Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009974 | 1,896,184 | 0 | A | G | 70.6% | 2348.1 / inf | 3354 | intergenic (‑3962/‑4635) | RPPX_08470/RPPX_08480 | tryptophan synthase subunit beta/hypothetical protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (419/359); new base G (910/956); total (1701/1653) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.89e-02 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. |
Only 100 of 3379 total aligned reads displayed.
GGCCACCACTTCGTCGGTGGTGTCGGTCACTTGAACCGAAGCCGCACCGCCCAACTCGAGGTTCTCGAACGCAGCGCCAGTGGCGTCCACCGCCGAGTTGATGCCCAGGCTGATTTCGCCCGCATCCTGGTAGACGTCATCGCCTTGCGCATCGTGGGTGTACGGCGCGCTGGTTTCGCCGGCCTTGATGGTGACCTGGGCATTGTTGCTCAGGGTCACGACCAGGTCGTGAGCCAGCGGCTG‑GTTGACGTGCACGGTGAAGGTCGGTTTGACGTTCTCGGCTACCGAAGTCTGGTCGGCC > CP009974/1896034‑1896334 | gCCACGACTTCGTCGAGGGTGTCGGTCACTTGAACCGAAGCCGCACCGCCCAACTCGAGGTTCTCGAACGCAGCGCCGGTGGCGTCCACCGCCGAGTTGATGCCCAGGCTGATTTCGCCCGCATCCTGGTAGACGTCATCGCCTTGCGCAt < 1:766720/151‑1 (MQ=38) accacTTCGTCGGTGGTGTCGGTGACTTGAACGGTAGCTGCACCGCCCAACTCAAGGTTCTCGAACGCAGCACCAGTGGCGTCAACCGCCGAGTTGATGCCCAGACTGATCTGGCCCGCATCCTGATAGACGTCATCGCCTTGCGCATCGt > 1:3728906/1‑151 (MQ=255) accacTTCGTCGGTGGTGTCGGTCACTTGAACCGAAGCCGCACCGCCCAGTTGCAGGTTCTCGAAGGTCGCACCAGTGGCGTCCACTGCCGAATTGATACCAAGGCTGATCTGGCCAGCATCGTTGTAGACGTCATCGCCCTGTGcgtcgt < 1:2761241/151‑1 (MQ=9) tacTTCGTCGGTGGTGTCGGTCACTTGGACCGAAGCCGCACCGCCCAACTCAAGGTTCTCGAACGTAGCGCCGGTGGCGTCTACCGCCGAATTGATGCCCAGGCTGATCTGGCCCGCATCGTTGTAGACGTCATCGCCTTGCGCATCGTgg < 1:68345/150‑1 (MQ=37) gacTTCGTCGAGGGTGTCGGTGACTTGAACCGAAGCGTTGCCGCCCAATTCCAGGTTCTCGAACGCAGCGCCGGTGGCGTCTACTGCCGAGTTGATGCCCAGACTGATCTGGCCCGCATCCTGGTAGACGTCATCGCCCTGTGCGTCGTgg < 1:2947780/150‑1 (MQ=12) gacTTCGTCGAGGGTGTCGGTGACTTGAACCGAAGCGTTGCCGCCCAATTCCAGGTTCTCGAACGCAGCGCCGGTGGCGTCTACTGCCGAGTTGATGCCCAGACTGATCTGGCCCGCATCCTGGTAGACGTCATCGCCCTGTGCGTCGTgg > 1:4448767/2‑151 (MQ=12) cacTTCGTCGGTGGTGTCGGTTACTTGGACCGAAGCAGCACCGCCCAACTCGAGGTTCTCGAACGCAGCGCCAGTGGCGTCTACTGCCGAGTTGATGCCCAGGCTGATCTGGCCCGCATCCTGGTAGACGTCATCGCCCTGTGCGTCGTgg > 2:1292299/1‑151 (MQ=25) gttCGTCGGGGGTGTCGGTCACTTTAACCGAAGCCGCACCGCCCAACTCGAGGTTCTCGAACGCAGCGCCAGTGGCGTCCACCGCCGAGTTGATGCCCAGGCTGATCTGGCCAGCATCCTGATAGACGTCATCGCCTTGCGCGTCATGGgt < 2:150235/150‑1 (MQ=255) cTTCGTCGGTGGTGTCGGTCACTTGAACCGAAGCGTTGCCGCCCAGTTGCAGGTTCTCGAAGGTCGCACCAGTGGCGTCTACCGCCGAGTTGATGCCCAGGCTGATCTGGCCAGCATCGTTGTAGACGTCATCGCCTTGCGCCGCGTGGgt < 1:1724542/151‑1 (MQ=16) ttCGTCGGTGGTGTCGGTCACTTGGACCGAAGCGTTGCCGCCCAGTTGCAGGTTCTCGAACGTTGCGCCGGTGGCGTCTACCGCCGAATTGATACCAAGGCTGATCTGGCCAGCATCGTTGTAGACGTCATCGCCTTGCGCCGCGTGGgtg < 1:4530741/151‑1 (MQ=255) cgtcgGTGGTGTCGGTTACTTGGACCGAAGCAGCACCGCCCAACTCGAGGTTCTCGAACGCAGCGCCAGTGGCGTCTACTGCCGAGTTGATGCCCAGGCTGATCTGGCCCGCATCCTGGTAGACGTCATCGCCCTGTGCGTCGTGGGTGTa < 1:4722712/151‑1 (MQ=25) tcgagagtgtCGGTGACTTGGACCGAAGCGTTGCCGCCCAATTCCAGGTTCTCGAACGCAGCGCCGGTGGCGTCTACTGCCGAGTTGATGCCCAGACTGATCTGGCCCGCATCCTGGTAGACGTCATCGCCCTGTGCGTCGTGGGTGTACg < 2:2658663/145‑1 (MQ=12) cgGTGGTGTCGGTCACTTGGACCGAAGCCGCACCGCCCAACTCAAGGTTCTCGAACGTAGCGCCGGTGGCGTCTACCGCCGAATTGATGCCCAGGCTGATCTGGCCCGCATCGTTGTAGACGTCATCGCCTTGCGCATCGTGGGTGTACgg > 2:1607214/1‑151 (MQ=255) gggtgTCGGTCACTTGAACCGAAGCCGCACCGCCCAACTCGAGGTTCTCGAACGCAGCGCCGGTGGCGTCCACCGCCGAGTTGATGCCCAGGCTGATTTCGCCCGCATCCTGGTAGACGTCATCGCCTTGCGCATCGTGGGTGTACGgcgc < 1:3991196/150‑1 (MQ=255) ggtgTCGGTGACTTGAACCGAAGCGTTGCCGCCCAATTCCAGGTTCTCGAACGCAGCGCCGGTGGCGTCTACTCCCCAGTTGATGCCCAGACTGATCTGGCCCGCATCCTGGTAGACGTCATCGCCCTGTCCGTCGTGGCAGGACGgcgcg > 1:4823832/1‑151 (MQ=12) gtgtcggtgacatccactttcgcgGCACCGCCCAACTCGAGGTTCTCGAACGCAGCACCAGTGGCGTCAACCGCCGAGTTGATGCCCAGACTGATCTGGCCCGCATCCTGGTAGACGTCATCGCCCTGTGCGTCGTGGGTGTACGgcgcgc < 1:4363641‑M1/127‑1 (MQ=255) tgtcggtgacatccactttcgcgGCACCGCCCAACTCGAGGTTCTCGAACGCAGCACCAGTGGCATCCACCGCCGAGTTGATGCCCAGGCTGATCTGGCCCGCATCCTGATAGACATCATCGCCTTGCGCGTCGTGGGTGTACGGCGCGCt < 2:2986725‑M1/128‑1 (MQ=255) tgtCGGTCACTTGAACCGAAGCCGCACCGCCCAACTCGAGGTTCTCGAACGCAGCGCCAGTGGCGTCCACCGCCGAGTTGATGCCCAGGCTGATCTGGCCAGCATCCTGATAGACGTCATCGCCTTGCGCGTCATGGGTGTACGGCGCGCt > 1:3032235/1‑151 (MQ=38) 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ctgtcgcgGCACCGCCCAACTCGAGGTTCTCGAACGCAGCACCAGTGGCGTCAACCGCCGAGTTGATGCCCAGACTGATCTGGCCCGCATCCTGGTAGACGTCATCGCCCTGTGCGTCGTGGGTGTACGGCGCGCTGGTTTCGCCAGCCtt > 2:3428322‑M1/9‑151 (MQ=255) tttcgcgGCACCGCCCAACTCGAGGTTCTCGAACGCAGCACCAGTGGCATCCACCGCCGAGTTGATGCCCAGGCTGATCTGGCCCGCATCCTGATAGACATCATCGCCTTGCGCGTCGTGGGTGTACGGCGCGCTGGTTTCACCGGCCTTg > 2:1820548‑M1/8‑151 (MQ=255) gggCACCGCCCAACTCGAGGTGCTCGAACGCAGCACCAGTGGCGTCAACCGCCGAGTTGATGCCCAGACTGATCTGGCCCGCATCCTGGTAGACGTCATCGCCCTGTGCGTCGTGGGTGTACGGCGCGCTGGTTTCGCCAGCCTTGATGGt < 2:3738740/149‑1 (MQ=17) ccGCACCGCCCAACTGCAGGTTCTCGAACGTTGCGCCGGTGGCGTCTACCGCCGAATTGATACCAAGGCTGATCTGGCCAGCATCGTTGTAGACGTCATCGCCTTGCGCCGCGTGGGTGTACGGCGCGCTGGTTTCGCCGGCCTTGATGGt < 1:2157295/151‑1 (MQ=16) gGCACCGCCCAACTCGAGGTTCTCGAACGCAGCACCAGTGGCGTCAACCGCCGAGTTGATGCCCAGACTGATCTGGCCCGCATCCTGGTAGACGTCATCGCCCTGTGCGTCGTGGGTGTACGGCGCGCTGGTTTCGCCAGCCTTGATGGTg < 2:276977‑M1/150‑1 (MQ=255) gGCACCGCCCAACTCGAGGTTCTCGAACGCAGCACCAGTGGCGTCAACCGCCGAGTTGATGCCCAGACTGATCTGGCCCGCATCCTGGTAGACGTCATCGCCCTGTGCGTCGTGGGTGTACGGCGCGCTGGTTTCGCCAGCCTTGATGGTg < 1:128469‑M1/150‑1 (MQ=255) gCACCGCCCAACTCGAGGTTCTCGAACGCAGCACCAGTGGCGTCAACCGCCGAGTTGATGCCCAGACTGATCTGGCCCGCATCCTGGTAGACGTCATCGCCCTGTGCGTCGTGGGTGTACGGCGCGCTGGTTTCGCCAGCCTTGATGGTGa > 2:653196/1‑151 (MQ=17) tgccGCCCAATTCCAGGTTCTCGAACGCAGCGCCGGTGGCGTCTACTGCCGAGTTGATGCCCAGACTGATCTGGCCCGCATCCTGGTAGACGTCATCGCCCTGTGCGTCGTGGGTGTACGGCGCGCTGGTTTCGCCAGCCTTGATGGTGAc < 1:2331708/149‑1 (MQ=14) cACCGCCCAGTTGCAGGTTCTCGAACGTTGCGCCGGTGGCGTCTACCGCCGAATTGATGCCCAGGCTGATCTGGCCCGCATCGTTGTAGACGTCATCGCCTTGCGCCGCGTGGGTGTACGGCGCGCTGGTCTCGCCGGCCTTGATGGTGAc > 2:139681/1‑151 (MQ=18) cccGCCCAACTCAAGGTTCTCGAACGTAGCGCCGGTGGCGTCTACCGCCGAATTGATGCCCAGGCTGATCTGGCCCGCATCGTTGTAGACGTCATCGCCTTGCGCATCGTGGGTGTACGGCGCGCTGGTTTCGCCGGCCTTGATGGTGAcc < 2:4427995/150‑1 (MQ=21) 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gccgAGTTGATGCCCAGGCTGATTTCGCCCGCATCCTGGTAGACGTCATCGCCTTGCGCATCGTGGGTGTACGGCGCACTGGTTTCACCGGCCTTGATGGTGACCTGGGCGTTGTTGCTCAGGGTCACGACCAAGTCGTGGGCCAGCGGCt > 2:739823/1‑151 (MQ=17) gCCCAGGCTGATCTGGCCAGCATCCTGATAGACGTCATCGCCTTGCGCGTCATGGGTGTACGGCGCGCTGGTTTCGCCAGCCTTGATGGTGACCTGGGCATTGTTGCTCAGGGTCACGACCAAGTCGTGGGCCAGCGGCTG‑GTTGACGTGc < 1:1087058/151‑1 (MQ=11) aGGCTGATCTGGCCAGCATCCTGATAGACGTCATCGCCTTGCGCGTCATGGGTGTACGGCGCGCTGGTTTCGCCAGCCTTGATGGTGACCTGGGCATTGTTGCTCAGGGTCACGACCAAGTCGTGGGCCAGCGGCTG‑GTTGACGTGCACgg > 1:4968575/1‑151 (MQ=11) gCTGATCTGGCCAGCATCGTTGTAGACGTCATCGCCTTGCGCCGCGTGGGTGTACGGCGCGCTGGTTTCGCCGGCCTTGATGGTGACCTGGGCGTTGTTGCTCAGGGTCACGACTAGGTCGTGAGCCAG‑GGCGGTGTTGATGTGCACGGTg < 1:5180672/151‑1 (MQ=11) gatctggCCCGCATCCTGATAGACATCATCGCCTTGCGCGTCGTGGGTGTACGGCGCGCTGGTTTCACCGGCCTTGATGGTGACCTGGGCATTGTTGCTCAGGGTCACGACCAGGTCGTGGGCCAGCGGCTG‑GTTGACGTGCACGGTGAAg > 1:2244769/7‑151 (MQ=11) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |