| Predicted mutation | ||||||
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| RA | CP009974 | 4,363,550 | T→C | intergenic (+206/‑109) | RPPX_19410 → / → RPPX_19415 | alkyl hydroperoxide reductase/hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | CP009974 | 4,363,550 | 0 | T | C | 77.0% | 622.4 / 182.2 | 311 | intergenic (+206/‑109) | RPPX_19410/RPPX_19415 | alkyl hydroperoxide reductase/hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (22/49); new base C (118/119); total (142/169) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.40e-03 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 2.90e-01 | |||||||||||
Only 100 of 311 total aligned reads displayed.
GTGAAGATCCCCGTAGGGGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGGCCTGCTGGCCAATCTCCACCAGTCGTTCACCGTTGCTGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGATCGGTGGTAGACACACATCGGA‑GGTTGGACACAGGCCGCCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGTGCAAGCAAAGCAGGACCTGAAGGTGTCTATGCTTACTGCAGACCTCTCAGGAATCACACCCATGACCCTGATCAGCCGCGAACCCTGGTGGCTAGTCCCCCC > CP009974/4363405‑4363699 | gtgAAGATCCCCGTAGGGGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGGCCTGCTGGCCAATCTCCACCAGTCGTTCACCGTTGCTGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGATCGGTGGTAGACACACATCCGAGGGTTGGa < 1:4102665/151‑1 (MQ=255) aGATCCCCGTAGGGGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGGCCTGCTGGCCAATCTCCACCAGTCGTTCACCGTTGCTGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGATCGGTGGTAGACACACATCCGAGGGTTGGAcaca < 1:1041182/151‑1 (MQ=255) gATCCCCGTAGGGGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGGCCTGCTGGCCAATCTCCACCAGTCGTTCACCGTTGCTGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCCCCTACACAGGTCGGTGGTAGACACACATCCGAGGGTTGGCCACAg > 1:2595884/1‑151 (MQ=18) 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cGGA‑GGCTGGACACAGGCCGCCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGTGCAAGCAAAGCAGGACCTGAAGGTGTCTATGCTTACTGCAGACCTCTCAGGAATCACACCCATGACCCTGATCAGCCGCGAACCCTGGTGGCTAGTc > 1:1176737/1‑151 (MQ=255) a‑GGCTGGACACAGGCCGCCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGTGCAAGCAAAGCAGGACCTGAAGGTGTCTATGCTTACTGCAGACCTCTCAGGAATCACACCCATGACCCTGATCAGCCGCGAACCCTGGTGGCTAGTcccc > 2:2468046/1‑151 (MQ=255) | GTGAAGATCCCCGTAGGGGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGGCCTGCTGGCCAATCTCCACCAGTCGTTCACCGTTGCTGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGATCGGTGGTAGACACACATCGGA‑GGTTGGACACAGGCCGCCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGTGCAAGCAAAGCAGGACCTGAAGGTGTCTATGCTTACTGCAGACCTCTCAGGAATCACACCCATGACCCTGATCAGCCGCGAACCCTGGTGGCTAGTCCCCCC > CP009974/4363405‑4363699 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |