Predicted mutation | ||||||
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RA | CP009974 | 3,756,917 | G→A | T396T (ACC→ACT) | RPPX_16780 ← | phospho‑2‑dehydro‑3‑deoxyheptonate aldolase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP009974 | 3,756,917 | 0 | G | A | 99.4% | 1270.7 / NA | 329 | T396T (ACC→ACT) | RPPX_16780 | phospho‑2‑dehydro‑3‑deoxyheptonate aldolase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base A (172/155); minor base C (1/1); total (173/156) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 329 total aligned reads displayed.
CCTGCTTGAGGGTTTCGGCAATCAGGAATGCCAACTCCAGCGACTGATCGGCATTCATCCGCGGATCACAATGGGTGTGATACCGGTCAGACAACGCATCCTCGGTGATCGGCCGGGCACCGCCGATGCATTCGGTGAGGTTCTGCCCGGTCATCTGGATAAGGATATCGCCGGCATGGCTGCCCTCGGCCTGGTGTACTTGGAAGAACTGCTTCACCTCATCCAGAATCTGCGCAAAATCGCGGGTCTTGTAACCGCTGCTGGCCTTGATGGTGTTGCCGTGCATCGGATCGGAA > CP009974/3756769‑3757064 | ccagcatGAGGGTTTCGACAATCAGGAATGCCAACTCCAGCGACTGATCGGCATTCATCCGCGGATCACAATGGGTGTGATACCGGTCAGACAACGCATCCTCGGTGATCGGCCGGGCACCGCCGATGCATTCGGTGACGTTCTGCCCAGt < 1:2399825/145‑1 (MQ=255) tGCTTGAGGGTTTCGGCAATCAGGAATGCCAACTCCAGCGACTGATCGGCATTCATCCGCGGATCACAATGGGTGTGATACCGGTCAGACAACGCATCCTCGGTGATCGGCCGGGCACCGCCGATGCATTCGGTGACGTTCTGCCCAGTCa > 2:126091/1‑151 (MQ=255) gCTTGAGGGTTGCGGCAATCAGGAATGCCAACTCCAGCGACTGATCGGCATTCATCCGCGGATCACAATGGGTGTGATACCGGTCAGACAACGCATCCTCGGTGATCGGCCGGGCACCGCCGATGCATTCGGTGACGTTCTGCCCAGTCAt < 2:4072814/151‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |