| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP009974 | = 1896675 | 0 (0.000) | 168 (0.740) +AGGGGTCGCGGTCAGCTTGGCCACC |
95/250 | 3.3 | 100% | intergenic (‑4453/‑4144) | RPPX_08470/RPPX_08480 | tryptophan synthase subunit beta/hypothetical protein |
| ? | CP009974 | 1897988 = | NA (NA) | intergenic (‑5766/‑2831) | RPPX_08470/RPPX_08480 | tryptophan synthase subunit beta/hypothetical protein | |||||
| Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
Only 100 of 2662 total aligned reads displayed.
CGCTGTGGATATAGACGGTCACACCTTTGAGAACCTGGAACTGGGTGGTGCTGCTTCGGTTCAAGTGACCGACACCACCGACGAAGTAGTGGCCAAGCTGACCGCGACCCCGTCGGTCACCGAAGGGGTGGCAGTCAGCTTGGCCACGACTTCGTCGAGGGTGTCGGTCACTTGAACCGAAGCAGCACCACCCAGTTCCAGGTTCTC‑AAAGGTGTGACCGTCTATATCCACAGCGGACGTGATGCCCAGACTGATCTGGCCTGCGTCCTGGTAGACGTCATCGCCCTGTGCGTCGTGGG > CP009974/1897840‑1898138 | tgccacgacgacggtggtgccgtcggtcagcttgaagtacagctccgagtggttgttgatcggcagaccgtctttgttggtcagcgtgatggtgtaggtgatctcgccgcctTCGGTCACCGAAGGGGTGGCAGTCAGCTTGGCCACGACt < 1:3995729‑M2/39‑1 (MQ=255)tgccacgacgacagtggtgccgtcggtcagcttgaagtacagctccgagtggttgttgatcggcagaccgtctttgttggtcagggtgatggtgtaagtgatctcgccgccttcggtgACCGACGGGGTGGCGGTCAGCTTGGCCACGACt > 1:724738‑M2/119‑151 (MQ=255)tgccacgacgacagtggtgccgtcggtcagcttgaagtacagctccgagtggttgttgatcggcagaccgtctttgttggtcagggtgatggtgtaagtgatctcgccgccttcggtgACCGACGGGGTGGCGGTCAGCTTGGCCACGACt < 1:238794‑M2/33‑1 (MQ=255) cacgacgacggtggtgccgtcggtcagcttgaagtacagctccgagtggttgttgatcggcaggccgtctttattggtcagcgtgatggtgtaggtgatctcgccgcctTCGGTCACCGACGGGGTGGCAGTCAGCTTGGCCACGACttca > 1:4359570‑M2/110‑150 (MQ=255) cacgacgacagtggtgccgtcggtcagcttgaagtacagctccgagtggttgttgatcggcaggccgtctttgttggtcagcgtgatggtgtaagtgatctcgccgcctTCGGTCACCGAAGGGGTGGCGGTCAGCTTGGCCACGACTtcg < 2:2476272‑M2/42‑1 (MQ=255) aacgacgagagtggtggcgacggtcagcttgaagtacagctccgagtggttgttgatcggcaggccgtctatgttgggcagcgtgatggtgtgagtgatctcgccgcctTCGGTCACCGAAGGGGTGGCGGTCAGCTTGGCCACGCCTtcg < 2:2195575‑M2/42‑1 (MQ=255) acgacgacggtggtgccgtcggtcagcttgaagtacagctccgagtggttgttgatcggcagaccgtctttgttggtcagcgtgatggtgtaagtgatctcgccgccttcggtgACCGAAGGGGTGGCGGTCAGCTTGGCCACCACTtcgt > 1:3611639‑M2/115‑151 (MQ=255) gacgacagtggtgccgtcggtcagcttgaagtacagctccgagtggttgttgatcggcagaccgtctttgttggtcagggtgatggtgtaagtgatctcgccgccttcggtgACCGACGGGGTGGCGGTCAGCTTGGCCACGACTtcgtcg > 1:1096308‑M2/113‑151 (MQ=255) gacgacagtggtgccgtcggtcagcttgaagtacagctccgagtggttgttgatcggcagaccgtctttgttggtcagggtgatggtgtaagtgatctcgccgccttcggtgACCGACGGGGTGGCGGTCAGCTTGGCCACGACTtcgtcg < 2:1801294‑M2/39‑1 (MQ=255) acgacggtggtgccgtcggtcagcttgaagtacagctccgagtggttgttgatcggcagaccgtctttgttggtcagcgtgatggtgtaggtgatctcgccgcctTCGGTCACCGAAGGGGTGGCAGTCAGCTTGGCCACGACTTCGTCGa > 1:4813882‑M2/106‑151 (MQ=255) cgacggtggtgccgtcggtcagcttgaagtacagctccgagtggttgttgatcggcaggccgtctttattggtcagcgtgatggtgtaggtgatctcgccgcctTCGGTCACCGACGGGGTGGCAGTCAGCTTGGCCACGACTTCATCGAg < 1:429681‑M2/47‑1 (MQ=255) gacggtggtgccgtcggtcagcttgaagtacagctccgagtggttgttgatcggcaggccgtctttattggtcagcgtgatggtgtaggtgatctcgccgcctTCGGTCACCGACGGGGTGGCAGTCAGCTTGGCCACGACTTCATCGAgg > 1:2790611‑M2/104‑151 (MQ=255) gacagtggtgccgtcggtcagcttgaagtacagctccgagtggttgttgatcggcaggccgtctttgttggtcagcgtgatggtgtaagtgatctcgccgcctTCGGTCACCGAAGGGGTGGCGGTCAGCTTGGCCACGACTTCGTCGAgg < 1:1999462‑M2/48‑1 (MQ=255) cagtggtgccgtcggtcagcttgaagtacagctccgagtggttgttgatcggcagaccgtctttgttggtcagggtgatggtgtaagtgatctcgccgccttcggtgACCGACGGGGTGGCGGTCAGCTTGGCCACGACTTCGTCGAGGgt < 1:4648883‑M2/44‑1 (MQ=255) ggtgttgccgtcgctcagggtgaaggtcaatgcactgtggttgttgatcggcaggccgtctttgttggtcagggtgatggtgtaggtgatctcgccgccttcggtgaccgacggggtggcgGTCAGCTTGGCCACGACTTCATCGAGGgtg > 2:199021‑M1/122‑151 (MQ=255) ggtggtgccgtcggtcagcttgaagtacagctccgagtggttgttgatcggcaggccgtctttattggtcagcgtgatggtgtaggtgatctcgccgcctTCGGTCACCGACGGGGTGGCAGTCAGCTTGGCCACGACTTCATCGAGGgtg < 1:1004758‑M2/51‑1 (MQ=255) ggtggtgccgtcggtcagcttgaagtacagctccgagtggttgttgatcggcagaccgtctttgttggtcagcgtgatggtgtaggtgatctcgccgccttcggtgACCGAAGGGGTGGCGGTCAGCTTGGCCACGACTTCGTCGAGGgtg > 2:4583108‑M2/107‑151 (MQ=255) gtggtgccgtcggtcagcttgaagtacagctccgagtggttgttgatcggcaggccgtctttgttggtcagcgtgatggtgtaagtgatctcgccgcctTCGGTCACCGAAGGGGTGGCGGTCAGCTTGGCCACGACTTCGTCGAGGgtgt < 2:1720629‑M2/52‑1 (MQ=255) tggtgccgtcggtcagcttgaagtacagctccgagtggttgttgatcggcagaccgtctttgttggtcagcgtgatggtgtaggtgatctcgccgccttcggtgACCGAAGGGGTGGCGGTCAGCTTGGCCACGACTTCGTCGAGGGTGTc < 1:5103632‑M2/47‑1 (MQ=255) tgccgtcggtcagcttgaagtacagctccgagtggttgttgatcggcagaccatctttgttggtcagcgtgatggtgtaggtgatctcaccgcctTCGGTCACCGACGGGGTCGCAGTCAGCTTGGCCACGACTTCGTCGAGGGTGTCGGt < 2:2818626‑M2/56‑1 (MQ=255) gccgtcggtcagcttgaagtacagctccgagtggttgttgatcggcaggccgtctttgttggtcagcgtgatggtgtaagtgatctcgccgcctTCGGTCACCGAAGGGGTGGCGGTCAGCTTGGCCACGACTTCGTCGAGGGTGTCGGTc > 1:207967‑M2/95‑151 (MQ=255) cgtcggtcagcttgaagtacagctccgcagggtagttgatcggcagaccgtgtacgttggtcagggtgatggtgtaagtgatctcgccgccttcggtgACCGACGGGGTGGCGGTCAGCTTGGCCACGACTTCGTCGAGGGTGTCGGTCAc > 1:4080051‑M2/99‑151 (MQ=255) cgtcggtcagcttgaagtacagctccgagtggttgttgatcggcaggccgtctttgttggtcagcgtgatggtgtaagtgatctcgccgcctTCGGTCACCGAAGGGGTGGCGGTCAGCTTGGCCACGACTTCGTCGAGGGTGTCGGTCAc < 1:621761‑M2/59‑1 (MQ=255) cgtcggtcagcttgaagtacagctccgagtggttgttgatcggcaggccgtctttattggtcagcgtgatggtgtaggtgatctcgccgcctTCGGTCACCGACGGGGTGGCAGTCAGCTTGGCCACGACTTCATCGAGGGTGTCGGTGAc > 2:3023073‑M2/93‑151 (MQ=255) tcggtcagcttgaagtacagctccgagtggttgttgatcggcagaccgtctttgttggtcagcgtgatggtgtaggtgatctcgccgccttcggtgACCGAAGGGGTGGCGGTCAGCTTGGCCACGACTTCGTCGAGGGTGTCGGTCACtt > 2:4085676‑M2/97‑151 (MQ=255) cggtcagcttgaagtacagctccgagtggttgttgatcggcaggccgtctttgttggtcagcgtgatggtgtaagtgatctcgccgcctTCGGTCACCGAAGGGGTGGCGGTCAGCTTGGCCACGACTTCGTCGAGGGTGTCGGTCACTTg > 1:3902116‑M2/90‑151 (MQ=255) cggtcagcttgaagtacagctccgagtggttgttgatcggcaggccgtctttattggtcagcgtgatggtgtaggtgatctcgccgcctTCGGTCACCGACGGGGTGGCAGTCAGCTTGGCCACGACCTCATCGAGGGTGGCGGtgacagc > 1:3009717‑M2/90‑148 (MQ=255) cggtcagcttgaagtacagctccgagtggttgttgatcggcaagccgtctttgttggtcagcgtgatggtgtaggtgatctcaccgccttcggtgACCGAAGGGGTCGCGGTCAGCTTGGCCACCACTTCGTCGAGGGTGTCGGTCACTTg < 1:2286085‑M2/56‑1 (MQ=255) cggtcagcttgaagtaaagctccgagtggttgttgatcggcagaccgtctttgttggtcagcgtgatggtgtaggtgatctcaccgccttcggtgACCGACGGGGTGGCAGTCAGCTTGGCCACGACTTCATCGAGGGtgtcggtgacatc < 1:4157082‑M2/56‑7 (MQ=255) gtcagcttgaagtacagctccgagtggttgttgatcggcaggccgtctttgttggtcagcgtgacggtgtaggtgatctcgccgcctTCGGTCACCGAAGGGGTCGCGGTCAGCTTCGCCACGACTTCGTCGAGGGTGTCGGTCACTTGaa < 1:1221487‑M2/64‑1 (MQ=255) tcagcttgaagtacagctccgagtggttgttgatcggcagaccgtctttgttggtcagggtgatggtgtaagtgatctcgccgccttcggtgACCGACGGGGTGGCGGTCAGCTTGGCCACGACTTCGTCGAGGGTGTCGGTCACTTGAAc < 1:1897847‑M2/59‑1 (MQ=255) cagcttgaagtacagctccgagtggttgttgatcggcagaccgtctttgttggtcagcgtgatggtgtaggtgatctcgccgccttcggtgACCGAAGGGGTGGCGGTCAGCTTGGCCACGACTTCGTCGAGGGTGTCGGTCACTTGAAcc < 1:3529171‑M2/60‑1 (MQ=255) cagcttgaagtacagctccgagtggttgttgatcggcagaccgtctttgttggtcagcgtgatggtgtaggtgatctcgccgcctTCGGTCACCGAAGGGGTGGCAGTCAGCTTGGCCACGACTTCGTCGAGGGTGTCGGTCACTTGAAcc > 1:4954251‑M2/86‑151 (MQ=255) 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ccGAAGGGGTGGCAGTCAGCTTGGCCACGACTTCGTCGAGGGTGTCGGTCACTTGAACCGAAGCAGCACCACCCAGTTCCAGGTTCTC‑AAAGGTGTGACCGTCTATATCCACAGCGGACGTGATGCCCAGACTGATCTGGCCTGCGTCCTg > 1:1542518/1‑151 (MQ=255) acggggtgGCAGTCAGCTTGGCCACGACTTCATCGAGGGTGTCGGTgacatccactttcgcggcaccgcccaactcgaggttctcgaacgcagcaccagtggcgtcaaccgccgagttgatgcccagactgatctggcccgcatcctggta > 2:3618592‑M2/3‑46 (MQ=255) cggggtggcgGTCAGCTTGGCCACGACTTCGTCGAGGGTGTCGGTCACTTGAACCGAAGCAGCACCACCCAGTTCCAGGTTCTC‑AAAGGTGTGACCGTCTATATCCACAGCGGACGTGATGCCCAGACTGATCTGGCCTGCGTCCTGGTAg > 1:373089‑M1/11‑151 (MQ=255) ggggtggcgGTCAGCTTGGCCACGACTTCGTCGAGGGTGTCGGTCACTTGAACCGAAGCAGCACCACCCAGTTCCAGGTTCTC‑AAAGGTGTGACCGTCTATATCCACAGCGGACGTGATGCCCAGACTGATCTGGCCTGCGTCCTGGTAGa < 1:3093830‑M1/142‑1 (MQ=255) ggggtggcgGTCAGCTTGGCCACGACTTCGTCGAGGGTGTCGGTCACTTGAACCGAAGCAGCACCACCCAGTTCCAGGTTCTC‑AAAGGTGTGACCGTCTATATCCACAGCGGACGTGATGCCCAGACTGATCTGGCCTGCGTCCTGGTAGa < 1:4463935‑M1/142‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |