| Predicted mutation | ||||||
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| RA | CP009974 | 3,837,790 | T→C | intergenic (+341/‑210) | RPPX_17095 → / → RPPX_17100 | proteophosphoglycan precursor/cupin |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | CP009974 | 3,837,790 | 0 | T | C | 97.5% | 588.4 / 1.2 | 198 | intergenic (+341/‑210) | RPPX_17095/RPPX_17100 | proteophosphoglycan precursor/cupin |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (4/1); new base C (94/98); total (98/100) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.12e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.91e-01 | |||||||||||
Only 100 of 198 total aligned reads displayed.
CTACACACGCATCGAGGGCGGCACAGGCCGTTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAAGGGCCGGGCCTGCTGGCCAATCTCCACCCGTCGTTCACCATTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTGCACACGCATCGGTGGTTGGTCACAGGCCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAAAGGCCGGTACAGGCGAAAATCGGCCCCCTGCTTTTCCCCCGGA > CP009974/3837704‑3837936 | cTACACACGCGTCGAGGGCGGCACAGGCCGTTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAAGGGCCGGGCCTGCTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTGCACACGCATCggtggt < 2:3031517/151‑1 (MQ=255)cTACACACGCATCGAGGGCGGCACAGGCCGTTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAAGGGCCGGGCCTGCTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCCACTGCACACGCATCggtggt > 1:4923199/1‑151 (MQ=11) tACACCCGCATCGAGGGCGGCACAGGCCGTTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAAGGGCCGGGCCTGCTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTGCACACGCATCGGtggtt < 1:5721162/151‑1 (MQ=255) tACACACGCATCGAGGGCGGCACAGGCCGTTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAAGGGCCGGGCCTGCTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTGCACACGCATCGGtggtt < 1:3866462/151‑1 (MQ=9) 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aCCCGCCGTTCACCGTTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTGCACACGCATCGGTGGTTGGTCACAGGCCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAAAGGCCGGTACAGGCGAAAATCGGCCCCCTGCTTTTCCCCCgg > 1:6873120/1‑151 (MQ=255) | CTACACACGCATCGAGGGCGGCACAGGCCGTTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAAGGGCCGGGCCTGCTGGCCAATCTCCACCCGTCGTTCACCATTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTGCACACGCATCGGTGGTTGGTCACAGGCCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAAAGGCCGGTACAGGCGAAAATCGGCCCCCTGCTTTTCCCCCGGA > CP009974/3837704‑3837936 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 8 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |