| Predicted mutation | ||||||
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| RA | CP009974 | 3,161,709 | T→C | intergenic (+115/+136) | RPPX_14090 → / ← RPPX_14095 | RND transporter/short‑chain dehydrogenase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | CP009974 | 3,161,709 | 0 | T | C | 98.9% | 845.3 / ‑1.7 | 281 | intergenic (+115/+136) | RPPX_14090/RPPX_14095 | RND transporter/short‑chain dehydrogenase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (2/1); new base C (144/130); total (150/131) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.08e-01 | |||||||||||
Only 100 of 284 total aligned reads displayed.
TTTGATGAGCAGCCGCAGAATGTTCACAGTTAGAGAGGACGCGCAGCATCTGGAGGGCGGGGTACTGCGGTCCATGGCCTGATGCTTTGCAGCCTGTACTGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACGACGGCCTGCGCCCAATCACCGATGTGTGTCCACCACCAATCTGGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAATACGGTAGCGGCGGCAACGGTGAACGGCGGGTGGAAATTGGCCAGCAGGCCCGGCCTTTTCGCGGGTACAGGCAGGCGATCACTCAGAGCGGGCGC > CP009974/3161562‑3161857 | tttGATGAGCAGCCGCAGAATGTTCACAGTTAGAGAGGACGCGCAGCATCTGGAGGGCGGGGTACTGCGGTCCATGGCCTGATGCTTTGCAGCCTGTACTGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACGACGGCCTGCGCCCAACCAc < 1:4804037/151‑1 (MQ=255) ttGATGAGCAGCCGCAGAATGTTCACAGTTAGAGAGGACGCGCAGCATCTGGAGGGCGGGGTACTGCGGTCCATGGCCTGATGCTTTGCAGCCTGTACTGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACGACGGCCTGCGCCCAaccacc < 1:1834630/151‑1 (MQ=255) tgatgaGCAGCCGCAGAATGTTCACAGTTAGAGAGGACGCGCAGCATCTGGAGGGCGGGGTACTGCGGTCCATGGCCTGATGCTTTGCAGCCTGTACTGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACGACGGCCTGCGCCCAACCACCg > 1:3051642/1‑151 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |