| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP009974 | 1898984 = | 164 (0.600) | 234 (1.280) +CGACTCGGTCGACGCCACCACCGCGACCCTGACGGCGAGCCCGTCAGTC |
138/202 | 0.0 | 46.0% | intergenic (‑6762/‑1835) | RPPX_08470/RPPX_08480 | tryptophan synthase subunit beta/hypothetical protein |
| ? | CP009974 | = 1899234 | 654 (2.400) | intergenic (‑7012/‑1585) | RPPX_08470/RPPX_08480 | tryptophan synthase subunit beta/hypothetical protein | |||||
Only 100 of 2509 total aligned reads displayed.
AGACGTCATTGGCCGGGGTCTGGAAATCAACGCTGCCCTGGGTTTTACCCGCTTCAACGGTGATGGTCTGGCCGTTGGACAGGGTAACCGTTACCGGCGTCTGAGCAGGGTTGCTCAGGGTCACGGTGTAAGTGATCACGCCGCCTTCGGTTACGCTTGGCGAGGCGGTCAGGGTCGCGGTGGTGGTGTCGATTGTATCGGTCACCTGGGTAACCGCTGGCGTTTGCGGCAATGTCACCGTCAGCCCACCACCTCCGGTACTACCTGTCACGGTGGCCGAAATCTGGCCCCCGTCGATGTA > CP009974/1899084‑1899384 | cGTCATTGGCCGGGGTCTGGAAATCAACGCTGCCCTGGGTTTTGCCGGCTTCAACGGTAATGGTTTGGCCGTTGGACAGGGTCACGGTTACCGGCGTCTGAGCAGGGTTGCTCAGGGTCACGGTGTAAGTGATCACGCCGCCTTCGGtcac > 2:440157/1‑148 (MQ=255) cGTCATTGGCCGGGGTCTGGAAATCAACGCTGCCCTGGGTTTTACCCGCTTCAACGGTGATGGTCTGGCCGTTGGACAGGGTAACCGTTACCGGCGTCTGAGCAGGGTTGCTCAGGGTCACGGTGTAAGTGATCACGCCGCCTTCGGTTAc < 2:2174601/151‑1 (MQ=255) cATTGGCCGGGGTCTGGAAATCAACGCTGCCCTGGGTTTTACCCGCTTCAACGGTGATGGTCTGGCCGTTGGACAGGGTAACCGTTACCGGCGTCTGAGCAGGGTTGCTCAGGGTCACGGTGTAAGTGATCACGCCGCCTTCGGTTACGCt < 1:84598/151‑1 (MQ=255) ttGGCCGGGGTCTGGAAGTTGACGCTGCCCTGGGTTTTACCCGCTTCAACGGTGATGGTCTGGCCGTTGGACAGGGTAACCGTTACCGGCGTCTGAGCAGGGTTGCTCAGGGTCACGGTGTAAGTGATCACGCCGCCTTCGGTTACGCTTg > 1:2828012/1‑151 (MQ=255) ttGGCCGGGGTCTGGAAATCAACGCTGCCCTGGGTTTTACCCGCTTCAACGGTGATGGTCTGGCCGTTGGACAGGGTAACCGTTACCGGCGTCTGAGCAGGGTTGCTCAGGGTCACGGTGGAGGTGATCACGCCGCCTTCGGTgactgacg < 1:3418358‑M2/151‑9 (MQ=255) cGGGGTCTGGAAGTTGACGCTGCCCTGGGTTTTACCCGCTTCAACGGTGATGGTCTGGCCGTTGGACAGGGTAACCGTTACCGGCGTCTGAGCAGGGTTGCTCAGGGTCACGGTGTAAGTGATCACGCCGCCTTCGGTTACGGTTGGCGAg > 1:3353571/1‑151 (MQ=255) gggTCTGGAAGTTGACGCTGCCCTGGGTTTTACCCGCTTCAACGGTAATGACTTGGCCGTTGGACAGGGTCACGGTTACCGGCGTCTGAGCAGGGTTGCTTAGGGTCACGGTGTAGGTGATCACGCCGCCTTCGGTgaccgacgggctcgc > 2:5259202‑M2/1‑136 (MQ=255) gTCTGGAATTCAACGCTGCCCTGGGTTTTACCCGCTTCAACGGTGATGGTCTGGCCGTTGGACAGGGTAACCGTTACCGGCGTCTGAGCAGGGTTGCTCAGGGTCACGGTGTAGGTGATCACGCCGCCTTCGGTTACGCTTGGCGAGGCgg > 1:5183153/1‑151 (MQ=255) gTCTGGAAGTTGACGCTGCCCTGGGTTTTACCCGCTTCAACGGTGATGACTTGGCCGTTGGACAGGGTCACGGTTACCGGCGTCTGAGCAGGGTTGCTTAGGGTCACGGTGTAGGTGATCACGCCGCCTTCGGTgaccgacgggctcgccg < 1:2926426‑M2/151‑18 (MQ=255) cTGGAATTCAACGCTGCCCTGGGTTTGACCCGCTTCAACGGTGATGGTCTGGCCGTTGGACAGGGTAACCGTTACCGGCGTCTGAGCAGAGTTGCTCAGGGTCACGGTGTAGGTGATCACGCCGCCTTCGGTTACGCTTGGCGAGGCGGTc < 1:265677/151‑1 (MQ=255) cTGGAAGTCAACGCTGCCCTGGGTTTTACCCGCTTCAACGGTGATGGTCTGGCCGTTGGACAGGGTAACCGTTACCGGCGTCTGAGCAGGGTTGCTCAGGGTCACGGTGTAGGTGATCACGCCGCCTTCGGTgaccgacgggctcgccgtc > 2:3859445‑M2/1‑132 (MQ=255) cTGGAAATCAACGCTGCCCTGGGTTTTACCCGCTTCAACGGTGATGGTCTGGCCGTTGGACAGGGTCACGGTTACCGGCGTCTGAGCAGGGTTGCTCAGGGTCACGGTGTAGGTGATCACGCCGCCTTCGGTgaccgacgggctcgccgtc < 1:200701‑M2/151‑20 (MQ=255) gaCGCTGCCCTGGGTTTTACCCGCTTCAACGGTGATGGTCTGGCCGTTGGACAGGGTAACCGTTACCGGCGTCTGAGCAGGGTTGCTCAGGGTCACGGTGTAAGTGATCACGCCGCCTTCGGTTACGCtt > 2:2593593/2‑130 (MQ=255) aCGCTGCCCTGGGTTTTACCCGCTTCATCGGGAATGGGCTGGCCGTTGGACAGGGTATCCGTCACCGGCGTCTGAGCAGGGTTGCTCAGGGTCACGGTGTAAGTGATCACGCCGCCTTCGGTTACGCTTGGCGAGGCGGTCAGGGTCGCgg < 2:2494029/151‑1 (MQ=255) gCTGCCCTGGGTTTTACCCGCTTCAACGGTGATGGTCTGGCCGTTGGACAGAGTAACCGTTACCGGCGTCTGAGCAGGGTTGCTCAGGGTCACGGTGTAGGTGATCACGCCGCCTTCGGTTACGCTTGGCGAGGCGGTCAGGGTcgcg < 2:2742885/148‑1 (MQ=255) tGCCCTGGGTTTTACCCGCTTCAACGGTGATGGTCTGGCCGTTGGACAGGGTAACCGTTACCGGCGTCTGAGCAGGGTTGCTCAGGGTCACGGTGTAAGTGATCACGCCGCCTTCGGTTACGCtt > 2:2304836/1‑125 (MQ=255) gCCCTGGGTTTTACCCGCTTCAACGGTGATGACTTGGCCGTTGGACAGGGTCACCGTTACCGGCGTCTGAGCAGGGTTGCTCAGGGTCACGGTGTAGGTGATCACGCCGCCTTCGGTgactgacgggctcgccgtcagggtcgcggtggtg < 2:3754303‑M2/151‑35 (MQ=255) cccTGGGTTTTACCCGCTTCAACGGTGATGGTCTGGCCGTTGGACAGGGTCACGGTTACCGGCGTCTGAGCAGGGTTGCTCAGGGTCACGGTGTAAGTGATCACGCCGCCTTCGGTGACGCTTGGGCAGGCGGTCAGGGTCGCagcggtgg > 2:511642/1‑151 (MQ=255) cccTGGGTTTTACCCGCTTCAACGGTGATGGTCTGGCCGTTGGACAGGGTAACCGTTACCGGCGTCTGAGCAGGGTTGCTCAGGGTCACGGTGTAGGTGATCACGCCGCCTTCGGTgactgacgggctcgccgtcagggtcgcggtggtgg > 2:3078584‑M2/1‑116 (MQ=255) tGGGTTTTACCCGCTTCAACGGTGATGGTCTGGCCGTTGGACAGGGTAACCGTTACCGGCGTCTGAGCAGGGTTGCTCAGGGTCACGGTGTAAGTGATCACGCCGCCTTCGGTTACGCTTGGCGAGGCGGTCAGGGTCGCggtggtggcgt > 1:3042636/1‑148 (MQ=255) gggTTTTACCCGCTTCAACGGTGATGACTTGGCCGTTGGACAGGGTCACGGTTACCGGCGTCTGAGCAGGGTTGCTTAGGGTCACGGTGTAGGTGATCACGCCGCCTTCGGTgaccgacgggctcgccgtcagggtcgcggtggtggtgtc > 2:4116389‑M2/1‑112 (MQ=255) tttACCCGCTTCAACGGTGATGGTCTGGCCGTTGGACAGGGTAACCGTTACCGGCGTCTGAGCAGGGTTGCTCAGGGTCACGGTGTAGGTGATCACGCCGCCTTCGGTgactgacgggctcgccgtca > 1:276006‑M2/1‑108 (MQ=255) ttACCCGCTTCAACGGTGATGGTCTGGCCGTTGGACAGGGTCACGGTTACCGGCGTCTGAGCAGGGTTGCTCAGGGTCACGGTGTAGGTGATCACGCCGCCTTCGGTgaccgacgggctcgccgtcagggtcgcggtggtggcgtcgaccg > 2:1436580‑M2/1‑107 (MQ=255) tACCCGCTTCAACGGTGATGGTCTGGCCGTTGGACAGGGTAACCGTTACCGGCGTCTGAGCAGGGTTGCTCAGGGTCACGGTGTAGGTGATCACGCCGCCTTCGGTGACGGTTGGCCACGCGGTCAGGGTCGCGGTGGGGGCGTCGAccga < 2:5339787‑M2/151‑5 (MQ=255) gccggCTTCAACGGTAATGGTTTGGCCGTTGGACAGGGTCACGGTTACCGGCGTCTGAGCAGGGTTGCTCAGGGTCACGGTGTAAGTGATCACGCCGCCTTCGGTCACGCTTGGCGAGGCGGTCAGGGTCGCAGTGGTGGTGTCGATTGTa < 1:5328535/147‑1 (MQ=255) cccGCTTCAACGATGATTGTCTGGCCGTTGGACAGAGTAACCGTTACCGGCGTCTGAGCAGAGTTGCTCAAGGTCACGGTGTAAGTGATCACGCCGCCTTCGGTTACGCTTGGCGAGGCGGTCAGGGTCGCGGTGGTGGCGTCGAccgagt > 1:641355‑M2/1‑145 (MQ=255) gCTTCAACGGTGATGGTCTGGCCGTTGGCCAGGGTAACCGTTACCGGCGTCTGAGCAGGGTTGCTCAGGGTCACGGTGTAAGTGACCACGCCGCCTTCGGTTACGCTTGGCGAGGCGGTCAGGGTCGCGGTGGTGGCGTCGAccgagtcgt > 1:4521697‑M2/1‑142 (MQ=255) tCAACGGTGATGGTCTGGCCGTTGGACAGGGTAACCGTTACCGGCGTCTGAGCAGGGTTGCTCAGGGTCACGGTGTAGGTGATCACGCCGCCTTCGGTTACGCTTGGCGAGGCGGTCAGGGTCGCGGTGGTGGTGTCGAccgagtcgttga < 2:2825497‑M2/151‑13 (MQ=255) cAACGGTGATGGTCTGGCCGTTGGACAGGGTAACCGTTACCGGCGTCTGAGCAGGGTTGCTCAGGGTCACGGTGTAGGTGATCACGCCGCCTTCGGTgactgacgggctcgccgtcagggtcgcggtggtggcgtcgaccgagtcgttgat < 1:3737217‑M2/151‑55 (MQ=255) aaCGGTGATGGCTTGGCCGTTGGACAGGGTCACGGTTACCGGCGTCTGAGCAGGGTTGCTTAGGGTCACGGTGTAGGTGATCACGCCGCCTTCGGTgaccgacgggctcgccgtcagggtcgcggtggtggtgtcgaccgagtcgttgatc > 1:1846890‑M2/1‑96 (MQ=255) aCGGTGATGGTCTGGCCGTTGGACAGGGTCACGGTTACCGGCGTCTGAGCAGGGTTGCTCAGGGTCACGGTGTAAGTGATCACGCCGCCTTCGGTCACGCTTGGCGAGGCGGTCAGGGTCGCAGTGGTGGTGTCGa < 1:4986117/136‑1 (MQ=255) aCGGTAATGGTTTGGCCGTTGGACAGGGTCACGGTTACCGGCGTCTGAGCAGGGTTGCTCAGGGTCACGGTGTAAGTGATCACGCCGCCTTCGGTCACGCTTGGCGAGGCGGTCAGGGTCGCAGTGGTGGTGTCGATTGTATCGGTCACCt > 1:928047/1‑151 (MQ=255) ggTGATGGTCTGGCCGTTGGACAGGGTAACCGTTACCGGCGTCTGAGCAGGGTTGCTCAGGGTCACGGTGTAGGTGATCACGCCGCCTTCGGTTACGCTTGGCGAGGCGGTCATGGTCGCGGTGGTGGCGTCGAccgagtcgttgatcgtg < 1:2083442‑M2/151‑18 (MQ=255) gTGATGGTTTGGCCGTTGGACAGGGTCACGGTTACCGGCGTCTGAGCAGGGTTGCTTAGGGTCACGGTGTAGGTGATCACGCCGCCTTCGGTgaccgacgggctcgccgtcagggtcgcggtggtggtgtcgaccgagtcgttgatcgtgg > 2:1028138‑M2/1‑92 (MQ=255) tGATGGTCTGGCCGTTGGACAGAGTAACCGTTACCGGCGTCTGAGCAGGGTTGCTCAGGGTCACGGTGTAAGTGATCACGCCGCCTTCGGTTACGCTTGGCGAGGCGGTCAGGGTCGCGGTGGTGGTGTCGAccgagtcgttgatcgtggt > 1:2499051‑M2/1‑132 (MQ=255) atgacttggccgtTGGACAGGGTCACGGTTACCGGCGTCTGAGCAGGGTTGCTTAGGGTCACGGTGTAGGTGATCACGCCGCCTTCGGTgaccgacgggctcgccgtcagggtcgcggtggtggtgtcgaccgagtcgttgatcgtggtct > 1:4703066‑M2/7‑89 (MQ=255) tGGTCTGGCCGTTGGACAGAGTAACCGTTACCGGCGTCTGAGCAGGGTTGCTCAGGGTCACGGTGTAAGTGATCACGCCGCCTTCGGTTACGCTTGGCGAGGCGGTCAGGGTCGCGGTGGTGGTGTCGAccgagtcgttgatcgtggtctg > 1:435548‑M2/1‑129 (MQ=255) ttgggCCGTTGGACAGGGTCACGGTTACCGGCGTCTGAGCAGGGTTGCTCAGGGTCACGGTGTAAGTGATCACGCCGCCTTCGGTCACGCTTGGCGAGGCGGTCAGGGTCGCAGTGGTGGTGTCGATTGTATCGGTCACCTGGGTAACCGc < 1:3524881/148‑1 (MQ=255) ccGTTGGACAGGGTCACGGTTACCGGCGTCTGAGCAGGGTTGCTTAGGGTCACGGTGTAGGTGATCACGCCGCCTTCGGTgaccgacgggctcgccgtcagggtcgcggtggtggtgtcgaccgagtcgttgatcgtggtctgagccggcg < 2:919287‑M2/151‑72 (MQ=255) gTTGGACAGGGTAACCGTTACCGGCGTCTGAGCAGGGTTGCTCAGGGTCACGGTGTAGGTGATCACGCCGCCTTCGGTgactgacgggctcgccgtcagggtcgcggtggtggcgtcgaccgagtcgttgatcgtggtctgagccggcgtc > 2:3205958‑M2/1‑78 (MQ=255) gTTGGACAGGGTAACCGTTACCGGCGTCTGAGCAGGGTTGCTCAGGGTCACGGTGTAAGTGATCACGCCGCCTTCGGTTACGCt > 2:1096802/1‑84 (MQ=255) tGGACAGGGTCACTGTTACCGGCGTCTGAGCAGGGTTGCTCAGGGTCACGGTGTAGGTGATCACGCCGCCTTCGGTgaccgacgggctcgccgtcagggtcgcggtggtggcgtcgaccgagtcgttgatcgtggtctgagccggcgtcgg > 1:4220524‑M2/1‑76 (MQ=255) tGGACAGGGTCACGGTTACCGGCGTCTGAGCAGGGTTGCTTAGGGTCACGGTGTAGGTGATCACGCCGCCTTCGGTgaccgacgggctcgccgtcagggtcgcggtggtggtgtcgaccgagtcgttgatcgtggtctgagccggcgtcgg < 2:3638760‑M2/151‑76 (MQ=255) tGGACAGAGTAACCGTTACCGGCGTCTGAGCAGGGTTGCTCAGGGTCACGGTGTAAGTGATCACGCCGCCTTCGGTTACGCTTGGCGAGGCGGTCAGGGTCGCGGTGGTGGTGTCGAccgagtcgttgatcgtggtctgagccggcgtcgg > 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> 1:118578‑M2/1‑29 (MQ=255) cGGTGTAGGTGATCACGCCGCCTTCGGTgaccgacgggctcgccgtcagggtcgcggtggtggcgtcgaccgagtcgttgatcgtggtctgagccggcgtcgggttcggggtcagttgctcgaaattaccgccagtggcgttctcgatggt > 1:1523859‑M2/1‑28 (MQ=255) ggTGTAGGTGATCACGCCGCCTTCGGTgactgacgggctcgccgtcagggtcgcggtggtggcgtcgacccagtcgtggaccgcggtctgagccgccgccgggttcggcgtcagtcgctcgaaattaccgccactggccttctcgctcctg < 2:4838444‑M2/151‑125 (MQ=255) ggTGTAAGTGATCACGCCGCCTTCGGTTACGCTTGGCGAGGCGGTCAGGGTCGCGGTGGTGGCGTCGAccgagtcgttgatcgtggtctgagccggcgtcgggttcggggtcagttgctcgaaattaccgccagcggcgttctcg > 2:67237‑M2/1‑68 (MQ=255) tgtAGGTGATCACGCCGCCTTCGGTgactgacgggctcgccgtcagggtcgcggtggtggcgtcgaccgagtcgttgatcgtggtctgagccggcgtcgggttcggggtcagttgctcgaaattaccgccagcggcgttctcgatggtgac > 2:2948766‑M2/1‑25 (MQ=255) ggtGATCACGCCGCCTTCGGTgaccgacgggctcgccgtcagggtcgcggtggtggcgtcgaccgagtcgttgatcgtggtctgagccggcgtcgggttcggggtcagttgctcgaaattaccgccagtggcgttctcgatggtgacgctg < 2:4924380‑M2/150‑131 (MQ=255) 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ccTTCGGTtaccgacgggctcgccgtcagggtcgcggtggtggtgtcgaccgagtcgttgatcgtggtctgagccggcgtcgggttcggggtcagttgctcgaaattaccgccagcggcgttctcgatggtgacgctgacggtcgaaccgt > 1:1748284‑M2/1‑8 (MQ=255) cTTCGGTgaccgacgggctcgccgtcagggtcgcggtggtggcgtcgaccgagtcgttgatcgtggtctgagccggcgtcgggttcggggtcagttgctcgaaattaccgccagtggcgttctcgatggtgacgctgacggtcgagccgtt > 2:5000619‑M2/1‑7 (MQ=255) cTTCGGTgaccgacgggctcgccgtcagggtcgcggtggtggcgtcgaccgagtcgttgatcgtggtctgagccggcgtcgggttcggggtcagttgctcgaaattaccgccagtggcgttctcgatggtgacgctgacggtcgagccgtt > 1:394705‑M2/1‑7 (MQ=255) cTTCGGTTACGCTTGGCGAGGCGGTCAGGGTCGCGGTGGTGGCGTCGAccgagtc < 1:2267410‑M2/55‑8 (MQ=255) ttCGGTTACGCTTGGCGAGGCGGTCAGGGTCGCGGTGGTGGTGTCGAccgagtcgttgatcgtggtctgagccggcgtcgggttcggggtcagctgctcgaagttgccgcccgtggcgttctcgatggtgacgctgacggtcgagccgttg < 2:1825235‑M2/151‑105 (MQ=255) ttCGGTTACGCTTGGCGAGGCGGTCAGGGTCGCGGTGGTGGCGTCGAccgagtcgttgaacgtggtctgagccggcgtcgggttcggggtcagttgctcgaaattaccgccagtggcgttctcgatagtgacgctgacggtcgagccgttg < 1:1658981‑M2/151‑105 (MQ=255) ggTTACGCTTGGCGAGGCGGTCAGGGTCGCGGTGGTGGCGTCGAccgagtcgttgatcgtggtctgagccggcgtcgggttcggggtcagttgctcgaaattaccgccagtggcgttctcgatagtgacgctgacggtcgagccgttgttg > 1:2340459‑M2/1‑44 (MQ=255) ggTTACGCTTGGCGAGGCGGTCAGGGTCGCGGTGGTGGCGTCGAccgagtcgttgatcgtggtctgagccggcgtcgggttcggggtcagttgctcgaaattac < 2:1922940‑M2/104‑61 (MQ=255) ggTCACGCTTGGGGAGGCGGTCAGGGTCGCAGTGGTGGTGTCGATTGTATCGGTCACCTGGGTAACCGCTGGCGTTTGCGGCAATGTCACCGTCAGCCCACCACCTCCGGTACTACCTGTCACGGTGGCCGAAATCTGGCCCCCGTCGATg < 2:3486468/151‑1 (MQ=255) gTTACGCTTGGCGAGGCGGTCAGGGTCGCGGTGGTGGTGTCGAccgagtcgttgatcgtggtctgagccggcgtcgggttcggggtcagttgctcgaaattaccgccagtggcgttctcgatg < 1:3836650‑M2/123‑81 (MQ=255) ttACGCTTGGCGAGGCGGTCAGGGTCGCGGTGGTGGTGTCGAccgagtcgttgatcgtggtctgagccggcgtcgggttcggggtcagctgctcgaagttgccgcccgtggcgttctcgatggtgacgctgacggtcgagccgttgttata < 1:4767621‑M2/151‑110 (MQ=255) ttACGCTTGGCGAGGCGGTCAGGGTCGCGGTGGTGGCGTCGAccgagtcgttgatcgtggtctgagccggcgtcgggttcggggtcagttgctcgaaattaccgccagtggcgttctcgatagt > 2:1314527‑M2/1‑42 (MQ=255) | AGACGTCATTGGCCGGGGTCTGGAAATCAACGCTGCCCTGGGTTTTACCCGCTTCAACGGTGATGGTCTGGCCGTTGGACAGGGTAACCGTTACCGGCGTCTGAGCAGGGTTGCTCAGGGTCACGGTGTAAGTGATCACGCCGCCTTCGGTTACGCTTGGCGAGGCGGTCAGGGTCGCGGTGGTGGTGTCGATTGTATCGGTCACCTGGGTAACCGCTGGCGTTTGCGGCAATGTCACCGTCAGCCCACCACCTCCGGTACTACCTGTCACGGTGGCCGAAATCTGGCCCCCGTCGATGTA > CP009974/1899084‑1899384 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |