| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP009974 | 3,721,374 | A→G | intergenic (+316/+51) | RPPX_16570 → / ← RPPX_16575 | glutathione S‑transferase/glutaredoxin |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | CP009974 | 3,721,374 | 0 | A | G | 80.6% | 317.2 / 76.4 | 170 | intergenic (+316/+51) | RPPX_16570/RPPX_16575 | glutathione S‑transferase/glutaredoxin |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (24/9); new base G (81/56); total (105/65) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.67e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.90e-01 | |||||||||||
Only 100 of 172 total aligned reads displayed.
GTTAGGGCCTGGCTTGAGCGGGTCAGCAGCCACCCGCGGCATGTGCCGATGGTGGGCTGAAAACCGACCTGTTTTCCAGGCGCTTGCGCAATCCTTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAACACGGGCGCAGCCCGTGCCAACCACCGCAGTGCCTGCTTCGCGGGCTCGCCCGCTCCCACAAGGGATCTGCAGCGTCAGTCAGATGGCGGCAAACCGCTCATCCAGGTAAGCGATGATCGCCTTGGACTCATACATCCAGGTCACCTTGCCGGCTTCTTCAATGCGCAGGCATGGCACT > CP009974/3721227‑3721524 | gtTAGGGCCTGGCTTGAGCGGGTCAGCAGCCACCCGCGGCATGTGCCGATGGTGGGCTGAAAACCGACCTGTTTTCCAGGCGCTTGCGCAATCCTTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAACACGGGCGCAGCCCGTGCCAACCACCGCGGTg > 1:1727406/1‑151 (MQ=21) ttAGGGCCTGGCTTGAGCGGGTCAGCAGCCACCCGCGGCATGTGCCGATGGTGGGCTGAAAACCGACCTGTTTTCCAGGCGCTTGCGCCATCCTTGTGGGAGCGGGCGCGTCCGCGAACACGGGCGCAGCCCGTGCCAACCACCGCGGTGc < 2:7007278/151‑1 (MQ=255) ttAGGGCCTGGCTTGAGCGGGTCAGCAGCCACCCGCGGCATGTGCCGATGGTGGGCTGAAAACCGACCTGTTTTCCAGGCGCTTGCGCAATCCTTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAACACGGGCGCAGCCCGTGCCAACCACCGCGGTGc > 1:7101004/1‑151 (MQ=18) ttAGGGCCTGGCTTGAGCGGGTCAGCAGCCACCCGCGGCATGTGCCGATGGTGGGCTGAAAACCGACCTGTTTTCCAGGCGCTTGCGCAATCCTTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAACACGGGCGCAGCCCGTGCCAACCACCGCGGTGc < 1:4529863/151‑1 (MQ=18) ccTGGCTTGAGCGGGTCAGCAGCCACCCGCGGCATGTGCCGATGGTGGGCTGAAAACCGACCTGTTTTCCAGGCGCTTGCGCAATCCTTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAACACGGGCGCAGCCCGTGCCAACCACCGCGGTGCCTGCtt > 1:6025287/1‑151 (MQ=17) cTGGCTTGAGCGGGTCAGCAGCCACCCGCGGCATGTGCCGATGGTGGGCTGAAAACCGACCTGTTTTCCAGGCGCTTGCGCAATCCTTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAACACGGGCGCAGCCCGTGCCAACCACCGCGGTGCCTGCTTc > 2:4717551/1‑151 (MQ=17) tGGCTTGAGCGGGTCAGCAGCCACCCGCGGCATGTGCCGATGGTGGGCTGAAAACCGACCTGTTTTCCAGGCGCTTGCGCAATCCTTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAACACGGGCGCAGCCCGTGCCAACCACCGCGGTGCCTGCTTcg > 1:20685/1‑151 (MQ=17) tGGCTTGAGCGGGTCAGCAGCCACCCGCGGCATGTGCCGATGGTCGGCTGAAAACCGACCTGTTTTCCAGGCGCTTGCGCAATCCTTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAACACGGGCGCAGCCCGTGCCAACCACCGCGGTGCCTGCTTcg > 1:5446591/1‑151 (MQ=17) 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ttttCCAGGCGCTTGCGCAATCCTTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAACACGGGCGCAGCCCGTGCCAACCACCGCAGTGCCTGCTTCGCGGGCTCGCCCGCTCCCACCAGGGATCTGCAGCGTCAGTCAGATGGCGGCAAACCGCTCATc > 2:4674345/1‑151 (MQ=17) tttCCAGGCGCTTGCGCAATCCTTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAACACGGGCGCAGCCCGTGCCAACCACCGCGGTGCCTGCTTCGCGGGCTCGCCCGCTCCCACAAGGGATCTGCAGCGTCAGTCAGATGGCGGCAAACCGCTCATcc < 1:6128668/151‑1 (MQ=18) ttCCAGGCGCTTGCGCAATCCTTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAACACGGGCGCAGCCCGTGCCAACCACCGCGGTGCCTGCTTCGCGGGCTCGCCCGCTCCCACAAGGGATCTGCAGCGTCAGTCAGATGGCGGCAAACCGCTCATCCa < 1:3787729/151‑1 (MQ=18) tCCAGGCGCTTGCGCAATCCTTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAACACGGGCGCAGCCCGTGCCAACCACCGCGGTGCCTGCTTCGCGGGCTCGCCCGCTCCCACAAGGGATCTGCAGCGTCAGTCAGATGGCGGCAAACCGCTCATCCAg < 1:1129702/151‑1 (MQ=21) ccAGGCGCTTGCGCAATCCTTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAACACGGGCGCAGCCCGTGCCAACCACCGCGGTGCCTGCTTCGCGGGCTCGCCCGCTCCCACAAGGGATCTGCAGCGTCAGTCAGATGGCGGCAAACCGCTCATCCAgg > 1:4885555/1‑151 (MQ=25) 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cccGTGCCAACCACCGCGGTGCCTGCTTCGCGGGCTCGCCCGCTCCCACAAGGGATCTGCAGCGTCAGTCAGATGGCGGCAAACCGCTCATCCAGGTAAGCGATGATCGCCTTGGACTCATACATCCAGGTCACCTTGCCGGCTTCTTCaa > 1:2312421/1‑151 (MQ=255) ccGTGCCAACCACCGCGGTGCCTGCTTCGCGGGCTCGCCCGCTCCCACAAGGGATCTGCAGCGTCAGTCAGATGGCGGCAAACCGCTCATCCAGGTAAGCGATGATCGCCTTGGACTCATACATCCAGGTCACCTTGCCGGCTTCTTCAAt < 1:6976755/151‑1 (MQ=255) ccGTGCCAACCACCGCGGTGCCTGCTTCGCGGGCTCGCCCGCTCCCACAAGGGATCTGCAGCGTCAGTCAGATGGCGGCAAACCGCTCATCCAGGTAAGCGATGATCGCCTTGGACTCATACATCCAGGTCACCTTGCCGGCTTCTTCAAt > 1:3223451/1‑151 (MQ=255) cGTGCCAACCACCGCGGTGCCTGCTTCGCGGGCTCGCCCGCTCCCACAAGGGATCTGCAGCGTCAGTCAGATGGCGGCAAACCGCTCATCCAGGTAAGCGATGATCGCCTTGGACTCATACATCCAGGTCACCTTGCCGGCTTCTTCACTg > 2:1580158/1‑151 (MQ=255) cGTGCCAACCACCGCGGTGCCTGCTTCGCGGGCTCGCCCGCTCCCACAAGGGATCTGCAGCGTCAGTCAGATGGCGGCAAACCGCTCATCCAGGTAAGCGATGATCGCCTTGGACTCATACATCCAGGTCACCTTGCCGGCTTCTTCAATg < 2:5926963/151‑1 (MQ=255) gCCACCCACCGCGGTGCCTGCTTCGCGGGCTCGCCCGCTCCCACAAGGGATCTGCAGCGTCAGTCAGATGGCGGCAAACCGCTCATCCAGGTAAGCGATGATCGCCTTGGACTCATACATCCAGGTCACCTTGCCGGCTTCTTCAATgcgc < 1:5359293/151‑1 (MQ=255) gCCAACCACCGCGGTGCCTGCTTCGCGGGCTCGCCCGCTCCCACAAGGGATCTGCAGCGTCAGTCAGATGGCGGCAAACCGCTCATCCAGGTAAGCGATGATCGCCTTGGACTCATACATCCAGGTCACCTTGCCGGCTTCTTCAATgcgc > 2:4226897/1‑151 (MQ=255) gCCAACCACCGCAGTGCCTGCTTCGCGGGCTCGCCCGCTCCCACAAGGGATCTGCAGCGTCAGTCAGATGGCGGCAAACCGCTCATCCAGGTAAGCGATGATCGCCTTGGACTCATACATCCAGGTCACCTTGCCGGCTTCTTCAATgcgc < 2:3408899/151‑1 (MQ=255) ccAACCACCGCGGTGCCTGCTTCGCGGGCTCGCCCGCTCCCACAAGGGATCTGCAGCGTCAGTCAGATGGCGGCAAACCGCTCATCCAGGTAAGCGATGATCGCCTTGGACTCATACATCCAGGTCACCTTGCCGGCTTCTTCAATGCGCa > 2:2118195/1‑151 (MQ=255) ccAACCACCGCGGTGCCTGCTTCGCGGGCTCGCCCGCTCCCACAAGGGATCTGCAGCGTCAGTCAGATGGCGGCAAACCGCTCATCCAGGTAAGCGATGATCGCCGTGGACTCATACATCCAGGTCACCTTGCCGGCTTCTTCAATGCGCa > 2:2738132/1‑151 (MQ=255) ccAACCACCGCAGTGCCTGCTTCGCGGGCTCGCCCGCTCCCACAAGGGATCTGCAGCGTCAGTCAGATGGCGGCAAACCGCTCATCCAGGTAAGCGATGATCGCCTTGGACTCATACATCCAGGTCACCTTGCCGGCTTCTTCAATGCGCa > 2:295615/1‑151 (MQ=255) cAACCACCGCGGTGCCTGCTTCGCGGGCTCGCCCGCTCCCACAAGGGATCTGCAGCGTCAGTCAGATGGCGGCAAACCGCTCATCCAGGTAAGCGATGATCGCCTTGGACTCATACATCCAGGTCACCTTGCCGGCTTCTTCAATGCGCAg > 1:951526/1‑151 (MQ=255) cAACCACCGCGGTGCCTGCTTCGCGGGCTCGCCCGCTCCCACAAGGGATCTGCAGCGTCAGTCAGATGGCGGCAAACCGCTCATCCAGGTAAGCGATGATCGCCTTGGACTCATACATCCAGGTCACCTTGCCGGCTTCTTCAATGCGCAg > 2:163582/1‑151 (MQ=255) cAACCACCGCGGTGCCTGCTTCGCGGGCTCGCCCGCTCCCACAAGGGATCTGCAGCGTCAGTCAGATGGCGGCAAACCGCTCATCCAGGTAAGCGATGATCGCCTTGGACTCATACATCCAGGTCACCTTGCCGGCTTCTTCAATGCGCAg < 2:936472/151‑1 (MQ=255) accaccGCGGTGCCTGCTTCGCGGGCTCGCCCGCTCCCACAAGGGAACTGGAGCGTCGGTAGGATGGCGGCAAACCGCTCATCCAGGTAAGCGATGATCGCCTTGGCCTCATACATCCAGGTCACCTTGCCTCCTTCCTCAATGCGCAGGc > 2:1084892/1‑151 (MQ=25) ccaccGCGGTGCCTGCTTCGCGGGCTCGCCCGCTCCCACAAGGGATCTGCAGCGTCAGTCAGATGGCGGCAAACCGCTCATCCAGGTAAGCGATGATCGCCTTGGACTCATACATCCAGGTCACCTTGCCGGCTTCTTCAATGCGCAGGCa > 1:5180447/1‑151 (MQ=255) accGCGGTGCCTGCTTCGCGGGCTCGCCCGCTCCCACAAGGGATCTGCAGCGTCAGTCAGATGGCGGCAAACCGCTCATCCAGGTAAGCGATGATCGCCTTGGACTCATACATCCAGGTCACCTTGCCGGCTTCTTCAATGCGCAGGCATg < 1:6464395/151‑1 (MQ=255) ccGCGGTGCCTGCTTCGCGGGCTCGCCCGCTCCCACAAGGGATCTGCAGCGTCAGTCAGATGGCGGCAAACCGCTCATCCAGGTAAGCGATGATCGCCTTGGACTCATACATCCAGGTCACCTTGCCGGCTTCTTCAATGCGCAGGCATgg > 2:1276760/1‑151 (MQ=255) gCAGTGCCTGCTTCGCGGGCTCGCCCGCTCCCACAAGGGATCTGCAGCGTCAGTCAGATGGCGGCAAACCGCTCATCCAGGTAAGCGATGATCGCCTTGGACTCAtc > 1:5804634/1‑106 (MQ=255) gCAGTGCCTGCTTCGCGGGCTCGCCCGCTCCCACAAGGGATCTGCAGCGTCAGTCAGATGGCGGCAAACCGCTCATCCAGGTAAGCGATGATCGCCTTGGACTCATa < 2:5804634/107‑1 (MQ=255) aGTGCCTGCTTCGCGGGCTCGCCCGCTCCCACAAGGGATCTGCAGCGTCAGTCAGATGGCGGCAAACCGCTCATCCAGGTAAGCGATGATCGCCTTGGACTCATACATCCAGGTCACCTTGCCGGCTTCTTCAATGCGCAGGCATGGCACt < 2:5876884/151‑1 (MQ=255) | GTTAGGGCCTGGCTTGAGCGGGTCAGCAGCCACCCGCGGCATGTGCCGATGGTGGGCTGAAAACCGACCTGTTTTCCAGGCGCTTGCGCAATCCTTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAACACGGGCGCAGCCCGTGCCAACCACCGCAGTGCCTGCTTCGCGGGCTCGCCCGCTCCCACAAGGGATCTGCAGCGTCAGTCAGATGGCGGCAAACCGCTCATCCAGGTAAGCGATGATCGCCTTGGACTCATACATCCAGGTCACCTTGCCGGCTTCTTCAATGCGCAGGCATGGCACT > CP009974/3721227‑3721524 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |