| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP009974 | 3,961,904 | C→T | T416T (ACC→ACT) | RPPX_17635 → | damage‑inducible protein CinA |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| * | CP009974 | 3,961,904 | 0 | C | T | 98.9% | 1290.2 / NA | 355 | T416T (ACC→ACT) | RPPX_17635 | damage‑inducible protein CinA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base T (166/185); minor base G (3/1); total (169/186) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.51e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 371 total aligned reads displayed.
ACCCGGTGGAAATCGCCCGCGCCTCGGTGCTGGGGCAGCCTGTGCACCTGATGAGCCCGCTGGTGGCTTCCACCTTGTTGCTGGTGGGCATGGTCGACAGGGATATCGGTGATTTCCAGAAAGCCACCTTCAAGTGGGCCGTGCTCACCTCTCTGGTGATCACTGCGCTGGCACTGCTGACGGGCGCCTTGTCCTTCATGGTTTGAAGCACTCAGGGCGCCGCTCGGCGCCCCTCTGACTCACCCAAGAACAACAACAGAGTAACCATCATGTCCCGATTTCTTTTCCGTGGGGCC > CP009974/3961756‑3962051 | aCCCGGTGGAAATCGCCCGCGCCTCGGTGCTGGGGCAGCCTGTGCACCTGATGAGCCCGCTGGTGGCTTCCACCTTGTTGCTGGTGGGCATGGTCGACAGGGATATCGGTGATTTCCAGAAAGCCACCTTCAAGTGGGCCGTGCTCACttc < 1:2519809/151‑1 (MQ=255) cccGGTGGAAATCGCCCGCGCCTCGGTGCTGGGGCAGCCTGTGCACCTGATGAGCCCGCTGGTGGCTTCCACCTTGTTGCTGGTGGGCATGGTCGACAGGGATATCGGTGATTTCCAGAAAGCCACCTTCAAGTGGGCCGTGCTCACttct > 1:6727398/1‑151 (MQ=255) ccGGTGGAAATCGCCCGCGCCTCGGTGCTGGGGCAGCCTGTGCACCTGATGAGCCCGCTGGTGGCTTCCACCTTGTTGCTGGTGGGCATGGTCGACAGGGATATCGGTGATTTCCAGAAAGCCACCTTCAAGTGGGCCGTGCTCACttctc < 2:6045604/151‑1 (MQ=255) ccGGTGGAAATCGCCCGCGCCTCGGTGCTGGGGCAGCCTGTGCACCTGATGAGCCCGCTGGTGGCTTCCACCTTGTTGCTGGTGGGCATGGTCGACAGGGATATCGGTGATTTCCAGAAAGCCACCTTCAAGTGGGCCGTGCTCACttctc < 1:4123408/151‑1 (MQ=255) cGGTGGAAATCGCCCGCGCCTCGGTGCTGGGGCAGCCTGTGCACCTGATGAGCCCGCTGGTGGCTTCCACCTTGTTGCTGGTGGGCATGGTCGACAGGGATATCGGTGATTTCCAGAAAGCCACCTTCAAGTGGGCCGTGCTCACttctct < 2:6114931/151‑1 (MQ=255) ggTGGAAATCGCCCGCGCCTCGGTGCTGGGGCAGCCTGTGCACCTGATGAGCCCGCTGGTGGCTTCCACCTTGTTGCTGGTGGGCATGGTCGACAGGGATATCGGTGATTTCCAGAAAGCCACCTTCAAGTGGGCCGTGCTCACTTCTCTg < 2:1075800/151‑1 (MQ=255) ggTGGAAATCGCCCGCGCCTCGGTGCTGGGGCAGCCTGTGCACCTGATGAGCCCGCTGGTGGCTTCCACCTTGTTGCTGGTGGGCATGGTCGACAGGGATATCGGTGATTTCCAGAAAGCCACCTTCAAGTGGGCCGTGCTCACTTCTCTg < 1:2054983/151‑1 (MQ=255) tGGAAATCGCCCGCGCCTCGGTGCTGGGGCAGCCTGTGCACCTGATGAGCCCGCTGGTGGCTTCCACCTTGTTGCTGGTGGGCATGGTCGACAGGGATATCGGTGATTTCCAGAAAGCCACCTTCAAGTGGGCCGTGCTCACTTCTCTGGt < 2:1490472/151‑1 (MQ=255) aaaTCGCCCGCGCCTCGGTGCTGGGGCAGCCTGTGCACCTGATGAGCCCGCTGGTGGCTTCCACCTTGTTGCTGGTGGGCATGGTCGACAGGGATATCGGTGATTTCCAGAAAGCCACCTTCAAGTGGGCCGTGCTCACTTCTCTGGTGAt < 1:5884953/151‑1 (MQ=255) tCGCCCGCGCCTCGGTGCTGGGGCAGCCTGTGCACCTGATGAGCCCGCTGGTGGCTTCCACCTTGTTGCTGGTGGGCATGGTCGACAGGGATATCGGTGATTTCCAGAAAGCCACCTTCAAGTGGGCCGTGCTCACTTCTCTGGTGATCAc > 1:4530078/1‑151 (MQ=255) cGCCCGCGCCTCGGTGCTGGGGCAGCCTGTGCACCTGATGAGCCCGCTGGTGGCTTCCACCTTGTTGCTGGTGGGCATGGTCGACAGGGATATCGGTGATTTCCAGAAAGCCACCTTCAAGTGGGCCGTGCTCACTTCTCTGGTGATCACt > 2:649647/1‑151 (MQ=255) gCCCGCGCCTCGGTGCTGGGGCAGCCTGTGCACCTGATGAGCCCGCTGGTGGCTTCCACCTTGTTGCTGGTGGGCATGGTCGACAGGGATATCGGTGATTTCCAGAAAGCCACCTTCAAGTGGGCCGTGCTCACTTCTCTGGTGATCACTg > 1:4832641/1‑151 (MQ=255) gCCCGCGCCTCGGTGCTGGGGCAGCCTGTGCACCTGATGAGCCCGCTGGTGGCTTCCACCTTGTTGCTGGTGGGCATGGTCGACAGGGATATCGGTGATTTCCAGAAAGCCACCTTCAAGTGGGCCGTGCTCACTTCTCTGGTGATCACTg < 1:420879/151‑1 (MQ=255) gCCCGCGCCTCGGTGCTGGGGCAGCCTGTGCACCTGATGAGCCCGCTGGTGGCTTCCACCTTGTTGCTGGTGGGCATGGTCGACAGGGATATCGGTGATTTCCAGAAAGCCACCTTCAAGTGGGCCGTGCTCACTTCTCTGGTGATCACTg > 1:2936736/1‑151 (MQ=255) gcgcCTCGGTGCTGGGGCAGCCTGTGCACCTGATGAGCCCGCTGGTGGCTTCCACCTTGTTGCTGGTGGGCATGGTCGACAGGGATATCGGTGATTTCCAGAAAGCCACCTTCAAGTGGGCCGTGCTCACTTCTCTGGTGATCACTGCGCt < 2:209645/151‑1 (MQ=255) gcgcCTCGGTGCTGGGGCAGCCTGTGCACCTGATGAGCCCGCTGGTCGCTTCCACCTTGTTGCTGGTGGGCATGGTCGACAGGGATATCGGTGATTTCCAGAAAGCCACCTTCAAGTGGGCCGTGCTCACTTCTCTGGTGATCACTGCGCt < 2:5161132/151‑1 (MQ=255) cgcCTCGGTGCTGGGGCAGCCTGTGCACCTGATGAGCCCGCTGGTGGCTTCCACCTTGTTGCTGGTGGGCATGGTCGACAGGGATATCGGTGATTTCCAGAAAGCCACCTTCAAGTGGGCCGTGCTCACTTCTCTGGTGATCACTGCGCTg < 1:3728222/151‑1 (MQ=255) cGGTGCTGGGGCAGCCTGTGCACCTGATGAGCCCGCTGGTGGCTTCCACCTTGTTGCTGGTGGGCATGGTCGACAGGGATATCGGTGATTTCCAGAAAGCCACCTTCAAGTGGGCCGTGCTCACTTCTCTGGTGATCACTGCGCTGGCAct < 2:2518750/151‑1 (MQ=255) 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gggggCAGCCTGTGCACCTGATGAGCCCGCTGGTGGCTTCCACCTTGTTGCTGGTGGGCATGGTCGACAGGGATATCGGTGATTTCCAGAAAGCCACCTTCAAGTGGGCCGTGCTCACTTCTCTGGTGATCACTGCGCTGGCACTGCTGAc < 1:3064340/150‑1 (MQ=255) ggggCCGCCTGTGCAGCTGATGAGCCCGCTGGTGGCTTCCACCTTGTTGCTGGTGGGCATGGTCGACAGGGATATCGGTGATTTCCAGAAAGCCACCTTCAAGTGGGCCGTGCTCACTTCTCTGGTGATCACTGCGCTGGCACTGCTGACg < 2:4786771/151‑1 (MQ=255) aGCCTGTGCACCTGATGAGCCCGCTGGTGGCTTCCACCTTGTTGCTGGTGGGCATGGTCGACAGGGATATCGGTGATTTCCAGAAAGCCACCTTCAAGTGGGCCGTGCTCACTTCTCTGGTGATCACTGCGCTGGCACTGCTGACGGgcgc > 2:1906242/1‑151 (MQ=255) gCCTGTGCACCTGATGAGCCCGCTGGTGGCTTCCACCTTGTTGCTGGTGGGCATGGTCGACAGGGATATCGGTGATTTCCAGAAAGCCACCTTCAAGTGGGCCGTGCTCACTTCTCTGGTGATCACTGCGCTGGCACTGCTGACGGGCGcc < 1:1753521/151‑1 (MQ=255) cTGTGCACCTGATGAGCCCGCTGGTGGCTTCCACCTTGTTGCTGGTGGGCATGGTCGACAGGGATATCGGTGATTTCCAGAAAGCCACCTTCAAGTGGGCCGTGCTCACTTCTCTGGTGATCACTGCGCTGGCACTGCTGACGGGCGCCtt > 2:2018103/1‑151 (MQ=255) tgtgCACCTGATGAGCCCGCTGGTGGCTTCCACCTTGTTGCTGGTGGGCATGGTCTACAGGGATATCGGGGATTTCCAGAAATCCACCTTCAAGTGGGCCGTGCTCACTTCTCTGGTGATCACTGCGCTGGCACTGCTGACGGGCGCCttt > 2:2075799/1‑150 (MQ=255) gCACCTGATGAGCCCGCTGGTGGCTTCCACCGTGTTGCTGGTGGGCATGGTCGACAGGGATATCGGTGATTTCCAGAAAGCCACCTTCAAGTGGGCCGTGCTCACTTCTCTGGTGATCACTGCGCTGGCACTGCTGACGGGCGCCTTGTcc < 2:5036619/151‑1 (MQ=255) cgccTGATGAGCCCGCTGGTGGCTTCCACCTTGTTGCTGGTGGGCATGGTCGACAGGGATATCGGTGATTTCCAGAAAGCCACCTTCAAGTGGGCCGTGCTCACTTCTCTGGTGATCACTGCGCTGGCACTGCTGACGGGCGCCTTGTCCt < 1:7097188/149‑1 (MQ=255) cACCTTATGAGCCCGCTGGTGGCTTCCACCTTGTTGCTGGTGGGCATGGTCGACAGTGATATCGGTGATTTCCAGAAAGCCACCTTCAAGTGGGCCGTGCTCACTTCTCTGGTGATCACTGCGCTGGCACTGCTGACGGTCGCCTTGTCCt > 1:1043111/1‑151 (MQ=255) aCCTGATGAGCCCGCTGGTGGCTTCCACCTTGTTGCTGGTGGGCATGGTCGACAGGGATATCGGTGATTTCCAGAAAGCCACCTTCAAGTGGGCCGTGCTCACTTCTCTGGTGATCACTGCGCTGGCACTGCTGTCGGGCGCCTTGTTCtt > 1:955889/1‑151 (MQ=255) 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tCAAGTGGGCCGTGCTCACTTCTCTGGTGATCACTGCGCTGGCACTGCTGACGGGCGCCTTGTCCTTCATGGTTTGAAGCACTCAGGGCGCCGCTCGGCGCCCCTCTGACTCACCCAAGAACAACAACAGAGTAACCATCATGTCCCGAtt < 1:3283946/151‑1 (MQ=255) cAAGTGGGCCGTGCTCACTTCTCTGGTGATCACTGCGCTGGCACTGCTGACGGGCGCCTTGTCCTTCATGGTTTGAAGCACTCAGGGCGCCGCTCGGCGCCCCTCTGACTGACCCAAGAACAACAACAGAGTAACCATCATGTCCCGAttt > 2:5535153/1‑151 (MQ=255) aaGTGGGCCGTGCTCGCTTCTCTGGTGATCACTGCGCTGGCACTGCTGACGGGCGCCTTGTCCTTCATGGTTTGAAGCACTCAGGGCGCCGCTCGGCGCCCCTCTGACTCACCCAAGAACAACAACAGAGTAACCATCATGTCCCGATTTc < 2:3829781/151‑1 (MQ=255) aaGTGGGCCGTGCTCACTTCTCTGGTGATCACTGCGCTGGCACTGCTGACGGGCGCCTTGTCCTTCATGGTTTGAAGCACTCAGGGCGCCGCTCGGCGCCCCTCTGACTCACCCAAGAACAACAACAGAGTAACCATCATGTCCCGATTTc > 1:7198842/1‑151 (MQ=255) aaGTGGGCCGTGCTCACTTCTCTGGTGATCACTGCGCTGGCACTGCTGACGGGCGCCTTGTCCTTCATGGTTTGAAGCACTCAGGGCGCCGCTCGGCGCCCCTCTGACTCACCCAAGAACAACAACAGAGTAACCATCATGTCCCGATTTc < 2:6727398/151‑1 (MQ=255) 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tGCTCACTTCTCTGGTGATCACTGCGCTGGCACTGCTGACGGGCGCCTTGTCCTTCATGGTTTGAAGCACTCAGGGCGCCGCTCGGCGCCCCTCTGACTCACCCAAGAACAACAACAGAGTAACCATCATGTCCCGATTTCTTTTCCGTgg > 1:1808915/1‑151 (MQ=255) tCACTTCTCTGGTGATCACTGCGCTGGCACTGCTGACGGGCGCCTTGTCCTTCATGGTTTGAAGCACTCAGGGCGCCGCTCGGCGCCCCTCTGACTCACCCAAGAACAACAACAGAGTAACCATCATGTCCCGATTTCTTTTCCGTGGGGc < 2:5885094/151‑1 (MQ=255) | ACCCGGTGGAAATCGCCCGCGCCTCGGTGCTGGGGCAGCCTGTGCACCTGATGAGCCCGCTGGTGGCTTCCACCTTGTTGCTGGTGGGCATGGTCGACAGGGATATCGGTGATTTCCAGAAAGCCACCTTCAAGTGGGCCGTGCTCACCTCTCTGGTGATCACTGCGCTGGCACTGCTGACGGGCGCCTTGTCCTTCATGGTTTGAAGCACTCAGGGCGCCGCTCGGCGCCCCTCTGACTCACCCAAGAACAACAACAGAGTAACCATCATGTCCCGATTTCTTTTCCGTGGGGCC > CP009974/3961756‑3962051 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |