Predicted mutation | ||||||
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RA | CP009974 | 3,837,790 | T→C | intergenic (+341/‑210) | RPPX_17095 → / → RPPX_17100 | proteophosphoglycan precursor/cupin |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009974 | 3,837,790 | 0 | T | C | 97.3% | 425.4 / 0.2 | 147 | intergenic (+341/‑210) | RPPX_17095/RPPX_17100 | proteophosphoglycan precursor/cupin |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (2/2); new base C (73/70); total (75/72) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.76e-01 |
Only 100 of 148 total aligned reads displayed.
CACCGTTGCCGCCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACACGCATCGAGGGCGGCACAGGCCGTTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAAGGGCCGGGCCTGCTGGCCAATCTCCACCCGTCGTTCACCATTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTGCACACGCATCGGTGGTTGGTCACAGGCCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAAAGGCCGGTACAGGCGAAAATCGGCCCCCTGCTTTTCCCCCGGAT > CP009974/3837663‑3837937 | cACCGTTGCTGCCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAC‑TG‑ATC‑TGGACTGCGCGGTCCTCTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAAGGGCCGGGCCTGCCGGCCCATCTTCACCACCCGCTCACCCCTGCCCCCGCCACCGTa > 2:1106872/1‑151 (MQ=2) cTACACACGCATCGAGGGCGGCACAGGCCGTTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAAGGGCCGGGCCTGCTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTGCACACGCATCggtggt < 1:1926932/151‑1 (MQ=9) gcgggtggAGGGTGGCGCGGTCCGTGGTAGGGGCGGGTGCACCCGCGATAGGGCCGGGCATGCTGGCCAATTTCCACCCGCGGTTCACCGTGGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTGCACACGCATCGGTGGTTGGTca < 2:1552066/144‑1 (MQ=11) cGCATGGAAGGCGGCACAGGCCGGTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAAGGGCCGGGCTTGCTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTGCACACGCATCGGTGGTTGGTcac < 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cGAGGGCGGCACAGGCCGTTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAAGGGCCGGGCCTGCTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTGCACACGCATCGGTGGTTGGTCACAGGcc < 1:3050248/151‑1 (MQ=255) taGGGCGCCACAGGCCGGTGTATGAGCGGGTACACCCGCGAAAGGGCCGGGCCTGCTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTGCACACGCATCGGTGGTTGGTCACAGGCcg < 2:1185904/150‑1 (MQ=14) gAGGGCGGCACAGGCCGTTGTAGGCGCGGGTTCACCCGCGAAAGGGCCGGGCCTGCTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTGCACACGCATCGGTGGTTGGTCACAGGCcg < 2:200473/151‑1 (MQ=255) aGGGCGGCACAGGCCGTTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAAGGGCCGGGCCTGCTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCCGCTACCGTATTCTCGGGTAAACCCCCTCCTGCACACGCATCGGTGGTTGGGCCCAGGCcgg > 1:2629076/1‑150 (MQ=11) aGGGCGGCACAGGCCGTTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAAGGGCCGGGCCTGCTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTGCACACGCATCGGTGGTTGGTCACAGGCcgt > 1:972999/1‑151 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |