| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP009974 | 542,045 | T→C | intergenic (‑306/+223) | argD ← / ← RPPX_02300 | acetylornithine aminotransferase/AraC family transcriptional regulator |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009974 | 542,045 | 0 | T | C | 90.8% | 234.9 / 12.3 | 98 | intergenic (‑306/+223) | argD/RPPX_02300 | acetylornithine aminotransferase/AraC family transcriptional regulator |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/9); new base C (5/84); total (5/93) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
TCGCGCAGTGTACGGGAGAGAGGGGGGCTGGGTGAACGGGTGTTCACACAGGATTGTGAGGGGACAGGATGTACGGCGATGTTGATGTGTTGGCGGGGAGATCGAGCGCCGCCCGCGCGGCGCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGTTTGTTTCGGGCCAGTCCCTCCTGTGCCTGGCGCGCGCGACCGCCTTGTTTGTACGACGCGATATCGAGGCATGCGCCAAGGCGTTCGCGCGCAAATGCCACAGGCATAACTGGCCCGAAACAAACGTAGGAGCGGGTTTAC > CP009974/541898‑542186 | gcgcgTAGGGGACGGGGGAGGGGGGGGCTGGGTGAACGGGTGTTCACACAGGATTGTGAGGGGACAGGATGTAGGGGGATGTTGATGTGTTGGCGGGGAGTTCGTGCGCCGCCCGCGCGGCGCTTCGCGGGTAAACGCGCTCCTACgcttg < 2:4391764/150‑1 (MQ=37) cAGTGTACGGGAGAGAGGGGGGCTGGGTGAACGGGTGTTCACACAGGATTGTGAGGGGACAGGATGTACGGCGATGTTGATGTGTTGGCGGGGAGATCGAGCGCCGCCCGCGCGGCGCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCTTGTTTCg < 1:33659/151‑1 (MQ=255) aGTGTACGGGAGAGAGGGGGGCTGGGTGAACGGGTGTTCACACAGGATTGTGAGGGGACAGGATGTACGGCGATGTTGATGTGTTGGCGGGGAGATCGAGCGCCGCCCGCGCGGCGTTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCTTGTTTCgg < 2:3658618/151‑1 (MQ=255) 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gccccTACGTTTGTTGCGGGCCGGGCCCTCCTGCACCAGTCGCGCGGGACCGCCTGGTTTGTACGACGCAGTAGCGAGACATGCGCCAAGGCGGGCGCGCGCAAATCCCACAGGAATAATTGGCCCGAAACAAACGTAGGAGCGGGTTTAc < 2:3361807/148‑1 (MQ=1) | TCGCGCAGTGTACGGGAGAGAGGGGGGCTGGGTGAACGGGTGTTCACACAGGATTGTGAGGGGACAGGATGTACGGCGATGTTGATGTGTTGGCGGGGAGATCGAGCGCCGCCCGCGCGGCGCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGTTTGTTTCGGGCCAGTCCCTCCTGTGCCTGGCGCGCGCGACCGCCTTGTTTGTACGACGCGATATCGAGGCATGCGCCAAGGCGTTCGCGCGCAAATGCCACAGGCATAACTGGCCCGAAACAAACGTAGGAGCGGGTTTAC > CP009974/541898‑542186 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |