Predicted mutation | ||||||
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RA | CP009974 | 1,896,148 | T→C | intergenic (‑3926/‑4671) | RPPX_08470 ← / → RPPX_08480 | tryptophan synthase subunit beta/hypothetical protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP009974 | 1,896,148 | 0 | T | C | 92.2% | 6985.9 / inf | 3750 | intergenic (‑3926/‑4671) | RPPX_08470/RPPX_08480 | tryptophan synthase subunit beta/hypothetical protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (167/127); new base C (1731/1718); total (1902/1848) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.33e-02 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.97e-01 |
Only 100 of 3762 total aligned reads displayed.
GCCGCCTTCGGTGACCGAAGGGGTCGCGGTCAGCTTGGCCACCACTTCGTCGGTGGTGTCGGTCACTTGAACCGAAGCCGCACCGCCCAACTCGAGGTTCTCGAACGCAGCGCCAGTGGCGTCCACCGCCGAGTTGATGCCCAGGCTGATTTCGCCCGCATCCTGGTAGACGTCATCGCCTTGCGCATCGTGGGTGTACGGCGCGCTGGTTTCGCCGGCCTTGATGGTGACCTGGGCATTGTTGCTCAGGGTCACGACCAGGTCGTGAGCCAGCGGCTG‑GTTGACGTGCACGGTGAAGGTC > CP009974/1895998‑1896298 | cGGTCACCGAAGGGGTGGCGGTCAGCTTGGCCACGACTTCGTCGAGGGTGTCGGTCACTTGAACCGAAGCCGCACCGCCCAACTCGAGGTTCTCGAACGCAGCGCCAGTGGCGTCCACCGCCGAGTTGATGCCCAGGCTGATCTGGccagg > 1:799763/1‑148 (MQ=21) ggTCACCGAAGGGGTGGCGGTCAGCTTGGCCACGACTTCGTCGAGGGTGTCGGTCACTTGAACCGAAGCCGCACCGCCCAACTCGAGGTTCTCGAACGCAGCGCCAGTGGCGTCCACCGCCGAGTTGATGCCCAGGCTGATCTGGCCAGCa < 1:3641872/151‑1 (MQ=21) gTGACCGAAGGGGTCGCGGTCAGCTTGGCCACTACTTCGTCGGTGGTGTCGGTCACTTGAACAGTAGCCGCACCGCCCAACTGCAGGTTCTCGAACGTTGCGCCGGTGGCGTCTACCGCCGAATTGATACCAAGGCTGATCTGGCCAGCAt > 1:7195051/1‑151 (MQ=12) gTGACCGAAGGGGTCGCGGTCAGCTTGGCCACCACTTCGTCGGTGGTGTCGGTCACTTGAACAGTAGCCGCACCGCCCAGTTGCAGGTTCTCGAACGTAGCGCCGGTGGCGTCTACCGCCGAATTGATACCAAGGCTGATCTGGCCAGCAt < 2:2649671/151‑1 (MQ=17) ttaCCGACGGGGTGGCGGTCAGCTTGGCCACGACTTCATCGAGGGTGTCGGTGACATCCACTTTCGCGGCACCGCCCAACTCGAGGTTCTCGAACGCAGCACCAGTGGCATCCACCGCCGAGTTGATGCCCAGGCTGATCTGGCCCGCATc > 1:1656903/3‑151 (MQ=19) ccGAAGGGGTGGCGGTCAGCTTGGCCACCACTTCGTCGGTGGTGTCGGTTACTTGGACCGAAGCAGCACCGCCCAACTCGAGGTTCTCGAACGCAGCGCCAGTGGCGTCTACTGCCGAGTTGATGCCCAGGCTGATCTGGCCCGCATCCTg < 1:4370801/151‑1 (MQ=255) cGACGGGGTGGCAGTCAGCTTGGCCACGACTTCATCGAGGGTGTCGGTGACATCCACTTTCGCGGCACCGCCCAACTCGAGGTTCTCGAACGCAGCACCAGTGGCGTCAACCGCCGAGTTGATGCCCAGACTGATCTGGCCCGCATCCTgg > 1:3349741/1‑151 (MQ=12) gggTGGCGGTCAGCTTGGCCGCGACTTCGTCGAGGGTGACGGTCACTTGAACCGAAGCCGCACCGCCCAACTCGAGGTCCTTGCACGCAGCGCCAGTGCCGTCAACCGCCGAGTTGATGCCCAGGCTGATCCGGTCAGCACCCTGGTAGAc > 2:3266878/1‑151 (MQ=255) 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cgagggtgTCGGTCACTTGAACCGAAGCGTTGCCGCCCAGTTGCAGGTTCTCGAACGCAGCACCAGTGGCGTCTACTGCCGAGTTGATGCCCAGGCTGATCTGGCCAGCATCCTGGTAGACGTCATCGCCCTGTGCGTCGTGGGTGTACgg < 1:1116362/147‑1 (MQ=12) cgGTGGTGTCGGTCACTTGGACCGAAGCGTTGCCGCCCAGTTGCAGGTTCTCGAACGTTGCGCCGGTGGCGTCTACCGCCGAATTGATACCAAGGCTGATCTGGCCAGCATCGTTGTAGACGTCATCGCCTTGCGCCGCGTGGGTGTACgg > 1:7052868/1‑151 (MQ=255) ggtggtGTCGGTCACTTGAACAGTAGCCGCACCGCCCAACTGCAGGTTCTCGAACGTTGCGCCGGTGGCGTCTACCGCCGAATTGATACCAAGGCTGATCTGGCCAGCATCGTTGTAGACGTCATCGCCTTGCGCCGCGTGGGTGTACGgc < 1:3789298/151‑1 (MQ=255) ggtgTCGGTCACTTGGACCGAAGCCGCACCGCCCAACTCAAGGTTCTCGAACGTAGCGCCGGTGGCGTCTACCGCCGAATTGATGCCCAGGCTGATCTGGCCCGCATCGTTGTAGACGTCATCGCCTTGCGCATCGTGGGTGTACGgcgcg > 1:22187/1‑151 (MQ=255) ggtgTCGGTCACTTGAACAGTAGCCGCACCGCCCAGTTGCAGGTTCTCGAACGTAGCGCCGGTGGCGTCTACCGCCGAATTGATACCAAGGCTGATCTGGCCAGCATCGTTGTAGACGTCATCGCCTTGCGCGTCGTGGGTGTACGgcgca > 1:1259102/1‑150 (MQ=255) 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gTGGCGTCAACCGCCGAGTTGATGCCCAGACTGATCTGGCCCGCATCCTGGTAGACGTCATCGCCCTGTGCGTCGTGGGTGTACGGCGCGCTGGTTTCGCCAGCCTTGATGGTGACCTGAGCATTGTTGCTCAGGGTCACGATCAGGTCGt > 1:6175442/1‑151 (MQ=11) ggCGTCTACCGCCGAATTGATACCAAGGCTGATCTGGCCAGCATCGTTGTAGACGTCATCGCCTTGCGCCGCGTGGGTGTACGGCGCGCTGGTTTCGCCAGCCTTGATGGTGACCTGAGCGTTGTTGCTCAGGGTCACGACTAGGTCGTGa < 1:4514621/151‑1 (MQ=9) gtcaaCCGCCGAGTTGATGCCCAGACTGATCTGGCCCGCATCCTGATAGACGTCATCGCCTTGCGCATCGTGGGTGTACGGCGCGCTGGTCTCGCCGGCCTTGATGGTGACCTGAGCGTTGTTGCTCAGGGTCACGACCAGGTCGTGGGcc < 1:294089/147‑1 (MQ=11) ctaCCGCCGAATTGATGCCCAGGCTGATCTGGCCCGCATCGTTGTAGACGTCATCGCCTTGCGCCGCGTGGGTGTACGGCGCGCTGGTTTCGCCGGCCTTGATGGTGACCTGAGCGTTGTTGCTCAGGGTCACGACCAGGTCGTGAGCCAg < 2:5650698/149‑1 (MQ=14) cgAGTTGATGCCCAGGCTGATCTGGCCAGCATCCTGATAGACGTCATCGCCTTGCGCGTCATGGGTGTACGGCGCGCTGGTTTCGCCAGCCTTGATGGTGACCTGGGCATTGTTGCTCAGGGTCACGACCAAGTCGTGGGCCAGCGGCTg‑g > 1:2314436/1‑151 (MQ=11) cgAGTTGATGCCCAGGCTGATCTGGCCAGCATCCTGATAGACGTCATCGCCTTGCGCGTCATGGGTGTACGGCGCGCTGGTTTCGCCAGCCTTGATGGTGACCTGGGCATTGTTGCTCAGGGTCACGACCAAGTCGTGGGCCAGCGGCTg‑g > 2:1155719/1‑151 (MQ=11) ttGATACCAAGGCTGATCTGGCCAGCATCGTTGTAGACGTCATCGCCTTGCGCCGCGTGGGTGTACGGCGCGCTGGTTTCGCCAGCCTTGATGGTGACCTGAGCGTTGTTGCTCAGGGTCACGACTAGGTc < 1:2745074/131‑1 (MQ=11) tGATGCCCAGGCTGATCTGGCCAGCATCCTGATAGACGTCATCGCCTTGCGCGTCATGGGTGTACGGCGCGCTGGTTTCGCCAGCCTTGATGGTGACCTGGGCATTGTTGCTCAGGGTCACGACCAAGTCGTGGGCCAGCGGCTG‑GTTGAc > 1:5650251/1‑151 (MQ=11) gCCCAGGCTGATCTGGCCAGCATCCTGATAGACGTCATCGCCTTGCGCGTCATGGGTGTACGGCGCGCTGGTTTCGCCAGCCTTGATGGTGACCTGGGCATTGTTGCTCAGGGTCACGACCAAGTCGTGGGCCAGCGGCTG‑GTTGACGTGc < 2:5377922/151‑1 (MQ=11) ccAGGCTGATCTGGCCCGCATCCTGATAGACATCATCGCCTTGCGCGTCGTGGGTGTACGGCGCGCTGGTTTCACCGGCCTTGATGGTGACCTGGGCATTATTGCTCAGGGTCACGACCAGGTCGTGGGCCAGCGGCTG‑GTTGACGTGCAc > 2:6491713/1‑151 (MQ=11) ggCTGATCTGGCCCGCATCCTGATAGACATCATCGCCTTGCGCGTCGTGGGTGTCCGGCGCGCTGGTTTCACCGGCCTTGATGGTGACCTGGGCATTGTTGCTCAGGGTCACGACCAGGTCGTGGGCCAGCGGCTG‑GTTGACGTGCACGGt > 1:3914374/1‑151 (MQ=11) ggCTGATCTGGCCAGCATCGTTGTAGACGTCATCGCCTTGCGCCGCGTGGGTGTACGGCGCGCTGGTTTCGCCGGCCTTGATGGTGACCTGGGCGTTGTTGCTCAGGGTCACGACTAGGTCGTGAGCCAG‑GGCGGTGTTGATGTGCACGGt < 1:4147055/151‑1 (MQ=11) | GCCGCCTTCGGTGACCGAAGGGGTCGCGGTCAGCTTGGCCACCACTTCGTCGGTGGTGTCGGTCACTTGAACCGAAGCCGCACCGCCCAACTCGAGGTTCTCGAACGCAGCGCCAGTGGCGTCCACCGCCGAGTTGATGCCCAGGCTGATTTCGCCCGCATCCTGGTAGACGTCATCGCCTTGCGCATCGTGGGTGTACGGCGCGCTGGTTTCGCCGGCCTTGATGGTGACCTGGGCATTGTTGCTCAGGGTCACGACCAGGTCGTGAGCCAGCGGCTG‑GTTGACGTGCACGGTGAAGGTC > CP009974/1895998‑1896298 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |