Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009974 | 4,132,231 | 0 | A | C | 74.0% | 440.3 / 163.5 | 238 | intergenic (+147/+82) | RPPX_18375/RPPX_18380 | membrane protein/phosphonoacetaldehyde hydrolase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (25/36); new base C (88/86); total (114/124) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.34e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. |
Only 100 of 241 total aligned reads displayed.
AATAGCGTTCTAGCTCAGGTTTGTCGGCCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAAGGGCCGGGCCGGTTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCTGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACG‑CCGGATCGGGGGTGGACACAGGTCGGTGATTGGGCGCAGGCCG‑CG‑GTAGGAGCGGCCTTGTGTGGCACAAGGGCCGCTTCCACAGCGAAACCGCAGGGGTCAGAAGGCTTGCGGCATCTCGCCCTTGGCCAGGCGCCGGTTGATGTCGGCAATGACTTCGGGGAG > CP009974/4132080‑4132378 | tAGCGTTCTAGCTCAGGTTTGTCGGCCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAAGGGCCGGGCCGGTTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCTGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACG‑CCGGATCGGGGG‑GGAcaca < 1:1459075/151‑1 (MQ=255) aaGCGTTCTAGGTCAGGTTTGTCGGCCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAAGGGCCGGGCCGGTTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCTGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACG‑CCGGATCGGGGG‑GGAcaca < 2:1672762/150‑1 (MQ=255) gCGTTCTAGCTCAGGTTTGTCGGCCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAAGGGCCGGGCCGGTTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCTGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACG‑CCGGATCGGGGG‑GGACACAgg < 1:4632503/151‑1 (MQ=255) gCGTTCTAGCTCAGGTTTGTCGGCCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAAGGGCCGGGCCGGTTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCTGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACG‑CCGGATCGGGGG‑GGACACAgg > 1:4977722/1‑151 (MQ=255) tAGCTCAGGTTTGTCGGCCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAAGGGCCGGGCCGGTTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCTGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACG‑CCGGATCGGGGG‑GGACACAGGTCGGTg > 1:786241/1‑151 (MQ=255) aGCTCAGGTTTGTCGGCCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAAGGGCCGGGCCGGTTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCTGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACG‑CCGGATCGGGGG‑GGACACAGGTCGGTGa < 2:477769/151‑1 (MQ=255) gCTCAGGTTTGTCGGCCGTAGGCGCGGGTTCACCCGCGAAAGGGCCGGGCCGGTTGGACAATTTCCACTCGCCATTCATCGTTGCCGCTGCTACCGTATTCGCGGGTTAACCCGGTCCTCCC‑CCAGGTCGAGGG‑GGGCACACGCCGGTgcc > 2:3451171/1‑149 (MQ=17) gCTCAGGTTTGTCGGCCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAAGGGCCGGGCCGGTTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGCTGCCGCTGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACG‑CCGGATCGGGGGTGGACCCAGGTCGGTGa < 2:286299/151‑1 (MQ=255) cTCAGGTTTTTCGGCGGTAGGAGCGGTTTCACCCGCGAAAGGGCCGGCCCGGTTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGTTACCGCTGCTACCGTATTCCCGGGTAAACCCGCTCCTACG‑CCGGATCGGGGG‑GGACACAGGTCGGTGAtt < 2:2703823/151‑1 (MQ=14) tttGTCGGCCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAAGGGCCGGGCCGGTTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCTGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACG‑CCGGATCGGGGG‑GGACACAGGTCGGTGATTGGgcgc < 1:3203656/151‑1 (MQ=255) tttGTCGGCCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAAGGGCCGGGCCGGTTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCTGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCCCCTACG‑CCGGATCGGGGG‑GGACACAGGTCGGTGATCGGgcgc > 1:3493700/1‑151 (MQ=255) ttGTCGGCCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAAGGGCCGGGCCGGTTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCTGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACG‑CCGGATCGGGGG‑GGACACAGGTCGGTGATTGGGCGCa < 1:1105508/151‑1 (MQ=255) ttGTCGGCCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAAGGGCCGGGCCGGTTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCTGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACG‑CCGGATCGGGGG‑GGACACAGGTCGGGGATTGGGCGCa > 1:795592/1‑151 (MQ=255) gTCGGCCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAAGGGCCGGGCCGGTTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCTGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACG‑CCGGATCGGGGG‑GGGCACCGGGCGGGGATTTGGCCCAgg > 2:2254891/1‑151 (MQ=17) ggCCGTAGGAGCGGGTTCGCCCGCGAAGAGGCCGGGCCGGCTGGCCAATTTCCACCCGCCGGTCACCGCTGCCGCTGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACG‑CCGGATCGGGGGTGGACCCAGGTCGGTGATTGGGCGCAGGcc < 2:3158900/151‑1 (MQ=11) gcggTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAAGGGCCGGGCCGGTTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCTGCTCCCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACG‑CCGGATCGGGGG‑GGACACAGGTCGGTGATTGGGCGCAGGCcgt < 1:1869530/148‑2 (MQ=255) gCCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAAGGGCCGGGCCGGTTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCTGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACG‑CCGGATCGGGGG‑GGACACAGGTCGGTGATTGGGCGCAGGCcgg > 1:3427604/1‑150 (MQ=255) ccGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAAGGGCCGGGCCGGTTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCTGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACG‑CCGGATCGGGGGTGGACCCAGGTCGGTGATTGGGCGCAGGCcg‑c < 2:3456267/151‑1 (MQ=255) cGTAGGAGCGGGTTCGCCCGCGAAAGGGCCGGGCCGGTTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCTGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACG‑CCGGATCGGGGG‑GGACACAGGTCGGTGATTGGGCGCAGGCcgtcg < 1:2823277/151‑4 (MQ=255) gTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAAGGGCCGGGCCGGTTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCTGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACG‑CCGGATCGGGGG‑GGACACAGGTCGGTGATTGGGCGCAGGCcgtcgt > 1:1049163/1‑147 (MQ=255) aGGAGCGGGCTCACCCGCGAAAGGGCCGGGCCGGTTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCTGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACG‑CCGGATCGGGGG‑GGACACAGGTCGGTGATTGGGCGCAGGCcgtcgtgt < 2:4253972/151‑7 (MQ=255) ggAGCGGGTTCACCCGCGAAAGGGCCGGGCCGGTTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCTGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACG‑CCGGATCGGGGG‑GGACACAGGTCGGTGATTGGGCGCAGGCcgtcgtgta < 1:4984052/151‑8 (MQ=255) tcccccGCGAAAGGGCCGGGCCGGTTGGCCAATTTCCCCCCGCCGTTCACCGTTGCCGCTGCTACCGTATTCGCGGGTAACCCCGCTCCTACG‑CCGGATCGGGGG‑GGACACAGGTCGGTGATTGGGCGCAGGCCGTCGTGTAGGAGCgggt < 2:3320755/148‑3 (MQ=11) ggacgagcgAAGGGGCCGGCCCTGCTGGCCAATTACCACCCGCCGTTCCCCGCTGCCGCTGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACG‑CCGGATCGGGGGTGGACCCAGGTCGGTGATTGGGCGCAGGCCG‑CG‑GTAGGAGCGGCCt < 2:353393/145‑1 (MQ=11) cccgcgcgAAAGGGCCGGGCCGGTTCGCCAATTTCCGCCCGCCGTTCACCGTTGCCGCTGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACG‑CCGGATCGGGGG‑GGACACAGGTCGGTGATTGGGCGCAGGCCGTCGTGTAGGAGCgggtt < 2:4033066/147‑4 (MQ=11) cACCCGCGAAAGGGCCGGGCCGGTTGGCCAATTGCCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCTGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACG‑CCGGATCGGGGG‑GGACACAGGTCGGTGATTGGGCGCAGGCCGTCGTGTAGGAGCgggtt < 2:2049571/151‑4 (MQ=11) gcccGCGAAAGGGCCGGGCCGGTTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCTGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACG‑CCGGATCGGGGG‑GGACACAGGTCGGTGATTGGGCGCAGGCCGTCGTGTAGGAGCgggttt < 1:5420841/150‑5 (MQ=11) cccGCGAAAGGGCCGGGCCGGTTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCTGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACG‑CCGGATCGGGGG‑GGACACAGGTCGGTGATTGGGCGCAGGcc > 1:2658441/1‑131 (MQ=255) cccGCGAAAGGGCCGGGCCGGTTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCTGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACG‑CCGGATCGGGGG‑GGACACAGGTCGGTGATTGGGCGCAGGcc < 2:2658441/131‑1 (MQ=255) ccGCGAAAGGGCCGGGCCGGTTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCTGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACG‑CCGGATCGGGGG‑GGACACAGGTCGGTGATTGGGCGCAGGCCGTCGTGTAGGAGCgggtttac > 1:3295253/1‑145 (MQ=11) cgcgAAAGGGCCGGGCCGGTTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCTGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACG‑CCGGATCGGGGG‑GGACACAGGTCGGTGATTGGGCGCAGGCCGTCGTGTAGGAGCgggtttacc < 1:4219168/151‑8 (MQ=11) ccggccctgCTGGCCAATTACCACCCGCCGTTCACCGCTGCCGCTGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACG‑CCGGATCGGGGGTGGACCCAGGTCGGTGATTGGGCGCAGGCCG‑CG‑GTAGGAGCGGCCTTGTGTGGCACAAggg > 1:611055/1‑151 (MQ=14) gccctgctGGCCAATTACCACCCGCCGTTCACCGCTGCCGCTGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACG‑CCGGATCGGGGGTGGACCCAGGTCGGTGATTGGGCGCAGGCCG‑CG‑GTAGGAGCGGCCTTGTGTGGCGCAAGGGCCg > 2:145442/8‑151 (MQ=14) ccctgctGGCCAATTACCACCCGCCGTTCACCGCTGCCGCTGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACG‑CCGGATCGGGGGTGGACCCAGGTCGGTGATTGGGCGCAGGCCG‑CG‑GTAGGAGCGGCCTTGTGTGGCACAAGGGCCGc > 2:3751110/7‑151 (MQ=17) tgcttgCCAATTACCACCCGCCGTTCACCGCTGCCGCTGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACG‑CCGGATCGGGGGTGGACCCAGGTCGGTGATTGGGCGCAGGCCG‑CG‑GTAGGAGCGGCCTTGTGTGGCACAACGGCCGCTTc > 2:4458061/6‑151 (MQ=17) gctGGCCAATTACCACCCGCCGTTCACCGCTGCCGCTGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACG‑CCGGATCGGGGGTGGACCCAGGTCGGTGATTGGGCGCAGGCCG‑CG‑GTAGGAGCGGCCTTGTGTGGCACAAGGGCCGCTTcc < 2:1633212/149‑1 (MQ=255) gctGGCCAATTACCACCCGCCGTTCACCGCTGCCGCTGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACG‑CCGGATCGGGGGTGGACCCAGGTCGGTGATTGGGCGCAGGCCG‑CG‑GTAGGAGCGGCCTTGTGTGGCACAAGGGCCGCTTcc < 1:1550045/149‑1 (MQ=255) ctGGCCAATTACCACCCGCCGTTCACCGCTGCCGCTGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACG‑CCGGATCGGGGGTGGACCCAGGTCGGTGATTGGGCGCAGGCCG‑CG‑GTAGGAGCGGCCTTGTGTGGCACAAGGGCCGCTTCca < 1:1672425/150‑1 (MQ=255) ggCCAATTACCACCCGCCGTTCACCGCTGCCGCTGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACG‑CCGGATCGGGGGTGGACCCAGGTCGGTGATTGGGCGCAGGCCG‑CG‑GTAGGAGCGGCCTTGTGTGGCACAAGGGCCGCTTCcaca < 1:2956539/151‑1 (MQ=255) gCCACTTTCCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCTGCTACCGTATTCGCGGGTAACCCCGCTCCTACG‑CCGGATCGGGGGTGGACCCAGGTCGGTGATTGGGCGCAGGCCG‑CG‑GTAGGAGCGGCCTTGTGTGGCACAAGGGCCGCTTCCACAg < 1:883467/151‑1 (MQ=255) gCCAATTTCCACCCGGCGTTCCCCGCTGCCGCTGCTACCGTATTCGCGGGTAACCCCGCTTCTACG‑CCGGATCGGGGGTGGACCCAGGTCGGTGGTTGGGCGCAGGCCG‑CG‑GTAGGAGCGGCCTTGTGTGGCACAAGGGCCGCTTCCACAg < 1:4591040/151‑1 (MQ=18) gCCAATTACCACCCGCCGTTCACCGCTGCCGCTGCTACCGTGTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACG‑CCGGATCGGGGGTGGACCCAGGTCGGTGATTGGGCGCAGGCCG‑CG‑GTAGGAGCGGCCTTGTGTGGCACAAGGGCCGCTTCCACAg < 2:1422549/151‑1 (MQ=255) gCCAATTACCACCCGCCGTTCACCGCTGCCGCTGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACG‑CCGGATCGGGGGTGGACCCAGGTCGGTGATTGGGCGCAGGCCG‑CG‑GTAGGAGCGGCCTTGTGTGGCACAAGGGCCGCTTCCACAg > 2:2465929/1‑151 (MQ=255) cAATTACCCCCCACCGTTCACCGTTGCCGCTGCGACCGGATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACG‑CCGGATCGGGGGGGGCCCCAGGTCGGTGATTGGGCGCAGGCCG‑CG‑GTAGGAGCGGCCTTGTGTGGCACAAGGGCCGCTTCCACAGCg < 2:1400465/151‑1 (MQ=18) tttCCCCCCGCCGTTCACCTCTGCCGCAGCTACCGTCTTCTCGGGGAAACCCGCTCCTACG‑CGGGATCGGGCGTGGACCCAGGGCGGTTATTGGGCGCAGGCCG‑CA‑GTAGGAGCGGCCTTGTGTGGCACAAGGGCCGCTTCCACAGCGaaa < 1:3906930/151‑1 (MQ=255) ccACCCGCCGTTCACCGCTGCCGCTGCTACCGTATTCGCGGGTAACCCCGCTCCTACG‑CCGGATCGGGGGTGGACCCAGGTCGGTGATTGGGCGCAGGCCG‑CG‑GTAGGAGCGGCCTTGTGTGGCACAAGGGCCGCTTCCACAGCGAAACCg < 2:5323423/151‑1 (MQ=255) ccACCCGCCGTTCACCGCTGCCGCTGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCCCTCCTACG‑CCGGATCGGGGGTTGACCCAGGTCGGGGATTGGGCGCAGGCCG‑CG‑GCAGGCGCGGCGTGCTGTGGCGCAAGGGCCGCTCCCCCACCCAAACCg > 2:4558355/1‑151 (MQ=14) cACCCGCCGTTCACCGCTGCCGCTGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACG‑CCGGATCGGGGGTGGACCCAGGTCGGTGATTGGGCGCAGGCCG‑CG‑GTAGGAGCGGCCTTGTGTGGCACAAGGGCCGCCTCCACAGCGAAACCGc > 2:3563350/1‑151 (MQ=255) cACCCGCCGTTCACCGCTGCCGCTGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACG‑CCGGATCGGGGGTGGACCCAGGTCGGTGATTGGGCGCAGGCCG‑CA‑GTAGGAGCGGCCTTGTGTGGCACAAGGGCCGCTTCCACAGCGAAACCGc > 2:5201343/1‑151 (MQ=255) aCCCGCCGTTCACCGTTGCCGCTGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACG‑CCGGATCGGGGGTGGACCCAGGTCGGTGATTGGGCGCAGGCCG‑CG‑GTAGGAGCGGCCTTGTGTGGCACAAGGGCCGCTTCCACAGCGAAACCGCa < 2:5075863/151‑1 (MQ=255) aCCCGCCGTTCACCGCTGCCGCTGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACG‑CCGGATCGGGGGTGGACCCAGGTCGGTGATTGGGCGCAGGCCG‑CG‑GTAGGAGCGGCCTTGTGTGGCACCAGGGCCGCTTCCACAGCGAAACCGCa > 2:4327901/1‑151 (MQ=255) cccGCCGTTCACCGCTGCCGCTGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACG‑CCGGATCGGGGGTGGACCCAGGTCGGTGATTGGGCGCAGGCCG‑CG‑GTAGGAGCGGCCTTGTGTGGCACAAGGGCCGCTTCCACAGCGAAACCGCAg < 1:1409160/151‑1 (MQ=255) cccGCCGTTCACCGCTGCCGCTGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACG‑CCGGATCGGGGGTGGACCCAGGTCGGTGATTGGGCGCAGGCCG‑CG‑GTAGGAGCGGCCTTGTGTGGCACAAGGGCCGCTTCCACAGCGAAACCGCAg > 1:4713654/1‑151 (MQ=255) gccgTTCACCGCTGCCGCTGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACG‑CCGGATCGGGGGTGGACCCAGGTCGGTGATTGGGCGCAGGCCG‑CG‑GTAGGCGCGGCTTTGTGTGGCACAACGGCCGCTTCCACCGCGAAACCGCAgggg > 1:1810150/1‑151 (MQ=18) ccgTTGACCGCTGCCGCTGCTACCGTAGTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACG‑CCGGATCGGGGGTGGACCCAGGTCGGTGATTGGGCGCAGGCCG‑CG‑GTAGGAGCGGCCTTGTGTGGCACAAGGGCCGCTTCCACAGCGAAACCGCAGGGGt < 2:1220901/151‑1 (MQ=255) cgTTCACCGCTGCCGCTGCTACCGTATTGGCGGGTAAACCCGCTCCTACG‑CCGGATCGGGGGTGGACCCAGGTCGGTGATTGGGCGCAGGCCG‑CG‑GTAGGAGCGGCCTTGTGTGGCACAAGGGCCGCTTCCACAGCGAAACCGCAGGGGTc < 1:3693475/151‑1 (MQ=255) cgTTCACCGCTGCCGCTGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACG‑CCGGATCGGGGGTGGACCCAGGTCGGTGATTGGGCGCAGGCCG‑CG‑GTAGGAGCGGCCTTGTGTGGCACAAGGGCCGCTTCCACAGCGAAACCGCAGGGGTc > 1:2202925/1‑151 (MQ=255) gTTCACCGCTGCCGCTGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACG‑CCGGATCGGGGGTGGACCCAGGTCGGTGATTGGGCGCAGGCCG‑CG‑GTAGGAGCGGCCTTGTGTGGCACAAGGGCCGCTTCCACAGCGAAACCGCAGGGGTCa < 2:1839419/151‑1 (MQ=255) aCCGCTGCCGCTGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACG‑CCGGATCGGGGGTGGACCCAGGTCGGTGATTGGGCGCAGGCCG‑CG‑GTAGGAGCGGCCTTGTGTGGCACAAGGGCCGCTTCCACAGCGAAACCGCAGGGGTCAGAAg > 2:811142/1‑151 (MQ=255) ccgctgccgctgCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACG‑CCGGATCGGGGGTGGACCCAGGTAGGTGATTGGGCGCAGGCCG‑CG‑GTAGGAGCGGCCTTGTGTGGCACAAGGGCCGCTTCCACAGCGAAACCGCAGGGGTCAGAAgg > 1:5172271/1‑151 (MQ=255) cgctGCGGCTGCTCCCGTACTCGCGGGTAAACCCGCTCATACG‑CCGGATCGGGGGTGGACCCAGGTCGGTGATTGGGCGCAGGCCG‑CG‑GTAGGAGCGGCCTTGTGTGGCACAAGGGCCGCTTCCACAGCGAAACCGCAGGGGTCAGAAGGc < 2:1139242/148‑1 (MQ=25) cgctGCCGCTGCTACCGTAGTCGCGGGTACACCCGCTCCTACG‑GCGGATCGGGGGGGGAGCCAGAGCGGTGATTCGGCGCAGGCCG‑CG‑GTAGGAGCGGCCTTGTGTGGCACAAGGGCCGCTTCTACAGCGAAACCGCAGGGGTCAGAAGGc < 2:3086131/148‑1 (MQ=255) tGCCGCTGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACG‑CCGGATCGGGGGTGGACCCAGGTCGGTGATTGGGCGCAGGCCG‑CG‑GTAGGAGCGGCCTTGTGTGGCACAAGGGCCGCTTCCACAGCGAAACCGCAGGGGTCAGAAGGCTTg > 1:5092448/1‑151 (MQ=255) cGCTGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACG‑CCGGATCGGGGGTGGACCCAGGTCGGTGATTGGGCGCAGGCCG‑CG‑GTAGGAGCGGCCTTGTGTGGCACAAGGGCCGCTTCCACAGCGAAACCGCAGGGGTCAGAAGGCTTGCgg < 2:5353193/151‑1 (MQ=255) cGCTGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACG‑CCGGATCGGGGGTGGACCCAGGTCGGTGATTGGGCGCAGGCCG‑CG‑GTAGGAGCGGCCTTGTGTGGCACAAGGGCCGCTTCCACAGCGAAACCGCAGGGGTCAGAAGGCTTGCgg < 1:2377787/151‑1 (MQ=255) tgctACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACG‑CCGGATCGGGGGTGGACCCAGGTCGGTGATTGGGCGCAGGCCG‑CG‑GTAGGAGCGGCCTTGTGTGGCACAAGGGCCGCTTCCACAGCGAAACCGCAGGGGTCAGAAGGCTTGCGGCAt < 1:2147344/151‑1 (MQ=255) ctACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACG‑CCGGATCGGGGGTGGACCCAGGTCGGTGATTGGGCGCAGGCCG‑CG‑GTAGGAGCGGCCTTGTGTGGCACAAGGGCCGCTTCCACAGCGAAACCGCAGGGGTCAGAAGGCTTGCGGCAtct < 1:1028107/151‑1 (MQ=255) ctACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACG‑CCGGATCGGGGGTGGACCCAGGTCGGTGATTGGGCGCAGGCCG‑CG‑GTAGGAGCGGCCTTGTGTGGCACAAGGGCCGCTTCCACAGCGAAACCGCAGGGGTCAGAAGGCTTGCGGCAtct > 1:2394463/1‑151 (MQ=255) tACCGGATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACG‑CCGGATCGGGGGTGGACCCAGGTCGGTGATTGGGCGCAGGCCG‑CG‑GTAGGAGCGGCCTTGTGTGGCACAAGGGCCGCTTCCACAGCGAAACCGCAGGGGTCAGAAGGCTTGCGGCAtctc < 1:3746325/151‑1 (MQ=255) aCCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACG‑CCGGATCGGGGGTGGACCCAGGTCGGTGATTGGGCGCAGGCCG‑CG‑GTAGGAGCGGCCTTGTGTGGCACAAGGGCCGCTTCCACAGCGAAACCGCAGGGGTCAGAAGGCTTGCGGCATCTCg > 1:2254680/1‑151 (MQ=255) aCCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACG‑CCGGATCGGGGGTGGACCCAGGTCGGTGATTGGGCGCAGGCCG‑CG‑GTAGGAGCGGCCTTGTGTGGCACAAGGGCCGCTTCCACAGCGAAACCGCAGGGGTCAGAAGGCTTGCGGCATCTCg < 1:1593120/151‑1 (MQ=255) cctgaTTCGCGGGTAAGCCCGCTCCTACG‑CCGGATCGGGGGTGGACCCAGGTCGGTGATTGGGCGCAGGCCG‑CG‑GTAGGAGCGGCCTTGTGTGGCACAAGGGCCGCTTCCACAGCGAAACCGCAGGGGTCAGAAGGCTTGCGGCATCTCGc < 2:786241/147‑1 (MQ=255) gctgttccgGGGAAACCCGCCTCTACGCCCGGAGTGGGGG‑GGACCCAGGTCGGTGATTGGGCGCAGGCCG‑CG‑GTAGGAGCGGCCTTGTGTGGCACAAGGGCCGCTTCCACAGCGAAACCGCAGGGGTCAGAAGGCTTGCGGCATCTCGccc < 2:2442308/144‑1 (MQ=37) ggggTGAACCCGCTCCAGCG‑CCGGGTCGGGGGTGGACGCAGCTCGGTGATTGGGCGCAGGCCG‑CG‑GTAGGAGCGGCCTTGTGTGGCACAAGGGCCGCTTCCACAGCGAAACCGCAGGGGTCAGAAGGCTTGCGGCATCTCGCCCTTGGCCa < 2:1753151/150‑1 (MQ=38) gggTAAACCCGCTCCTACG‑CCGGATCGGGGGTGGACCCAGGTCGGTGATTGGGCGCAGGCCG‑CG‑GTAGGAGCGGCCTTGTGTGGCACAAGGGCCGCTTCCACAGCGAAACCGCAGGGGTCAGAAGGCTTGCGGCATCTCGCCCTTGGCCAg > 1:1710041/1‑151 (MQ=255) gTAAACCCGCTCCTACG‑CCGGATCGGGGGTGGACCCAGGTCGGTGATTGGGCGCAGGCCG‑CG‑GTAGGAGCGGCCTTGTGTGGCACAAGGGCCGCTTCCACAGCGAAACCGCAGGGGTCAGAAGGCTTGCGGCATCTCGCCCTTGGCCAGgc > 1:4875117/1‑151 (MQ=255) aaaCCCGCTCCTACG‑CCGGATCGGGGGTGGACCCAGGTCGGTGATTGGGCGCAGGCCG‑CG‑GTAGGAGCGGCCTTGTGTGGCACAAGGGCCGCTTCCACAGCGAAACCGCAGGGGTCAGAAGGCTTGCGGCATCTCGCCCTTGGCCAGgcgc > 1:5341629/1‑151 (MQ=255) cccGCTCCTACG‑CCGGATCGGGGGTGGACCCAGGTCGGTGATTGGGCGCAGGCCG‑CG‑GTAGGAGCGGCCTTGTGTGGCACAAGGGCCGCTTCCACAGCGAAACCGCAGGGGTCAGAAGGCTTGCGGCATCTCGCCCTTGGCCAGGCGCCgg < 1:3085764/151‑1 (MQ=255) cccGCTCCTACG‑CCGGATCGGGGGTGGACCCAGGTCGGTGATTGGGCGCAGGCCG‑CG‑GTAGGAGCGGCCTTGTGTGGCACAAGGGCCGCTTCCACAGCGAAACCGCAGGGGTCAGAAGGCTTGCGGCATCTCGCCCTTGGCCAGGCGCCgg < 1:1691651/151‑1 (MQ=255) ccGCTCCTGCG‑CCGGATCGGGGGTGGACCCAGGTCGGTGATTGGGCGCAGGCCG‑CG‑GTAGGAGCGGCCTTGTGTGGCACAAGGGCCGCTTCCACAGCGAAACCGCAGGGGTCAGAAGGCTTGCGGCATCTCGCCCTTGGCCAGGCGCCGGt < 2:56562/151‑1 (MQ=255) ccGCTCCTACG‑CCGGATCGGGGGTGGACCCAGGTCGGTGATTGGGCGCAGGCCG‑CG‑GTAGGAGCGGCCTTGTGTGGCACAAGGGCCGCTTCCACAGCGAAACCGCAGGGGTCAGAAGGCTTGCGGCATCTCGCCCTTGGCCATGCGCCGGt > 2:1075912/1‑151 (MQ=255) cgcgCCTACG‑CCGGATCGGGGGTGGACCCAGGTCGGTGATTGGGCGCAGGCCG‑CG‑GTAGGAGCGGCCTTGTGTGGCACAAGGGCCGCTTCCACAGCGAAACCGCAGGGGTCAGAAGGCTTGCGGCATCTCGCCCTTGGCCAGGCGCCGGtt < 1:2301663/151‑1 (MQ=255) ccaaCG‑CCGGATCGGGGGTGGACCCAGGTCGGTGATTGGGCGCAGGCCG‑CG‑GTAGGAGCGGCCTTGTGTGGCACAAGGGCCGCTTCCACAGCGAAACCGCAGGGGTCAGAAGGCTTGCGGCATCTCGCCCTTGGCCAGGCGCCGGTTGATg < 2:1364909/148‑1 (MQ=255) ccTACG‑CCGGATCGGGGGTGGACCCAGGTCGGTGATTGGGCGCAGGCCG‑CG‑GTAGGAGCGGCCTTGTGTGGCACAAGGGCCGCTTCCACAGCGAAACCGCAGGGGTCAGAAGGCTTGCGGCATCTCGCCCTTGGCCAGGCGCCGGTTGATg > 1:563231/1‑151 (MQ=255) aCG‑CCGGATCGGGGGTGGACCCAGGTCGGTGATTGGGCGCAGGCCG‑CG‑GTAGGAGCGGCCTTGTGTGGCACAAGGGCCGCTTCCACAGCGAAACCGCAGGGGTCAGAAGGCTTGCGGCATCTCGCCCTTGGCCAGGCGCCGGTTGATGTCg > 1:3038670/1‑151 (MQ=255) cG‑CCGGATCGGGGGTGGACCCAGGTCGGTGATTGGGCGCAGGCCG‑CG‑GTAGGAGCGGCCTTGTGTGGCACAAGGGCCGCTTCCACAGCGAAACCGCAGGGGTCAGAAGGCTTGCGGCATCTCGCCCTTGGCCAGGCGCCGGTTGATGTCgg < 2:2934837/151‑1 (MQ=255) g‑CCGGATCGGGGGTGGACCCAGGTCGGTGATTGGGCGCAGGCCG‑CG‑GTAGGAGCGGCCTTGTGTGGCACAAGGGCCGCTTCCACAGCGAAACCGCAGGGGTCAGAAGGCTTGCGGCATCTCGCCCTTGGCCAGGCGCCGGTTGATGTCGGc > 2:2270885/1‑151 (MQ=255) cGGATCGGGGGTGGACCCAGGTCGGTGATTGGGCGCAGGCCG‑CG‑GTAGGAGCGGCCTTGTGTGGCACAAGGGCCGCTTCCACAGCGAAACCGCAGGGGTCAGAAGGCTTGCGGCATCTCGCCCTTGGCCAGGCGCCGGTTGATGTCGGCaa > 1:4450783/1‑151 (MQ=255) cGGATCGGGGGTGGACCCAGGTCGGTGATTGGGCGCAGGCCG‑CG‑GTAGGAGCGGCCTTGTGTGGCACAAGGGCCGCTTCCACAGCGAAACCGCAGGGGTCAGAAGGCTTGCGGCATCTCGCCCTTGGCCAGGCGCCGGTTGATGTCGGCaa > 2:463210/1‑151 (MQ=255) ggATCGGGGGTGGACCCAGGTCGGTGATTGGGCGCAGGCCG‑CG‑GTAGGAGCGGCCTTGTGTGGCACAAGGGCCGCTTCCACAGCGAAACCGCAGGGGTCAGAAGGCTTGCGGCATCTCGCCCTTGGCCAGGCGCCGGTTGATGTCGGCAAt > 2:3899510/1‑151 (MQ=255) tCGGGGGTGGACCCAGGTCGGTGATTGGGCGCAGGCCG‑CG‑GTAGGAGCGGCCTTGTGTGGCACAAGGGCCGCTTCCACAGCGAAACCGCAGGGGTCAGAAGGCTTGCGGCATCTCGCCCTTGGCCAGGCGCCGGTTGATGTCGGCAATGAc < 1:1609093/151‑1 (MQ=255) gggggTGGACCCAGGTCGGTGATTGGGCGCAGGCCG‑CG‑GTAGGAGCGGCCTTGTGTGGCACAAGGGCCGCTTCCACAGCGAAACCGCAGGGGGCAGAAGGCTTGCGGCATCTCGCCCTTGGCCAGGCGCCGGTTGATGTCGGCAATGACtt > 2:3017818/1‑151 (MQ=255) ggggTGGACCCAGGTCGGTGATTGGGCGCAGGCCG‑CG‑GTAGGAGCGGCCTTGTGTGGCACAAGGGCCGCTTCCACAGCGAAACCGCAGGGGTCAGAAGGCTTGCGGCATCTCGCCCTTGGCCAGGCGCCGGTTGATGTCGGCAATGACTTc < 2:4914828/151‑1 (MQ=255) gggTGGACCCAGGTCGGTGATTGGGCGCCGGCCG‑AG‑GTAGGAGCGGCCTTGTGTGGCACAAGGGCCGCTTCCACAGCGAAACCGCAGGGGTCAGAAGGCTTGCGGCATCTCGCCCTTGGCCAGGCGCCGGTTGATGTCGGCAATGACTTCg < 1:739395/151‑1 (MQ=255) ggTGGACCGAGGTCGGTGATTGGGCGCAGGCCG‑CG‑GTAGGAGCGGCCTTGTGTGGCACAAGGGCCGCTTCCACAGCGAAACCGCAGGGGTCAGAAGGCTTGCGGCATCTCGCCCTTGGCCAGGCGCCGGTTGATGTCGGCAATGACTTCgg < 2:2505416/151‑1 (MQ=255) tGGACCCAGGTCGGTGATTGGGCGCAGGCCG‑CG‑GTAGGAGCGGCCTTGTGTGGCACAAGGGCCGCTTCCACAGCGAAACCGCAGGGGTCAGAAGGCTTGCGGCATCTCGCCCTTGGCCCGGCGCCGGTTGATGTCGGCACTGACCCCgggg > 2:1979081/1‑151 (MQ=255) tGGACCCAGGTCGGTGATTGGGCGCAGGCCG‑CG‑GTAGGAGCGGCCTTGTGTGGCACAAGGGCCGCTTCCACAGCGAAACCGCAGGGGTCAGAAGGCTTGCGGCATCTCGCCCTTGGCCAGGCGCCGGTTGATGTCGGCAATGACTTCgggg > 1:2587972/1‑151 (MQ=255) gggACCCAGGTCGGTGATTGGGCGCAGGCCG‑CG‑GTAGGAGCGGCCTTGTGTGGCACAAGGGCCGCTTCCACAGCGAAACCGCAGGGGTCAGAAGGCTTGCGGCATCTCGCCCTTGGCCAGGCGCCGGTTGATGTCGGCAATGACTTCgggg < 1:4066045/150‑1 (MQ=255) ggACCCAGGTCGGTGATTGGGCGCAGGCCG‑CG‑GTAGGAGCGGCCTTGTGTGGCACAAGGGCCGCTTCCACAGCGAAACCGCAGGGGTCAGAAGGCTTGCGGCATCTCGCCCTTGGCCAGGCGCCGGTTGATGTCGGCAATGACTTCGGGga > 2:1892759/1‑151 (MQ=255) gACCCAGGTCGGTGATTGGGCGCAGGCCG‑CG‑GTAGGAGCGGCCTTGTGTGGCACAAGGGCCGCTTCCACAGCGAAACCGCAGGGGTCAGAAGGCTTGCGGCATCTCGCCCTTGGCCAGGCGCCGGTTGATGTCGGCAATGACTTCGGGgan < 1:2437454/151‑2 (MQ=255) | AATAGCGTTCTAGCTCAGGTTTGTCGGCCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAAGGGCCGGGCCGGTTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCTGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACG‑CCGGATCGGGGGTGGACACAGGTCGGTGATTGGGCGCAGGCCG‑CG‑GTAGGAGCGGCCTTGTGTGGCACAAGGGCCGCTTCCACAGCGAAACCGCAGGGGTCAGAAGGCTTGCGGCATCTCGCCCTTGGCCAGGCGCCGGTTGATGTCGGCAATGACTTCGGGGAG > CP009974/4132080‑4132378 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 8 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |