| Predicted mutation | ||||||
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| RA | CP009974 | 4,132,231 | A→C | intergenic (+147/+82) | RPPX_18375 → / ← RPPX_18380 | membrane protein/phosphonoacetaldehyde hydrolase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | CP009974 | 4,132,231 | 0 | A | C | 75.6% | 714.8 / 233.5 | 364 | intergenic (+147/+82) | RPPX_18375/RPPX_18380 | membrane protein/phosphonoacetaldehyde hydrolase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (35/53); new base C (131/142); total (168/196) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.19e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 366 total aligned reads displayed.
AATAGCGTTCTAGCTCAGGTTTGTCGGCCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAAGGGCCGGGCCGGTTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCTGC‑TACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCGGATCGGGGGTGGACACAGGTCGGTGATTGGGCGCAGGCCG‑CG‑GTAGGAGCGGCCTTGTGTGGCACAAGGGCCGCTTCCACAGCGAAACCGCAGGGGTCAGAAGGCTTGCGGCATCTCGCCCTTGGCCAGGCGCCGGTTGATGTCGGCAATGACTTCGGGGAG > CP009974/4132080‑4132378 | aaTAGCGTTCTAGCTCAGGTTTGTCGGCCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAAGGGCCGGGCCGGTTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCTGC‑TACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCGGATCGGGGG‑GGaca > 1:4301284/1‑151 (MQ=255) aGCGTTCTAGCTCAGGTTTGTCGGCCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAAGGGCCGGGCCGGTTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCTGC‑TACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCGGATCGGGGG‑GGACACAg < 1:6555726/151‑1 (MQ=255) aGCGTTCGAGCTCAGGTTTGTCGGCAGTAGGAGCGGGTTAACCGGCGAAAGGGCCGGGGCGGTTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCTGC‑TACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCCCGGATCGGGGG‑GGACACAg < 2:105537/151‑1 (MQ=18) ttCTAGCGCAGGTTTGTCGGCCGTAGGGGCGGGTGCACCCGCGAAAGGGCCGGGCCGGTTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCTGC‑TACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCGGATCGGGGG‑GGACACAGGTCg < 1:6789816/151‑1 (MQ=255) tCTAGCTCAGGTTTGTCGGCCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAAGGGCCGGGCCGGTTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCTGC‑TACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCGGATCGGGGG‑GGACACAGGTCgg < 2:395633/151‑1 (MQ=255) tCTAGCTCAGGTTTGTCGGCCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAAGGGCCGGGCCGGTTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCTGC‑TACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCGGATCGGGGG‑GGACACAGGTCgg > 2:6961163/1‑151 (MQ=255) aGCTCAGGTTTGTCGGCCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAAGGGCCGGGCCGGTTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCTGC‑TACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCGGGTCGGGGG‑GGGCACAGGGCGGTGa > 2:1926472/1‑151 (MQ=255) gCTCAGGTTTGTCGGCCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAAGGGCCGGGCCGGTTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCTGC‑TACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCGGATCGGGGG‑GGACACAGGTCGGTGAt < 1:517883/151‑1 (MQ=255) 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gggACACAGGTCGGTGATTGGGCGCAGGCCG‑CG‑GTAGGAGCGGCCTTGTGTGGCACAAGGGCCGCTTCCACAGCGAAACCGCAGGGGTCAGAAGGCTTGCGGCATCTCGCCCTTGGCCAGGCGCCGGTTGATGTCGGCAATGACTTCgggg < 2:1143734/150‑1 (MQ=255) ggACCCAGGTCGGTGATTGGGCGCAGGCCG‑CG‑GTAGGAGCGGCCTTGTGTGGCACAAGGGCCGCTTCCACAGCGAAACCGCAGGGGTCAGAAGGCTTGCGGCATCTCGCCCTTGGCCAGGCGCCGGTTGATGTCGGCAATGACTTCGGGga > 1:803982/1‑151 (MQ=255) | AATAGCGTTCTAGCTCAGGTTTGTCGGCCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAAGGGCCGGGCCGGTTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCTGC‑TACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCGGATCGGGGGTGGACACAGGTCGGTGATTGGGCGCAGGCCG‑CG‑GTAGGAGCGGCCTTGTGTGGCACAAGGGCCGCTTCCACAGCGAAACCGCAGGGGTCAGAAGGCTTGCGGCATCTCGCCCTTGGCCAGGCGCCGGTTGATGTCGGCAATGACTTCGGGGAG > CP009974/4132080‑4132378 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 8 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |