| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP009974 | 4,363,550 | T→C | intergenic (+206/‑109) | RPPX_19410 → / → RPPX_19415 | alkyl hydroperoxide reductase/hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | CP009974 | 4,363,550 | 0 | T | C | 78.8% | 907.3 / 242.2 | 439 | intergenic (+206/‑109) | RPPX_19410/RPPX_19415 | alkyl hydroperoxide reductase/hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (27/65); new base C (166/175); total (197/242) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 9.22e-04 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.48e-01 | |||||||||||
Only 100 of 439 total aligned reads displayed.
GTGAAGATCCCCGTAGGGGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGGCCTGCTGGCCAATCTCCACCAGTCGTTCACCGTTGCTGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGATCGGTGGTAGACACACATCGGA‑GGTTGGACACAGGCCGCCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGTGCAAGCAAAGCAGGACCTGAAGGTGTCTATGCTTACTGCAGACCTCTCAGGAATCACACCCATGACCCTGATCAGCCGCGAACCCTGGTGGCTAGTCCC > CP009974/4363405‑4363696 | gtgAAGATCCCCGTAGGGGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGGCCTGCTGGCCAATCTCCACCAGTCGTTCACCGTTGCTGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGATCGGTGGTAGACACACATCCGAGGGTTGGa > 2:802408/1‑151 (MQ=255) aaGATCCCCGTAGGGGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGGCCTGCTGGCCAATCTCCACCAGTCGTTCACCGTTGCTGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGATCGGTGGTAGACACACATCCGAGGGTTGGacac < 1:3498183/151‑1 (MQ=255) aGATCCCCGTAGGGGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGGCCTGCTGGCCAATCTCCACCAGTCGTTCACCGTTGCTGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGATCGGTGGTAGACACACATCCGAGGGTTGGAcaca < 1:2002366/151‑1 (MQ=255) aTCCCCGTAGGGGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGGCCTGCTGGCCAATCTCCACCAGTCGTTCACCGTTGCTGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGATCGGTGGTAGACACACATCCGAGGGTTGGACACAgg < 1:1298021/151‑1 (MQ=255) ccccGTAGGGGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGGCCTGCTGGCCAATCTCCACCAGTCGTTCACCGTTGCTGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGATCGGTGGTAGACACACATCCGAGGGTTGGACACAGgcc < 2:3793252/151‑1 (MQ=255) gtgTAGGGGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGGCCTGCTGGCCAATCTCCACCAGTCGTTCACCGTTGCTGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGATCGGTGGTAGACACACATCGGA‑GGCTGGACACAGgccgcc < 2:2239555/149‑1 (MQ=255) tgTAGGGGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGGCCTGCTGGCCAATCTCCACCAGTCGTTCACCGTTGCTGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGATCGGTGGTAGACACACATCGGA‑GGCTGGACACAGGccgccg < 1:253709/150‑1 (MQ=255) tgTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGGCCTGCTGGCCAATCTCCACCAGTCGTTCACCGTTGCTGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGATCGGTGGTAGACACACATCGGA‑GGCTGGACACAGGccgccg < 1:4031908/150‑1 (MQ=255) gTAGGGGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGGCCTGCTGGCCAATCTCCACCAGTCGTTCACCGTTGCTGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGCTCGGTGGTAGACACACCTCGGA‑GGCCTGGCACCGGGCGCCGt > 2:3700308/1‑151 (MQ=17) gTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGGCCTGCTGGCCAATCTCCACCAGTCGTTCACCGTTGCTGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGATCGGTGGTAGACACACATCGGA‑GGCTGGACACAGGCCGCCGt > 1:1396857/1‑151 (MQ=255) tAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGGCCTGCTGGCCAATCTCCACCAGTCGTTCACCGTTGCTGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGATCGGTGGTAGACACACATCGGA‑GGCTGGACACAGGCCGCCGTa > 1:3935729/1‑151 (MQ=255) aGGGGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGGCCTGCTGGCCAATCTCCACCAGTCGTTCACCGTTGCTGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGATCGGTGGTAGACACACATCCGAGGGTTGGACACAGgccgttgta < 2:1294728/151‑6 (MQ=255) gggCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGGCCTGCTGGCCAATCTCCACCAGTCGTTCACCGTTGCTGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGATCGGTGGTAGACACACATCGGA‑GGCTGGACACAGGCCGCCGTAGGa < 2:5176217/151‑1 (MQ=255) 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ggA‑GGCTGGACACAGGCCGCCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGTGCAAGCAAAGCAGGACCTGAAGGTGTCTATGCTTACTGCAGACCTCTCAGGAATCACACCCATGACCCTGATCAGCCGCGAACCCTGGTGGCTAGTcc > 1:6261486/1‑151 (MQ=255) | GTGAAGATCCCCGTAGGGGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGGCCTGCTGGCCAATCTCCACCAGTCGTTCACCGTTGCTGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGATCGGTGGTAGACACACATCGGA‑GGTTGGACACAGGCCGCCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGTGCAAGCAAAGCAGGACCTGAAGGTGTCTATGCTTACTGCAGACCTCTCAGGAATCACACCCATGACCCTGATCAGCCGCGAACCCTGGTGGCTAGTCCC > CP009974/4363405‑4363696 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |