Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
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RA | CP009974 | 3,566,083 | C→T | intergenic (‑212/+102) | RPPX_15935 ← / ← RPPX_15940 | molecular chaperone/recombinase RdgC |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009974 | 3,566,083 | 0 | C | T | 91.0% | 847.0 / 46.9 | 278 | intergenic (‑212/+102) | RPPX_15935/RPPX_15940 | molecular chaperone/recombinase RdgC |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (17/8); new base T (126/126); total (143/135) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 9.65e-02 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.26e-01 |
Only 100 of 283 total aligned reads displayed.
GGTCGTCCTCACAGTGGGCACCATGGTGCCTGGCTGCGGCCTTCCGGGCAAGTCCGCGCCTGCTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGATTGGTGGTGGACACACATCGGAGGTGGGACACAGGCCGTCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGTGCTGGCAGAAAACGATTCAAGCCAGCACCGCATCTCATACCCGTCAGACCCCTTGCGGAATCTCTTCCCCACCCAGCGCCTCGAACAG > CP009974/3565935‑3566229 | tcgtcCTCACAGTGGGCACCATGGTGCCTGGCTGCGGCCTTCCGGGCAAGTCCGCGCCTGCTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGGTGCCGGCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGATTGGTGGTGGacatacat < 2:1914691/151‑1 (MQ=255) tcCTCACAGTGGGCACCATGGTGCCTGGCTGCGGCCTTCCGGGCAAGTCCGCGCCTGCTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGGTGCCGGCGCCACCGTATTCGCGGGCAAACCCGCCCCTACACAGATTGGTGGTGGACATACATCgg > 2:5097220/1‑151 (MQ=21) cacaGTGGGCACCATGGTGCCTGGCTGCGGCCTTCCGGGCAAGTCCGCGCCTGCTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGGTGCCGGCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGCTTGGTGGTGGACATCCATCGGAGGt > 2:4697004/1‑151 (MQ=21) ccaGTGGGCACCATGGTGCCTGGCTGCGGCCTTCCGGGCAAGTCCGCGCCTGCTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGGTGCCGGCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGATTGGTGGTGGACATACATCGGAGGTg < 2:1818049/150‑1 (MQ=255) aGTGGGCACCATGGTGCCTGGCTGCGGCCTTCCGGGCAAGTCCGCGCCTGCTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGGTGCCGGCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGATTGGTGGTGGACATACATCGGAGGTggg > 2:362198/1‑151 (MQ=255) gTGGGCACCATGGTGCCTGGCTGCGGCCTTCCGGGCAAGTCCGCGCCTGCTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGGTGCCGGCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGATTGGTGGTGGACATACATCGGAGGTGGGa > 1:371190/1‑151 (MQ=255) gTGGGCACCATGGTGCCTGGCTGCGGCCTTCCGGGCAAGTCCGCGCCTGCTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGGTGCCGGCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGATTGGTGGTGGACATACATCGGAGGTGGGa < 1:3016542/151‑1 (MQ=255) tGGGCACCATGGTGCCTGGCTGCGGCCTTCCGGGCAAGTCCGCGCCTGCTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGGTGCCGGCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAAATTGGTGGTGGACATACATCGAAGGAGGGaa > 1:4242243/1‑150 (MQ=21) gggCACCATGGTGCCTGGCTGCGGCCTTCCGGGCAAGTCCGCGCCTGCTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGGTGCCGGCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGATTGGTGGTGGACATACATCGGAGGTGGGaca < 1:4404599/151‑1 (MQ=255) ggCACCATGGTGCCTGGCTGCGGCCTTCCGGGCAAGTCCGCGCCTGCTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGGTGCCGGCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGATTGGTGGTGGACATACATCGGAGGTGGGacac < 2:576926/151‑1 (MQ=255) cATGGTGCCTGGCTGCGGCCTTCCGGGCAAGTCCGCGCCTGCTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGGTGCCGGCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGATTGGTGGTGGACATACATCGGAGGTGGGACACAGGcc < 1:3400051/151‑1 (MQ=255) gtGGTGCCTGGCTGCGGCGTTGCGGGCAAGTCCGCGCCTGCTGGCCAATTTCCACCCGCAGTTCACCGGTGCCGGCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGAGTGGTGGTGGACATACATCGGAGGTGGGACACAGGCcg < 2:4369433/150‑1 (MQ=18) gCTGCGGCCTTCCGGGCAAGTCCGCGCCTGCTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGGTGCCGGCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGATTGGTGGTGGACATACATCGGAGGTGGGACACAGGCCGTCGTAGGAGc < 2:2420030/151‑1 (MQ=255) gCGGCCTTCCGGGCAAGTCCGCGCCTGCTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGGTGCCGGCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGATTGGTGGTGGACATACATCGGAGGTGGGACACAGGCCGTCGTAGGAGCggg > 1:1913261/1‑151 (MQ=255) cGGCGTTCCGGGCAAGTCCGCGCCTGCTGGCCAACTTCCACCCGCCGTTCACCGGTGCCGGCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGATTGGTGGTGGACATACATCGGAGGTGGGACACAGGCCGTCGTAGGAGCGGGt < 2:4075180/151‑1 (MQ=18) cGGCCTTCCGGGCAAGTCCGCGCCTGCTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGGTGCCGGCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGATTGGTGGTGGACATACATCGGAGGTGGGACACAGGCCGTCGTAGGAGCGGGt < 2:1383254/151‑1 (MQ=255) ggCCTTCCGGGCAAGTCCGCGCCTGCTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGGTGCCGGCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGATTGGTGGTGGACATACATCGGAGGTGGGACACAGGCCGTCGTAGGAGCGGGtt > 1:55284/1‑151 (MQ=255) ggCCTTCCGGGCAAGTCCGCGCCTGCTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGGTGCCGGCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGATTGGTGGTGGACATACATCGGAGGTGGGACACAGGCCGTCGTAGGAGCGGGtt < 1:4684989/151‑1 (MQ=255) ggCCTTCCGGGCAAGTCCGCGCCTGCTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGGTGCCGGCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGATTGGTGGTGGACATACATCGGAGGTGGGACACAGGCCGTCGTAGGAGCGGGtt > 1:4538832/1‑151 (MQ=255) ggCCTTCCGGGCAAGTCCGCGCCTGCTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGGTGCCGGCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGATTGGTGGTGGACATACATCGGAGGTGGGACACAGGCCGGCGTAGGAGCGGGtt > 2:1055918/1‑151 (MQ=255) cTTCCGGGCAAGTCCGCGCCTGCTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGGTGCCGGCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGATTGGTGGTGGACATACATCGGAGGTGGGACACAGGCCGTCGTAGGAGCGGGTTTAc < 1:2148069/151‑1 (MQ=255) cTTCCGGGCAAGTCCGCGCCTGCTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGGTGCCGGCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGATTGGTGGTGGACATACATCGGAGGTGGGACACAGGCCGTCGTAGGAGCGGGTTTAc < 2:925518/151‑1 (MQ=255) tCCGGGCAAGTCCGCGCCTGCTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGGTGCCGGCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGATTGGTGGTGGACATACATCGGAGGTGGGACACAGGCCGTCGTAGGAGCGGGTTTAccc > 1:2702468/1‑151 (MQ=255) aGTCCGCGCCTGCTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGGTGCCGGCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGATTGGTGGTGGACATACATCGGAGGTGGGACACAGGCCGTCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAagag < 1:4783633/151‑1 (MQ=255) ggccggcccTGCTGGCCAATCCCCACCTGCCGTTCACCATTGCCGCCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCGCATACACAGATTGGTGGTGGACACGTATCGAGGGT‑GGACACAGGCCGTCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGc > 2:2089407/8‑151 (MQ=11) ggccggcccTGCTGGCCAATCCCCACCTGCCGTTCACCATTGCCGCCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCGCATACACAGATTGGTGGTGGACACGTATC‑GAGGGTGGACACAGGCCGTCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGc > 1:1152356/8‑151 (MQ=11) ggccggcccTGCTGGCCAATCCCCACCTGCCGTTCACCATTGCCGCCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCGCATACACAGATTGGTGGTGGACACGTATC‑GAGGGTGGACACAGGCCGTCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGc > 1:1020059/8‑151 (MQ=11) gccggcccTGCTGGCCAATCCCCACCTGCCGTTCACCATTGCCGCCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCGCATACACAGATTGGTGGTGGACACGTATC‑GAGGGTGGACACAGGCCGTCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGcc > 1:3606849/7‑151 (MQ=11) gcccTGCTGGCCAATCCCCACCTGCCGTTCACCATTGCCGCCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCGCATACACAGATTGGTGGTGGACACGTATC‑GAGGGTGGACACAGGCCGTCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCggcc > 1:5212584/3‑149 (MQ=11) gcccTGCTGGCCAATCCCCACCTGCCGTTCACCATGGCCTCCGCGACTGTGTTCGCGGGTAGACCCGCGCATACACAGATTGGTGGTGGACACGTATC‑GAGGGTGGACACAGGCCGTCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCggcc < 2:4473125/149‑3 (MQ=2) cgcCTGCTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGGTGCCGGCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGATTGGTGGTGGACATACATCGGAGGTGGGACACAGGCCGTCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAATAGGACGGt > 1:166483/1‑151 (MQ=255) gcCTGCTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGGTGCCGGCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGATTGGTGGTGGACATACATCGGAGGTGGGACACAGGCCGTCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGTg < 2:4237883/151‑1 (MQ=255) gcCTGCTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGGTGCCGGCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGATTGGTGGTGGACATACATCGGAGGTGGGACACAGGCCGTCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGTg > 1:3983853/1‑151 (MQ=255) 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ctgGCCATTTTCCACCCGCCGTTCACCGGTGCCGGCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGATTGGTGGTGGACATACATCGGAGGTGGGACACAGGCCGTCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGTGCTGGc < 2:1686406/151‑1 (MQ=255) ctgGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGGTGCCGGCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGATTGGTGGTGGACATACATCGGAGGTGGGACACAGGCCGTCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGTGCTGGc > 1:5129433/1‑151 (MQ=255) ctgGCACATTCCCACCCGACGTTCACCGGTGCCGGCGCGACCGTATTCGGGGGTAAACCCGCTCCTACACAGATCGGTGGTGGCCATAGATTGGAGGTGGGACACGGGCCGTAGTAGGAGCGGGTTTACCAGCGAAGAGGCCGGTGCTGGc < 2:1516139/151‑1 (MQ=14) tgGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGGTGCCGGCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGATTGGTGGTGGACATACATCGGAGGTGGGACACAGGCCGTCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGGGCTGGCa > 2:482490/1‑151 (MQ=255) ggCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGGTGCCGGCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGATTGGTGGTGGACATACATCGGAGGTGGGACACAGGCCGTCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGTGCTGGCAg > 2:2575508/1‑151 (MQ=255) gCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGGTGCCGGCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGATTGGTGGTGGACATACATCGGAGGTGGGACACAGGCCGTCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGTGCTGGCAGa < 1:1979371/151‑1 (MQ=255) ccAATTTCCACCCGCCGTTCACCGGTGCCGGCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGATTGGTGGTGGACATACATCGGAGGTGGGACACAGGCCGTCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGTGCTGGCAGaa < 1:4154094/151‑1 (MQ=255) cAATTTCCCCCCGCCGTTCACCGGTGCCGGCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGATTGGTGGTGGACATACATCGGAGGTGGGACACAGGCCGTCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGTGCTGGCAGaaa < 1:2121253/151‑1 (MQ=255) cAATTTCCACCCGCCGTTCGCCGGTGCCGGCGCCGCCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCGACACAGATTGGTGGTGGACATACATCGGAGGTGGGACACAGGCCGTCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGTGCTGGCAGaaa < 2:2654235/151‑1 (MQ=17) aTTTCCACCCGCCGTTCACCGGTGCCGTCGCCACCGTATTCGCGCGTAAACCCTCTGCTACAGAGGTTGGGGGTGGACATACATCGGAGGTGGGACACAGGCCGTCGTAGGAGCGGGTTTGCCCGCGGAGAGGCCGGTGCTGGCAGAAAAc > 1:536228/1‑151 (MQ=18) 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cgTTCACCGGTGCCGGCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGATTGGTGGTGGACATACATCGGAGGTGGGACACAGGCCGTCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGTGCTGGCAGAAAACGATTcaagcaag > 2:635599/1‑151 (MQ=255) cgTTCACCGGTGCCGGCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGATTGGTGGTGGACATACATCGGAGGTGGGACACAGGCCGTCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGTGCTGGCAGAAAACGATTCAAGCCAg > 1:5004445/1‑151 (MQ=255) gTTCACCGGTGCCGGCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGATTGGTGGTGGACATACATCGGAGGTGGGACACAGGCCGTCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGTGCTGGCAGAAAACGATTCAAGCCAGc > 1:2641547/1‑151 (MQ=255) ttCACAGGTGCCGGCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGATTGGTGGTGGACATACATCGGAGGTGGGACACAGGCCGTCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGTGCTGGCAGAAAACGATTCAAGCCAGCa < 2:2907548/151‑1 (MQ=18) tCACCGGTGCGGGGGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTGCACAGATTGGTGGGGGACATACATCGGAGGTGGGACACAGGCCGTCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGTGCTGGCAGAAAACGATTCAAGCCAGCAc < 2:2675775/151‑1 (MQ=21) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |