| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009974 | 1,277,620 | 0 | G | C | 72.6% | 443.3 / 189.7 | 307 | intergenic (+89/+149) | RPPX_05635/RPPX_05640 | aldehyde dehydrogenase/mechanosensitive ion channel protein MscS |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (45/28); new base C (86/107); total (156/151) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.38e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.99e-01 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 308 total aligned reads displayed.
GGGCCTTGGGGGTTGTCAGCCTATCAGTCGGTCAAGCATGTAACCCGCTGCCTGGGCTGATATCGCAAGGAGCCGCGTTATGGCACCGGCCCTGCCGGTGTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACGACGGCCTGTGTCCAACCCCCGAGGTGTGTCCACCACCAATCTGCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAATACGGTGGCGGCGGCAACGGTGAACGGCGGGTGGAAATTGGCCAGCAGGGCCGGCCCTTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTGCCAGCTGGACAGCCCACCCGATGCCT > CP009974/1277472‑1277770 | gCCTTGGGGGTTGTCAGCCTATCAGTCGGTCAAGCATGTAACCCGCTGCCTGGGCTGATATCGCAAGGAGCCGCGTTATGGCACCGGCCCTGCCGGTGTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACGACGGCCTGTGTCCAACCCTCGACgtgt < 2:1508296/151‑1 (MQ=255) gCCTTGGGGGTTGTCAGCCTATCAGTCGGTCAAGCATGTAACCCGCTGCCTGGGCTGATATCGCAAGGAGCCGCGTTATGGCACCGGCCCTGCCGGTGTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACGACGGCCTGTGTCCAACCCTCGACgtgt > 1:883237/1‑151 (MQ=255) ctggggggTTGTCAGCCTATCAGTCGGTCAAGCATGTAACCCGCTTCCTGGGCTGATATCGCAAGGAGCCGCGTTATGGCACCGGCCCTGCCGGTGTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACGGCGGCCTGTGTCCAACCCCCGAGgtgtgt > 1:2635089/4‑151 (MQ=255) cTTGGGGGTTGTCAGCCTATCAGTCGGTCAAGCATGTAACCCGCTGCCTGGGCTGATATCGCAAGGAGCCGCGTTATGGCACCGGCCCTGCCGGTGTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACGACGGCCTGTGTCCAACCCTCGACgtgtgt < 1:3109714/151‑1 (MQ=255) ttGGGGGTTGTCAGCCTATCAGTCGGTCAAGCATGTAACCCGCTGCCTGGGCTGATATCGCAAGGAGCCGCGTTATGGCACCGGCCCTGCCGGTGTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACGACGGCCTGTGTCCAACCCTCGACGTGTGTc > 1:2102289/1‑151 (MQ=255) gggggTTGTCAGCCTATCAGTCGGTCAAGCATGTAACCCGCTGCCTGGGCTGATATCGCAAGGAGCCGCGTTATGGCACCGGCCCTGCCGGTGTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACGACGGCCTGTGTCCAACCCTCGACGTGTGTcca < 1:2757347/151‑1 (MQ=255) gggggTTGTCAGCCTATCAGTCGGTCAAGCATGTAACCCGCTGCCTGGGCTGATATCGCAAGGAGCCGCGTTATGGCACCGGCCCTGCCGGTGGTCGCGGGTAAACACGCTCCTACCCGACGGCCTGTGTCCAACCCTCGCCGTGTGTccc > 1:743800/1‑150 (MQ=255) gTTGTCAGCCTATCAGTCGGTCAAGCATGTAACCGGCTGCCTAGGCTGATATCGCAAGGAGCTGTGTTATTTCATGGTACCGGCCGGTCCGCGAGCTTCACTCTGCCCCTACACGACGGCCTGTGTCCAACCCTCGACGTGTGTccaccac < 2:3682695/151‑1 (MQ=16) ttGTCAGCCTATCAGTCGGTCAAGCATGTAACCCGCTGCCTGGGCTGATATCGCAAGGAGCCGCGTTATGGCACCGGCCCTGCCGGTGTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACGACGGCCTGTGTACAACACTCGACGTGTGTctacaccc > 1:5141594/1‑147 (MQ=37) tGTCAGCCTATCAGTCGGTCAAGCATGTAACCCGCTGCCTGGGCTGATATCGCAAGGAGCCGCGTTATGGCACCGGCCCTGCCGGTGTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACGACGGCCTGTGTCCAACCCTCGACGTGTGTccaccacca > 2:5303971/1‑151 (MQ=255) gcAGCCTATCAGTCGGTGAGGCGTGTAACCCGCTGCCTGGGCTGATATCGCGAGGTGCCGCGTTTTGGCACCGGGCCTGCCGGTGTTAGCGGGTAAGCCCGTTCCTACACGACGGCCTGTGTCCAACCCTCGACGTGTGTCCACCACCAAt < 2:859178/150‑1 (MQ=25) accTGTCTGTAGGTCAAGCATGTAACCCGCTCCCTGGCCTGATATACCAAGGAGCCGCGTTATGGCACCGGCCCTGCCGGTGTTCGCGGGTAAACCCGCCCCTACACGACGGCGTGTGTCCAACCCTCGACGTGTGTCCACCACCAATCTg < 2:3602637/150‑1 (MQ=21) ccTATCAGTCGGTCAAGCATGTAACCCGCTGCCTGGGCTGATATCGCAAGGAGCCGCGTTATGGCACCGTCCCTGCCGGTGTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACGACGGCCTGTGTCCAACCCTCGACGTGTGTCCACCACCAATCTGc > 1:1812361/1‑151 (MQ=255) 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tAACCCGCGGCCTGGGCGGATATCGCAAGGAGCCGCGTTATGGCACCGGCCCTGCCGGTGTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACGACGGCCTGTGTCCAACCCTCGACGTGTGTCCACCACCAATCTGCGTAGGAGCGGGTTTACCcgcg < 2:2873029/151‑1 (MQ=255) aaCCCGCTGCCTGGGCTGATATCGCAAGGAGCCGCGTTATGGCACCGGCCCTGCCGGTGTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACGACGGCCTGTGTCCAACCCCCGACGTGTGTCCACCACCAATCTGCGTAGGAGCGGGGTTCCCCCCGa > 2:3972250/1‑151 (MQ=255) cccGCTGCCTGGGCTGATATCGCAAGGAGCCGCGTTATGGCACCGGCCCTGCCGGTGTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACGACGGCCTGTGTCCAACCCCCGACGTGTGTCCACCACCAATCTGCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAt > 2:617266/1‑151 (MQ=255) tGCCTGGGCTGATATCGCAAGGAGCCGCGTTATGGCACCGGCCCTGCCGGTGTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACGACGGCCTGTGTCCAACCCTCGACGTGTGTCCACCACCAATCTGCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAATACGGt < 1:4293732/151‑1 (MQ=255) cTGGGCTGATATCGCAAGGAGCCGCGTTATGGCACCGGCCCTGCCGGTGTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACGACGGCCTGTGTCCAACCCTCGACGTGCGTCCACCCCCCATCTGCGGAGGAGGGGGTGTACCCGCGAATACgggtgt > 2:1071904/1‑147 (MQ=18) 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ggTGTGTCCACCACCAATCTGCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCAAATACGGTAGCGGCGGCAACAGTGAACGGCGGGTGGAAATTGGCCAGCAGGGCCGGCCCTTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTGCCCGCTGGCCAGCCCACCCgcccccc > 2:712105/1‑145 (MQ=14) | GGGCCTTGGGGGTTGTCAGCCTATCAGTCGGTCAAGCATGTAACCCGCTGCCTGGGCTGATATCGCAAGGAGCCGCGTTATGGCACCGGCCCTGCCGGTGTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACGACGGCCTGTGTCCAACCCCCGAGGTGTGTCCACCACCAATCTGCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAATACGGTGGCGGCGGCAACGGTGAACGGCGGGTGGAAATTGGCCAGCAGGGCCGGCCCTTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTGCCAGCTGGACAGCCCACCCGATGCCT > CP009974/1277472‑1277770 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 8 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |