| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| * | CP009974 | 3,105,408 | 0 | A | G | 71.7% | 647.8 / 261.9 | 352 | intergenic (+129/+146) | RPPX_13820/mscL | ferredoxin‑NADP reductase/large‑conductance mechanosensitive channel |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (46/53); new base G (138/113); total (186/166) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.56e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.33e-01 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 354 total aligned reads displayed.
CTGTCGAGAACTACTGGTAAGACAATTGCGGCCGTTGTGGGCCTGTAGGCGCGGGTTCACCCGCGAAAGGGCCGGCCCTGCTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACA‑CAGATTGGTGGTGGACACACATCGGTGGTTGGACACAGGCCGCCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAACACCGGCAGAGCCGGTGCCATCCACCGCACTGGATTCTTCGCCAGCATGCCCGCTCCTACAGCGCCCCCGGCAATTTC > CP009974/3105260‑3105555 | agaACTACTGGTAAGACAATTGCGGCCGTTGTGGGCCTGTAGGCGCGGGTTCACCCGCGAAAGGGCCGGCCCTGCTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACG‑CAGATtgg > 2:3697566/1‑151 (MQ=255) aaCTACTGGTAAGACAATTGCGGCCGTTGTGGGCCTGTAGGCGCGGGTTCACCCGCGAAAGGGCCGGCCCTGCTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACG‑CAGATtggtg > 1:5414512/1‑151 (MQ=255) actactGGTAAGACAATTGCGGCCGTTGTGGGCCTGTAGGCGCGGGTTCACCCGCGAAAGGGCCGGCCCTGCTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACG‑CAGATtggtga < 1:4447832/151‑2 (MQ=255) tactGGTAAGACAATTGCGGCCGTTGTGGGCCTGTAGGCGCGGGTTCACCCGCGAAAGGGCCGGCCCTGCTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACG‑CAGATtggtgatg < 1:4805776/151‑1 (MQ=255) ggTAAGACAATTGCGGCCGTTGTGGGCCTGTAGGCGCGGGTTCACCCGCGAAAGGGCCGGCCCTGCTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACG‑CAGATTGGTGATGGaca < 1:1071985/151‑1 (MQ=255) tAAGATAATTGCGGCCGTTGTGGGCCTGTAGGCGCGGGTTCACCCGCGAAAGGGCCGGCCCTGCTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACG‑CAGATTGGTGAGGGacaca > 2:2989725/1‑151 (MQ=255) aaGACAATTGCGGCCGTTGTGGGCCTGTAGGCGCGGGTTCACCCGCGAAAGGGCCGGCCCTGCTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACG‑CAGATTGGTGATGGacacac > 2:132614/1‑151 (MQ=255) aGACAATTGCGGCCGTTGTGGGCCTGTAGGCGCGGGTTCACCCGCGAAAGGGCCGGCCCTGCTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACG‑CAGATTGGTGATGGAcacaca < 1:4730419/151‑1 (MQ=255) 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CTGTCGAGAACTACTGGTAAGACAATTGCGGCCGTTGTGGGCCTGTAGGCGCGGGTTCACCCGCGAAAGGGCCGGCCCTGCTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACA‑CAGATTGGTGGTGGACACACATCGGTGGTTGGACACAGGCCGCCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAACACCGGCAGAGCCGGTGCCATCCACCGCACTGGATTCTTCGCCAGCATGCCCGCTCCTACAGCGCCCCCGGCAATTTC > CP009974/3105260‑3105555 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |