| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP009974 | 418,441 | Δ1 bp | intergenic (‑20/+631) | RPPX_01715 ← / ← RPPX_01720 | hypothetical protein/lipoprotein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009974 | 418,441 | 0 | A | . | 97.9% | 103.3 / ‑3.0 | 48 | intergenic (‑20/+631) | RPPX_01715/RPPX_01720 | hypothetical protein/lipoprotein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base . (19/28); minor base C (1/0); total (20/28) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.17e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
TGTTGCTGTTGCTGTTGCTGTTGCTGTTGCTGTTGCTGTTGATCTTGATCTTGATCTTGATCTTGATCTTGATCTTCGCGACTTCAGGAGGCCGAACGCAGGCCTTGCGGAGGCAGGTGACGGGCATGGATGCCCGTCAAGCGCTGAGGCCCCATGGATGGGGCCTGCAGCGC‑GTACTCCCGGG > CP009974/418295‑418478 | tgttgctgttgctgttgctgttgctgttgctgttgctgttgATCTTGATCTTGATCTTGATCTTGATCTTGATCTTCGCGACTTCAGGAGGCCGAACGTAGGCCTTGCGGAGGGAGGTGACGGGCATGGATGCCCGTCAAGCGCTG‑GGccc < 1:3329590/151‑1 (MQ=255)tgttgctgttgctgttgctgttgctgttgctgttgctgttgATCTTGATCTTGATCTTGATCTTGATCTTGATCTTCGCGACTTCAGGAGGCCGAACGTAGGCCTTGCGGAGGGAGGTGACGGGCATGGATGCCCGTCAAGCGCTG‑GGccc > 2:3555434/1‑151 (MQ=255) tttgctgttgctgttgctgttgctgttgctgttgctgttgATCTTGATCTTGATCTTGATCTTGATCTTGATCTTCGCGACTTCAGGAGGCCGAACGTAGGCCTTGCGGAGGGAGGTGACGGGCATGGATGCCCGTCAAGCGCTG‑GGcccc < 2:3380053/150‑1 (MQ=255) gttgctgttgctgttgctgttgctgttgctgttgctgttgATCTTGATCTTGATCTTGATCTTGATCTTGATCTTCGCGACTTCAGGAGGCCGAACGTAGGCCTTGCGGAGGGAGGTGACGGGCATGGATGCCCGTCAAGCGCTG‑GGcccc > 2:2780178/1‑151 (MQ=255) ttgctgttgctgttgctgttgctgttgctgttgctgttgATCTTGATCTTGATCTTGATCTTGATCTTGATCTTCGCGACTTCAGGAGGCCGAACGTAGGCCTTGCGGAGGGAGGTGACGGGCATGGATGCCCGTCAAGCGCTG‑GGCCCCa < 2:466599/151‑1 (MQ=255) gctgttgctgttgctgttgctgttgctgttgctgttgATCTTGATCTTGATCTTGATCTTGATCTTGATCTTCGCGACTTCAGGAGGCCGAACGTAGGCCTTGCGGAGGGAGGTGACGGGCATGGATGCCCGTCAAGCGCTG‑GGCCCCagg < 2:4481555/151‑3 (MQ=255) gctgttgctgttgctgttgctgttgctgttgctgttgATCTTGATCTTGATCTTGATCTTGATCTTGATCTTCGCGACTTCAGGAGGCCGAACGTAGGCCTTGCGGAGGGAGGTGACGGGCATGGATGCCCGTCAAGCGCTG‑GGCCCCagg > 1:41355/1‑149 (MQ=255) ctgttgctgttgctgttgctgttgctgttgctgttgATCTTGATCTTGATCTTGATCTTGATCTTGATCTTCGCGACTTCAGGAGGCCGAACGTAGGCCTTGCGGAGGGAGGTGACGGGCATGGATGCCCGTCAAGCGCTG‑GGCCCCagga > 1:4302435/1‑148 (MQ=14) ctgttgctgttgctgttgctgttgctgttgctgttgATCTTGATCTTGATCTTGATCTTGATCTTGATCTTCGCGACTTCAGGAGGCCGAACGTAGGCCTTGCGGAGGGAGGTGACGGGCATGGATGCCCGGCAAGCGCTG‑GGCCCCagga > 1:4302586/1‑148 (MQ=14) tgttgctgtcgctgttgctgttgctgttgctgttgATCTTGATCTTGATCTTGATCTTGATCTTGATCTTCGCGACTTCAGGAGGCCGAACGTAGGCCTTGCGGAGGGAGGTGACGGGCATGGATGCCCGTCAAGCGCTG‑GGCCCCaggat > 1:3247143/1‑147 (MQ=14) ttgctgttgctgttgctgttgctgttgctgttgATCTTGATCTTGATCTTGATCTTGATCTTGATCTTCGCGACTTCAGGAGGCCGAACGTAGGCCTTGCGGAGGGAGGTGACGGGCATGGATGCCCGTCAAGCGCTG‑GGCCCca‑ggatgg > 2:260834/1‑151 (MQ=14) ttgctgttgctgttgctgttgctgttgctgttgATCTTGATCTTGATCTTGATCTTGATCTTGATCTTCGCGACTTCAGGAGGCCGAACGTAGGCCTTGCGGAGGGAGGTGACGGGCATGGATGCCCGTCAAGCGCTG‑GGCCCca‑ggatgg < 1:3277761/151‑1 (MQ=14) ttgctgttgctgttgctgttgctgttgctgttgATCTTGATCTTGATCTTGATCTTGATCTTGATCTTCGCGACTTCAGGAGGCCGAACGTAGGCCTTGCGGAGGGAGGTGACGGGCATGGATGCCCGTCAAGCGCTG‑GGCCCca‑ggatgg > 2:260869/1‑151 (MQ=14) ttgctgttgctgttgctgttgctgttgctgttgATCTTGATCTTGATCTTGATCTTGATCTTGATCTTCGCGACTTCAGGAGGCCGAACGTAGGCCTTGCGGAGGGAGGTGACGGGCATGGATGCCCGTCAAGCGCTG‑GGCCCca‑ggatgg > 2:260849/1‑151 (MQ=14) tgctgttgctgttgctgttgctgttgctgttgATCTTGATCTTGATCTTGATCTTGATCTTGATCTTCGCGACTTCAGGAGGCCGAACGTAGGCCTTGCGGAGGGAGGTGACGGGCATGGATGCCCGTCAAGCGCTG‑GGCCCCA‑GGATggg > 2:4660871/1‑151 (MQ=11) gctgttgctgttgctgttgctgttgctgttgATCTTGATCTTGATCTTGATCTTGATCTTGATCTTCGCGACTTCAGGAGGCCGAACGTAGGCCTTGCGGAGGGAGGTGACGGGCATGGATGCCCGTCAAGCGCTG‑GGCCCCA‑GGATgggg < 2:1974672/151‑1 (MQ=11) ctgttgctgttgctgttgctgttgctgttgATCTTGATCTTGATCTTGATCTTGATCTTGATCTTCGCGACTTCAGGAGGCCGAACGTAGGCCTTGCGGAGGGAGGTGACGGGCATGGATGCCCGTCAAGCGCTG‑GGCCCCA‑GGATGGGGc > 2:4523666/1‑151 (MQ=11) tgttgctgttgctgttgctgttgctgttgATCTTGATCTTGATCTTGATCTTGATCTTGATCTTCGCGACTTCAGGAGGCCGAACGTAGGCCTTGCGGAGGGAGGTGACGGGCATGGATGCCCGTCAAGCGCTG‑GGCCCCA‑GGATGGGGcc < 1:91051/151‑1 (MQ=11) gttgctgttgctgttgctgttgctgttgATCTTGATCTTGATCTTGATCTTGATCTTGATCTTCGCGACTTCAGGAGGCCGAACGTAGGCCTTGCGGAGGGAGGTGACGGGCATGGATGCCCGTCAAGCGCTG‑GGCCCCA‑GGATGGGGCCt > 2:2292990/1‑151 (MQ=11) ttgctgttgctgttgctgttgctgttgATCTTGATCTTGATCTTGATCTTGATCTTGATCTTCGCGACTTCAGGAGGCCGAACGTAGGCCTTGCGGAGGGAGGTGACGGGCATGGATGCCCGTCAAGCGCTG‑GGCCCCA‑GGATGGGGCCTg < 1:2527417/151‑1 (MQ=11) ttgctgttgctgttgctgttgctgttgATCTTGATCTTGATCTTGATCTTGATCTTGATCTTCGCGACTTCAGGAGGCCGAACGTAGGCCTTGCGGAGGGAGGTGACGGGCATGGATGCCCGTCAAGCGCTG‑GGCCCCA‑GGATGGGGCCTg < 2:2051043/151‑1 (MQ=11) gtgctgttggtgttgctgttgctgttgATCTAGATCTCGGTCTTGATCTTGATCTTGATCTTCGCGACTTCACGAGGCCGAACGTAGGCCTTGCGGAGGGAGGTGACGGGCATGTATGCCCGTCAAGCGCTG‑GGCCCCA‑GGATGGGGCCTg < 2:4262427/150‑1 (MQ=11) gtgctggtgctgttgctgttgctgttgGTCGTGATCTTGATCTTGATCTTGATCTTGATCTTCGCGACTTCAGGAGGCCGAACGTAGGCCTGGCGGAGGGAGGTGACGGGCATGGATGCCCGTCAAGCGCTG‑GGCCCCA‑GGATGGGGCCTg < 2:3630235/150‑1 (MQ=11) tgctgttgctgttgctgttgctgttgATCTTGAGCTTGATCTTGATCTTGATCTTGATCTTCGCGACTTCAGGAGGCCGAACGTAGGCCTTGCGGAGGGAGGTGACGGGCATGGATGCCCGTCAAGCGCTG‑GGCCCCA‑GGATGGGGCCTGc < 2:1991806/151‑1 (MQ=11) gctgttgctgttgctgttgctgttgATCTTGATCTTGATCTTGATGTTGATCTTGATCTTCGCGACTTCAGGAGGCCGAACGTATGCCTTGCGGAGGGAGGTGACGGGCATGGATGCCCGTCAAGCGCTG‑GGCCCCA‑GGATGGGGCCtcag < 1:4891633/151‑4 (MQ=11) gctgttgctgttgctgttgctgttgATCTTGATCTTGATCTTGATCTTGATCTTGATCTTCGCGACTTCAGGAGGCCGAACGTAGGCCTTGCGGAGGGAGGTGACGGGCATGGATGCCCGTCAAGCGCTG‑GGCCCCA‑GGATGGGGCCTGCa < 1:5276325/151‑1 (MQ=14) gctgttgctgttgctgttgctgttgATCTTGATCTTGATCTTGATCTTGATCTTGATCTTCGCGACTTCAGGAGGCCGAACGTAGGCCTTGCGGAGGGAGGTGACGGGCATGGATGCCCGTCAAGCGCTG‑GGCCCCA‑GGATGGGGCCTGCa < 2:4852304/151‑1 (MQ=11) gctgttgctgttgctgttgctgttgATCTTGATCTTGATCTTGATCTTGATCTTGATCTTCGCGACTTCAGGAGGCCGAACGTAGGCCTTGCGGAGGGAGGTGACGGGCATGGATGCCCGTCAAGCGCTG‑GGCCCCA‑GGATGGGGCCTGCa > 1:1887957/1‑151 (MQ=14) ctgttgctgttgctgttgctgttgATCTTGATCTTGATCTTGATCTTGATCTTGATCTTCGCGACTTCAGGAGGCCGAACGTAGGCCTTGCGGAGGGAGGTGACGGGCATGGATGCCCGTCAAGCGCTG‑GGCCCCA‑GGATGGGGCCtcagc < 1:552025/151‑5 (MQ=11) tgttgctgttgctgttgctgttgATCTTGATCTTGATCTTGATCTTGATCTTGATCTTCGCGACTTCAGGAGGCCGAACGTAGGCCTTGCGGAGGGAGGTGACGGGCATGGATGCCCGTCAAGCGCTG‑GGCCCCA‑GGATGGGGCCTGCAgc > 1:3821404/1‑151 (MQ=14) tgttgctgttgctgttgctgttgATCTTGATCTTGATCTTGATCTTGATCTTGATCTTCGCGACTTCAGGAGGCCGAACGTAGGCCTTGCGGAGGGAGGTGACGGGCATGGATGCCCGTCAAGCGCTG‑GGCCCCA‑GGATGGGGCCTGCAgc > 2:77780/1‑151 (MQ=14) gttgctgttgctgttgctgttgATCTTGATCTTGATCTTGATCTTGATCTTGATCTTCGCGACTTCAGGAGGCCGAACGTAGGCCTTGCGGAGGGAGGTGACGGGCATGGATGCCCGTCAAGCGCTG‑GGCCCCA‑GGATGGGGCCTGCAgcg < 2:1475727/151‑1 (MQ=14) ttgctgttgctgttgctgttgATCTTGATCTTGATCTTGATCTTGATCTTGATCTTCGCGACTTCAGGAGGCCGAACGTAGGCCTTGCGGAGGGAGGTGACGGGCATGGATGCCCGTCAAGCGCTG‑GGCCCCA‑GGATGGGGCCTGCAgcgc < 1:5073235/151‑1 (MQ=14) gctgttgctgttgctgttgATCTTGATCTTGATCTTGATCTTGATCTTGATCTTCGCGACTTCAGGAGGCCGAACGTAGGCCTTGCGGAGGGAGGTGACGGGCATGGATGCCCGTCAAGCGCTG‑GGCCCCA‑GGATGGGGCCTGCAGcgc‑gg < 1:1911090/151‑2 (MQ=14) tgttgctgttgctgttgATCTTGATCTTGATCTTGATCTTGATCTTGATCTTCGCGACTTCAGGAGGCCGAACGTAGGCCTTGCGGAGGGAGGTGACGGGCATGGATGCCCGTCAAGCGCTG‑GGCCCCA‑GGATGGGGCCTGCAGcgc‑ggtc < 1:587746/151‑4 (MQ=11) ttgctgttgctgttgATCTTGCTCTTGATCTTGATCTTGATCTTGATCTTCGCGACTTCAGGAGGCCGAACGTAGGCCTTGCGGAGGGCGGTGCCCGGCCTGGATGCCCGGCACGCGCCGCGG‑CCCA‑GGGTGCGGCCTGCAGcgc‑gggtcc > 2:4681727/1‑146 (MQ=11) ttgctgttgctgttgATCTTGATCTTGATCTTGATCTTGATCTTGATCTTCGCGACTTCAGGAGGCCGAACGTAGGCCTTGCGGAGGGAGGTGACGGGCATGGATGCCCGTCAAGCGCTG‑GGCCCCA‑GGATGGGGCCTGCAGcgc‑ggtcct < 1:4362213/151‑6 (MQ=11) ttgctgttgctgttgATCTTGATCTTGATCTTGATCTTGATCTTGATCTTCGCGACTTCAGGAGGCCGAACGTAGGCCTTGCGGAGGGAGGTGACGGGCATGGATGCCCGTCAAGCGCTG‑GGCCCCA‑GGATGGGGCCTGCAGcgc‑ggtcct < 1:4110291/151‑6 (MQ=11) tgctgttgctgttgATCTTGATCTTGATCTTGATCTTGATCTTGATCTTCGCGACTTCAGGAGGCCGAACGTAGGCCTTGCGGAGGGAGGTGACGGGCATGGATGCCCGTCAAGCGCTG‑GGCCCCA‑GGATGGGGCCTGCAGcgc‑ggtcctn < 1:1816945/151‑7 (MQ=11) tgctgttgctgttgATCTTGATCTTGATCTTGATCTTGATCTTGATCTTCGCGACTTCAGGAGGCCGAACGTAGGCCTTGCGGAGGGAGGTGACGGGCATGGATGCCCGTCAAGCGCTG‑GGCCCCA‑GGATGGGGCCTGCAGcgc‑ggtcctc > 2:4080/1‑145 (MQ=11) tgctgttgctgttgATCTTGATCTTGATCTTGATCTTGATCTTGATCTTCGCGACTTCAGGAGGCCGAACGTAGGCCTTGCGGAGGGAGGTGACGGGCATGGATGCCCGTCAAGCGCTG‑GGCCCCA‑GGATGGGGCCTGCAGcgc‑ggtcctc < 2:5155990/151‑7 (MQ=11) gctgttgctgttgATCTTGATCTTGATCTTGATCTTGATCTTGATCTTCGCGACTTCAGGAGGCCGAACGTAGGCCTTGCGGAGGGAGGTGACGGGCATGGATGCCCGTCAAGCGCTG‑GGCCCCA‑GGATGGGGCCTGCAGcgc‑ggtcctcc < 1:4916041/151‑8 (MQ=11) tgttgctgttgATCTTGATCTTGATCTTGATCTTGATCTTGATCTTCGCGACTTCAGGAGGCCGAACGTAGGCCTTGCGGAGGGAGGTGACGGGCATGGATGCCCGTCAAGCGCTG‑GGCCCCA‑GGATGGGGCCTGCAGCGCGGTCCTCCCg > 2:4443127/1‑151 (MQ=11) gttgctgttgATCTTGATCTTGGTCTTGATCTTGATCTTGATCTTCGCGACTTCAGGAGGCCGAACGTAGGCCTTGCGGAGGGAGGTGACGGGCATGGATGCCCGTCAAGCGCTG‑GGCCCCA‑GGATGGGGCCTGCAGCGCGGTCCTCCCgg < 2:190363/151‑1 (MQ=1) gttgctgttgATCTTGATCTTGCTCTTGATCTTGATCTTGATCTTCGCGACTTCAGGAGGCCGAGCGTAGGCCTTGCGGAGGGAGGTGACGGGCGTGGATGCCCGTCAAGCGCTG‑GGCCCCA‑GGATGGGGCCTGCAGCGCGGTCCTCCCgg < 2:1786869/151‑1 (MQ=11) gttgctgttgATCTTGATCTTGATCTTGATCTTGATCTTGATCTTCGCGACTTCAGGAGGCCGAACGTAGGCCTTGCGGAGGGAGGTGACGGGCATGGATGCCCGTCAAGCGCTG‑GGCCCCA‑GGATGGGGCCTGCAGCGCGGTCCTCCCgg < 1:1171336/151‑1 (MQ=11) ttgctgttgATCTTGATCTTGATCTTGATCTTGATCTTGATCTTCGCGACTTCAGGAGGCCGAACGTAGGCCTTGCGGAGGGAGGTGACGGGCATGGATGCCTGTCAAGCGCTG‑GGCCCCA‑GGATGGGGCCTGCAGCGCGGTCCTCCCggg > 1:2766821/1‑151 (MQ=11) ttgctgttgATCTTGATCTTGATCTTGATCTTGATCTTGATCTTCGCGACTTCAGGAGGCCGAACGTAGGCCTTGCGGAGGGAGGTGACGGGCATGGATGCCCGTCAAGCGCTG‑GGCCCCA‑GGATGGGGCCTGCAGCGCGGTCCTCCCggg > 1:4380285/1‑151 (MQ=11) | TGTTGCTGTTGCTGTTGCTGTTGCTGTTGCTGTTGCTGTTGATCTTGATCTTGATCTTGATCTTGATCTTGATCTTCGCGACTTCAGGAGGCCGAACGCAGGCCTTGCGGAGGCAGGTGACGGGCATGGATGCCCGTCAAGCGCTGAGGCCCCATGGATGGGGCCTGCAGCGC‑GTACTCCCGGG > CP009974/418295‑418478 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |