| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP009974 | 3,837,799 | A→G | intergenic (+350/‑201) | RPPX_17095 → / → RPPX_17100 | proteophosphoglycan precursor/cupin |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009974 | 3,837,799 | 0 | A | G | 97.6% | 480.2 / 1.5 | 166 | intergenic (+350/‑201) | RPPX_17095/RPPX_17100 | proteophosphoglycan precursor/cupin |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (3/1); new base G (80/80); total (84/82) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.20e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.06e-01 | |||||||||||
Only 100 of 166 total aligned reads displayed.
CACCGTTGCCGCCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACACGCATCGAGGGCGGCACAGGCCGTTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAAGGGCCGGGCCTGCTGGCCAATCTCCACCCGTCGTTCACCATTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTGCACACGCATCGGTGGTTGGTCACAGGCCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAAAGGCCGGTACAGGCGAAAATCGGCCCCCTGCTTTTCCCCCGGATTGGCCATTT > CP009974/3837663‑3837946 | cACCGTTGCTGCCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAC‑TG‑ATC‑TGGACTGCGCGGTCCTCTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAAGGGCCGGGCCTGCCGGCCCATCTTCACCACCCGCTCACCCCTGCCCCCGCCACCGTa > 2:1106872/1‑151 (MQ=2) cTACACACGCATCGAGGGCGGCACAGGCCGTTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAAGGGCCGGGCCTGCTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTGCACACGCATCggtggt < 1:1926932/151‑1 (MQ=9) acacGCATCGAGGGCGGCACAGGCCGTTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAAGGGCCGGGCCTGCTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTGCACACGCATCGGtggttggt < 1:712644/151‑1 (MQ=255) gcgggtggAGGGTGGCGCGGTCCGTGGTAGGGGCGGGTGCACCCGCGATAGGGCCGGGCATGCTGGCCAATTTCCACCCGCGGTTCACCGTGGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTGCACACGCATCGGTGGTTGGTca < 2:1552066/144‑1 (MQ=11) cGCATGGAAGGCGGCACAGGCCGGTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAAGGGCCGGGCTTGCTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTGCACACGCATCGGTGGTTGGTcac < 2:5129978/151‑1 (MQ=11) cGCATCGAGGGCGGCACAGGCCGTTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAAGGGCCGGGCCTGCTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTGCACACGCATCGGTGGTTGGTcac < 1:3614488/151‑1 (MQ=255) cGCATCCGGGGCGGCACAGGCCGGTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAAGGGCCGGGCCTGCTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTGCACACGCATCGGTGGTTGGTcac < 1:4583035/151‑1 (MQ=11) cATCGAGGGCGGCACAGGCCGTTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAAGGGCCGGGCCTGCTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTGCACACGCATCGGTGGTTGGTCACAg > 2:4590879/1‑151 (MQ=255) aTCGAGGGCGGCACAGGCCGTTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAAGGGCCGGGCCTGCTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTGCACACGCATCGGTGGTTGGTCACAgg > 1:4406526/1‑151 (MQ=255) tCGAGGGCGGCACAGGCCGTTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAAGGGCCGGGCCTGCTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTGCACACGCATCGGTGGTTGGTCACAGGc < 1:1512256/151‑1 (MQ=255) gcGACGGCGGCAGAGGCGGGTCTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAAGGGCCGGGCCTGCTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTGCACACGCATCGGTGGTTGGTCACAGGc < 1:1187993/150‑1 (MQ=14) taGGGCGCCACAGGCCGGTGTATGAGCGGGTACACCCGCGAAAGGGCCGGGCCTGCTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTGCACACGCATCGGTGGTTGGTCACAGGCcg < 2:1185904/150‑1 (MQ=14) aGGGCGGCACAGGCCGTTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAAGGGCCGGGCCTGCTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCCGCTACCGTATTCTCGGGTAAACCCCCTCCTGCACACGCATCGGTGGTTGGGCCCAGGCcgg > 1:2629076/1‑150 (MQ=11) ggcACAGGCCGTTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAAGGGCCGGGCCTGCTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTGCACCCGCATCGGTGGTTGGTCACAGGCCGTCGTAg > 2:4280651/1‑151 (MQ=255) 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CACCGTTGCCGCCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACACGCATCGAGGGCGGCACAGGCCGTTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAAGGGCCGGGCCTGCTGGCCAATCTCCACCCGTCGTTCACCATTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTGCACACGCATCGGTGGTTGGTCACAGGCCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAAAGGCCGGTACAGGCGAAAATCGGCCCCCTGCTTTTCCCCCGGATTGGCCATTT > CP009974/3837663‑3837946 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |