| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009974 | 1,897,124 | 0 | C | G | 67.7% | 41.5 / 63.2 | 65 | intergenic (‑4902/‑3695) | RPPX_08470/RPPX_08480 | tryptophan synthase subunit beta/hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (14/7); new base G (18/26); total (32/33) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.64e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 2.27e-04 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
CTGACAATGCTTACGGTGACGGCATCGATGCTGTCATTGATCGTGGTCTGAGCCGGCGTCGGGTTCGGGGTCAGTTGCTCGAACTTGCCAACGTCCGCACCTTCAACGGTAGCGATCGACATCACGACAGGGTCGTT‑GCTACCGACGTAGACGTTGTCCGGGGCGGTTGCAGTCGCCGAACCGGTGGTGCTGTTGGCTGCCACGACGACGGTGGTGCCGTCGGTCAGCTTGAAGTACAGCTCCGAGTGGTTGTTGATCGGCAGGCCGTCTTTGTTGGTCAGCGTGA > CP009974/1896986‑1897271 | aagtcgccttcgttgcccggcgtacctggctcgtcggtcacggtagtgctgaccggggttttgtcgagtGTCAGTTGCTCGAACTTGCCAACGTCCGCACCTTCAACGGTAGCGATCGACATCACGACAGGGTCGTT‑AGCGCCGACGTAGa < 2:3829023‑M1/82‑1 (MQ=255) agtcgccttcgttgcccggcgtacctggctcgtcggtcacggtagtgctgaccggggttttgtcgagtGTCAGTTGCTCGAACTTGCCAACGTCCGCACCTTCAACGGTAGCGATCGACATCACGACAGGGTCGTTAGCG‑CCGACGTAGAc < 2:2350643‑M1/83‑1 (MQ=255) gtcgccttcgttgcccggcgtacctggctcgtcggtcacggtagtgctgaccggggttttgtcgagtGTCAGTTGCTCGAACTTGCCAACGTCCGCACCTTCAACGGTAGCGATCGACATCACGACAGGGTCGTT‑AGCGCCGACGTAGACg < 2:1112726‑M1/84‑1 (MQ=255) tcgccttcgttgcccggcgtacctggctcgtcggtcacggtagtgctgaccggggttttgtcgagtGTCAGTTGCTCGAACTTGCCAACGTCCGCACCTTCAACGGTAGCGATCGACATCACGACAGGGTCGTTAGCG‑CCGACGTAGACGt > 1:2793184‑M1/67‑151 (MQ=255) gccttcgttgcccggcgtacctggctcgtcggtcacggtagtgctgaccggggttttgtcgagtGTCAGTTGCTCGAACTTGCCAACGTCCGCACCTTCAACGGTAGCGATCGACATCACGACAGGGTCGTTAGCG‑CCGACGTAGACGTTg < 2:2296018‑M1/87‑1 (MQ=255) gccttcgttgcccggcgtacctggctcgtcggtcacggtagtgctgaccggggttttgtcgagtGTCAGTTGCTCGAACTTGCCAACGTCCGCACCTTCAACGGTAGCGATCGACATCACGACAGGGTCGTT‑AGCGCCGACGTAGACGTTg > 2:4454686‑M1/65‑151 (MQ=255) gccttcgttgcccggcgtacctggctcgtcggtcacggtagtgctgaccggggttttgtcgagtGTCAGTTGCTCGAACTTGCCAACGTCCGCACCTTCAACGGTAGCGATCGACATCACGACAGGGTCGTT‑AGCGCCGACGTAGACGTTg < 1:1674905‑M1/87‑1 (MQ=255) gccttcgttgcccggcgtacctggctcgtcggtcacggtagtgctgaccggggttttgtcgagtGTCAGTTGCTCGAACTTGCCAACGTCCGCACCTTCAACGGTAGCGATCGACATCACGACAGGGTCGTT‑AGCGCCGACGTAGACGTTg < 1:2689834‑M1/87‑1 (MQ=255) gccttcgttgcccggcgtacctggctcgtcgctcacgctagtgctgaccggggttttgtcgagtGTCAGTTGCTCGAACTTGCCAACGTCCGCACCTTCAACGGTAGCGATCGAGATCACGACAGGGTCGTT‑AGCGCCGACGTAGACGTTg > 2:4261901‑M1/65‑151 (MQ=255) ccttcgttgcccggcgtacctggctcgtcggtcacggtagtgctgaccggggttttgtcgagtGTCAGTTGCTCGAACTTGCCCCCGTCCGCACCTCCACCGGTAGCGATCGCCATCACGACACGCTCCTT‑CGCCCCGACgtagacctccc < 2:4685872‑M1/88‑6 (MQ=255) ccttcgttgcccggcgtacctggctcgtcggtcacggtagtgctgaccggggttttgtcgagtGTCAGTTGCTCGAACTTGCCAACGTCCGCACCTTCAACGGTAGCGATCGACATCACGACAGGGTCGTT‑AGCGCCGACGTAGACGTTGt < 1:3650339‑M1/88‑1 (MQ=255) cttcgttgcccggcgtacctggctcgtcggtcacggtagtgctgaccggggttttgtcgagtGTCAGTTGCTCGAACTTGCCAACGTCCGCACCTTCAACGGTAGCGATCGACATCACGACAGGGTCGTT‑AGCGCCGACGTAGACGTTGTc < 2:4694940‑M1/89‑1 (MQ=255) ttcgttgcccggcgtacctggctcgtcggtcacggtagtgctgaccggggttttgtcgagtGTCAGTTGCTCGAACTTGCCAACGTCCGCACCTTCAACGGTAGCGATCGACATCACGACAGGGTCGTTAGCG‑CCGACGTAGACGTTGTcc > 2:172489‑M1/62‑151 (MQ=255) ttcgttgcccggcgtacctggctcgtcggtcacggtagtgctgaccggggttttgtcgagtGTCAGTTGCTCGAACTTGCCAACGTCCGCACCTTCAACGGTAGCGATCGACATCACGACAGGGTCGTT‑AGCGCCGACGTAGACGTTGTcc < 2:973141‑M1/90‑1 (MQ=255) ttcgttgcccggcgtacctggctcgtcggtcacggtagtgctgaccggggttttgtcgagtGTCAGTTGCTCGAACTTGCCAACGTCCGCACCTTCAACGGTAGCGATCGACATCACGACAGGGTCGTT‑AGCGCCGACGTAGACGTTGTcc > 2:381796‑M1/62‑151 (MQ=255) ttcgttgcccggcgtacctggctcgtcggtcacggtagtgctgaccggggttttgtcgagtGTCAGTTGCTCGAACTTGCCAACGTCCGCACCTTCAACGGTAGCGATCGACATCACGACAGGGTCGTT‑AGCGCCGACGTAGACGTTGTcc > 1:3681516‑M1/62‑151 (MQ=255) tcgttgcccggcgtacctggctcgtcggtcacggtagtgctgaccggggttttgtcgagtGTCAGTTGCTCGAACTTGCCAACGTCCGCACCTTCAACGGTAGCGATCGACATCCCGACAGGGTCGTT‑AGCGCCGACCTAGACGTTGTCCg < 2:4697896‑M1/91‑1 (MQ=255) tcgttgcccggcgtacctggctcgtcggtcacggtagtgctgaccggggttttgtcgagtGTCAGTTGCTCGAACTTGCCAACGTCCGCACCTTCAACGGTAGCGATCGACATCACGACAGGGTCGTTAGCG‑CCGACGTAGACGTTGTCCg > 2:518422‑M1/61‑151 (MQ=255) cgttgcccggcgtacctggctcgtcggtcacggtagtgctgaccggggttttgtcgagtGTCAGTTGCTCGAACTTGCCAACGTCCGCACCTTCAACGGTAGCGATCGACATCACGACAGGGTCGTTAGCG‑CCGACGTAGACGTTGTCCgg > 2:4078729‑M1/60‑151 (MQ=255) cgttgcccggcgtacctggctcgtcggtcacggtagtgctgaccggggttttgtcgagtGTCAGTTGCTCGAACTTGCCAACGTCCGCACCTTCAACGGTAGCGATCGACATCACGACAGGGTCGTTAGCG‑CCGACGTAGACGTTGTCCgg > 1:367128‑M1/60‑151 (MQ=255) gttgcccggcgtacctggctcgtcggtcacggtagtgctgaccggggttttgtcgagtGTCAGTTGCTCGAACTTGCCAACGTCCGCACCTTCAACGGTAGCGATCGACATCACGACAGGGTCGTTAGCG‑CCGACGTAGACGTTGTCCggg > 1:1765338‑M1/59‑151 (MQ=255) gttgcccggcgtacctggctcgtcggtcacggtagtgctgaccggggttttgtcgagtGTCAGTTGCTCGAACTTGCCAACGTCCGCACCTTCAACGGTAGCGATCGACATCACGACAGGGTCGTTAGCG‑CCGACGTAGACGTTGTCCggg < 2:289193‑M1/93‑1 (MQ=255) gttgcccggcgtacctggctcgtcggtcacggtagtgctgaccggggttttgtcgagtGTCAGTTGCTCGAACTTGCCAACGTCCGCACCTTCAACGGTAGCGATCGACATCACGACAGGGTCGTTAGCG‑CCGACGTAGACGTTGTCCggg > 1:2595082‑M1/59‑151 (MQ=255) gttgcccggcgtacctggctcgtcggtcacggtagtgctgaccggggttttgtcgagtGTCAGTTGCTCGAACTTGCCAACGTCCGCACCTTCAACGGTAGCGATCGACATCACGACAGGGTCGTT‑AGCGCCGACGTAGACGTTGTCCggg < 1:4189532‑M1/93‑1 (MQ=255) gttgcccggcgtacctggctcgtcggtcacggtagtgctgaccggggttttgtcgagtGTCAGTTGCTCGAACTTGCCAACGTCCGCACCTTCAACGGTAGCGATCGACATCACGACAGGGTCGTT‑AGCGCCGACGTAGACGTTGTCCggg < 1:1241289‑M1/93‑1 (MQ=255) ttgcccggcgtacctggctcgtcggtcacggtagtgctgaccggggttttgtcgagtGTCAGTTGCTCGAACTTGCCAACGTCCGCACCTTCAACGGTAGCGATCGACATCACGACAGGGTCGTTAGCG‑CCGACGTAGACGTTGTCCgggg > 1:3172576‑M1/58‑151 (MQ=255) ttgcccggcgtacctggctcgtcggtcacggtagtgctgaccggggttttgtcgagtGTCAGTTGCTCGAACTTGCCAACGTCCGCACCTTCAACGGTAGCGATCGACATCACGACAGGGTCGTTAGCG‑CCGACGTAGACGTTGTCCgggg > 1:1517194‑M1/58‑151 (MQ=255) ttgcccggcgtacctggctcgtcggtcacggtagtgctgaccggggttttgtcgagtGTCAGTTGCTCGAACTTGCCAACGTCCGCACCTTCAACGGTAGCGATCGACATCACGACAGGGTCGTTAGCG‑CCGACGTAGACGTTGTCCgggg > 1:4065488‑M1/58‑151 (MQ=255) tggccgggcgtgcctggctcgtcggtcacggtagtgctgaccggggttttgtcgagtGTCAGTTGCTCGAACTTGCCAACGTCCGCACCTTCAACGGTAGCGATCGACATCACGACAGGGTCGTT‑AGCGCCGACGTAGACGTTGTCCgggg > 2:2857237‑M1/58‑151 (MQ=255) gcccggcgtacctggctcgtcggtcacggtagtgctgaccggggttttgtcgagtGTCAGTTGCTCGAACTTGCCAACGTCCGCACCTTCAACGGTAGCGATCGACATCACGACAGGGTCGTT‑AGCGCCGACGTAGACGTTGTCCGGGgca < 2:84908‑M1/96‑2 (MQ=255) gcccggcgtacctggctcgtcggtcacggtagtgctgaccggggttttgtcgagtGTCAGTTGCTCGAACTTGCCAACGTCCGCACCTTCAACGGTAGCGATCGACATCACGACAGGGTCGTT‑AGCGCCGACGTAGACGTTGTCCGGGgca > 2:527628‑M1/56‑150 (MQ=255) cccggcgtacctggctcgtcggtcacggtagtgctgaccggggttttgtcgagtGTCAGTTGCTCGAACTTGCCAACGTCCGCACCTTCAACGGTAGCGATCGACATCACGACAGGGTCGTT‑AGCGCCGACGTAGACGTTGTCCGGggcag < 1:2603191‑M1/97‑3 (MQ=255) cccggcgtacctggctcgtcggtcacggtagtgctgaccggggttttgtcgagtGTCAGTTGCTCGAACTTGCCAACGTCCGCACCTTCAACGGTAGCGATCGACATCACGACAGGGTCGTT‑AGCGCCGACGTAGACGTTGTCCGGggcag < 2:1371432‑M1/97‑3 (MQ=255) cccggcgtacctggctcgtcggtcacggtagtgctgaccggggttttgtcgagtGTCAGTTGCTCGAACTTGCCAACGTCCGCACCTTCAACGGTAGCGATCGACATCACGACAGGGTCGTT‑AGCGCCGACGTAGACGTTGTCCGGggcag < 2:4378012‑M1/97‑3 (MQ=255) ccggcgtacctggctcgtcggtcacggtagtgctgaccggggttttgtcgagtGTCAGTTGCTCGAACTTGCCAACGTCCGCACCTTCAACGGTAGCGATCGACATCACGACAGGGTCGTTAGCG‑CCGACGTAGACGTTGTCCGgggcagc > 1:4404741‑M1/54‑148 (MQ=255) ccggcgtacctggctcgtcggtcacggtagtgctgaccggggttttgtcgagtGTCAGTTGCTCGAACTTGCCAACGTCCGCACCTTCAACGGTAGCGATCGACATCACGACAGGGTCGTTAGCG‑CCGACGTAGACGTTGTCCGgggcagc < 2:450771‑M1/98‑4 (MQ=255) ccggcgtacctggctcgtcggtcacggtagtgctgaccggggttttgtcgagtGTCAGTTGCTCGAACTTGCCAACGTCCGCACCTTCAACGGTAGCGATCGACATCACGACAGGGTCGTT‑AGCGCCGACGTAGACGTTGTCCGgggcagc < 2:1190582‑M1/98‑4 (MQ=255) ccggcgtacctggctcgtcggtcacggtagtgctgaccggggttttgtcgagtGTCAGTTGCTCGAACTTGCCAACGTCCGCACCTTCAACGGTAGCGATCGACATCACGACAGGGTCGTT‑AGCGCCGACGTAGACGTTGTCCGgggcagc < 2:4877938‑M1/98‑4 (MQ=255) cggcgtacctggctcgtcggtcacggtagtgctgaccggggttttgtcgagtGTCAGTTGCTCGAACTTGCCAACGTCCGCACCTTCAACGGTAGCGATCGACATCACGACAGGGTCGTTAGCG‑CCGACGTAGACGTTGTCCggggcagcc < 2:1482873‑M1/99‑5 (MQ=255) cggcgtacctggctcgtcggtcacggtagtgctgaccggggttttgtcgagtGTCAGTTGCTCGAACTTGCCAACGTCCGCACCTTCAACGGTAGCGATCGACATCACGACAGGGTCGTT‑AGCGCCGACGTAGACGTTGTCCggggcagcc > 1:5395290‑M1/53‑147 (MQ=255) cggcgtacctggctcgtcggtcacggtagtgctgaccggggttttgtcgagtGTCAGTTGCTCGAACTTGCCAACGTCCGCACCTTCAACGGTAGCGATCGACATCACGACAGGGTCGTT‑AGCGCCGACGTAGACGTTGTCCggggcagcc < 2:2118409‑M1/99‑5 (MQ=255) gcgtacctggctcgtcggtcacggtagtgctgaccggggttttgtcgagtGTCAGTTGCTCGAACTTGCCAACGTCCGCACCTTCAACGGTAGCGATCGACATCACGACAGGGTCGTTAGCG‑CCGACGTAGACGTTGTccggggcagccac > 2:4333750‑M1/51‑145 (MQ=255) gcgtacctggctcgtcggtcacggtagtgctgaccggggttttgtcgagtGTCAGTTGCTCGAACTTGCCAACGTCCGCACCTTCAACGGTAGCGATCGACATCACGACAGGGTCGTT‑AGCGCCGACGTAGACGTTGTccggggcagccac < 1:4241518‑M1/101‑7 (MQ=255) cgtacctggctcgtcggtcacggtagtgctgaccggggttttgtcgagtGTCAGTTGCTCGAACTTGCCCACGTCCGCACCTTCAACGGTAGCGATCGACATCACGACAGGGTCGTTAGCG‑CCGACGTAGACGTTGtccggggcagccacg > 2:3241936‑M1/50‑144 (MQ=255) cgtacctggctcgtcggtcacggtagtgctgaccggggttttgtcgagtGTCAGTTGCTCGAACTTGCCAACGTCCGCACCTTCAACGGTAGCGATCGACATCACGACAGGGTCGTT‑AGCGCCGACGTAg < 1:964987‑M1/81‑1 (MQ=255) cgtacctggctcgtcggtcacggtagtgctgaccggggttttgtcgagtGTCAGTTGCTCGAACTTGCCAACGTCCGCACCTTCAACGGTAGCGATCGACATCACGACAGGGTCGTT‑AGCGCCGACGTAGACGTTGtccggggcagccacg < 1:1486510‑M1/102‑8 (MQ=255) ttGCCAACGTCCGCACCTTCAACGGTAGCGATCGACATCACGACAGGGTCGTTAGC‑GCCGACGTAGACGTTGTCCGGGGCAGTTGCAGTCGCCGAACCGGTGGTGCTGTTGGCTGCCACAACGACAGTGGTGCCGTCGGTCAGCTTGAAGt > 2:1226697/1‑151 (MQ=21) catCCGCGCCTTCGACGGTGGCGATCGACATCACAACCGGGTGGTT‑GCTACCGACGTAGACGTTGTCCGGGGCAGTTGCAGTCGCCGAGCCCGTGGTGCTGTTCGCTGCCACGACGACGGTGGTGCCGTCGGTCAGCTTGAAGTACAGCTc < 2:1921977/149‑1 (MQ=17) 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gTT‑GGTACCGACATAGACGTTGTCCGGGGCGGTTGCAGTCGCCGAACCGGTGGTGCTGTTGGCTGCCACAACGACAGTGGTGCCGTCGGTCAGCTTGAAGTACAGCTCCGAGTGGTTGTTGATCGGCAAGCCGTCTTTGTTGGTCAGCGTg > 1:3439902/1‑151 (MQ=11) tt‑GGTACCGACATAGACGTTGTCCGGGGCGGTTGCAGTCGCCGAACCGGTGGTGCTGTTGGCTGCCACAACGACAGTGGTGCCGTCGGTCAGCTTGAAGTACAGCTCCGAGTGGTTGTTGATCGGCAAGCCGTCTTTGTTGGTCAGCGTGa < 1:3082484/151‑1 (MQ=11) | CTGACAATGCTTACGGTGACGGCATCGATGCTGTCATTGATCGTGGTCTGAGCCGGCGTCGGGTTCGGGGTCAGTTGCTCGAACTTGCCAACGTCCGCACCTTCAACGGTAGCGATCGACATCACGACAGGGTCGTT‑GCTACCGACGTAGACGTTGTCCGGGGCGGTTGCAGTCGCCGAACCGGTGGTGCTGTTGGCTGCCACGACGACGGTGGTGCCGTCGGTCAGCTTGAAGTACAGCTCCGAGTGGTTGTTGATCGGCAGGCCGTCTTTGTTGGTCAGCGTGA > CP009974/1896986‑1897271 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |