| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP009974 | 542,069 | T→C | intergenic (‑330/+199) | argD ← / ← RPPX_02300 | acetylornithine aminotransferase/AraC family transcriptional regulator |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009974 | 542,069 | 0 | T | C | 92.7% | 169.4 / 3.3 | 83 | intergenic (‑330/+199) | argD/RPPX_02300 | acetylornithine aminotransferase/AraC family transcriptional regulator |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/6); new base C (4/72); total (4/79) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
GGGGCTGGGTGAACGGGTGTTCACACAGGATTGTGAGGGGACAGGATGTACGGCGATGTTGATGTGTTGGCGGGGAGATCGAGCGCCGCCCGCGCGGCGCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGTTTGTTTCGGGCCAGTCCCTCCTGTGCCTGGCGCGCGCGACCGCCTTGTTTGTACGACGCGATATCGAGGCATGCGCCAAGGCGTTCGCGCGCAAATGCCACAGGCATAACTGGCCCGAAACAAACGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGCGCC > CP009974/541921‑542198 | ggggCTGGGTGAAGGTGTGTCCACGCCGGAGTGGGAGGGGACAGGATGTACGGCGATGTTGGTGTGTTGGCGGGGAGGTCGAGCGCCGCCCGCGCGGCGCTGAGCGGGTCAGCCCGCTCCTACGCTTGTTTCGGGCCAGTCCCTCCTgcgc < 2:1718758/151‑1 (MQ=21)ggggCTGGCGGGACGGGTGTTCACACAGGATTGGGAGGGGACAGGATGTACGGCGATGTTGATGTGTTGGCGGGGAGATCGGGCGCCGCCCGCGCGGCGCTGCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCTTGTTTCGGGCCAGTCCCTCCTgcgc < 2:4005742/151‑1 (MQ=25) tGGGTGAACGGGTGTTCACACAGGATTGTGAGGGGACAGGATGTACGGCGATGTTGATGTGTTGGCGGGGAGATCGAGCGCCGCCCGCGCGGCGCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCTTGTTTCGGGCCAGTCCCTCCTGCGCCCggn < 1:4506747/151‑2 (MQ=255) tGGGTGAACGGGTGTTCACACAGGATTGTGAGGGGACAGGATGTACGGCGATGTTGATGTGTTGGCGGGGAGATCGAGCGCCGCCCGCGCGGCGCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCTTGTTTCGGGCCAGTCCCTCCTGCGCCCGgc < 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gtgtTCACACAGGATTGTGAGGGGACAGGATGTACGGCGATGTTGATGTGTTGGCGGGGAGATCGAGCGCCGCCCGCGCGGCGCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCTTGTTTCGGGCCAGTCCCTCCTGCGCCCGGCGCGCGCGACCg < 2:4916522/151‑1 (MQ=255) tgtTCACACAGGATTGTGAGGGGACAGGATGTACGGCGATGTTGATGTGTTGGCGGGGAGATCGAGCGCCGCCCGCGCGGCGCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCTTGTTTCGGGCCAGTCCCTCCTGCGCCCGGCGCGCGCGACCGc < 1:2527872/151‑1 (MQ=255) tCACACAGGATTGTGAGGGGACAGGATGTACGGCGATGTTGATGTGTTGGCGGGGAGATCGAGCGCCGCCCGCGCGGCGCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCTTGTTTCGGGCCAGTCCCTCCTGCGCCCGGCGCGCGCGACCGCCtt < 1:2285956/151‑1 (MQ=255) aacaaaGGATTGTGAGGGGACAGGATGTACGGCTATGTTGATGTGTTGGCGGGGAGATCGAGCGCCGCCCGCGCGGCGCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCTTGTTTCGGGCCAGTCCCTCCTGCGCCCGGCGCGCGCGACCGCCttg < 1:2943206/150‑1 (MQ=18) acaGGATTGTGAGGGGACAGGATGTACGGCGATGTTGATGTGTTGGCGGGGAGATCGAGCGCCGCCCGCGCGGCGCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCTTGTTTCGGGCCAGTCCCTCCTGCGCCCGGCGCGCGCGACCGCCttgttt < 2:2977064/151‑1 (MQ=255) 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gtgtCGGGCCAGTCCCTCCTGTGCCTGGCGCGCGCGACCGCCTTGTTGGTACGACGCGATATCGAGACAGGCACCAAGGCGTTCGCGCGCGAATCCCACAGGCATAATTGGCCCGAAACAAACGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGcgcc < 1:2331502/148‑1 (MQ=1) | GGGGCTGGGTGAACGGGTGTTCACACAGGATTGTGAGGGGACAGGATGTACGGCGATGTTGATGTGTTGGCGGGGAGATCGAGCGCCGCCCGCGCGGCGCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGTTTGTTTCGGGCCAGTCCCTCCTGTGCCTGGCGCGCGCGACCGCCTTGTTTGTACGACGCGATATCGAGGCATGCGCCAAGGCGTTCGCGCGCAAATGCCACAGGCATAACTGGCCCGAAACAAACGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGCGCC > CP009974/541921‑542198 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |