc > 2:3258429/1‑151 (MQ=11) aaTTTCCACCCGCCTTTCACTGTTGCCGCCGCTACCGTATTTGCGGGTAAACCGGGTCCTACGCAGATTGGTGGTGGACACACCACTGGGGTTGAACACAGGCCGTCGGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGCCCTGCTGGcc < 1:216533/151‑1 (MQ=14) tttcccACCCGCCGTTCACCGTTGCCGGCGCTCCCGTTTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTCCACAGATGGGTGGTGGACACACCTCGGGGGTTGGACACAGGCCGTCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGGCCTGCTGGCCa < 2:3507171/147‑1 (MQ=14) aTTTCCACCAGCCATTCACTGTTGCTGCCGCCATCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGATTGGTGGTGGACACACATCGGTGGTTGGACACAGCCC‑AC‑TGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGCCCTGCTGGCCagt > 1:7051566/1‑149 (MQ=1) tttCCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGGCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGATTGGTGGTGGACACACCTCGGGGGTTGGACACAGGCCGTCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGGCCTGCTGGCCaa > 1:6501167/1‑151 (MQ=255) tttCCACCCGCCCTTCACCGTTGCCGCCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGATTGGTGATGGACACACATCGGTGGTTGGACACA‑GCCCAC‑TGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGCCCTGCTGGCCAAtt < 2:4752962/151‑1 (MQ=11) tttCCACCCGCCCTTCACCGTTGCCGCCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGATTGGTGATGGACACACATCGGTGGTTGGACACA‑GCCCAC‑TGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGCCCTGCTGGCCAAtt < 1:4493285/151‑1 (MQ=11) ttCCACCCGCCGTTCACTGTTGCCGGCGCTAGCGTATTTGCGGGTAACCCCGCGCCTACGCAGATTGGGGGTGGACACACCTGTGGGGTTGGACACAGGCCGTCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGCCCTGCTGGCCAAt < 2:4644251/151‑1 (MQ=14) tcccccccGCCGTTCCCTGTTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGATTGGTGGTGGACACACCTCTGGGGTTGGACACAGGCCGCCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGCCCTGCTGGCCAAt < 1:2137190/146‑1 (MQ=14) tcgtgccgccgTTCACTGTTGCCGCCGCGACCGTATTCGGGGGTAACCCCGCGCCTACACAGATTGGTGGTGGACACACCTCTGGGGTTGGACACAGGCCGGCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGCCCTGCTGGCCAAtt < 2:5626758/146‑1 (MQ=14) tCCACCCGCCGTTCACTGTTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGATTGGTGGTGGACACACGTCGAGGGTTGGACACAGGCCGTCGTGTAGGAGCgg > 1:6319717/1‑115 (MQ=11) tCCACCAGCCATTCACTGTTGCTGCCGCCATCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGATTGGTGGTGGACACACATCGGTGGTTGGACACA‑GCCCAC‑TGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGCCCTGCTGGCCAGtttc > 1:6977235/1‑149 (MQ=11) cACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTGCGCAGATGGGTTGTGGACACACACCGGAGGTTGGACGCAGGCCGTCGTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAAGGGCCGGCCCTGCTGGCCAAtctc > 1:1012874/1‑148 (MQ=11) aCCCGCCGTTCACCGTTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTGCGCAGATGGGTTGTGGACACACACCGGAGGTTGGACGCAGGCCGTCGTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAAGGGCCGGCCCTGCTGGCCAAtctcc > 1:3533401/1‑147 (MQ=11) aCCCGCCGTTCACCGTTGCCGCCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGATTGGTGGTGGACACACATCGGGGGCTGGACACAGGCCGCCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCCTGCTGGCCAAtctcc < 2:4127509/151‑5 (MQ=11) ccgccgTTCACTGTTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGATTGGTGGTGGACACACCTCTGGGGTTGGACACAGGCCGCCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGCCCTGCTGGCCAATTTCCac < 1:5457761/151‑2 (MQ=14) ccgccgTTCACCGTTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTGCGCAGATGGGTTGTGGACACACACCGGAGGTTGGACGCAGGCCGTCGTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAAGGGCCGGCCCTGCTGGCCAAtctccac < 1:680927/151‑7 (MQ=11) ccgccgTTCACCGTTGCCGCCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGTTCCTACACCGATTGGGGGTTGACACACATCGGGGGCTGGACACAGGCCGCCGTGTAGGCGCGGGTTTACCCGCGAAGCGGTCGGGCCTGCTGGACaaactccac > 1:2435312/1‑144 (MQ=11) cgccgTTCACCGTTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTGCGCAGATGGGTTGTGGACACACACCGGAGGTTGGACGCAGGCCGTCGTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAAGGGCCGGCCCTGCTGGCCAAtctccacc > 2:2636142/1‑144 (MQ=11) gccgTTCACCGTTGCCGGCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCCCTCCTACACAGATTGGGGGTGGACACACCTCGGGGGTTGGACACAGGCCGTCGTCTGGGAGCGGGGTTACCCGCGAAAGGGCCGGGCCTGCTGGCCAATTcccctac > 1:3466254/1‑147 (MQ=17) cgTTCACCGTTGCCGCCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGATTGTTGGTGGACACACATCGGGGGCTGGACACAGGCCGCCGCGTAGGAGCGGGTGTACCCGCGAAGAGGCCGGCCCTGCTGGCCAATCTCCACCAGc > 1:197230/1‑151 (MQ=11) gtgcACCGTTGCCGCCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCGCCAACTCAGATTGGAGGTGGACAAACATCGGGGGCTGGACACAGGCCGCCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCCTGCTGGCCAATCTCCACCAGcc < 1:1339430/148‑1 (MQ=11) gTTCACTGTTGCCGCCGCTACCGTATTTGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCAGATTGGTGGTGGACACACCTCTGGGGTTGGACACAGGCCGTCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGCCCCGCTGGCCAAATCCCACCCGcc > 2:1593896/1‑151 (MQ=14) gTTCACCGTTGCCGGCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGATTGGTGGTGGACACACCTCGGGGGTTGGACACAGGCCGTCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGGCCTGCTGGCCAATTCCCATCCGcc > 2:2912971/1‑151 (MQ=255) gTTCACCGTTGCCGGCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGATTGGTGGTGGACACACCTCGGGGGTTGGACACAGGCCGTCGTGTAGGAGCGGGCTTACCCGCGAAAGGGCCGGGCCTGCTGGCCAATTCCCATCCGcc > 2:5094732/1‑151 (MQ=255) ttCACCGTTGCCGGCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGATTGGTGGTGGACACACCTCGGGGGTTGGACACAGGCCGTCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGGCCTGCTGGCCAATTCCCATCAGCCg > 1:3219905/1‑151 (MQ=255) cACCGTTGCCGCCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGATTGGTGGTGGACACACATCGGGGGCTGGACACAGGCCGCCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCCTGCTGGCCAATCTCCACCAGCCgcc > 2:5408139/1‑149 (MQ=11) actgTTGCCGCCGCTACCGTATTTGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCAGATTGGTGGTGGACACACCTCTGGGGTTGGACACAGGCCGTCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGCCCTGCTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTc > 1:2339091/4‑151 (MQ=14) aCCGTTGCCGGCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGATTGGTGGTGGACACACCTCGGGGGTTGGACACAGGCCGTCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGGCCTGCTGGCCAATTCCCATCAGCCGTTc > 1:4991911/1‑151 (MQ=255) aCCGTTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTGCGCAGATGGGTTGTGGACACACACCGGAGGTTGGACGCAGGCCGTCGTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAAGGGCCGGCCCTGCTGGCCAATCTCCACCCGCCGTTc > 2:7144577/1‑151 (MQ=11) aCCGTTGCCGCCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGATTGGTGGTGGACACACATCGGGGGCGGGACACAGGCCGCCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCCTGCTGGCCAATCTCCACCAGCCGTTc < 2:1672867/151‑1 (MQ=11) ctgTTGCCGCCGCTACCGTATTTGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCAGATTGGTGGTGGACACACCTCTGGGGTTGGACACAGGCCGTCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGCCCTGCTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCa > 2:7015713/3‑151 (MQ=14) ccGTTGCCGCCGCCACCGTATTCGCGGGTAACCCCGCTCCTACACAGATTGGTGATGGACACACATCGGTGGTTGGACACA‑GCCCAC‑TGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGCCCTGCTGGCCAATTTCCACCAGCCATTCAct < 1:76327/151‑2 (MQ=11) ccGTTGCCGCAGCCACCGTAATCGCGGGAAAACCCGCTCCTACACAGATTGGTGGTGGACACACATCGGGGGCTGGACACAGGACGCCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCCTGCTGGCCAATCTCCACCAGCCGTTCa < 2:1994766/151‑1 (MQ=11) ttGCCGCCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGATTGGTGGTGGACACACATCGGGGGCTGGACACAGGCCGCCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCCTGCTGGCCAATCTCCACCAGCCGTTCACCg < 2:2413131/151‑1 (MQ=11) tGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTGCGCAGATGGGTTGTGGACACACACCGGAGGTTGGACGCAGGCCGTCGTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAAGGGCCGGCCCTGCTGGCCAAtctcca < 1:2947676/136‑6 (MQ=11) gccgccgctACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGATTGGTGGTGGACACACCTCTGGGGTTGGCCACAGGCCGCCGTGTAGGAGCGGGGTGACCCGCGAAAGGGCCGGCGCAGCTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACTGtt > 2:6021696/1‑150 (MQ=11) ccgccgctACCGTGTTCGCGGGTAAACCCGCGCCTACACAGATTGGTGGTGGACACACCTCTGGGGTTGGACACAGGCCGCCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGCCCTGCTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACTGttg < 1:5724700/151‑3 (MQ=11) gccgccACCCTACTCGCGGGTAAGCCCGCTCCTACACAGAGTGGTGGTGCACACACACGGGGGGCTGGACACAGGCCCCCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGGGGCCGGCCCTGCTGGCCAATCTCCACCAGCCGTTCACCGTtgcc < 1:998425/151‑1 (MQ=11) cgctACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGATTGGTGGTGGACACACCTCTGGGGTTGGACACAGGCCGCCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGCCCTGCTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACTGTtgccgc > 1:5628934/1‑151 (MQ=11) | GCCAGTATCTGCTGCGTTTGATTCAAGGCACGGTTTATTGAGGCAACAACCTCGGTGGGGCGGCGCCGCCATTCCACGGGCGGTTCAACCCGCGAAGGGACCGAGTCCTGCTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGATTGGTGGTGGACACACCTCGGGGGTTGGACACAGGCCGTCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGGCCTGCTGGCCAATTCCCATCAGCCGTTCACCGTCGCCGCCGC > CP009974/3673361‑3673659 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 8 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |