| Predicted mutation | ||||||
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| RA | CP009974 | 3,837,781 | C→T | intergenic (+332/‑219) | RPPX_17095 → / → RPPX_17100 | proteophosphoglycan precursor/cupin |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | CP009974 | 3,837,781 | 0 | C | T | 94.4% | 536.0 / 3.5 | 198 | intergenic (+332/‑219) | RPPX_17095/RPPX_17100 | proteophosphoglycan precursor/cupin |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (5/6); new base T (94/91); total (99/99) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.66e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 198 total aligned reads displayed.
CGGGCCTGCTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACACGCATCGAGGGCGGCACAGGCCGT‑TGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAAGGGCCGGGCCTGCTGGCCAATCTCCACCCGTCGTTCACCATTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTGCACACGCATCGGTGGTTGGTCACAGGCCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAAAGGCCGGTACAGGCGAAAATCGGCCCCCTGCTTTT > CP009974/3837632‑3837928 | cgggccTGCTGGCCAATTTTCACCAGCCGTTCACCGTTGCTGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAC‑TG‑ATC‑TGGACTGCGC‑GGTCGTCTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAAGGGCCGGGCCTGCTGGCCACTCTTCa > 1:4679083/1‑151 (MQ=2) gggccTGCTGGCCAGTTTTCACCGGCCGTTCACCGTTGCTGCCGCTACCGTATCCGCGGGTGGCGCCGCGCCTACAC‑TGC‑TCG‑GGAGTGCGCGGGCCGC‑TGTAGGGGCGGGTTCACCCGCGAAAGGGCCGGGCCTGCTGGCCAATTTTCAc < 2:3039169/151‑1 (MQ=2) gccTGCTGGCCAATTTTCACCAGCCGTTCACCGTTGCTGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAC‑TG‑ATC‑TGGACTGCGCGGTCCTC‑TGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAAGGGCCGGGCCTGCTGGCCAATTTTCAccc > 1:5171361/1‑151 (MQ=2) ccTGCTGGCCAATTTTCACCAGCCGCTCACCGTTGCTGCCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAC‑TG‑ATC‑TGGACTGCGCGGTCCTC‑TGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAAGGGCCGGGCCTGCTGGCCAATTTTCAccag > 1:3541201/1‑149 (MQ=2) tgctgGCCAATTTTCACCAGCCGTTCACCGTTGCTGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAC‑TGC‑TC‑TGGACTGCGCGGTCCTC‑TGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAAGGGCCGGGCCTGCTGGCCCATTTTCAccagcc > 1:2231078/1‑147 (MQ=2) cTACACACGCATCGAGGGCGGCACAGGCCGT‑TGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAAGGGCCGGGCCTGCTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTGCACACCCATCggtggt > 2:2905346/1‑151 (MQ=0) cTACACACGCATCGAGGGCGGCACAGGCCGT‑TGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAAGGGCCGGGCCTGCTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCCACTGCACACGCATCggtggt > 1:4923199/1‑151 (MQ=11) acGCATCGAGGGCGGCACAGGCCGT‑TGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAAGGGCCGGGCCTGCTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTGCACACGCATCGGTGGTTGGTca > 1:189984/1‑151 (MQ=255) 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aaTTTCCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTGCACACGCATCGGTGGTTGGTCACAGGCCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAAAGGCCGGTACAGGCGAAAATCGGCCCCCTGCtttt > 2:2850786/1‑151 (MQ=255) | CGGGCCTGCTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACACGCATCGAGGGCGGCACAGGCCGT‑TGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAAGGGCCGGGCCTGCTGGCCAATCTCCACCCGTCGTTCACCATTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTGCACACGCATCGGTGGTTGGTCACAGGCCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAAAGGCCGGTACAGGCGAAAATCGGCCCCCTGCTTTT > CP009974/3837632‑3837928 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 8 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |