| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP009974 | 1897301 = | 118 (0.430) | 859 (3.180) +G |
131/298 | 1.9 | 92.6% | intergenic (‑5079/‑3518) | RPPX_08470/RPPX_08480 | tryptophan synthase subunit beta/hypothetical protein |
| ? | CP009974 | 1897958 = | 20 (0.070) | intergenic (‑5736/‑2861) | RPPX_08470/RPPX_08480 | tryptophan synthase subunit beta/hypothetical protein | |||||
Only 100 of 2053 total aligned reads displayed.
GACGCAGGCCAGATCAGTCTGGGCATCACGTCCGCTGTGGATATAGACGGTCACACCTTTGAGAACCTGGAACTGGGTGGTGCTGCTTCGGTTCAAGTGACCGACACCACCGACGAAGTAGTGGCCAAGCTGACCGCGACCCCGTCGGTCACCGAAGGGGTGGCAGTCAGCTTGGCCACGACTTCGTCGAGGGTGTCGGTCACTTGAACCGAAGCAGCACCACCCAGTTCCAGGTTCTCAAAGGTGTGACCGTCTATATCCACAGCGGACGTGATGCCCAGACTGATCTGGCCTGCGTCCT > CP009974/1897808‑1898108 | gttgcagtggccgaaccggtggtgctgttggctgccacgacgacagtggtgccgtcggtcagcttgaagtacagctccgagtggttgttgatcggcaggccgtctttgttggtcagcgtgatggtgtaagtgatctcgccgcctTCGGTCa < 1:40091‑M2/7‑1 (MQ=255)gttgcagtcgccgaaccggtggtgctgttggctgccacgacgacagtggtgccgtcggtcagcttgaagtacagctccgagtggttgttgatcggcagaccgtctttgttggtcagggtgatggtgtaagtgatctcgccgccttcggtga < 2:3510842‑M2/1‑1 (MQ=255) ttgcagtggccgaaccgttggtgctgttggctgccacgacgacggtggtgccgtcggtcagcttgaagtacagctccgagtggttgttgatcggcagaccgtctttgttggtcagcgtgatggtgtaggtgatctcgccgccttcggtgAc > 1:2279875‑M2/150‑151 (MQ=255) ttgcagtcgccgaaccggtggtgctgttggctgccacaacgacagtggtgccgtcggtcagcttgaagtacagctccgagtggttgttgatcggcaagccgtctttgttggtcagcgtgatggtggaggtgatctcaccgccttcggtgAc > 2:1596800‑M2/150‑151 (MQ=255) tgcagtggccgaaccgttggtgctgttggctgccacgacgacggtggtgccgtcggtcagcttgaagtacagctccgagtggttgttgatcggcagaccgtctttgttggtcagcgtgatggtgtaggtgatctcgccgccttcggtgAcc > 1:5392183‑M2/149‑151 (MQ=255) tacagtggccgaaccggtggtgctgttggctgccacgacgacagtggtgccgtcggtcagcttgaagtacagctccgagtggttgttgatcggcaggccgtctttgttggtcagcgtgacggtgtaggtgatctcgccgcctTCGGTCAcc > 1:3263175‑M2/143‑151 (MQ=255) gctggCCAGATCAGTCTGGGCATCACGTCCGCTGTGGATGTAGACGGTCACACCTTCGAGAACCTGGAACTGGGCGGTGCTGCTTCGGTTCAAGTGACCGACACCCTCGACGAAGTGGTGGCCAAGCTGACCGCGACCCCTTCGGTCACCg > 1:84166/4‑151 (MQ=1) cgccgaaccggtggtgctgttggctgccacaacgacagtggtgccgtcggtcagcttgaagtacagctccgagtggttgttgatcggcaagccgtctttgttggtcagcgtgatggtgtaggtgatctcaccgccttcggtgACCGAAggg > 2:328390‑M2/143‑151 (MQ=255) gccgaaccggtggtgctgttggctgccacgacgacggtggtgccgtcggtcagcttgaagtacagctccgagtggttgttgatcggcaggccgtctttattggtcagcgtgatggtgtaggtgatctcgccgcctTCGGTCACCGACgggg > 1:2835471‑M2/136‑151 (MQ=255) gccgaaccggtggtgctgttggctgccacaacgacggtggtgccgtcggtcagcttgaagtacagctccgagtggttgttgatcggcagaccatctttgttggtcagcgtgatggtgtaggtgatctcaccgcctTCGGTCACCGACgggg > 2:2798862‑M2/136‑151 (MQ=255) tgagccggtggtgctgttggctgctttgacgatagtggtgccgtcggtcagcttgaagtacagctctgagtggttgttgatcggcaggctgtctttgttggtcagcgtgatggtgtaagtgatctcgccgcctTCGGTCACCGAAGGGGTg < 2:4218709‑M2/18‑1 (MQ=255) aaccggtggtgctgttggctgccacgacgacggtggtgccgtcggtcagcttgaagtacagctccgagtggacgttgatcggcagaccgtcgttgttggtcagcgtgatggtgtaggtgatctcgccgcctTCGGTCACCGAAGGGGTGGc > 2:4803741‑M2/132‑151 (MQ=255) aaccggtggtgctgttggctgccacgacgacagtggtgccgtcggtcagcttgaagtacagctccgagtggttgttgatcggcaggccgtctttgttggtcagcgtgatggtgtaagtgatctcgccgcctTCGGTCACCGAAGGGGTGGc < 2:1501254‑M2/20‑1 (MQ=255) aaccggtggtgctgttggctgccacgacgacagtggtgccgtcggtcagcttgaagtacagctccgagtggttgttgatcggcaggccgtctttgttggtcagcgtgatggtgtaagtgatctcgccgcctTCGGTCACCGAAGGGGTGGc < 2:5011750‑M2/20‑1 (MQ=255) aaccggtggtgctgttggctgccacgacgacagtggtgccgtcggtcagcttgaagtacagctccgagtggttgttgatcggcagaccgtctttgttggtcagggtgatggtgtaagtgatctcgccgccttcggtgACCGACGGGGTGGc < 1:1716042‑M2/14‑1 (MQ=255) accggtggtgctgttggctgccacgacgacggtggtgccgtcggtcagcttgaagtacagctccgagtggttgttgatcggcagaccgtctttgttggtcagcgtgatggtgtaggtgatctcgccgcctTCGGTCACCGAAGGGGTGGCa < 2:5266906‑M2/21‑1 (MQ=255) accggtggtgctgttggctgccacgacgacggtggtgccgtcggtcagcttgaagtacagctccgagtggttgttgatcggcagaccgtctttgttggtcagcgtgatggtgtaggtgatctcgccgcctTCGGTCACCGAAGGGGTGGCa > 1:3470270‑M2/131‑151 (MQ=255) ccggtggtgctgttggctgccacgacgacggtggtgccgtcggtcagcttgaagtacagctccgagtggttgttgatcggcaggccggctttgttggtcagcgtgatggtgtaagtgatctcaccgcctTCGGTCACCGAAGGGGTggcgg < 1:141598‑M2/22‑3 (MQ=255) ccggtggtgctgtaggctgccacgacgacggtggtgccgtcggtcagcttgaagtacagctccgagtggttgttgatcggcaggccgtctttattggtcagcgtgatggtgtaggtgatctcgcagcctTCGGTCACCGACGGGGTGGCAg < 1:2920453‑M2/22‑1 (MQ=255) cggtggtgctgttggctgccacgacgacggtggtgccgtcggtcagcttgaagtacagctccgagtggttgttgatcggcaggccgtctttattggtcagcgtgatggtgtaggtgatctcgccgcctTCGGTCACCGACGGGGTGGCAGt > 1:2711371‑M2/129‑151 (MQ=255) ggtggtgctgttggctgccacgacgacggtggtgccgtcggtcagcttgaagtacagctccgagtggttgttgatcggcaggccgtctttattggtcagcgtgatggtgtaggtgatctcgccgcctTCGGTCACCGACGGGGTGGCAGTc < 1:4382043‑M2/24‑1 (MQ=255) ggtggtgctgttggctgccacgacgacggtggtgccgtcggtcagcttgaagtacagctccgagtggttgttgatcggcagaccgtctttgttggtcagcgtgatggtgtaggtgatctcgccgcctTCGGTCACCGAAGGGGTGGCAGTc > 1:1004255‑M2/128‑151 (MQ=255) gtggtgctgttggctgccacaacgacggtggtgccgtcggtcagcttgaagtacagctccgagtggttgttgatcggcagaccatctttgttggtcagcgtgatggtgtaggtgatctcaccgcctTCGGTCACCGACGGGGTCGCAGTCa < 1:427911‑M2/25‑1 (MQ=255) gtgctgttggctgccacgacgacggtggtgccgtcggtcagcttgaagtacagctccgagtggttgttgatcggcaggccgtctttattggtcagcgtgatggtgtaggtgatctcgccgcctTCGGTCACCGACGGGGTGGCAGTCAGCt < 2:2900601‑M2/28‑1 (MQ=255) tgctgttggctgccacgacgacggtggtgccgtcggtcagcttgaagtacagctccgagtggttgttgatcggcagaccgtctttgttggtcagcgtgatggtgtaggtgatctcgccgcctTCGGTCACCGAAGGGGTGGCAGTCAGCtt < 2:1928337‑M2/29‑1 (MQ=255) gctgttggctgccacgacgacggtggtgccgtcggtcagcttgaagtacagctccgagtggttgttgatcggcaggccgtctttattggtcagcgtgatggtgtaggtgatctcgccgcctTCGGTCACCGACGGGGTGGCAGTCAGCTTg < 1:529147‑M2/30‑1 (MQ=255) ctgttggctgccacgacgacggtggtgccgtcggtcagcttgaagtacagctccgagtggttgttgatcggcaggccgtctttattggtcagcgtgatggtgtaggtgatctcgccgcctTCGGTCACCGACGGGGTGGCAGTCAGCTTgg < 2:2605385‑M2/31‑1 (MQ=255) tgttggctgccacgacgacggtggtgccgtcggtcagcttgaagtacagctccgagtggttgttgatcggcaggccgtctttattggtcagcgtgatggtgtaggtgatctcgccgcctTCGGTCACCGACGGGGTGGCAGTCAGCTTGGc < 1:1927582‑M2/32‑1 (MQ=255) tggctgccacgacgacggtggtgccgtcggtcagcttgaagtacagctccgagtggttgttgatcggcaggccgtctttattggtcagcgtgatggtgtaggtgatctcgccgcctTCGGTCACCGACGGGGTGGCAGTCAGCTTGGCCAc > 1:620098‑M2/117‑151 (MQ=255) ggctgccacgacgacggtggtgccgtcggtcagcttgaagtacagctccgagtggttgttgatcggcagaccgtctttgttggtcagcgtgatggtgtaggtgatctcgccgccttcggtgACCGAAGGGGTGGCGGTCAGCTTGGCCACg < 2:2981047‑M2/30‑1 (MQ=255) ggctgccacgacgacagtggtgccgtcggtcagcttgaagtacagctccgagtggttgttgatcggcaggccgtctttgttggtcagcgtgatggtgtaagtgatctcgccgcctTCGGTCACCGAAGGGGTGGCGGTCAGCTTGGCCACg > 2:2349143‑M2/116‑151 (MQ=255) ggctgccacaacgacggtggtgccgtcggtcagcttgaagtacagctccgagtggttgttgatcggcagaccatctttgttggtcagcgtgatggtgtaggtgatctcaccgcctTCGGTCACCGACGGGGTCGCAGTCAGCTTGGCCACg > 1:4160546‑M2/116‑151 (MQ=255) gctgccacgacgacggtggtgccgtcggtcagcttgaagtacagctccgagtggttgttgatcggcaggccgtctttgttggtcagcgtgatggtgtaggtgatctcgccgccttcggtgACGGACGGGGTGGCAGTCAGCTTGGCcacca > 1:3355254‑M2/121‑149 (MQ=255) 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ccacaacgacggtggtgccgtcggtcagcttgaagtacagctccgagtggttgttgatcggcagaccatctttgttggtcagcgtgatggtgtaggtgatctcaccgcctTCGGTCACCGACGGGGTCGCAGTCAGCTTGGCCACGACTtc < 2:4567272‑M2/41‑1 (MQ=255) cacgacgacagtggtgccgtcggtcagcttgaagtacagctccgagtggttgttgatcggcaggccgtctttgttggtcagcgtgatggtgtaagtgatctcgccgcctTCGGTCACCGAAGGGGTGGCGGTCAGCTTGGCCACGACTtcg < 2:2476272‑M2/42‑1 (MQ=255) cacgacgacagtggtgccggcggtcagcttgaagtacagctccgagtggttgttgatcggcagaccgtctttgttggtcagggtgatggtgtaagtgatctcgccgccttcggtgACCGACGGGGTGGCGGTCAGCTTGGCCACGACTtcg < 2:4894257‑M2/36‑1 (MQ=255) cgacgacagtggtgccgtcggtcagcttgaagtacagctccgagtggttgttgatcggcagaccgtctttgttggtcagggtgatggtgtaagtgatctcgccgccttcggtgACCGACGGGGTGGCGGTCAGCTTGGCCACGACTtcatc < 1:4698319‑M2/38‑1 (MQ=255) gacgacggtggtgccgtcggtcagcttgaagtacagctccgagtggttgttgatcggcaggccgtctttattggtcagcgtgatggtgtaggtgatctcgccgcctTCGGTCACCGACGGGGTGGCAGTCAGCTTGGCCACGACTtcatcg > 2:2042791‑M2/107‑151 (MQ=255) acgacggtggtgccgtcggtcagcttgaagtacagctccgagtggttgttgatcggcaggccgtctttattggtcagcgtgatggtgtaggtgatctcgccgcctTCGGTCACCGACGGGGTGGCAGTCAGCTTGGCCACGActtcatcca > 2:703512‑M2/106‑149 (MQ=255) acgacagtggtgccgtcggtcagcttgaagtacagctccgagtggttgttgatcggcagaccgtctttgttggtcagggtgatggtgtaagtgatctcgccgccttcggtgACCGACGGGGTGGCGGTCAGCTTGGCCACGACTTCGTCGa < 1:2108184‑M2/40‑1 (MQ=255) cgacggtggtgccgtcggtcagcttgaagtacagctccgagtggttgttgatcggcaggccgtctttattggtcagcgtgatggtgtaggtgatctcgccgcctTCGGTCACCGACGGGGTGGCAGTCAGCTTGGCCACGACTTCATCGAg < 1:5083312‑M2/47‑1 (MQ=255) cgacggtggtgccgtcggtcagcttgaagtacagctccgagtggttgttgatcggcagaccgtctttgttggtcagcgtgatggtgtaagtgatctcgccgccttcggtgACCGAAGGGGTGGCGGTCAGCTTGGCCacc < 2:5083828‑M2/30‑2 (MQ=255) cgacagtggtgccgtcggtcagcttgaagtacagctccgagtggttgttgatcggcagaccgtctttgttggtcagggtgatggtgtaagtgatctcgccgccttcggtgACCGACGGGGTGGCGGTCAGCTTGGCCACGACTTCGTCGAg < 1:1092279‑M2/41‑1 (MQ=255) ggtggtgccgtcggtcagcttgaagtacagctccgagtggttgttgatcggcagaccgtctttgttggtcagcgtgatggtgtaggtgatctcgccgcctTCGGTCACCGAAGGGGTGGCAGTCAGCTTGGCCACGACTTCGTCGAGGgtg < 1:3758816‑M2/51‑1 (MQ=255) gtggtgccgtcggtcagcttgaagtacagctccgagtggttgttgatcggcaagccgtctttgttggtcagcgtgatggtgtaggtgatctcaccgccttcggtgACCGAAGGGGTCGCGGTCAGCTTGGCCACCACTTCGTCGAGGgtgt > 2:4676178‑M2/106‑151 (MQ=255) tggtgccgtcggtcagcttgaagtacagctccgagtggttgttgatcggcaggccgtctttgttggtcagcgtgacggtgtaggtgatctcgccgcctTCGGTCACCGAAGGGGTCGCGGTCAGCTTCGCCACGACTTCGTCGAGGGTGTc > 2:886517‑M2/99‑151 (MQ=255) tggtgccgtcggtcagcttgaagtacagctccgagtggttgttgatcggcagaccgtctttgttggtcagggtgatggtgtaagtgatctcgccgccttcggtgACCGACGGGGTGGCGGTCAGCTTGGCCACGACTTCGTCGAGGGTGTc > 2:1689444‑M2/105‑151 (MQ=255) ggtgccgtcggtcagcttgaagtacagctccgagtggttgttgatcggcagaccgtctttgttggtcagggtgatggtgtaagtgatctcgccgccttcggtgACCGACGGGGTGGCGGTCAGCTTGGCCACGACTTCGTCGAGGGTGTCg > 1:1614224‑M2/104‑151 (MQ=255) 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1:4444765‑M2/66‑85 (MQ=255) tcagcgtgatggtgtaggtgatctcgccgcctTCGGTCACCGAAGGGGTGGCAGTCAGCTTGGCCACGACTTCGTCGAGGGTGTCGGTCACTTGAACCGAAGCAGCACCACCCAGTTCCAGGTTCTCAAAGGTGTGACCGTCTATATCcac < 1:2638387‑M2/119‑1 (MQ=255) tcagcgtgatggtgtaggtgatctcgccgcctTCGGTCACCGAAGGGGTGGCAGTCAGCTTGGCCACGACTTCGTCGAGGGTGTCGGTCACTTGAACCGAAGCAGCACCACCCAGTTCCAGGTTCTCAAAGGTGTGACCGTCTATATCcac > 2:4130218‑M2/33‑151 (MQ=255) atggtgtaggtgatctcgccgcctTCGGTCACCGAAGGGGTGGCAGTCAGCTTGGCCACGACTTCGTCGAGGGTGTCGGTCACTTGAACCGAAGCAGCACCACCCAGTTCCAGGTTCTCAAAGGTGTGACCGTCTATATCCACAGCGGACg < 1:1182493‑M2/127‑1 (MQ=255) gtgatctcgccggctTCGGTCACCGAAGGGGTGGCAGTCAGCTTGGCCACGACTTCGTCGAGGGTGTCGGTCACTTGAACCGAAGCAGCACCACCCAGTTCCAGGTTCTCAAAGGTGTGACCGTCTATATCCACAGCGGACGTGATGCCCa < 2:4318529‑M2/136‑1 (MQ=255) gccgcctTCGGTCACCGAAGGGGTGGCAGTCAGCTTGGCCACGACTTCGTCGAGGGTGTCGGTCACTTGAACCGAAGCAGCACCACCCAGTTCCAGGTTCTCAAAGGTGTGACCGTCTATATCCACAGCGGACGTGATGCCCAGACTGATc < 1:3839811‑M2/144‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |