| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP009974 | 1,897,132 | G→A | intergenic (‑4910/‑3687) | RPPX_08470 ← / → RPPX_08480 | tryptophan synthase subunit beta/hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009974 | 1,897,132 | 0 | G | A | 89.7% | 27.6 / ‑0.8 | 30 | intergenic (‑4910/‑3687) | RPPX_08470/RPPX_08480 | tryptophan synthase subunit beta/hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/2); new base A (16/10); total (17/13) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.53e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
AACGGTAGCGATCGACATCACGACAGGGTCGTTGCTACCGACGTAGACGTTGTCCGGGGCGGTTGCAGTCGCCGAACCGGTGGTGCTGTTGGCTGCCACGACGACGGTGGTGCCGTCGGTCAGCTTGAAGTACAGCTCCGAGTGGTTGTTGATCGGCAGGCCGTCTTTGTTGGTCAGCGTGATGGTG > CP009974/1897090‑1897276 | aaCGGTAGCGATCGACATCACGACAGGGTCGTTGCTACCGACGTAGACGTTGTcc < 1:501100/55‑1 (MQ=255)aaCGGTAGCGATCGACATCACGACAGGGTCGTTGCTACCGACGTAGACGTTGTcc > 2:501100/1‑55 (MQ=255) ccggcgcGTTGGTACCGACATAGACGTTGTCCGGGGCGGTTGCAGTCGCCGAACCGGTGGTGCTGTTGGCTGCCACAACGACAGTGGTGCCGTCGGTCAGCTTGAAGTACAGCTCCGAGTGGTTGTTGATCGGCAAGCCGTCTTTGTTGGt > 1:1691698/7‑151 (MQ=11) cggcgcGTTGGTACCGACATAGACGTTGTCCGGGGCGGTTGCAGTCGCCGAACCGGTGGTGCTGTTGGCTGCCACAACGACAGTGGTGCCGTCGGTCAGCTTGAAGTACAGCTCCGAGTGGTTGTTGATCGGCAAGCCGTCTTTGTTGGTc < 2:6419465/146‑1 (MQ=11) ggcgcGTTGGTGCCGGCCTAGACGTGGTCCGGGGCGGTTGCAGTGGCCGAACCGGTGGTGCTGTTGGCTGCCACGACGACAGTGGTGCCGTCGGTCAGCTTGAAGTACAGCTCCGAGTGGTTGTTGATCGGCAGGCCGTCTTTGTTTGTCa < 2:4925138/147‑1 (MQ=11) ggcgcGTTGGTACCGACATAGACGTTGTCCGGGGCGGTTGCAGTCGCCGAACCGGTGGTGCTGTTGGCTGCCACAACGACAGTGGTGCCGTCGGTCAGCTTGAAGTACAGCTCCGAGTGGTTGTTGATCGGCAAGCCGTCTTTGTTGGTCa > 1:2830235/5‑151 (MQ=11) gcGTTGGTACCGACATAGACGTTGTCCGGGGCGGTTGCAGTCGCCGAACCGGTGGTGCTGTTGGCTGCCACAACGACAGTGGTGCCGTCGGTCAGCTTGAAGTACAGCTCCGAGTGGTTGTTGATCGGCAAGCCGTCTTTGTTGGTCAGCg < 2:907016/150‑1 (MQ=11) gcGTTGGTACCGACATAGACGTTGTCCGGGGCGGTTGCAGTCGCCGAACCGGTGGTGCTGTTGGCTGCCACAACGACAGTGGTGCCGTCGGTCAGCTTGAAGTACAGCTCCGAGTGGTTGTTGATCGGCAAGCCGTCTTTGTTGGTCAGCg > 2:2774187/2‑151 (MQ=11) cGTTGGTACCGACATAGACGTTGTCCGGGGCGGTTGCAGTCGCCGAACCGGTGGTGCTGTTGGCTGCCACAACGACAGTGGTGCCGTCGGTCAGCTTGAAGTACAGCTCCGAGTGGTTGTTGATCGGCAAGCCGTCTTTGTTGGTCAGCGt < 1:1016683/151‑1 (MQ=11) cGTTGGTACCGACATAGACGTTGTCCGGGGCGGTTGCAGTCGCCGAACCGGTGGTGCTGTTGGCTGCCACAACGACAGTGGTGCCGTCGGTCAGCTTGAAGTACAGCTCCGAGTGGTTGTTGATCGGCAAGCCGTCTTTGTTGGTCAGCGt < 1:4082938/151‑1 (MQ=11) cGTTGGTACCGACATAGACGTTGTCCGGGGCGGTTGCAGTCGCCGAACCGGTGGTGCTGTTGGCTGCCACAACGACAGTGGTGCCGTCGGTCAGCTTGAAGTACAGCTCCGAGTGGTTGTTGATCGGCAAGCCGGCTTTGTTGGTCAGCgg > 1:2852945/1‑150 (MQ=11) gttcgtACCGACATAGACGTAGTCCGGGGCGGTCGCAGTCGCCGGACCGGTGGTGCTGTTGGCTGCCACAACGACAGTGGTGCCCTCGCTCAGCTTGAAGTACAGCTCAGCGTGGATGATGATCGTCACGCCGTCCTTGTCGGTAAACGTg > 2:6358974/6‑151 (MQ=2) gTTGGTACCGACATAGACGTTGTCCGGGGCGGTTGCAGTCGCCGAACCGGTGGTGCTGTTGGCTGCCACAACGACAGTGGTGCCGTCGGTCAGCTTGAAGTACAGCTCCGAGTGGTTGTTGATCGGCAAGCCGTCTTTGTTGGTCAGCGTg < 1:1445915/151‑1 (MQ=11) gTTGGTACCGACATAGACGTTGTCCGGGGCGGTTGCAGTCGCCGAACCGGTGGTGCTGTTGGCTGCCACAACGACAGTGGTGCCGTCGGTCAGCTTGAAGTACAGCTCCGAGTGGTTGTTGATCGGCAAGCCGTCTTTGTTGGTCAGCGTg > 2:5359870/1‑151 (MQ=11) ttGGTACCGACATAGACGTTGTCCGGGGCGGTTGCAGTCGCCGAACCGGTGGTGCTGTTGGCTGCCACAACGACAGTGGTGCCGTCGGTCAGCTTGAAGTACAGCTCCGAGTGGTTGTTGATCGGCAAGCCGTCTTTGTTGGTCAGCGTGa > 2:1956534/1‑151 (MQ=11) ttGGTACCGACATAGACGTTGTCCGGGGCGGTTGCAGTCGCCGAACCGGTGGTGCTGTTGGCTGCCACAACGACAGTGGTGCCGTCGGTCAGCTTGAAGTACAGCTCCGAGTGGTTGTTGATCGGCAAGCCGTCTTTGTTGGTCAGCGTGa > 2:1956586/1‑151 (MQ=11) ttGGTACCGACATAGACGTTGTCCGGGGCGGTTGCAGTCGCCGAACCGGTGGTGCTGTTGGCTGCCACAACGACAGTGGTGCCGTCGGTCAGCTTGAAGTACAGCTCCGAGTGGTTGTTGATCGGCAAGCCGTCTTTGTTGGTCAGCGTGa > 2:6916962/1‑151 (MQ=11) gtggtACCGACATAGACGTTGTCCGGGGCGGTTGCAGTCGCCGAACCGGTGGTGCTGTTGGCTGCCACAACGACAGTGGTGCCGTCGGTCAGCTTGAAGTACAGCTCCGAGTGGTTGTTGATCGGCAAGCCGTCTTTGTTGGTCAGCGTGa < 1:4869488/147‑1 (MQ=11) tggtACCGACATAGACGTTGTCCGGGGCGGTTGCAGTCGCCGAACCGGTGGTGCTGTTGGCTGCCACAACGACAGTGGTGCCGTCGGTCAGCTTGAAGTACAGCTCCGAGTGGTTGTTGATCGGCAAGCCGTCTTTGTTGGTCAGCGTGAt < 1:5368248/148‑1 (MQ=11) ggtACCGACATAGACGTTGTCCGGGGCGGTTGCAGTCGCCGAACCGGTGGTGCTGTTGGCTGCCACAACGACAGTGGTGCCGTCGGTCAGCTTGAAGTACAGCTCCGAGTGGTTGTTGATCGGCAAGCCGTCTTTGTTGGTCAGCGTGATg < 2:107671/149‑1 (MQ=11) ggtACCGACATAGACGTTGTCCGGGGCGGTTGCAGTCGCCGAACCGGTGGTGCTGTTGGCTGCCACAACGACAGTGGTGCCGTCGGTCAGCTTGAAGTACAGCTCCGAGTGGTTGTTGATCGGCAAGCCGTCTTTGTTGGTCAGCGTGATg > 1:4828801/3‑151 (MQ=11) gttccGACATAGACGTTGTCCGGGGCAGTTGCAGTCGCCGAACCCGTGGTGCTGTTGGCCGCCACGACGACAGTGGTGCCGTCGGTCAGCTTGAAGTAAAGCTCCGAGTGGTTGTTGATCGGCAGACCGTCTTTGTTGGTCAGCGTGATgg < 1:5329973/148‑1 (MQ=1) gtACCGACATAGACGTTGTCCGGGGCGGTTGCAGTCGCCGAACCGGTGGTGCTGTTGGCTGCCACAACGACAGTGGTGCCGTCGGTCAGCTTGAAGTACAGCTCCGAGTGGTTGTTGATCGGCAAGCCGTCTTTGTTGGTCAGCGTGATgg > 1:6472880/2‑151 (MQ=11) gtACCGACATAGACGTTGTCCGGGGCGGTTGCAGTCGCCGAACCGGTGGTGCTGTTGGCTGCCACAACGACAGTGGTGCCGTCGGTCAGCTTGAAGTACAGCTCCGAGTGGTTGTTGATCGGCAAGCCGTCTTTGTTGGTCAGCGTGATgg > 2:1015452/2‑151 (MQ=11) gtACCGACATAGACGTTGTCCGGGGCGGTTGCAGTCGCCGAACCGGTGGTGCTGTTGGCTGCCACAACGACAGTGGTGCCGTCGGTCAGCTTGAAGTACAGCTCCGAGTGGTTGTTGATCGGCAAGCCGTCTTTGTTGGTCAGCGTGATgg > 2:1015511/2‑151 (MQ=11) tgcggACGTAGACGTTGTCCGGGGCGGCTACAGTGGCCGAACCGGTGGTGCTGTTGGCTGCCACGACGACAGTGGTGCCGTCGGTCAGCTTGAAGTACAGCTCCGAGTGGTTGTTGATCGGCAGGCCGTCTTTGTTGGTCAGCGTGACGgt < 2:641436/147‑1 (MQ=11) tACCGACATAGACGTTGTCCGGGGCGGTTGCAGTCGCCGAACCGGTGGTGCTGTTGGCTGCCACAACGACAGTGGTGCCGTCGGTCAGCTTTAAGTACAGCTCCGAGTGGTTTTTGATCGGCAAGCCGTCTTTGTTGGTCAGCGGGGTggg > 1:369540/1‑150 (MQ=11) tACCGACATAGACGTTGTCCGGGGCGGTTGCAGTCGCCGAACCGGTGGTGCTGTTGGCTGCCACAACGACAGTGGTGCCGTCGGTCAGCTTGAAGTACAGCTCCGAGTGGTTGTTGATCGGCAAGCCGTCTTTGTTGGTCAGCGTGATGgt > 1:370682/1‑151 (MQ=255) aCCGACATAGACGTTGTCCGGGGCGGTTGCAGTCGCCGAACCGGTGGTGCTGTTGGCTGCCACAACGACAGTGGTGCCGTCGGTCAGCTTGAAGTACAGCTCCGAGTGGTTGTTGATCGGCAAGCCGTCTTTGTTGGTCAGCGTGATGgtg > 1:5399065/1‑151 (MQ=1) aCCGACATAGACGTTGTCCGGGGCGGTTGCAGTCGCCGAACCGGTGGTGCTGTTGGCTGCCACAACGACAGTGGTGCCGTCGGTCAGCTTGAAGTACAGCTCCGAGTGGTTGTTGATCGGCAAGCCGTCTTTGTTGGTCAGCGTGATGgtg < 2:5516738/151‑1 (MQ=2) | AACGGTAGCGATCGACATCACGACAGGGTCGTTGCTACCGACGTAGACGTTGTCCGGGGCGGTTGCAGTCGCCGAACCGGTGGTGCTGTTGGCTGCCACGACGACGGTGGTGCCGTCGGTCAGCTTGAAGTACAGCTCCGAGTGGTTGTTGATCGGCAGGCCGTCTTTGTTGGTCAGCGTGATGGTG > CP009974/1897090‑1897276 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |