| Predicted mutation | ||||||
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| RA | CP009974 | 3,673,509 | C→T | intergenic (+108/‑429) | RPPX_16400 → / → RPPX_16405 | glucose‑1‑phosphate thymidylyltransferase/beta‑ketoacyl synthase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | CP009974 | 3,673,509 | 0 | C | T | 85.7% | 945.0 / 100.5 | 409 | intergenic (+108/‑429) | RPPX_16400/RPPX_16405 | glucose‑1‑phosphate thymidylyltransferase/beta‑ketoacyl synthase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (25/33); new base T (147/200); total (172/237) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 440 total aligned reads displayed.
CCAGTATCTGCTGCGTTTGATTCAAGGCACGGTTTATTGAGGCAACAACCTCGGTGGGGCGGCGCCGCCATTCCACGGGCGGTTCAACCCGCGAAGGGACCGAGTCCTGCTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGATTGGTGGTGGACACACCTCGGGGGTTGGACACAGGCCGTCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGGCCTGCTGGCCAATTCCCATCAGCCGTTCACCGTCGCCGCCGCC > CP009974/3673362‑3673660 | ccAGTATCTGCTGCGTTTGATTCAAGGCACGGTTTATTGAGGCAACAACCTCGGTGGGGCGGCGCCGCCATTCCACGGGCGGTTCAACCCGCGAAGGGACCGAGTCCTGCTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGGCGCTAcc > 1:2913636/1‑151 (MQ=255) aGTATCTGCTGCGTTTGATTCAAGGCACGGTTTATTGAGGCAACAACCTCGGTGGGGCGGCGCCGCCATTCCACGGGCGGTTCAACCCGCGAAGGGACCGAGTCCTGCTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGGCGCTACCGt > 2:2011052/1‑151 (MQ=255) tATCTGCTGCGTTTGATTCAAGGCACGGTTTATTGAGGCAACAACCTCGGTGGGGCGGCGCCGCCATTCCACGGGCGGTTCAACCCGCGAAGGGACCGAGTCCTGCTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGGCGCTACCGTAt > 1:4656507/1‑151 (MQ=255) gctgcGTTTGATTCAAGGCACGGTTTATTGAGACAACAACCTCGGTGGGGCGGCGCCGCCATTCCACGGGCGGTTCAACCCGCGAAGGGACCGAGTCCTGCTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGGCGCTACCGTATTcgcg < 1:1282854/151‑1 (MQ=255) gTTTGATTCAAGGCACGGTTTATTGAGGCAACAACCTCGGTGGGGCGGCGCCGCCATTCCACGGGCGGTTCAACCCGCGAAGGGACCGAGTCCTGCTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGGCGCTACCGTATTCGCGGGTaa < 2:2436645/151‑1 (MQ=255) tGATTCAAGGCACGGTTTATTGAGGCAACAACCTCGGTGGGGCGGCGCCGCCATTCCACGGGCGGTTCAACCCGCGAAGGGACCGAGTCCTGCTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGGCGCTACCGTATTCGCGGGTAAAcc > 2:2253941/1‑151 (MQ=255) gATTCAAGGCACGGTTTATTGAGGCAACAACCTCGGTGGGGCGGCGCCGCCATTCCACGGGCGGTTCAACCCGCGAAGGCACCGAGTCCTGCTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGGCGCTACCGTATTCGCGGGTAAAccc < 2:3487240/151‑1 (MQ=255) gCACGGTTTATTGAGGCAACAACCTCGGTGGGGCGGCGCCGCCATTCCACGGGCGGTTCAACCCGCGAAGGGACCGAGTCCTGCTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGGCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTac > 1:5131437/1‑151 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 8 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |