Predicted mutation | ||||||
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RA | CP009974 | 1,896,637 | C→G | intergenic (‑4415/‑4182) | RPPX_08470 ← / → RPPX_08480 | tryptophan synthase subunit beta/hypothetical protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009974 | 1,896,637 | 0 | C | G | 90.8% | 149.8 / 21.6 | 119 | intergenic (‑4415/‑4182) | RPPX_08470/RPPX_08480 | tryptophan synthase subunit beta/hypothetical protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (2/9); new base G (54/54); total (56/63) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.82e-02 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.58e-01 |
Only 100 of 124 total aligned reads displayed.
GTTGGTACCGACGTAGACGTTGTCCGGGGCAGCCACGGTGGCAGTGCCCACGGTGCCATTGGCCGGCACGGTGATGACGGTTTTGCCGTCGCTCAGCGTGAAGGTCAATGCACTGTGGTTGTTGATCGGCAGGCCGTCTTTGTTGGTCAGCGTGATGGTGTAGGTGATCTCGCCGCCTTCGGTGACCGACGGGGTG > CP009974/1896487‑1896682 | gTTGGTACCGACGTAGACGTTGTCCGGGGCAGCCACGGTGGCAGTGCCCACGGTGCCATTGGCCGGCACGGTGATGACGGTTTTGCCGTCGCTCAGCGTGAAGGTCAATGCACTGTGGTTGTTGATCGGCAGGCCGTCTTTGTTGGTCAGc < 1:7174979/151‑1 (MQ=32) gTTGGTACCGACGTAGACGTTGTCCGGGGCAGCCACGGTGGCAGTGCCCACGGTGCCATTGGCCGGCACGGTGATGACGGTTTTGCCGTCGCTCAGCGTGAAGGTCAATGCACTGTGGTTGTTGATCGGCAGGCCGTCTTTGTTGGTCAGc < 2:4823185/151‑1 (MQ=32) gTTGGTACCGACGTAGACGTTGTCCGGGGCAGCCACGGTGGCAGTGCCCACGGTGCCATTGGCCGGCACGGTGATGACGGTTTTGCCGTCGCTCAGCGTGAAGGTCAATGCACTGTGGTTGTTGATCGGCAGGCCGTCTTTGTTGGTCAGc > 2:6020569/1‑151 (MQ=31) gTTGGTACCGACGTAGACGTTGTCCGGGGCAGCCACGGTGGCAGTGCCCACGGTGCCATTGGCCGGCACGGTGATGACGGTTTTGCCGTCGCTCAGCGTGAAGGGCAATGCACTGTGGTTGTTGATCGGCAGGCCGTCTTTGTTGGTCAGc > 2:6330257/1‑151 (MQ=14) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |