Predicted mutation | ||||||
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RA | CP009974 | 25,739 | A→T | intergenic (+164/‑407) | RPPX_00140 → / → RPPX_00145 | MarR family transcriptional regulator/(2Fe‑2S)‑binding protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009974 | 25,739 | 0 | A | T | 96.8% | 1016.8 / 10.9 | 319 | intergenic (+164/‑407) | RPPX_00140/RPPX_00145 | MarR family transcriptional regulator/(2Fe‑2S)‑binding protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (2/8); new base T (144/159); total (149/170) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.12e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 324 total aligned reads displayed.
CCGCGGTGGCCGTCACAGATACGCGGCCTGAGAGATCAAGCACATCGCGAGCAAGCTCGCTCACATTGGACACGCATCGGTGGTTGGACACAGGCCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAATGGGCCGGTCCTGCTGGCCAATCTCCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACACGCATCGGGGGTTCGGCACAGGCCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAAGGGCCGGCCCTGCTGGCCAATCTCCACCCGCCGATCACCGTTGCCGCC > CP009974/25591‑25895 | ccGCGGTGGCCGTCACAGATACGCGGCCTGAGAGATCAAGCACATCGCGAGCAAGCTCGCTCACATTGGACACGCATCGGTGGTTGGACACAGGCCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAATGGGCCGGTCCTGCTAGCCAATCtcctcc < 1:3422888/151‑1 (MQ=255) cgcgGTGGCCGTCACAGATACGCGGCCTGAGAGATCAAGCACATCGCGAGCAAGCTCGCTCACATTGGACACGCATCGGTGGTTGGACACAGGCCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAATGGGCCGGTCCTGCTAGCCAATCTCCTccc < 2:4765412/151‑1 (MQ=255) cgcgGGGGCCGTCACAGATACGCGGCGTGAGAGATCAAGCACATCGCGAGCAAGCTCGCTCACATTGGACACGCATGGGTGGTTGGACACAGGCCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAATGGGCCGGTCCTGCTAGCCAATCTCCTccc < 2:2218511/151‑1 (MQ=255) gcgGTGGCCGTCACAGATACGCGGCCTGAGAGATCAAGCACATCGCGAGCAAGCTCGCTCACATTGGACACGCATCGGTGGTTGGACACAGGCCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAATGGGCCGGTCCTGCTAGCCAATCTCCTCccg < 2:1073840/151‑1 (MQ=255) ggTGGCCGTCACAGATACGCGGCCTGAGAGATCAAGCACATCGCGAGCAAGCTCGCTCACATTGGACACGCATCGGTGGTTGGACACAGGCCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAATGGGCCGGTCCTGCTAGCCAATCTCCTCccgcc < 2:296305/151‑1 (MQ=255) gTGGCCGTCACAGATACGCGGCCTGAGAGATCAAGCACATCGCGAGCAAGCTCGCTCACATTGGACACGCATCGGTGGTTGGACACAGGCCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAATGGGCCGGTCCTGCTAGCCAATCTCCTCccgccg > 1:3723859/1‑151 (MQ=255) tGGCCGTCACAGATACGCGGCCTGAGAGATCAAGCACATCGCGAGCAAGCTCGCTCACATTGGACACGCATCGGTGGTTGGACACAGGCCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAATGGGCCGGTCCTGCTAGCCAATCTCCTCCCGCCGt < 1:429386/151‑1 (MQ=255) ggCCGTCACAGATACGCGGCCTGAGAGATCAAGCACATCGCGAGCAAGCTCGCTCACATTGGACACGCATCGGTGGTTGGACACAGGCCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAATGGGCCGGTCCTGCTAGCCAATCTCCTCCCGCCGtt < 1:1066383/151‑1 (MQ=255) ccGTCACAGATACGCGGCCTGAGAGATCAAGCACATCGCGAGCAAGCTCGCTCACATTGGACACGCATCGGTGGTTGGACACAGGCCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAATGGGCCGGTCCTGCTAGCCAATCTCCTCCCGCCGTTCa > 1:5593558/1‑151 (MQ=255) gTCACAGATACGCGGCCTGAGAGATCAAGCACATCGCGAGCAAGCTCGCTCACATTGGACACGCATCGGTGGTTGGACACAGGCCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAATGGGCCGGTCCTGCTAGCCAATCTCCTCCCGCCGTTCAcc > 1:3872540/1‑151 (MQ=255) gTCACAGATACGCGGCCTGAGAGATCAAGCACATCGCGAGCAAGCTCGCTCACATTGGACACGCATCGGTGGTTGGACACAGGCCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAATGGGCCGGTCCTGCTAGCCAATCTCCTCCCGCCGTTCAcc > 1:6883462/1‑151 (MQ=255) gTCACAGATACGCGGCCTGAGAGATCAAGCACATCGCGAGCAAGCTCGCTCACATTGGACACGCATCGGTGGTTGGACACAGGCCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAATGGGCCGGTCCTGCTAGCCAATCTCCTCCCGCCGTTCAcc > 1:4135052/1‑151 (MQ=255) caaacaCGCGGCCTGAGAGATCAAGCACATGGCGAGCAAAATCGCTCACATTGGACACGCATCGGTGGTTGGACACAGGCCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAATGGGCCGGTCCTGCTAGCCAATCTCCTCCCGCCGTTCACCGTTg < 1:5020841/146‑1 (MQ=25) 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1:6606194/149‑1 (MQ=255) gCCACTCGCCTCCCGCCGTTCACCGTTGCCGCCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACACGCATCGGGGGTTCGGCACAGGCCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAAGGGCCGGCCCTGCTGGCCAATCTCCACccgcc < 2:2685552/151‑1 (MQ=255) gCCAATCTCCTCCCGCCGTGCACCGTTGCCGCCGCCACCGTATGCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACGCGCATCGGGGGTTCGGCACAGGCCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAAGGGCCGGCCCTGCTGGCCAATCTCCACccgcc < 2:2128649/151‑1 (MQ=255) aaTCTCCTCCCGCCGTTCACCGTTGCCGCCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACACGCATCGGGGGTTCGGCCCAGGCCGTGCTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAAGGGCCGACCCTGCTGGCCCCTCTCCACCcgacgac > 2:3721566/1‑150 (MQ=14) aaTCTCCTCCCGCCGTTCACCGTGGCCGCCCCCACCGTATTCGCGGGTAACCCCGCTCCTACACACGCATCGGGGGTTCGGCACAGGCCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAAGGGCCGGCCCTGCTGGCCAATCTCCACCCGCCGAt < 1:4592662/151‑1 (MQ=255) ctcCCCCCGCCGTTCACCGTTGCCGGCACCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACACAAAT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑GCACAGGCCTTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAATGGGCCGGCCTTGCTGGCCAATCTCCACCCGCCGTTCACCGTTgccgcc < 2:3581393/151‑1 (MQ=2) tcctccCGCCGTTCACCGTTGCCACCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCGCCTACACACGCATCGGGGGTTCGGCACAGGCCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAAGGGCCGGCCCTGCTGGCCAATCTCCACCCGCCGATCAcc < 2:861912/151‑1 (MQ=255) | CCGCGGTGGCCGTCACAGATACGCGGCCTGAGAGATCAAGCACATCGCGAGCAAGCTCGCTCACATTGGACACGCATCGGTGGTTGGACACAGGCCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAATGGGCCGGTCCTGCTGGCCAATCTCCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACACGCATCGGGGGTTCGGCACAGGCCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAAGGGCCGGCCCTGCTGGCCAATCTCCACCCGCCGATCACCGTTGCCGCC > CP009974/25591‑25895 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 8 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |